Qui, presentiamo un protocollo per l’editing genetico nelle cellule T umane primarie utilizzando la tecnologia CRISPR Cas per modificare le cellule CAR-T.
Le terapie cellulari adottive che utilizzano cellule T del recettore dell’antigene chimerico (cellule CAR-T) hanno dimostrato una notevole efficacia clinica in pazienti con neoplasie ematologiche e sono attualmente in fase di studio per vari tumori solidi. Le cellule CAR-T sono generate rimuovendo le cellule T dal sangue di un paziente e ingegnerizzandole per esprimere un recettore immunitario sintetico che reindirizza le cellule T per riconoscere ed eliminare le cellule tumorali bersaglio. L’editing genetico delle cellule CAR-T ha il potenziale per migliorare la sicurezza delle attuali terapie cellulari CAR-T e aumentare ulteriormente l’efficacia delle cellule CAR-T. Qui, descriviamo i metodi per l’attivazione, l’espansione e la caratterizzazione delle cellule CAR-T umane CD19 progettate con CRISPR. Ciò comprende la trasduzione del vettore lentivirale CAR e l’uso di RNA guida singolo (sgRNA) ed endonucleasi Cas9 per indirizzare i geni di interesse nelle cellule T. I metodi descritti in questo protocollo possono essere universalmente applicati ad altri costrutti CAR e geni bersaglio oltre a quelli utilizzati per questo studio. Inoltre, questo protocollo discute le strategie per la progettazione del gRNA, la selezione del gRNA principale e la convalida del knockout del gene bersaglio per ottenere in modo riproducibile l’ingegneria CRISPR-Cas9 multiplex ad alta efficienza delle cellule T umane di grado clinico.
La terapia cellulare del recettore dell’antigene chimerico (CAR)-T ha rivoluzionato il campo delle terapie cellulari adottive e dell’immunoterapia del cancro. Le cellule CAR-T sono cellule T ingegnerizzate che esprimono un recettore immunitario sintetico che combina un frammento di anticorpo a catena singola antigene-specifico con domini di segnalazione derivati dalla catena TCRzeta e domini costimulatori necessari e sufficienti per l’attivazione e la co-stimolazione delle cellule T1,2,3,4 . La produzione di cellule CAR-T inizia estraendo le cellule T del paziente, seguita dalla trasduzione virale ex vivo del modulo CAR e dall’espansione del prodotto cellulare CAR-T con perle magnetiche che funzionano come antigene artificiale presentando cellule5. Le cellule CAR-T espanse vengono reinfuse nel paziente dove possono attecchire, eliminare le cellule tumorali bersaglio e persino persistere per più anni dopo l’infusione6,7,8. Sebbene la terapia con cellule CAR-T abbia portato a notevoli tassi di risposta nelle neoplasie delle cellule B, il successo clinico per i tumori solidi è stato messo alla prova da molteplici fattori tra cui la scarsa infiltrazione delle cellule T9,un microambiente tumorale immunosoppressivo10,la copertura e la specificità dell’antigene e la disfunzione delle cellule CAR-T11,12 . Un’altra limitazione dell’attuale terapia cellulare CAR-T include l’uso di cellule T autologhe. Dopo più cicli di chemioterapia e un elevato carico tumorale, le cellule CAR-T possono essere di scarsa qualità rispetto ai prodotti ALLOGENI CAR-T di donatori sani, oltre al tempo e alle spese associate alla produzione di cellule CAR-T autologhe. L’editing genetico del prodotto car-T di CRISPR/Cas9 rappresenta una nuova strategia per superare gli attuali limiti delle cellule CAR-T13,14,15,16,17.
CRISPR/Cas9 è un sistema bicomponente che può essere utilizzato per l’editing mirato del genoma nelle cellule di mammifero18,19. L’endonucleasi Associata a CRISPR Cas9 può indurre rotture a doppio filamento sito-specifiche guidate da piccoli RNA attraverso l’accoppiamento di basi con la sequenza di DNA bersaglio20. In assenza di un modello di riparazione, le rotture a doppio filamento vengono riparate dalla via NHEJ (nonhomologous end joining) soggetta a errori, con conseguenti mutazioni frameshift o codoni di arresto prematuro attraverso mutazioni di inserzione e delezione (INDL)19,20,21. Efficienza, facilità d’uso, economicità e capacità di editing del genoma multiplex rendono CRISPR/Cas9 un potente strumento per migliorare l’efficacia e la sicurezza delle cellule CAR-T autologhe e allogenei. Questo approccio può essere utilizzato anche per modificare le celle T dirette TCR sostituendo il costrutto CAR con un TCR. Inoltre, le cellule CAR-T allogeniche che hanno un potenziale limitato di causare la malattia del trapianto contro l’ospite possono anche essere generate dalla modifica genica del locus TCR, b2m e HLA.
In questo protocollo, mostriamo come l’ingegneria CRISPR delle cellule T può essere combinata con la consegna mediata da vettori virali del CAR-Transgene per generare prodotti a cellule CAR-T modificati dal genoma con maggiore efficacia e sicurezza. Un diagramma schematico dell’intero processo è mostrato nella Figura 1. Utilizzando questo approccio, abbiamo dimostrato knockout genico ad alta efficienza nelle cellule CAR-T umane primarie. La Figura 2A descrive in dettaglio la sequenza temporale di ogni passaggio per la modifica e la produzione di celle T. Vengono inoltre discusse le strategie per la progettazione dell’RNA guida e la convalida del knockout per applicare questo approccio a vari geni bersaglio.
Qui descriviamo gli approcci per modificare le cellule CAR-T utilizzando la tecnologia CRISPR Cas9 e fabbricare prodotti per testare ulteriormente la funzione e l’efficacia. Il protocollo di cui sopra è stato ottimizzato per l’esecuzione dell’editing genetico CRIPSR in cellule T umane primarie combinate con cellule T ingegneristiche con recettori dell’antigene chimerico. Questo protocollo consente un’elevata efficienza di knockout con una variabilità minima da donatore a donatore. La modifica utilizzando CRISPR può mi…
The authors have nothing to disclose.
Riconosciamo il Nucleo di Immunologia Umana per la fornitura di cellule T normali donatrici e il Nucleo di Citometria a Flusso presso l’Università della Pennsylvania.
4D-Nucleofactor Core Unit | Lonza | AAF-1002B | |
4D-Nucleofactor X-Unit | Lonza | AAF-1002X | |
Accuprime Pfx Supermix | ThermoFisher | 12344040 | |
Beckman Optima XPN ultracentrifuge | Beckman Coulter | ||
Brilliant Violet 605 anti-human CD3 Antibody | Biolegend | 317322 | Clone OKT3 |
BV711 Anti-human PD1 | Biolegend | Clone EH12.2H7 | |
Cas9-Electroporation enhancers | IDT | 1075915 | |
CD3/CD28 Dynabeads | ThermoFisher | 40203D | |
CD4+ T cell isolation Kit | StemCell technologies | 15062 | |
CD8+ T cell isolation Kit | StemCell technologies | 15063 | |
Corning 0.45 micron vacuum filter/bottle | Corning | 430768 | |
Corning T150 cell culture flask | Millipore Sigma | CLS430825 | |
DMSO | Millipore Sigma | D2650 | |
DNAeasy Blood and Tissue Kit | Qiagen | 69504 | |
DynaMag Magnet | ThermoFisher | 12321D | |
Glutamax supplement | ThermoFisher | 35050061 | |
HEK293T cells | ATCC | CRL-3216 | |
HEPES (1 M) | ThermoFisher | 15630080 | |
huIL-15 | PeproTech | 200-15 | |
huIL-7 | PeproTech | 200-07 | |
Lipofectamine 2000 | ThermoFisher | 11668019 | |
Nucleospin Gel and PCR cleanup | Takara | 740609.25 | |
Opti-MEM | ThermoFisher | 31985062 | |
P3 Primary cell 4D-nucleofactor X Kit L | Lonza | V4XP-3024 | |
Penicilin-Streptomycin-Glutamine | ThermoFisher | 10378016 | |
pTRPE expression Plasmid | in house | ||
Rabbit Anti-Mouse FMC63 scFv Monoclonal Antibody, (R19M), PE | CytoArt | 200105 | |
RPMI1640 | ThermoFisher | 12633012 | |
sgRNA | IDT | ||
Spy Fi Cas9 | Aldevron | 9214 | |
Ultracentrifuge tubes | Beckman Coulter | 326823 | |
Viral packaging mix | in house | ||
X-Vivo-15 Media | Lonza | BE02-060F |