Dieses Protokoll demonstriert den Einsatz einer Roboterplattform für die Mikroinjektion in einzelne neuronale Stammzellen und Neuronen in Hirnscheiben. Diese Technik ist vielseitig und bietet eine Methode zur Verfolgung von Zellen im Gewebe mit hoher räumlicher Auflösung.
Eine zentrale Frage in der Entwicklungsneurobiologie ist, wie neuronale Stamm- und Vorläuferzellen das Gehirn bilden. Um diese Frage zu beantworten, muss man einzelne Zellen im Gehirngewebe mit hoher Auflösung im Laufe der Zeit beschriften, manipulieren und folgen. Diese Aufgabe ist aufgrund der Komplexität des Gewebes im Gehirn äußerst anspruchsvoll. Wir haben vor kurzem einen Roboter entwickelt, der eine Mikroinjektionsnadel in das Gehirngewebe führt, nachdem Bilder aus einem Mikroskop verwendet wurden, um Femtoliter-Lösungsvolumina in einzelne Zellen zu liefern. Die Roboteroperation erhöht sich zu einer Gesamtausbeute, die eine Größenordnung größer ist als die manuelle Mikroinjektion und eine präzise Etikettierung und flexible Manipulation einzelner Zellen im lebenden Gewebe ermöglicht. Damit kann man Hunderte von Zellen in eine einzige organotypische Scheibe mikroinjizieren. Dieser Artikel zeigt die Verwendung des Mikroinjektionsroboters für die automatisierte Mikroinjektion von neuronalen Vorläuferzellen und Neuronen in den Hirngewebescheiben. Im weiteren Sinne kann es auf jedem Epithelgewebe mit einer Oberfläche verwendet werden, die von der Pipette erreicht werden kann. Nach der Einrichtung kann der Mikroinjektionsroboter 15 oder mehr Mikroinjektionen pro Minute ausführen. Der Mikroinjektionsroboter wird aufgrund seines Durchsatzes und seiner Versalität die Mikroinjektion zu einer weitgehend unkomplizierten Hochleistungs-Zellmanipulationstechnik machen, die in Bioengineering, Biotechnologie und Biophysik zur Durchführung einzelliger Analysen in organotypischen Gehirnscheiben eingesetzt werden kann.
Dieses Protokoll beschreibt die Verwendung eines Roboters, um einzelne Zellen in Hirngewebescheiben zu zielen und zu manipulieren, wobei der Schwerpunkt insbesondere auf einzelnen neuronalen Stammzellen und Neuronen liegt. Der Roboter wurde entwickelt, um eine zentrale Frage in der Entwicklungsneurobiologie zu behandeln, das ist, wie neuronale Stamm- und Vorläuferzellen zur Hirnmorphogenesebeitragen 1,2,3,4,5. Um diese Frage zu beantworten, muss man einzelne neuronale Stammzellen beschriften und verfolgen und deren Abstammungsprogression im Laufe der Zeit verfolgen, um das Verhalten einzelner Zellen mit der Gewebemorphogenese zu korrelieren. Dies kann auf unterschiedliche Weise erreicht werden, z.B. durch Elektroporating von Hirngewebe in der Gebärmutter oder durch Kennzeichnung von Einzelzellen mit lipophilen Matrizen. Obwohl diese Methoden leistungsstark sind, fehlt es ihnen an präziser Einzelzellauflösung (Elektroporation) und/oder der Möglichkeit, den intrazellulären Raum (lipophiler Farbstoff) zu manipulieren. Mikroinjektion in einzelne Zellen wurde entwickelt, um diese Herausforderung zu überwinden6,7,8. Während der Mikroinjektion wird eine Pipette unter Druck, Femtoliter-Volumen von Reagenzien9. Wir haben zuvor ein manuelles Verfahren zur Mikroinjektion einzelner neuronaler Stammzellen in organotypisches Gewebe beschrieben (Abbildung 1A)10,11. Die Mikroinjektion in neuronale Stammzellen beruht auf der Verwendung einer Mikropipette, die in einzelne neuronale Stammzellen eingeführt wird, um eine Lösung zu injizieren, die einen Fluoreszenzfarbstoff enthält, zusammen mit anderen Molekülen von Interesse. Die selektive Ausrichtung neuronaler Stammzellen wird erreicht, indem das sich entwickelnde Telencephalon über die ventrikuläre Oberfläche (oder Ventrikel, siehe Karikatur in Abbildung 1A) nähert, die durch die apikale Plasmamembran von apikalen Vorläufern gebildet wird (Cartoon in Abbildung 1A). Dieser Prozess muss für jede Zelle wiederholt werden, die der Experimentator injizieren möchte. Darüber hinaus hängt der Erfolg der Mikroinjektion von der genauen Kontrolle der Tiefe und Dauer der Mikropipetteninjektion im Gewebe ab. Daher ist die manuelle Mikroinjektion trotz der einzigartigen Vorteile äußerst mühsam und erfordert eine beträchtliche Praxis, um bei angemessenem Durchsatz und Ausbeute zu arbeiten, was die Verwendung dieser Technik in skalierbarer Weise erschwert. Um diese Einschränkung zu überwinden, haben wir vor kurzem einen bildgesteuerten Roboter entwickelt, den Autoinjektor12 (oder Mikroinjektionsroboter), der automatisch Mikroinjektionen in einzelne Zellen durchführen kann.
Der Mikroinjektionsroboter nutzt mikroskopische Bildgebungs- und Computer-Vision-Algorithmen, um bestimmte Positionen im 3-D-Raum im Gewebe für die Mikroinjektion präzise anzusprechen (Abbildung 1B). Der Mikroinjektionsroboter kann durch relativ einfache Änderungen an einem vorhandenen Mikroinjektions-Setup konstruiert werden. Der Gesamtschema des Mikroinjektionsroboters ist in Abbildung 1Cdargestellt. Eine Pipette ist in einem Pipettenhalter montiert, der an einem dreiachsigen Manipulator befestigt ist. Eine Mikroskopkamera wird verwendet, um Bilder des Gewebes und der Mikroinjektionsnadel zu erfassen. Zur Steuerung des Drucks in der Pipette wird ein kundenspezifisches Druckregelungssystem verwendet und zur Steuerung der Position der Mikroinjektorpipette ein programmierbarer Mikromanipulator. Die Kamerabilder des Gewebes und der Mikroinjektionspipette werden verwendet, um die räumliche Position der Mikroinjektionspipettespitze und die Orte zu bestimmen, an denen Mikroinjektionen durchgeführt werden müssen. Die Software berechnet dann Diekbahnen, die benötigt werden, um die Pipette innerhalb des Gewebes zu bewegen. Die gesamte Hardware wird von der Software gesteuert, die wir zuvor entwickelt haben. Die gesamte Software ist in Codierungssprache (z.B. Python und Arduino) geschrieben und kann von https://github.com/bsbrl/Autoinjector mit Anweisungen heruntergeladen werden. Die grafische Benutzeroberfläche (GUI) ermöglicht es dem Benutzer, das Gewebe und die Mikropipette abzubilden und die Flugbahn der Mikroinjektion anzupassen. Unser System kann mit relativ einfachen Modifikationen an einem invertierten Mikroskop mit Hellfeld- und Epifluoreszenzfiltern aufgebaut werden.
Zuerst geben wir Anweisungen zur Vorbereitung von organotypischen Gewebescheiben des Gehirns für die Mikroinjektion. Dann zeigt das Protokoll den Start des Mikroinjektionsroboters, gefolgt von vorbereitenden Schritten, wie z. B. der Pipettenbewegungskalibrierung, die vor der Mikroinjektion durchgeführt werden müssen. Anschließend werden die Injektionsparameter definiert. Danach kann der Anwender die vom Mikroinjektionsroboter verwendete Flugbahn definieren und den Injektionsvorgang starten. Das mikroinjizierte Gewebe (in diesem Fall organotypische Gewebescheiben des Gehirns) kann je nach experimentellem Design10,11für unterschiedliche Zeiträume in Kultur gehalten werden. Das Gewebe kann verarbeitet werden, um die Identität und das Schicksal der injizierten Zellen und ihre Nachkommen zu verfolgen und zu untersuchen. Alternativ können die mikroinjizierten Zellen mittels Live-Bildgebung verfolgt werden. Im Rahmen dieses Protokolls demonstrieren wir den Einsatz des Roboters zur automatischen Mikroinjektion neuronaler Vorläuferzellen in organotypische Scheiben der Maus E14.5 dorsaltelencephalon. Der Roboter ist ferner in der Lage, Neugeborenen Neuronen im Maustelencephalon sowie in das menschliche fetale Telencephalon12zu mikroinziert zu haben.
Zusammenfassend beschreiben wir eine Roboterplattform, mit der einzelne Zellen im Gewebe verfolgt und manipuliert werden können. Die Plattform nutzt Druck und ist daher äußerst vielseitig in Bezug auf die chemische Natur der Verbindung zu injizieren. Darüber hinaus kann es an andere Zielzellen als Stammzellen angepasst werden. Wir erwarten, dass unser System auch an andere Modellsysteme leicht angepasst werden kann.
Mikroinjektion in einzelne neuronale Stammzellen im Gewebe bietet eine ausgezeichnete Einzelzellauflösung und aus diesem Grund wurde es verwendet, um die Zellbiologie der neuronalen Stammzellprogression und Schicksalsübergang zu sezieren (Abbildung 2; siehe auch10,11,12). Das automatisierte Mikroinjektionsverfahren kann an anderen Zelltypen sowohl in embryonalen Mäusen als auch an menschlichem Hirngewebe durchgeführt werden. Repräsentative Ergebnisse der Mikroinjektion von neugeborenen Neuronen durch gezielte Stolperung der Basaloberfläche des Telencephalons sind in Abbildung 3dargestellt.
Das hier etablierte Prinzip kann auf verschiedene Zelltypen in embryonalen Mausgehirnen und menschlichen Gehirnen angewendet werden. Wir haben bereits gezeigt, dass der Mikroinjektionsroboter auch verwendet werden kann, um einzelne Vorläuferzellen im Maus-Hindhirn und Telencephalon und neugeborenen Neuronen in der Maus und human entwickelnden Neocortex12zu zielen. Um die besten Ergebnisse des Injektionsverfahrens zu erhalten, sollte man alle Schritte vor Beginn der Injektion optimieren. Es ist wichtig, die Vorbereitung lebensfähiger und gut erhaltener organotypischer Gewebescheiben aus Hirngewebe sorgfältig zu prüfen und zu optimieren (Abbildung 1). Es ist von entscheidender Bedeutung, bei der in Abbildung 1dargestellten Sezier- und Schneidungsprozedur schnell zu sein. Für die apikale Injektion, die auf die APs abzielt, sollte man die Scheiben auswählen, die die ideale Ausrichtung der apikalen Oberfläche aufweisen. Bei der APs-Injektion ist die ideale Ausrichtung die apikale Oberfläche senkrecht zum Boden der Petrischale. Jede andere Ausrichtung wird auch freizügig sein, aber die apikale Oberfläche senkrecht zur Petrischale bietet eine breitere Oberfläche für die Injektion, wodurch der Erfolg der Injektion erhöht wird. Bei der Injektion in Neuronen spielt die Ausrichtung der Scheibe wenig bis gar nichts.
Sobald die zu injizierenden Scheiben ausgewählt sind, dauert der Injektionsvorgang pro Scheibe ca. 5 Minuten. Wenn man bedenkt, dass man mit lebendem Gewebe arbeitet, wird dringend empfohlen, die Injektion zu beschleunigen. Zu diesem Zweck empfehlen wir, alle Injektionsparameter über die GUI (Abbildung 1D) einzustellen, bevor das Gewebe bereit ist, um unnötige Wartezeiten zu reduzieren. Zur Fehlerbehebung lesen Sie bitte die Zusatzdatei.
Bei langfristiger Scheibenkultur können Schritte nach dem automatisierten Mikroinjektionsverfahren die Gesundheit der Zellen und damit das Experiment beeinflussen. Daher wird dringend empfohlen, einen Qualitätskontrolltest durchzuführen und die Slice-Kulturbedingungen zu optimieren. Um die Zelllebensfähigkeit nach dem Slicing- und Injektionsverfahren zu bewerten, führten wir während der Kultur eine EdU-Kennzeichnung durch und quantifizierten die Anzahl der pyknotischen Kerne (ein Proxy für apoptotische Zellen) in den Kulturen und das injizierte Gewebe12. Diese Quantifizierungen ergaben keine signifikanten Auswirkungen der Mikroinjektion auf die Gewebelebensfähigkeit (Abbildung 2C). Wir empfehlen, ähnliche Qualitätskontrollen durchzuführen, während die organotypische Gewebeschneide- und Mikroinjektionspipeline im Labor etabliert wird.
Im Vergleich zur manuellen Mikroinjektion bietet der Mikroinjektionsroboter mehrere Vorteile. Erstens ist die Lernkurve für den Benutzer weniger steil im Vergleich zur manuellen Injektion: Ein neuer Benutzer erreicht nach einer begrenzten Anzahl von Sitzungen, in der Regel 1 oder 2, eine hohe Kompetenz. Zweitens erfordert eine vergleichbare Befähigung bei der manuellen Mikroinjektion eine monatelange Ausbildung. Das Injektionsverfahren ist schneller und effizienter (Abbildung 2B). Wir quantifizierten diese Parameter und fanden heraus, dass der Mikroinjektionsroboter einen erfahrenen manuellen Anwender in Bezug auf den Injektionserfolg (% der erfolgreichen Injektion/Gesamtanzahl der Injektionen) und in der Gesamtzahl der Injektionen pro Zeiteinheit12übertraf. Dies führt zu einer Gesamtsteigerung der Injektionseffizienz (% der erfolgreichen Injektion/min) für den Mikroinjektionsroboter im Vergleich zu einem erfahrenen Anwender. Noch ausgeprägter war die Effizienzsteigerung beim Vergleich des Mikroinjektionsroboters mit einem Anfänger und erreichte 700%. Zu guter Letzt lässt sich der Mikroinjektionsroboter einfach so programmieren, dass er systematisch alle räumlichen Parameter erforscht. Dies ist besonders vorteilhaft, wenn der Mikroinjektionsroboter an neue Zellen oder Gewebe angepasst wird oder wenn der Mikroinjektionsroboter für Zwecke verwendet wird, die eine unterschiedliche räumliche Auflösung erfordern.
Der Bau des Mikroinjektionsroboters erfordert minimale Änderungen an einem vorhandenen Epifluoreszenzmikroskop12. Wir haben bereits Anweisungen für diese Anpassung bei https://github.com/bsbrl/Autoinjector. Sobald die Hardware eingerichtet ist, liefert dieses Protokoll wichtige methodische Details für die erfolgreiche Durchführung automatisierter Mikroinjektionen. Insgesamt hat der Mikroinjektionsroboter eine erfolgreiche Injektionsrate von 15,52 + 2,48 Injektionen/min, was 15x größer ist als ein unerfahrener Benutzer (1,09 ± 0,67 Injektionen/min) und 3x größer als ein erfahrener Benutzer (4,95 ± 1,05 Injektionen/min)12. Diese Verbesserung der erfolgreichen Injektionsrate befähigt sowohl Anfänger als auch erfahrene Anwender, mehr Zellen in kürzerer Zeit zu injizieren, was wichtig ist, um die Lebensfähigkeit des Gewebes zu erhalten. Darüber hinaus ist der Mikroinjektionsroboter anpassbar und die Flugbahn, die Tiefe der Injektion, die Anzahl der Injektionen, der Abstand zwischen den Injektionen können alle mit der GUI abgestimmt werden. Diese Eigenschaften ermöglichen es, den Mikroinjektionsroboter als Werkzeug zur Optimierung bisher mühsamer Experimente zu verwenden und grundlegend neue Experimente zu erforschen, die eine höhere Ausbeute als bisher möglich erfordern.
Die Haupteinschränkungen des mikroinjektionsverfahrens, das wir hier beschrieben haben, beziehen sich auf die Herstellung von Gewebescheiben, ein entscheidender Schritt, der einer umfassenden Optimierung bedarf. Darüber hinaus beruht die Mikroinjektion auf dem Vorhandensein einer Oberfläche, die von der Glaspipette angefahren werden kann. Diese Funktion begrenzt die Art von Geweben und Gewebepositionen, die über Mikroinjektion mit dem aktuellen Setup gezielt werden können.
Der Mikroinjektionsroboter verwendet derzeit Brightfield-Bildgebung und wurde in In-vitro-Gehirnscheibenpräparaten eingesetzt. In Zukunft könnte der Mikroinjektionsroboter mit 2-Photonen-Bildgebung kombiniert werden, um die Spezifität des Einzelzell-Targetings in vivo für molekulare oder Farbstoff-Tagging zu erhöhen. Solche Anstrengungen wurden bereits für die Einzelzellelektrophysiologie15,16unternommen. Das aktuelle Gerät erfordert eine manuelle Beobachtung des Mikroinjektionsverfahrens. Zukünftige Versionen könnten Strategien für die Reinigung verstopfter Mikroinjektionspipetten17 oder die Integration von Fluidhandling-Robotern18 für multiplexige, vollautonome Mikroinjektionen umfassen. Diese Geräte könnten den Umfang der Mikroinjektion um Größenordnungen erhöhen. Die Anpassung von Algorithmen zur parallelen Steuerung mehrerer Mikroinjektionspipetten19 könnte die multiple Verabreichung dutzender Farbstoffe und molekularer Reagenzien in dieselben Zellen innerhalb derselben Experimente ermöglichen. Dies hat das Potenzial, neue Wege für das molekulare Screening im Gewebe zu eröffnen.
Der Mikroinjektionsroboter könnte verwendet werden, um funktionell identifizierte Zellen mit DNA- oder RNA-Barcodes zu markieren. Dies könnte wiederum mit anderen einzelzelligen Analysetechniken wie der Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNAseq) und der Elektronenmikroskopie kombiniert werden. Unsere vorläufigen Ergebnisse zeigen, dass mikroinjizierte Zellen und ihre Nachkommen mit Hilfe der Gewebedissoziation, gefolgt von der FACS-Sortierung (Taverna, unveröffentlichte Ergebnisse), zurückgewonnen und isoliert werden können. Die FACS-sortierten Zellen können dann für scRNAseq verwendet werden. Darüber hinaus zeigen vorläufige Ergebnisse, dass die Einzelzellauflösungsfähigkeiten des Mikroinjektionsroboters in Kombination mit elektronenmikroskopischer Analyse genutzt werden können, um die Zellbiologie an neuronalen Stammzellen im Gewebe mit hoher räumlicher Auflösung zu erforschen (Taverna und Wilsch-Bräuninger, unveröffentlichte Ergebnisse). Diese Daten deuten darauf hin, dass der Mikroinjektionsroboter als Werkzeug für die korrelative Licht- und Elektronenmikroskopie im Gewebe und im weiteren Sinne für die multimodale Analyse der Zellidentität und des Zellverhaltens im Gewebe eingesetzt werden kann.
Die Mikroinjektion setzt auf den Einsatz von Druck und man kann sich Injektionslösungen mit hoher molekularer Komplexität (z.B. ein ganzes Transkriptom) leisten. Diese Funktion der Mikroinjektion wurde in der Vergangenheit für das Isolieren und Klonen von Liganden-Gated-Rezeptoren20genutzt. Entlang dieser Linie könnte der Mikroinjektionsroboter für die Modellierung und Untersuchung multi-genicrischer Merkmale auf zellulärer Ebene verwendet werden. In Kombination mit einer Subpooling-Strategie könnte der Mikroinjektionsroboter auch als Plattform verwendet werden, um den minimalen Satz von Genen zu identifizieren, die ein bestimmtes Merkmal/Zellverhalten antreiben. Bisher wurde der Mikroinjektionsroboter verwendet, um die Biochemie der Zelle durch die Lieferung von mRNA, DNA oder rekombinanten Proteinen10,21,22zu manipulieren. Wir sehen eine Anwendung des Mikroinjektionsroboters bei der Untersuchung der Biophysik des intrazellulären Raumes vor, beispielsweise durch die Bereitstellung von Nanomaterialien oder Nanomaschinen, die die Erfassung und/oder Manipulation der biophysikalischen Eigenschaften des intrazellulären Raumes ermöglichen.
The authors have nothing to disclose.
Die Autoren möchten die Nomis Foundation (ET) würdigen. SBK erkennt Mittel aus dem Maschinenbau an, College of Science and Engineering, MnDRIVE RSAM Initiative der University of Minnesota, Minnesota Department of higher education, National Institutes of Health (NIH) 1R21NS103098-01, 1R01NS111028, 1R34NS1111654, 1R21NS112886 und 1R21 NS111196. GS wurde von der National Science Foundation Graduate Research Fellowship und dem NSF IGERT Ausbildungsstipendium unterstützt.
Chemicals | |||
Agarose, Low Melt | Carl Roth | Cat# 6351.2 | |
Agarose, Wild Range | Sigma-Aldrich | Cat# A2790 | |
Best-CA 221 Glue | Best Klebstoffe GmbH & Co.KG | Cat# CA221-10ml | |
B-27 Supplement | Thermo Fisher Scientific | Cat# 17504044 | |
Cellmatrix Type-IA (Collagen, Type !) | FUJIFILM Wako Chemicals | Cat# 637-00653 | |
Distilled Water | |||
DMEM-F12, CO2 independent (w/o Phenol red) | Sigma-Aldrich | Cat# D2906 | |
DMEM-F12, CO2 independent (with Phenol red) | Sigma-Aldrich | Cat# D8900 | |
HEPES-NAOH, pH 7.2, 1M (HEPES buffer) | Carl Roth | Cat# 9105.3 | |
L-Glutamine, 200 mM | Thermo Fisher Sientific | Cat# 25030024 | |
Mowiol 4-88 | Sigma-Aldrich | Cat# 81381 | |
N-2 Supplement | Thermo Fisher Scientific | Cat# 17502048 | |
Neurobasal Medium | Thermo Fisher Scientific | Cat# 21103049 | |
Nuclease-free water | Thermo Fisher Scientific | Cat# AM9937 | |
O2 (40%), CO2 (5%), N2 (55%) Mix, 50 liters | |||
Paraformaldehyde | Merck | Cat# 818715 | |
PBS | |||
Penicillin-Streptomycin (10,000 U/mL) | Thermo Fisher Scientific | Cat# 15140122 | |
Rat serum | Charles River Laboratories | ||
Japan | |||
Sodium bicarbonate (NaHCO3) | Merck | Cat# 106323 | |
Sodium hydroxide (NaOH) | Merck | Cat# 106482 | |
Tyrode’s salt | Sigma | Cat# T2145-10x1L) | |
Equipment | |||
Borosilicate glass capillaries, 1.2 mm outer diameter x 0.94 mm inner diameter | Sutter Instruments | Cat# BF-120-94-10 | |
Bottle-top filter system, 500 mL | Corning | Cat# 430769 | |
Computer PC | |||
Custom pressure rig | Custom pressure rig | ||
Electronic pressure regulator | Parker Hannifin | Cat# 990-005101-002 | |
Falcon tubes, 15 mL | Corning | Cat# 430791 | |
Falcon tubes, 50 mL | Corning | Cat# 430829 | |
Fine-tip paintbrush | |||
Flaming/ Brown micropipette puller | Sutter Instruments | Cat# P-97 | |
Forceps, Dumont no. 3 | Fine Science Tools | Cat# 11231-30 | |
Forceps, Dumont no. 5 | Fine Science Tools | Cat# 11255-20 | |
Forceps, Dumont no. 55 | Fine Science Tools | Cat# 11252-20 | |
Heating block | Labtech International | Cat # Dri block Digi2 | |
Inverted fluorescence microscope | Zeiss | Cat# Axiovert 200 | |
Light source | Olympus | Cat# Highlight 3100 | |
Manual pressure regulator | McMaster Carr | Cat# 0-60 PSI 41795K3 | |
Microloader Tips | Eppendorf | Cat# 5242956.003 | |
Microcontroller | Arduino | Cat# Arduino Due | |
Microscope camera Hamamatsu Orca Flash 4.0 V3 | |||
Motorized stage XY for microscope | |||
Multiwell plate, 24 wells | Nunc | Cat# 142475 | |
Pasteur pipettes, plastic | |||
Petri dish, 60 x 15 mm | Greiner | Cat# 628102 | |
Petri dish, 35 x 10 mm | Nunc | Cat# 153066 | |
Petri dish, 34 x 14 mm, including Microwell no. 1.5 cover glass | MatTek | Cat# P35G-1.5-14-C | |
Pipette holder | Warner Instruments | Cat# 64-2354 MP-s12u | |
Pipette and tips | |||
Puller filament, 3.0-mm square box filament | Sutter Instrument | Cat# FB330B | |
Slice culture incubation box | MPI-CBG | Cat# custom made | |
Solenoid valve | Cat# LHDA053321H-A | ||
Stereomicroscope | Olympus | Cat# SZX12 | |
Tabletop centrifuge | Heraeus | Cat# 5431622 | |
Thermometer | |||
Three-axis Manipulator | Sensapex Inc | Cat# tree-axis uMP | |
Vibratome | Leica | Cat# VT1000s | |
Whole-embryo-culture-system incubator | Ikemoto Company | Cat# RKI-10-0310 | |
Waterbath | |||
Software and Algorithms | |||
Arduino | Arduino | ||
Fiji | RRID: SCR_002285 | ||
Python | Python Software foundation | Python 2.7.12 | |
ZEN | RRID: SCR_013672 |