Bu protokol, yumurta vakalarını (oothecae) kuluçkadan önce yüzey sterilize ederek gnotobiyotik Amerikan hamamböceği(Periplaneta americana)kurulmasında ve sürdürülmesinde kullanılır. Bu gnotobiyotik böcekler dikey olarak bulaşan Blattabacterium endombiyotlarını içerir, ancak eksenik bağırsaklara sahiptir.
Gnotobiyotik hayvanlar, mikrobiyom yapısı ve işlevi üzerindeki kontrollerin incelenmesi için güçlü bir araçtır. Burada sunulan gnotobiyotik Amerikan hamamböceği(Periplaneta americana)kurulması ve bakımı için bir protokoldür. Bu yaklaşım, sürekli kalite kontrolü için yerleşik sterilite kontrollerini içerir. Gnotobiyotik böcekler burada hala dikey olarak iletilen endosimbiyotlarını (Blattabacterium)içeren ancak normalde yüzeylerinde ve sindirim yollarında bulunan diğer mikroplardan yoksun hamamböceği olarak tanımlanır. Bu protokol için yumurta vakaları (oothecae) (nonsterile) stok kolonisinden çıkarılır ve yüzey sterilize edilir. Toplandıktan ve sterilize edildikten sonra, oothecae, yumurtadan çıkana veya kontaminasyon nedeniyle çıkarılana kadar beyin-kalp infüzyonu (BHI) agar üzerinde yaklaşık 4−6 hafta boyunca 30 °C’de inkübe edilir. Yumurtadan çıkan nimfler BHI zemin, steril su ve steril sıçan maması içeren bir Erlenmeyer şişesine aktarılır. Nimflerin verilen koşullarda BHI üzerinde büyüyemeyen mikropları barındırmamasını sağlamak için, ek bir kalite kontrol önlemi,endozbiyotik olmayan mikropları test etmek için kısıtlama parçası uzunluğunda polimorfizm (RFLP) kullanır. Bu yaklaşım kullanılarak üretilen gnotobiyotik nimfler basit veya karmaşık mikrobiyal topluluklarla aşılanabilir ve bağırsak mikrobiyom çalışmalarında bir araç olarak kullanılabilir.
Gnotobiyotik hayvanlar mikrobiyom çalışmaları için paha biçilmez araçlar olduğunu kanıtlamıştır1,2,3. Mikropsuz ve tanımlanmış flora hayvanlar, konak immünolojik yanıtlar, bağırsak epitel olgunlaşması ve konak metabolizması 1 , 4 ,5,6,7dahil olmak üzere konak mikrop etkileşimlerinin aydınlatımasına izin vermiştir. Basitleştirilmiş bir toplulukla aşılanmış gnotobiyotik hayvanlar, özellikle çapraz besleme ve düşmanca ilişkileri çözmede, bir bağırsak topluluğundaki mikrop-mikrop etkileşimlerinin daha eksiksiz anlaşılmasına yardımcı oldu 8,9,10,11. Memeli bağırsak mikrobiyomunda yapılan çalışmalar için mevcut tercih edilen model sistemi murine modelidir. Bu sistem yukarıda özetlenen keşiflerde hayati öneme sahip olsa da, önemli bir eksiklik söz konusu maliyettir. Bir gnotobiyotik tesis kurmak ve sürdürmek için özel ekipmanlar ve yüksek eğitimli teknisyenler gereklidir. Bu, gnotobiyotik hayvan bakımının her yönüne verilmesi gereken ekstra bakımla birlikte, bir gnotobiyotik hayvanın standart bir hayvan modelinden on ila yirmi kat daha fazla üremesine neden olur12. Yüksek maliyetler nedeniyle, birçok araştırmacı gnotobiyotik bir murine modelini karşılayamayabilir. Ek olarak, murine modelleri insan sağlığına çevirmek isteyen çalışmalar için en yaygın kabul gören seçim olsa da, insan ve fare bağırsakları arasında hala birçok fizyolojik ve morfolojik farkvardır 13. Açıkçası hiçbir tekil model, bağırsak mikrobiyomunun birçok yönüyle ilgili sürekli artan sayıda soruyu cevaplamak için yeterli değildir.
Böcek modelleri, memeli türlerine kıyasla daha düşük bakım maliyeti nedeniyle daha ucuz bir alternatiftir. Çeşitli böcek türlerinde mikropsuz ve gnotobiyotik araştırmalar, yaygın olarak kullanılan birden fazla modelin geliştirilmesine yol açmıştır. Sivrisinekler ve Drosophila, küresel hastalıklarla ve genetik çekiş kabiliyeti ile ilgili olmaları nedeniyle mikropsuz çalışma için yaygınmodellerdir 14,15. Bir başka gelişmekte olan model sistemi bal arısı (Apis mellifera), tozlaşma ve sosyallik araştırmalarındaki önemi göz önüne alındığında16. Bununla birlikte, yaygın olarak kullanılan bu böceklerinçoğu, memelibağırsak topluluklarında görülen taksonomik karmaşıklıktan yoksun 17 , daha yüksek sıralı etkileşimleri modelleme yeteneklerini sınırlar. Sadece Amerikan hamamböceği bağırsaklarında bulunan mikropların toplam çeşitliliği memelilere daha benzer değil, aynı zamanda hamamböceği bağırsaklarında bulunan mikropların çoğu, memelilerin ve insanların bağırsak mikrobiyotasında yaygın olarak bulunan ailelere ve phyla’ya aittir18. Hamamböceğinin arka kısmı da işlevsel olarak memelilerin kalın bağırsağine benzer, çünkü besin maddelerinin çıkarılmasına yardımcı olmak için bakterilerle yoğun bir şekilde dolu bir fermantasyonodasıdır 19,20. Son olarak, hamamböceği omnivor doğası, diyet uzmanları ile mümkün olmayacak çeşitli diyet rejimlerine izin verir.
Amerikan hamamböceği, daha yüksek organizmalardaki bağırsak mikrobiyal topluluklarını anlamak için yararlı bir model sistemi olabilir, ancak hamamböceğinin haşere durumu da bu sistemi haşere kontrolü için uygun hale getirir21. Bağırsak topluluğunun hamamböceği sağlığı ve fizyolojisi üzerindeki etkisi hakkında temel bilgiden yararlanmak, haşere yönetimi için yeni teknikler geliştirmeye yardımcı oluyor.
Bu yöntemin amacı, gnotobiyotik Amerikan hamamböceğinin(Periplaneta americana)kurulması ve bakımının kapsamlı bir açıklamasını özetlemektir, ancak bu protokol herhangi bir oviparous hamamböceğinin nimflerini üretmek için kullanılabilir. Olgun oothecae’nin verimli, noninvaziv toplanması için bir yöntem ve böceklerin gnotobiyotik durumunu izlemek için tahribatsız bir teknik içerir22,23,24. Gnotobiyotik hamamböceği elde etmek ve sürdürmek için önceki yöntemler ootheca koleksiyonu23,24,25,26,27, ootheca olgunluğunu tanımlarken, türe özgü ipuçları açısından yorumlanır (Blattella germanica22,24,25‘te ) veya açıkça tarif edilmeyen27,28, sisteme aşina olmayanlar için uygulamayı zorlaştırır. Burada açıklanan yöntem doğal olarak bırakılan oothecae kullandığından, yumurtaları zamanından önce çıkarma hatası yoktur. Bu protokol hem kültüre bağımlı hem de kültürden bağımsız kalite kontrol yöntemlerini içerir ve kültüre bağımlı yöntem böcekleri feda etmeyi gerektirmez. Son olarak, bu yöntem, gnotobiyotik hamamböceği elde etmek ve sürdürmek için gerekli tüm bilgilerle bir, kapsamlı protokol oluşturmak için birden fazla gnotobiyotik hamamböceği çalışmalarından gelen bilgileri bir araya getirir.
Gnotobiyotik hamamböceği neslini tanımlayan diğer yöntemler ya oothecae koleksiyonunu tanımlamadı ya da oothecae’nin anneden ne zaman çıkarılabileceğini belirtmek için diğer hamamböceği türlerine özgü kriterler kullandı23,25,26. Başlangıçta, oothecae stok tanklarındaki odun yatağı yataklarından toplandı ve bu da çok düşük kapak oranlarına (~% 10) neden oldu. sterilize edilmemiş oothecae ile karşılaştırıldığında (%47)29. Bunun nedeni muhtemelen, unhatched oothecae’nin stok kafesinde zaman içinde birikmesi ve ootheca yaşını veya yaşayabilirliğini doğrulamanın bir yolu olmamasıdır. “Doğumhane” yaklaşımının uygulanması, bilinen yaşta yeni yatırılmış oothecae’nin toplanmasına izin verir. Bu, deneysel planlamayı daha da kolaylaştırır, çünkü araştırmacı bireysel oothecae için olası kuluçka sürelerini tahmin edebilir. İlk ve yayınlanan protokollerden bir başka değişiklik, aşırı doymamış bir sodyum klorür çözeltisi içeren yarı kapalı odalarda oothecae ve nimflerin inkübasyonunu içerir. Çözeltinin varlığı yaklaşık% 7530bağıl nem korur. Oothecae rutin olarak 30 ° C’de inkübe edilir, bu da inkübasyon için gereken gün sayısını en aza indirirken embriyoların canlılığını ve ootheca başına üretilen nimf sayısını en üst düzeye çıkardığı gösterilmiştir31. Kuluçkadan çıktıktan sonra, gnotobiyotik nimfler laboratuvar odası sıcaklığında ve ortam koşullarında tezgahta rutin olarak kültürlenir, ancak nem kontrollü odalar yine kritik deneyler için kullanılır. Ootheca toplama ve inkübasyonda bu değişikliklerin kurulmasından sonra, kontaminasyon nedeniyle çıkarılan oothecae dahil olmayan kapak oranları yaklaşık% 41’e (n = 51) yükseldi. Tarama oranlarının daha da optimizasyonu için potansiyel bir rota, ootheca toplama ve sterilizasyon arasındaki süreyi uzatmayı içerebilir. Yumurta kasasının manikül ilk salınımında tam olarak bronzlaşmayabilir32ve bu nedenle düşürüldükten sonraki 24 saat içinde sterilizasyon sırasında kullanılan çözeltilere geçirgen olabilir.
%0,1 perasetik asit kullanan sterilizasyon protokolü Doll ve ark.25’tenuyarlanmıştır. Diğer çalışmalar oothecae23,26sterilizasyon için alternatif teknikleri belgelemıştır. Kontaminasyon oranları, oothecae’yi BHI eğimine inkübe etmenin tahribatsız yöntemine dayanmaktadır. Bu yaklaşım, kontamine oothecae’nin hızlı tanımlanmasına ve giderilmesine izin verdiği için son derece avantajlıdır. Önceki protokollerin çoğu bakteriyolojik ortamda dışkı veya nimf homojeneti kaplayarak ve büyüme 22 , 23, 25,27,28,33kontrolederekkültlenebilir organizmalar için test eder. En az bir durumda, gnotobiyotik durumu test etme yöntemi tam olarak tanımlanmamıştır26. Yetiştirme şişelerine küçük bir sterilite test ortamı ekleyen Clayton hariç24, önceki yöntemler22,23, 23 barındırılan gnotobiyotik böcek bakteriyolojik ortamda sadece sterilizasyon protokolünü değerlendirmek için kısa süreler için.
Elde edilen nimflerin BHI ortamında yerleşik bir kalite kontrol önlemi olarak sürekli olarak muhafaza edilmesi, gnotobiyotik durumlarının yarı gerçek zamanlı olarak izlenmesini sağlar – önceki yöntemlerin çoğunda görülmeyen bir teknik22,23. Bu, özellikle gnotobiyotik nimflere erişilmesini gerektiren uzun süreli deneyler için yararlıdır. Nimflerin altındaki BHI zemini bakteriyel veya mantar büyümesi ile kontamine olmuş görünüyorsa, şişe atılmalıdır. Bu tür kirlenme tipik olarak şişeleri su perilerine ortaya çıkarırken ortaya çıkar, ancak yetersiz sterilize edilmiş oothecae veya yiyecek durumunda dışkıdan da kaynaklanabilir. Sulama yaparken laminer akış davlumbazının kullanılması, şişelerin ortaya çıkarılmasından kaynaklanan kirlenme oranını artırır.
Tüm kirletici organizmalar BHI ortamında aerobically büyüyebileceğinden, kültürden bağımsız ek bir sterilite testi yöntemi gereklidir. Potansiyel yaklaşımlardan biri mikroskopi27, ancak bu yaklaşım emek yoğun olabilir. Diğer protokoller, kültür14,23 , 27,28’denkaçabilecek organizmaları tespit etmek için sıra tabanlı teknikler kullanır. Bununla birlikte, bu tür yaklaşımlar genellikle pahalıdır ve yorumlaması zordur, çünkü yüksek verimli sıralama yaklaşımlarının sonuçları, reaktiflerin düşük düzeyde kirlenmesi34 ve barkod atlama35 .’denkolayca etkilenebilir. Bunun yerine, hem endosymbiont hem de kontamine bağırsak simbiontlarını görselleştirmek için kısıtlama parça uzunluğu polimorfizmi ile birlikte 16S rRNA geninin PCR amplifikasyonunu kullanan yeni bir yaklaşım geliştirilmiştir. Bu teknik bir iç PCR kontrolü içerir, çünkü Blattabacterium’un16S geni sıralanmıştır ve bantlama deseni hem gnotobiyotik hem de nonsterile böceklerde bulunmalıdır. Endosymbiont’un kısıtlama deseni genom dizisi36’dantahmin edilebileceğinden, herhangi bir kirleticinin tanımlanması istenmediği sürece ampliconları veya kısıtlama parçalarını sıralamaya gerek yoktur. Bu protokolün geçerli sürümü PCR / RFLP için bir nimf feda edilmesi gerektiğini gerektirir, ancak bu teknik dışkı üzerinde tahribatsız bir önlem olarak da kullanılabilir. Bununla birlikte, dışkı çok fazla Blattabacteriumiçermemesi gerektiğinden, yerleşik bir kontrol içermeyecektir.
Yetiştirme gnotobiyotik hayvanların ek olarak kolayca değiştirilebilir ancak kritik bir bileşeni diyettir. BHI agar böcekler için geçici bir besin kaynağı olarak hizmet edebilirken, uzun süre tek besin kaynağı olarak kullanıldığında nimfler arasında önemli büyüme açıklarına neden olduğu bulunmuştur. Çeşitli diyetler denenmiş olsa da, gnotobiyotik böceklerin bakımı için rutin bir diyet olarak otoklavlanabilir sıçan yemeği önerilir. Sterilizasyon için özel olarak formüle edilmemiş diyetlerin tamamen steril hale getirilmesi genellikle zordu ve birçok steril veya otoklavlanabilir laboratuvar hayvan diyetinin steril olmayan koşullar altında hızlı mantar büyümesi sergilediği bulunmuştur. Nonsteril koşullar altında bozulma eğilimi, onları doğrudan gnotobiyotik ve nongnotobiyotik böcekleri karşılaştıran deneylerde kullanım için uygun hale getirdi. Önerilen diyet, gnotobiyotik ve standart nimfler arasında tutarlı bir diyet kullanılmasına izin verir ve iki grup arasında büyüme oranları gibi özelliklerin karşılaştırılmasını kolaylaştırır.
Diğerleri27gözlemlediği gibi, gnotobiyotik nimfler nonsterile meslektaşlarından daha yavaş büyür. Aynı beslenen gnotobiyotik (n = 105) ve nonsteril nimflerin (n = 50) vücut uzunlukları arasında bir karşılaştırma, otoklavlı kemirgen diyeti ve oda sıcaklığında tutulan nonsteril nimflerin ortalama 0.059 mm / gün büyüdüğünü, gnotobiyotik nimflerin ise 0.028 mm / gün büyüdüğünü ortaya koymaktadır (p < 0.0001) (Şekil 5). P. americana’da bağırsak mikrobiyotasının varlığının böceklerin metabolik hızını değiştirdiği gösterilmiştir37ve genel olarak bağırsak topluluklarının besin emilimini etkilediği düşünülmektedir38,39. Bu nedenler, gnotobiyotik ve nonsteril nimflerin büyüme hızında gözlenen farklılıkları desteklemez.
Bu tekniğin olası bir sınırlaması, gnotobiyotik nimflerin cinsel olgunluğa ulaşamayabileceğidir, çünkü en eski steril kohortlar 10 aydan daha eskidir ve vücutuzunluğunagöre yaklaşık olarak sadece yedinci instara (10; 11 yetişkinlikten) ulaşmıştır. Bu en eski kohortlar otoklavlı sıçan diyetinde değil, bunun yerine aşırı küf büyümesi olmadan nonsterile kohortlara beslenemeyecek kadar fazla nem içeren ışınlanmış sıçan yemeği yiyorlar. Sterilize edilmemiş köpek maması diyetindeki nonsteril nimflerin laboratuvar koşullarında (oda sıcaklığı ve nem) 9−10 ay sonra yetişkinliğe ulaştığı bulunmuştur. Paylaşılan, otoklavlı sıçan chow üzerindeki gnotobiyotik ve nonsteril nimf kohortları şu anda 7 aydan daha eskidir, nonsteril böceklerin yedinci instar (ortalama: 16,7 mm) olduğu tahmin edilirken, steril böceklerin beşinci instar (ortalama: 11,2 mm) olduğu tahmin edilmektedir. Sonuç olarak, henüz gnotobiyotik hamamböceklerimizin başarılı bir şekilde üreyip üreyemeyeceğini doğrulayamayız. Bununla birlikte, bu yaklaşım kullanılarak yeni gnotobiyotik kohortların kurulabileceği kolaylık göz önüne alındığında, bu yöntem gnotobiyotik böceklerin kanıtlanmış üremesinin yokluğunda bile büyük umut vaat eder.
Sonuç olarak, bu protokol mikrobiyom araştırmacılarının ortak laboratuvar materyallerini kullanarak kendi düşük maliyetli gnotobiyotik “tesisini” çalıştırmalarını sağlayan çok yönlü bir araç sağlar. Bu yaklaşım, mikrobiyotanın konak davranışını, bağışıklığını, gelişimini ve stres yanıtlarını şekillendirmedeki rolünü inceleyen deneyler için gnotobiyotik hamamböceği oluşturmak için kullanılabilir21,26,27. Bu gnotobiyotik böcekler ayrıca sentetik veya ksenobiyotik topluluklarla aşılanabilir ve daha sonra bağırsak mikrobiyom çalışmaları için denek olarak kullanılabilir23,28. Ayrıca, bakteriyolojik ortam kaplı inkübasyon odalarının yerleşik sterilite kontrolü olarak kullanılması da dahil olmak üzere bu yaklaşımın unsurları, diğer model sistemler için genelleştirilebilir ve daha küçük ölçekli tesislerde gnotobiyotik hayvanların rutin bakımını kolaylaştırabilir.
The authors have nothing to disclose.
Bu yayın, Ulusal Sağlık Enstitüleri Ulusal Genel Tıp Bilimleri Enstitüsü tarafından R35GM133789 ödül numarası altında desteklendi. İçerik sadece yazarların sorumluluğundadır ve Ulusal Sağlık Enstitülerinin resmi görüşünü temsil etmek zorunda değildir. Yazarlar Josey Dyer’i sterilizasyon oranlarını, kuluçka oranlarını ve gnotobiyotik hamamböceğinin büyüme oranlarını takip etmesi için kabul etmek istiyor.
2X master mix | New England BioLabs | M0482 | OneTaq MasterMix |
Autoclavable rat chow | Zeigler | NIH-31 Modified Auto | |
Bacterial DNA extraction kit | Omega Bio-Tek | D-3350 | E.Z.N.A. Bacterial DNA kit; includes lysozyme, glass beads, proteinase K, buffers (proteinase K, binding, wash, elution), DNA columns, 2-mL collection tube |
binding buffer | Omega Bio-Tek | PD099 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("HBC" buffer) |
brain-heart infusion (BHI) broth | Research Products International | B11000 | |
Delicate task wipes | KimWipe | JS-KCC-34155-PK | KimWipes |
DNA purification kit | Omega Bio-Tek | D6492 | E.Z.N.A. Cycle Pure kit; D6493 may also be used; includes buffers (purifying ,wash, elution) |
elution buffer | Omega Bio-Tek | PDR048 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
glass beads | Omega Bio-Tek | n/a | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
Hybridization oven | UVP | 95-0330-01 | we use a hybridization oven for preheating elution buffer, but a water bath could probably also be used |
Laminar flow biological safety cabinet | NuAire, Inc. | NU-425-400 | Protocol refers to this as "laminar flow hood" for brevity |
lysozyme | Omega Bio-Tek | n/a | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
peracetic acid stock solution (32%) | Sigma-Aldrich | 269336 | |
Petroleum jelly | Vaseline | n/a | |
proteinase K buffer | Omega Bio-Tek | PD061 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("TL buffer") |
purifying buffer | Omega Bio-Tek | PDR042 | included in Omega Biotek's CyclePure kit ("CP" buffer) |
RsaI | New England BioLabs | R0167 | Includes CutSmart (digestion) buffer |
Secondary container | n/a | n/a | a plastic container with a lid (such as a Kritter Keeper) works well for this (25cm long x 15cm wide x 22cm high); it should be large enough to fit BHI slants and test tubes |
spectrophotometer | ThermoFisher | ND-2000 | Catalog info is for NanoDrop2000 |
thermal shaker | Eppendorf | EP5386000028 | Thermomixer R |
Tris-EDTA | Fisher | BP1338-1 | 10 nm Tris, 1 mM EDTA, pH 8 |
wash buffer | Omega Bio-Tek | PDR044 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("DNA wash" buffer) |
Woodchip bedding | P.J. Murphy Forest Products | Sani-Chips |