Summary

Segmentación y registro de infarto cerebralentes en RMN o TC para mapeo de síntomas de lesiones

Published: September 25, 2019
doi:

Summary

Aquí se proporciona un tutorial práctico para una canalización de procesamiento de imágenes estandarizada y de acceso abierto con el fin de asignar síntomas de lesiones. Se proporciona un tutorial paso a paso para cada paso de procesamiento, desde la segmentación de infartomanual manual en CT/MRI hasta el registro posterior y el espacio estándar, junto con recomendaciones prácticas e ilustraciones con casos ejemplares.

Abstract

En el mapeo de síntomas de lesiones (LSM), la función cerebral se deduce relacionando la ubicación de las lesiones cerebrales adquiridas con los síntomas conductuales o cognitivos en un grupo de pacientes. Con los avances recientes en imágenes cerebrales y procesamiento de imágenes, LSM se ha convertido en una herramienta popular en neurociencia cognitiva. LSM puede proporcionar información fundamental sobre la arquitectura funcional del cerebro humano para una variedad de funciones cognitivas y no cognitivas. Un paso crucial en la realización de estudios LSM es la segmentación de lesiones en los escáneres cerebrales de un gran grupo de pacientes y el registro de cada exploración a un espacio estereotaxio común (también llamado espacio estándar o una plantilla de cerebro estandarizada). Aquí se describe un método estandarizado y de acceso abierto para la segmentación y el registro de infartos con el propósito de LSM, así como un tutorial detallado y práctico basado en casos ejemplares. Se proporciona un tutorial completo para la segmentación manual de infartos cerebrales en tomografías computarizadas y secuencias de resonancia magnética DWI o FLAIR, incluidos los criterios para la identificación de infartos y los escollos para diferentes tipos de exploración. El software de registro proporciona múltiples esquemas de registro que se pueden utilizar para el procesamiento de datos CT y RMN con parámetros de adquisición heterogéneos. Se proporciona un tutorial sobre el uso de este software de registro y la realización de comprobaciones de calidad visual y correcciones manuales (que se necesitan en algunos casos). Este enfoque proporciona a los investigadores un marco para todo el proceso de procesamiento de imágenes cerebrales necesario para realizar un estudio De LSM, desde la recopilación de los datos hasta los controles de calidad final de los resultados.

Introduction

El mapeo de síntomas de lesiones (LSM), también llamado mapeo de lesiones-comportamiento, es una herramienta importante para estudiar la arquitectura funcional del cerebro humano1. En los estudios de lesiones, la función cerebral se infiere y localiza mediante el estudio de pacientes con lesiones cerebrales adquiridas. Los primeros estudios de caso que vinculan los síntomas neurológicos con lugares cerebrales específicos realizados en el siglo XIX ya proporcionaron información fundamental sobre los correlatos anatómicos del lenguaje y varios otros procesos cognitivos2. Sin embargo, los correlatos neuroanatómicos de muchos aspectos de la cognición y otras funciones cerebrales permanecieron esquivas. En las últimas décadas, los métodos mejorados de imágenes cerebrales estructurales y los avances técnicos han permitido estudios de LSM in vivo a gran escala con alta resolución espacial (es decir, a nivel de vóxeles individuales o regiones de interés cortical/subcortical específicas)1 ,2. Con estos avances metodológicos, LSM se ha convertido en un método cada vez más popular en la neurociencia cognitiva y continúa ofreciendo nuevos conocimientos sobre la neuroanatomía de la cognición y los síntomas neurológicos3. Un paso crucial en cualquier estudio de LSM es la segmentación precisa de lesiones y el registro a una plantilla de cerebro. Sin embargo, falta un tutorial completo para el preprocesamiento de datos de imágenes cerebrales con el propósito de LSM.

Aquí se proporciona un tutorial completo para un método estandarizado de segmentación y registro de lesiones. Este método proporciona a los investigadores una canalización para el procesamiento estandarizado de imágenes cerebrales y una visión general de los posibles escollos que deben evitarse. La cartera de procesamiento de imágenes presentada se desarrolló a través de colaboraciones internacionales4 y forma parte del marco del recientemente fundado consorcio de mapas Meta VCI, cuyo propósito es realizar estudios de mapeo de síntomas de lesiones multicéntricos en deterioro cognitivo vascular 5. Este método se ha diseñado para procesar exploraciones por TC y RMN de múltiples proveedores y protocolos de exploración heterogéneos para permitir el procesamiento combinado de conjuntos de datos de imágenes de diferentes fuentes. El software RegLSM requerido y el resto del software necesario para este protocolo están disponibles libremente, excepto MATLAB, que requiere una licencia. Este tutorial se centra en la segmentación y el registro de infartos cerebrales, pero esta canalización de procesamiento de imágenes también se puede utilizar para otras lesiones, como las hiperintensidades de materia blanca6.

Antes de iniciar un estudio LSM, se requiere una comprensión básica de los conceptos generales y los escollos. Varias pautas detalladas y una guía de autoestopista están disponibles1,3,6. Sin embargo, estos comentarios no proporcionan un tutorial práctico detallado para los pasos prácticos involucrados en la recopilación y conversión de escáneres cerebrales a un formato adecuado, segmentar el cerebro infarto, y el registro de los escaneos a una plantilla de cerebro. El presente documento proporciona un tutorial de este tipo. Los conceptos generales de LSM se proporcionan en la introducción con referencias para una lectura posterior sobre el tema.

Objetivo general de los estudios de mapeo de lesiones y síntomas

Desde la perspectiva de la neuropsicología cognitiva, la lesión cerebral se puede utilizar como condición modelo para entender mejor los fundamentos neuronales de ciertos procesos cognitivos y para obtener una imagen más completa de la arquitectura cognitiva del cerebro1 . Este es un enfoque clásico en neuropsicología que fue aplicado por primera vez en estudios post-mortem en el siglo XIX por pioneros como Broca y Wernicke2. En la era de las imágenes cerebrales funcionales, el enfoque de la lesión ha seguido siendo una herramienta crucial en la neurociencia porque proporciona pruebas de que las lesiones en una región cerebral específica interrumpen el rendimiento de la tarea, mientras que los estudios de imágenes funcionales demuestran que las regiones cerebrales que son activado durante el rendimiento de la tarea. Como tal, estos enfoques proporcionan información complementaria1.

Desde la perspectiva de la neurología clínica, los estudios LSM pueden aclarar la relación entre la ubicación de la lesión y el funcionamiento cognitivo en pacientes con infartos sintomáticos agudos, hiperintensidades de materia blanca, lacunes u otros tipos de lesiones (por ejemplo, tumores ). Estudios recientes han demostrado que tales lesiones en regiones cerebrales estratégicas son más relevantes para explicar el rendimiento cognitivo que la carga global de lesiones2,5,7,8. Este enfoque tiene el potencial de mejorar la comprensión de la fisiopatología de trastornos complejos (en este ejemplo, deterioro cognitivo vascular) y puede proporcionar oportunidades para desarrollar nuevas herramientas diagnósticas y de pronóstico o apoyar el tratamiento estrategias2.

LSM también tiene aplicaciones más allá del campo de la cognición. De hecho, cualquier variable puede estar relacionada con la ubicación de la lesión, incluidos los síntomas clínicos, los biomarcadores y el resultado funcional. Por ejemplo, un estudio reciente determinó ubicaciones infartos que eran predictivas del resultado funcional después del accidente cerebrovascular isquémico10.

Basado en Voxel frente a región de mapeo de síntomas de lesiones basados en intereses

Para realizar mapeos de síntomas de lesiones, las lesiones deben segmentarse y registrarse en una plantilla cerebral. Durante el procedimiento de registro, el cerebro de cada paciente está alineado espacialmente (es decir, normalizado o registrado en una plantilla común) para corregir las diferencias en el tamaño, la forma y la orientación del cerebro de modo que cada voxel en el mapa de la lesión represente la misma anatómica estructura para todos los pacientes7. En el espacio estándar, se pueden realizar varios tipos de análisis, que se resumen brevemente aquí.

Se puede realizar un análisis de la lesión-sustracción bruta para mostrar la diferencia en la distribución de lesiones en pacientes con déficits en comparación con pacientes sin déficits. El mapa de resta resultante muestra regiones que se dañan con mayor frecuencia en pacientes con déficits y se ahorran en pacientes sindéficits 1. Aunque un análisis de lesión-sustracción puede proporcionar algunos conocimientos sobre los correlatos de una función específica, no proporciona ninguna prueba estadística y ahora se utiliza principalmente cuando el tamaño de la muestra es demasiado bajo para proporcionar suficiente potencia estadística para los síntomas de lesiones basadas en vóxeles Asignación.

En el mapeo de síntomas de lesiones basado en vóxeles, se determina una asociación entre la presencia de una lesión y el rendimiento cognitivo a nivel de cada voxel individual en el cerebro(Figura 1). La principal ventaja de este método es la alta resolución espacial. Tradicionalmente, estos análisis se han realizado en un enfoque univariado de masa, que justifica la corrección para múltiples pruebas e introduce un sesgo espacial causado por correlaciones entre vóxeles que no se tienen en cuenta1,10 , 11. Enfoques desarrollados recientemente que tienen en cuenta las correlaciones entre los vóxeles (generalmente denominados métodos de mapeo de lesiones multivariadas,como el análisis bayesiano13, apoyan la regresión vectorial4, 14, u otros algoritmos de aprendizaje automático15) muestran resultados prometedores y parecen mejorar la sensibilidad y especificidad de los hallazgos de los análisis LSM en forma de voxel en comparación con los métodos tradicionales. Una mayor mejora y validación de métodos multivariados para LSM por voxel es un proceso continuo. La mejor elección de método para el mapeo específico de síntomas de lesiones depende de muchos factores, incluyendo la distribución de lesiones, variable de resultado y suposiciones estadísticas subyacentes de los métodos.

En la región de interés (ROI) se determina una asociación entre la carga de lesiones dentro de una región cerebral específica y el rendimiento cognitivo (ver Figura 1 en Biesbroek et al.2 para obtener una ilustración). La principal ventaja de este método es que considera la carga acumulativa de lesiones dentro de una estructura anatómica, que en algunos casos puede ser más informativa que una lesión en un solo voxel. Por otro lado, los análisis basados en ROI tienen una potencia limitada para detectar patrones que sólo están presentes en un subconjunto de vóxeles de la región16. Tradicionalmente, la asignación de síntomas de lesiones basada en ROI se realiza mediante regresión logística o lineal. Recientemente, se han introducido métodos multivariantes que se ocupan mejor de la colinealidad (por ejemplo, análisis de red bayesiana17, admiten regresión vectorial4,18u otros algoritmos de aprendizaje automático19), que pueden mejorar la especificidad de los hallazgos de los estudios de mapeo de síntomas de lesiones.

Selección de pacientes

En los estudios de LSM, los pacientes suelen seleccionarse en función de un tipo de lesión específico (por ejemplo, infartos cerebrales o hiperintensidades de la materia blanca) y el intervalo de tiempo entre el diagnóstico y la evaluación neuropsicológica (por ejemplo, accidente cerebrovascular agudo frente a crónico). El diseño óptimo del estudio depende de la pregunta de investigación. Por ejemplo, al estudiar la arquitectura funcional del cerebro humano, los pacientes con accidente cerebrovascular agudo se incluyen idealmente porque la reorganización funcional aún no se ha producido en esta etapa, mientras que los pacientes con accidente cerebrovascular crónico deben incluirse al estudiar el efectos a largo plazo del accidente cerebrovascular en la cognición. Se proporciona una descripción detallada de las consideraciones y escollos en la selección del paciente en otros lugares7.

Preprocesamiento de imágenes cerebrales con el propósito de mapear síntomas de lesiones

La segmentación precisa de lesiones y el registro en una plantilla cerebral común son pasos cruciales en el mapeo de síntomas de lesiones. La segmentación manual de lesiones sigue siendo el estándar de oro para muchos tipos de lesiones, incluidos los infartos7. Proporciona un tutorial detallado sobre los criterios para la segmentación de infartos manuales en tomografías computarizadas, imágenes ponderadas por difusión (DWI) y secuencias de RMN de recuperación por inversión atenuada por fluidos (FLAIR) en etapas agudas y crónicas. Los infartos segmentados (es decir, los mapas de lesiones binarias 3D) deben registrarse antes de realizar cualquier análisis a través del sujeto. Este protocolo utiliza el método de registro RegLSM, que se desarrolló en una configuración multicentro4. RegLSM aplica algoritmos de registro lineales y no lineales basados en elasix20 tanto para CT como para RMN, con un paso adicional de procesamiento de TC diseñado específicamente para mejorar la calidad de registro de las exploraciones por TC21. Además, RegLSM permite utilizar diferentes plantillas de cerebro objetivo y un paso de registro intermedio (opcional) a una plantilla de TC/MRI específica de la edad22. La posibilidad de procesar tanto los análisis de TC como de la RMN y su personalización con respecto a las plantillas de cerebro intermedias y objetivo hace de RegLSM una herramienta de procesamiento de imágenes muy adecuada para LSM. Todo el proceso de preparación y segmentación de tomografías computarizadas/RMN, registro en una plantilla de cerebro y correcciones manuales (si es necesario) se describen en la siguiente sección.

Figure 1
Figura 1: Ilustración esquemática del concepto de mapeo de síntomas de lesiones basado en vóxeles. La parte superior muestra los pasos de preprocesamiento de la imagen cerebral que consisten en segmentar la lesión (un infarto agudo en este caso) seguido de registro a una plantilla de cerebro (la plantilla MNI-152 en este caso). A continuación, una parte del mapa de lesiones binarias registrado del mismo paciente se muestra como una cuadrícula 3D, donde cada cubo representa un voxel. Junto con los mapas de lesiones de otros 99 pacientes, se genera un mapa de superposición de lesiones. Para cada voxel, se realiza una prueba estadística para determinar la asociación entre el estado de la lesión y el rendimiento cognitivo. La prueba chi-cuadrada que se muestra aquí es sólo un ejemplo, cualquier prueba estadística podría ser utilizada. Típicamente, cientos de miles de vóxeles se prueban en todo el cerebro, seguido de una corrección para múltiples comparaciones. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Protocol

Este protocolo sigue las directrices del comité de ética de investigación humana de nuestras instituciones. 1. Recopilación de escaneos y datos clínicos Recopile tomografías computarizadas cerebrales o resonancias magnéticas de pacientes con accidente cerebrovascular isquémico. La mayoría de los escáneres guardan los escaneos como archivos DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) que se pueden copiar en un disco duro o servidor.NOTA: Se pu…

Representative Results

Aquí se proporcionan casos ejemplares de segmentaciones de infartocerebrales cerebrales en las imágenes CT(Figura 3),DWI(Figura 5)y FLAIR(Figura 6),y el registro posterior a la plantilla MNI-152. Los resultados de registro mostrados en la Figura 3B y la Figura 5C no tuvieron éxito del todo, ya que hubo desalineación cerca del cuerno fron…

Discussion

LSM es una poderosa herramienta para estudiar la arquitectura funcional del cerebro humano. Un paso crucial en cualquier estudio de mapeo de lesiones-síntomas es el preprocesamiento de datos por imágenes, la segmentación de la lesión y el registro en una plantilla cerebral. Aquí, informamos de una tubería estandarizada para la segmentación y el registro de lesiones con el propósito de mapeo de síntomas de lesiones. Este método se puede realizar con herramientas de procesamiento de imágenes disponibles libremen…

Offenlegungen

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

El trabajo del Dr. Biesbroek es apoyado por una Beca Young Talent del Brain Center Rudolf Magnus del Centro Médico Universitario de Utrecht. Este trabajo y el consorcio Meta VCI Map cuentan con el apoyo de Vici Grant 918.16.616 desde ZonMw, Países Bajos, Organización para la Investigación y el Desarrollo de la Salud, hasta Geert Jan Biessels. Los autores quieren agradecer a la Dra. Tanja C.W. Nijboer por compartir escaneos que se utilizaron en una de las figuras.

Materials

dcm2niix N/A N/A free download https://github.com/rordenlab/dcm2niix
ITK-SNAP N/A N/A free download www.itksnap.org
MATLAB MathWorks N/A Version 2015a or higher
MRIcron N/A N/A free download https://www.nitrc.org/projects/mricron
RegLSM N/A N/A free download www.metavcimap.org/support/software-tools
SPM12b N/A N/A free download https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/

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Diesen Artikel zitieren
Biesbroek, J. M., Kuijf, H. J., Weaver, N. A., Zhao, L., Duering, M., , Biessels, G. J. Brain Infarct Segmentation and Registration on MRI or CT for Lesion-symptom Mapping. J. Vis. Exp. (151), e59653, doi:10.3791/59653 (2019).

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