Summary

تجزئة احتشاء الدماغ والتسجيل على التصوير بالرنين المغناطيسي أو التصوير المقطعي المحوسب لرسم خرائط أعراض الآفات

Published: September 25, 2019
doi:

Summary

تقدم هنا هو البرنامج التعليمي العملي لمفتوحة الوصول، خط أنابيب معالجة الصور الموحدة لغرض رسم خرائط أعراض الآفات. يتم توفير الإرشادات التفصيلية خطوة بخطوة لكل خطوة معالجة، من التناقل اليدوي على CT/MRI إلى التسجيل اللاحق إلى المساحة القياسية، إلى جانب التوصيات العملية والرسوم التوضيحية مع الحالات النموذجية.

Abstract

في رسم خرائط أعراض الآفات (LSM)، يتم الاستدلال على وظيفة الدماغ من خلال ربط موقع آفات الدماغ المكتسبة بالأعراض السلوكية أو المعرفية في مجموعة من المرضى. مع التقدم الأخير في تصوير الدماغ ومعالجة الصور، أصبح LSM أداة شعبية في علم الأعصاب المعرفي. LSM يمكن أن توفر رؤى أساسية في البنية الوظيفية للدماغ البشري لمجموعة متنوعة من الوظائف المعرفية وغير المعرفية. خطوة حاسمة في إجراء دراسات LSM هو تجزئة الآفات على مسح العقول لمجموعة كبيرة من المرضى وتسجيل كل مسح إلى مساحة مجسمة مشتركة (وتسمى أيضا الفضاء القياسية أو قالب الدماغ موحدة). يرد موضح هنا طريقة موحدة للوصول المفتوح للتجزئة والتسجيل لغرض LSM، بالإضافة إلى معاينة مفصلة وعملية تستند إلى حالات نموذجية. يتم توفير برنامج تعليمي شامل للتجزئة اليدوية من احتشاء الدماغ على الأشعة المقطعية وDWI أو الذوق تسلسل التصوير بالرنين المغناطيسي، بما في ذلك معايير لتحديد احتشاء والمزالق لأنواع المسح الضوئي المختلفة. يوفر برنامج التسجيل مخططات تسجيل متعددة يمكن استخدامها لمعالجة بيانات التصوير المقطعي المحوسب والتصوير بالرنين المغناطيسي مع معلمات اكتساب غير متجانسة. يتم توفير برنامج تعليمي حول استخدام برنامج التسجيل هذا وإجراء فحوصات الجودة البصرية والتصحيحات اليدوية (التي تحتاج إليها في بعض الحالات). يوفر هذا النهج للباحثين إطاراً لكامل عملية معالجة صور الدماغ المطلوبة لإجراء دراسة LSM، من جمع البيانات إلى التحقق من جودة النتائج النهائية.

Introduction

رسم خرائط أعراض الآفات (LSM)، وتسمى أيضا رسم خرائط سلوك الآفة، هو أداة هامة لدراسة الهندسة الوظيفية للدماغ البشري1. في دراسات الآفات، يتم الاستدلال على وظيفة الدماغ وتوطينها من خلال دراسة المرضى الذين يعانون من آفات الدماغ المكتسبة. دراسات الحالة الأولى التي تربط الأعراض العصبية إلى مواقع الدماغ محددة أجريت في القرن التاسع عشر قدمت بالفعل رؤى أساسية في الروابط التشريحية للغة والعديد من العمليات المعرفية الأخرى2. ومع ذلك، فإن الروابط العصبية النيوروبية للعديد من جوانب الإدراك وغيرها من وظائف الدماغ ظلت بعيدة المنال. في العقود الماضية، مكّن تحسين أساليب التصوير الهيكلي للدماغ والتقدم التقني من إجراء دراسات واسعة النطاق في الجسم الحي لـ LSM ذات استبانة مكانية عالية (أي على مستوى voxels الفردية أو مناطق محددة ذات أهمية القشرية/تحت القشرية)1 ،2. مع هذه التطورات المنهجية، أصبح LSM طريقة شعبية متزايدة في علم الأعصاب المعرفي ويستمر في تقديم رؤى جديدة في تشريح الأعصاب من الإدراك والأعراض العصبية3. خطوة حاسمة في أي دراسة LSM هو تجزئة دقيقة من الآفات والتسجيل إلى قالب الدماغ. ومع ذلك، لا يوجد برنامج تعليمي شامل للمعالجة المسبقة لبيانات تصوير الدماغ لغرض LSM.

تقدم هنا هو البرنامج التعليمي الكامل لتجزئة الآفات موحدة وطريقة التسجيل. توفر هذه الطريقة للباحثين خط أنابيب لمعالجة صور الدماغ الموحدة ونظرة عامة على المزالق المحتملة التي يجب تجنبها. تم تطوير خط أنابيب معالجة الصور المعروضة من خلال التعاون الدولي4 وهو جزء من إطار اتحاد خرائط Meta VCI الذي تم تأسيسه مؤخرًا، والذي يهدف إلى إجراء دراسات متعددة المراكز لرسم خرائط أعراض الآفات في ضعف إدراكي وعائي 5. تم تصميم هذه الطريقة لمعالجة كل من التصوير المقطعي المحوسب والتصوير بالرنين المغناطيسي من موردين متعددين وبروتوكولات المسح الضوئي غير المتجانسة للسماح بالمعالجة المشتركة لمجموعات بيانات التصوير من مصادر مختلفة. برنامج RegLSM المطلوب وجميع البرامج الأخرى اللازمة لهذا البروتوكول متاحة بحرية باستثناء MATLAB، الذي يتطلب ترخيصًا. يركز هذا البرنامج التعليمي على تجزئة وتسجيل احتشاء الدماغ، ولكن هذا خط أنابيب معالجة الصور يمكن أيضا أن تستخدم لآفات أخرى، مثل فرط كثافة الحرارة المادة البيضاء6.

قبل الشروع في دراسة LSM، يلزم فهم أساسي للمفاهيم العامة والمزالق. العديد من المبادئ التوجيهية التفصيلية ودليل المتجول متاحة6. ومع ذلك، لا توفر هذه الاستعراضات البرنامج التعليمي التدريب العملي مفصلة للخطوات العملية التي تنطوي عليها جمع وتحويل مسح الدماغ إلى شكل صحيح، وتقسيم احتشاء الدماغ، وتسجيل عمليات المسح الضوئي إلى قالب الدماغ. وتقدم هذه الورقة مثل هذا البرنامج التعليمي. وترد المفاهيم العامة لـ LSM في المقدمة مع إشارات لمزيد من القراءة حول هذا الموضوع.

الهدف العام لدراسات رسم خرائط أعراض الآفات

من منظور علم النفس العصبي المعرفي، يمكن استخدام إصابة الدماغ كشرط نموذجي لفهم أفضل للأسس العصبية لبعض العمليات المعرفية والحصول على صورة أكثر اكتمالا للبنية المعرفية للدماغ1 . هذا هو النهج الكلاسيكي في علم النفس العصبي الذي تم تطبيقه لأول مرة في دراسات ما بعد الوفاة في القرن التاسع عشر من قبل الرواد مثل بروكا وWernicke2. في عصر التصوير الوظيفي للدماغ، ظل نهج الآفة أداة حاسمة في علم الأعصاب لأنه يوفر دليلا على أن الآفات في منطقة الدماغ محددة تعطل أداء المهمة، في حين أن دراسات التصوير الوظيفي تبين مناطق الدماغ التي هي أثناء أداء المهمة. وعلى هذا النحو، توفر هذه النهجمعلوماتتكميلية

من منظور علم الأعصاب السريرية، يمكن أن توضح دراسات LSM العلاقة بين موقع الآفة والأداء المعرفي في المرضى الذين يعانون من احتشاء الأعراض الحادة، وفرط كثافة المادة البيضاء، والثغرات، أو أنواع الآفات الأخرى (على سبيل المثال، الأورام ). وقد أظهرت الدراسات الحديثة أن مثل هذه الآفات في مناطق الدماغ الاستراتيجية هي أكثر أهمية في شرح الأداء المعرفي من عبء الآفة العالمية8. هذا النهج لديه القدرة على تحسين فهم الفيزيولوجيا المرضية للاضطرابات المعقدة (في هذا المثال، ضعف الإدراك الوعائي) ويمكن أن توفر فرصا لتطوير أدوات التشخيص والتكهن الجديدة أو دعم العلاج الاستراتيجيات2.

LSM لديها أيضا تطبيقات خارج مجال الإدراك. في الواقع، يمكن أن يكون أي متغير ذات صلة بموقع الآفة، بما في ذلك الأعراض السريرية، والمؤشرات الحيوية، والنتيجة الوظيفية. على سبيل المثال، حددت دراسة حديثة مواقع الاحتشاء التي كانت تنبؤية للنتائج الوظيفية بعد السكتة الدماغية الإقفارية10.

[فوكسل-بسد] ضدّ منطقة من فائدة يؤسّس آفة أعراض تعيين

لإجراء رسم خرائط أعراض الآفات، تحتاج الآفات إلى تقسيموتسجيلها في قالب الدماغ. أثناء إجراء التسجيل، يتم محاذاة دماغ كل مريض مكانياً (أي تطبيعه أو تسجيله في قالب مشترك) لتصحيح الاختلافات في حجم الدماغ وشكله واتجاهه بحيث يمثل كل voxel في خريطة الآفة نفس الأنتومية هيكل لجميع المرضى7. وفي الحيز القياسي، يمكن إجراء عدة أنواع من التحليلات، التي تُلخَّص بإيجاز هنا.

ويمكن إجراء تحليل الطرح الآفات الخام لإظهار الفرق في توزيع الآفات في المرضى الذين يعانون من العجز مقارنة مع المرضى الذين يعانون من العجز. تظهر خريطة الطرح الناتجة المناطق التي غالبا ً ما تكون متضررة في المرضى الذين يعانون من عجز وتجنيب في المرضى دون عجز1. على الرغم من أن تحليل الطرح الآفات يمكن أن توفر بعض الأفكار في الارتباطات من وظيفة محددة، فإنه لا يوفر أي دليل إحصائي ويستخدم الآن في الغالب عندما يكون حجم العينة منخفضة جدا لتوفير ما يكفي من الطاقة الإحصائية لأعراض الآفة المستندة إلى voxel تعيين.

في رسم خرائط أعراض الآفات المستندة إلى voxel ، يتم تحديد الارتباط بين وجود آفة والأداء المعرفي على مستوى كل voxel الفردية في الدماغ (الشكل 1). والميزة الرئيسية لهذه الطريقة هي الاستبانة المكانية العالية. تقليديا، وقد أجريت هذه التحليلات في نهج كتلة أحادية المتغيرات، والتي تبرر تصحيح لاختبار متعددة ويدخل التحيز المكاني الناجم عن الارتباطات بين voxel التي لا تؤخذ في الاعتبار10 , 11.وضعت مؤخرا النهج التي تأخذ الارتباطات بين voxel في الاعتبار (يشار إليها عادة باسم طرق رسم الخرائط متعددة المتغيرات أعراض الآفات, مثل تحليل بايزي13,دعم الانحدار ناقلات4, 14، أو غيرها من خوارزميات التعلم الآلي15) تظهر نتائج واعدة ويبدو أن تحسين حساسية وخصوصية النتائج من تحليلات LSM voxel الحكمة بالمقارنة مع الأساليب التقليدية. مزيد من التحسين والتحقق من صحة الأساليب متعددة المتغيرات لVOXel-الحكمة LSM هي عملية مستمرة. يعتمد أفضل اختيار طريقة لرسم خرائط أعراض الآفات على العديد من العوامل، بما في ذلك توزيع الآفات، متغير النتائج، والافتراضات الإحصائية الأساسية للأساليب.

في منطقة الاهتمام (ROI) القائمة على رسم خرائط أعراض الآفات، يتم تحديد ارتباط بين عبء الآفة داخل منطقة الدماغ محددة والأداء المعرفي (انظر الشكل 1 في Biesbroek وآخرون2 للاطلاع على توضيح). الميزة الرئيسية لهذه الطريقة هي أنه يأخذ في الاعتبار عبء الآفة التراكمية داخل بنية تشريحية، والتي في بعض الحالات قد تكون أكثر إفادة من آفة في voxel واحد. من ناحية أخرى، التحليلات القائمة على عائد الاستثمار لديها قوة محدودة للكشف عن الأنماط التي هي موجودة فقط في مجموعة فرعية من voxels في المنطقة16. تقليدياً، يتم تنفيذ تعيين أعراض الآفات المستندة إلى عائد الاستثمار باستخدام الانحدار اللوجستي أو الخطي. في الآونة الأخيرة، تم إدخال أساليب متعددة المتغيرات التي تتعامل بشكل أفضل مع العلاقة الخطية المتداخلة (على سبيل المثال، تحليل شبكة بايزي17،دعم الانحدار المتجه18،أو خوارزميات التعلم الآلي الأخرى19)،والتي قد تحسين خصوصية النتائج من دراسات رسم الخرائط أعراض الآفات.

اختيار المريض

في دراسات LSM، يتم اختيار المرضى عادة على أساس نوع آفة محددة (على سبيل المثال، احتشاء الدماغ أو ارتفاع ضغط المادة البيضاء) والفاصل الزمني بين التشخيص والتقييم العصبي النفسي (على سبيل المثال، السكتة الدماغية الحادة مقابل المزمنة). تصميم الدراسة الأمثل يعتمد على مسألة البحث. على سبيل المثال، عند دراسة البنية الوظيفية للدماغ البشري، يتم تضمين مرضى السكتة الدماغية الحادة بشكل مثالي لأن إعادة التنظيم الوظيفي لم تحدث بعد في هذه المرحلة، في حين ينبغي إدراج مرضى السكتة الدماغية المزمنة عند دراسة الآثار الطويلة الأجل للسكتة الدماغية على الإدراك. ويرد وصف مفصل للاعتبارات والمزالق في اختيار المرضى في مكان آخر7.

المعالجة المسبقة لصورة الدماغ لغرض رسم خرائط أعراض الآفات

تجزئة الآفات دقيقة والتسجيل إلى قالب الدماغ المشترك هي خطوات حاسمة في رسم خرائط أعراض الآفات. التقسيم اليدوي للآفات لا يزال المعيار الذهبي للعديد من أنواع الآفات، بما في ذلك احتشاء7. تقدم هو البرنامج التعليمي التفصيلي على معايير التجزئة اليدوية على التصوير المقطعي المحوسب، ونشر التصوير المرجح (DWI)، واسترداد انعكاس السوائل المخففة (FLAIR) تسلسل التصوير بالرنين المغناطيسي في كل من المراحل الحادة والمزمنة. يجب تسجيل الاحتشاءات المجزأة (أي خرائط الآفات الثنائية ثلاثية الأبعاد) قبل إجراء أي تحليلات متعددة المجالات. يستخدم هذا البروتوكول أسلوب التسجيل RegLSM الذي تم تطويره في إعداد متعدد المراكز4. يطبق RegLSM خوارزميات التسجيل الخطية وغير الخطية على أساس elastix20 لكل من التصوير المقطعي المحوسب والتصوير بالرنين المغناطيسي، مع خطوة معالجة مقطعية إضافية مصممة خصيصًا لتعزيز جودة تسجيل الأشعة المقطعية21. وعلاوة على ذلك، يسمح RegLSM باستخدام قوالب الدماغ المستهدفة المختلفة وخطوة تسجيل وسيطة (اختيارية) إلى قالب CT/MRI محدد العمر22. إمكانية معالجة كل من التصوير المقطعي المحوسب والتصوير بالرنين المغناطيسي وقابليتهللتخصيص فيما يتعلق قوالب الدماغ المتوسطة والمستهدفة يجعل RegLSM أداة معالجة صورة مناسبة للغاية لLSM. يتم وصف كامل عملية إعداد وتجزئة التصوير المقطعي المحوسب/التصوير بالرنين المغناطيسي، والتسجيل إلى قالب الدماغ، والتصحيحات اليدوية (إذا لزم الأمر) في القسم التالي.

Figure 1
الشكل 1: توضيح تخطيطي لمفهوم رسم خرائط أعراض الآفات المستندة إلى voxel. الجزء العلوي يظهر صورة الدماغ خطوات المعالجة المسبقة التي تتكون من تقسيم الآفة (احتشاء حاد في هذه الحالة) تليها التسجيل إلى قالب الدماغ (قالب MNI-152 في هذه الحالة). أدناه، يتم عرض جزء من خريطة الآفات الثنائية المسجلة لنفس المريض كشبكة ثلاثية الأبعاد، حيث يمثل كل مكعب voxel. تؤخذ جنبا إلى جنب مع خرائط الآفات من 99 المرضى الآخرين، يتم إنشاء خريطة تراكب آفة. لكل voxel، يتم إجراء اختبار إحصائي لتحديد الارتباط بين حالة الآفة والأداء المعرفي. اختبار تشي تربيع هو على ما يبدو مجرد مثال، يمكن استخدام أي اختبار إحصائي. عادة، يتم اختبار مئات الآلاف من voxels في جميع أنحاء الدماغ، تليها تصحيح لمقارنات متعددة. الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

Protocol

يتبع هذا البروتوكول المبادئ التوجيهية للجنة أخلاقيات البحوث البشرية في مؤسساتنا. 1. جمع المسح الضوئي والبيانات السريرية جمع التصوير المقطعي المحوسب للدماغ أو التصوير بالرنين المغناطيسي للمرضى الذين يعانون من السكتة الدماغية الإقفارية. تقوم معظم الماسحات الضوئية بح?…

Representative Results

يتم توفير الحالات المثالية لتجزئة احتشاء الدماغ على CT (الشكل 3)، DWI (الشكل 5)، وFLAIR (الشكل 6) الصور ، والتسجيل اللاحق ة لقالب MNI-152 هنا. ولم تكن نتائج التسجيل المبينة في الشكل 3باء والشكل 5 جيم ناجح…

Discussion

LSM هو أداة قوية لدراسة الهندسة المعمارية الوظيفية للدماغ البشري. خطوة حاسمة في أي دراسة رسم خرائط أعراض الآفات هو المعالجة المسبقة لبيانات التصوير، وتقسيم الآفة والتسجيل إلى قالب الدماغ. هنا، نقوم بالإبلاغ عن خط أنابيب موحد لتقسيم الآفات والتسجيل لغرض رسم خرائط أعراض الآفات. ويمكن تنفيذ ?…

Offenlegungen

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

ويدعم عمل الدكتور بيسبروك من قبل زمالة المواهب الشابة من مركز الدماغ رودولف ماغنوس من المركز الطبي الجامعي أوتريخت. ويدعم هذا العمل واتحاد خرائط ميتا VCI من قبل فيتشي غرانت 918.16.616 من ZonMw، هولندا، منظمة البحث والتطوير في مجال الصحة، إلى جيرت يان Biessels. ويود المؤلفان أن يشكرا الدكتورة تانيا ك. و. نيجبور على مشاركتها عمليات المسح التي استخدمت في أحد الأرقام.

Materials

dcm2niix N/A N/A free download https://github.com/rordenlab/dcm2niix
ITK-SNAP N/A N/A free download www.itksnap.org
MATLAB MathWorks N/A Version 2015a or higher
MRIcron N/A N/A free download https://www.nitrc.org/projects/mricron
RegLSM N/A N/A free download www.metavcimap.org/support/software-tools
SPM12b N/A N/A free download https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/

Referenzen

  1. Rorden, C., Karnath, H. O. Using human brain lesions to infer function: A relic from a past era in the fMRI age. Nature Reviews Neuroscience. 5 (10), 812-819 (2004).
  2. Biesbroek, J. M., Weaver, N. A., Biessels, G. J. Lesion location and cognitive impact of cerebral small vessel disease. Clinical Science (London, England: 1979). 131 (8), 715-728 (2017).
  3. Karnath, H. O., Sperber, C., Rorden, C. Mapping human brain lesions and their functional consequences. NeuroImage. 165, 180-189 (2018).
  4. Zhao, L., et al. Strategic infarct location for post-stroke cognitive impairment: A multivariate lesion-symptom mapping study. Journal of Cerebral Blood Flow and Metabolism An Official Journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism. 38 (8), 1299-1311 (2018).
  5. Weaver, N. A., et al. The Meta VCI Map consortium for meta-analyses on strategic lesion locations for vascular cognitive impairment using lesion-symptom mapping: design and multicenter pilot study. Alzheimer’s and Dementia: Diagnosis, Assessment and Disease Monitoring. , (2019).
  6. Biesbroek, J. M., et al. Impact of Strategically Located White Matter Hyperintensities on Cognition in Memory Clinic Patients with Small Vessel Disease. PLoS One. 11 (11), e0166261 (2016).
  7. de Haan, B., Karnath, H. O., et al. A hitchhiker’s guide to lesion-behaviour mapping. Neuropsychologia. 115, 5-16 (2018).
  8. Duering, M., et al. Strategic role of frontal white matter tracts in vascular cognitive impairment: A voxel-based lesion-symptom mapping study in CADASIL. Brain. 134 (Pt8), 2366-2375 (2011).
  9. Biesbroek, J. M., et al. Association between subcortical vascular lesion location and cognition: a voxel-based and tract-based lesion-symptom mapping study. The SMART-MR study. PLoS One. 8 (4), e60541 (2013).
  10. Wu, O., et al. Role of Acute Lesion Topography in Initial Ischemic Stroke Severity and Long-Term Functional Outcomes. Stroke. 46 (9), 2438-2444 (2015).
  11. Mah, Y. H., Husain, M., Rees, G., Nachev, P. Human brain lesion-deficit inference remapped. Brain. 137 (Pt8), 2522-2531 (2014).
  12. Sperber, C., Karnath, H. O. Impact of correction factors in human brain lesion-behavior inference. Human Brain Mapping. 38 (3), 1692-1701 (2017).
  13. Chen, R., Herskovits, E. H. Voxel-based Bayesian lesion-symptom mapping. NeuroImage. 49 (1), 597-602 (2010).
  14. Zhang, Y., Kimberg, D. Y., Coslett, H. B., Schwartz, M. F., Wang, Z. Multivariate lesion-symptom mapping using support vector regression. Human Brain Mapping. 35 (12), 5861-5876 (2014).
  15. Corbetta, M., et al. Common behavioral clusters and subcortical anatomy in stroke. Neuron. 85 (5), 927-941 (2015).
  16. Biesbroek, J. M. The anatomy of visuospatial construction revealed by lesion-symptom mapping. Neuropsychologia. 62, 68-76 (2014).
  17. Duering, M., et al. Strategic white matter tracts for processing speed deficits in age-related small vessel disease. Neurology. 82 (22), 1946-1950 (2014).
  18. Yourganov, G., Fridriksson, J., Rorden, C., Gleichgerrcht, E., Bonilha, L. Multivariate Connectome-Based Symptom Mapping in Post-Stroke Patients: Networks Supporting Language and Speech. The Journal of Neuroscience. 36 (25), 6668-6679 (2016).
  19. Zavaglia, M., Forkert, N. D., Cheng, B., Gerloff, C., Thomalla, G., Hilgetag, C. C. Mapping causal functional contributions derived from the clinical assessment of brain damage after stroke. NeuroImage: Clinical. 9, 83-94 (2015).
  20. Klein, S., Staring, M., Murphy, K., Viergever, M. A., Pluim, J. P. W. Elastix: A toolbox for intensity-based medical image registration. IEEE Transactions on Medical Imaging. 29, 196-205 (2010).
  21. Kuijf, H. J., Biesbroek, J. M., Viergever, M. A., Biessels, G. J., Vincken, K. L. Registration of brain CT images to an MRI template for the purpose of lesion-symptom mapping. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics. , (2013).
  22. Rorden, C., Bonilha, L., Fridriksson, J., Bender, B., Karnath, H. O. Age-specific CT and MRI templates for spatial normalization. NeuroImage. 61, 957-965 (2012).
  23. Barrett, J. F., Keat, N. Artifacts in CT: Recognition and Avoidance. RadioGraphics. , (2007).
  24. Zhuo, J., Gullapalli, R. P. AAPM/RSNA physics tutorial for residents: MR artifacts, safety, and quality control. Radiographics: a review publication of the Radiological Society of North America, Inc. , (2007).
  25. Rorden, C., Brett, M. Stereotaxic display of brain lesions. Behavioural Neurology. 12 (4), 191-200 (2000).
  26. Gorgolewski, K. J., et al. The brain imaging data structure, a format for organizing and describing outputs of neuroimaging experiments. Scientific Data. 3, 160044 (2016).
  27. Yushkevich, P. A., et al. User-guided 3D active contour segmentation of anatomical structures: Significantly improved efficiency and reliability. NeuroImage. 31 (3), 1116-1128 (2006).
  28. Becker, H., Desch, H., Hacker, H., Pencz, A. CT fogging effect with ischemic cerebral infarcts. Neuroradiology. 18 (4), 185-192 (1979).
  29. Kingsley, P. B., Monahan, W. G. Selection of the Optimum b Factor for Diffusion-Weighted Magnetic Resonance Imaging Assessment of Ischemic Stroke. Magnetic Resonance in Medicine. 51, 996-1001 (2004).
  30. Shen, J. M., Xia, X. W., Kang, W. G., Yuan, J. J., Sheng, L. The use of MRI apparent diffusion coefficient (ADC) in monitoring the development of brain infarction. BMC Medical Imaging. 11 (2), (2011).
  31. Lansberg, M. G., et al. Evolution of apparent diffusion coefficient, diffusion-weighted, and T2-weighted signal intensity of acute stroke. American Journal of Neuroradiology. 22 (4), 637-644 (2001).
  32. Geijer, B., Sundgren, P. C., Lindgren, A., Brockstedt, S., Ståhlberg, F., Holtås, S. The value of b required to avoid T2 shine-through from old lacunar infarcts in diffusion-weighted imaging. Neuroradiology. 43, 511-517 (2001).
  33. Wardlaw, J. M. Neuroimaging standards for research into small vessel disease and its contribution to ageing and neurodegeneration. The Lancet Neurology. 12, 822-838 (2013).
  34. Fonov, V., Evans, A. C., Botteron, K., Almli, C. R., McKinstry, R. C., Collins, D. L. Unbiased average age-appropriate atlases for pediatric studies. NeuroImage. 54 (1), 313-327 (2011).
  35. Ashburner, J., Friston, K. J. Unified segmentation. NeuroImage. 26 (3), 839-851 (2005).
  36. Desikan, R. S. An automated labeling system for subdividing the human cerebral cortex on MRI scans into gyral based regions of interest. NeuroImage. 31 (3), 968-980 (2006).
  37. Hua, K. Tract probability maps in stereotaxic spaces: Analyses of white matter anatomy and tract-specific quantification. NeuroImage. 39 (1), 336-347 (2008).
  38. Eickhoff, S. B., et al. A new SPM toolbox for combining probabilistic cytoarchitectonic maps and functional imaging data. NeuroImage. 25 (4), 1325-1335 (2005).
  39. Ricci, P. E., Burdette, J. H., Elster, A. D., Reboussin, D. M. A comparison of fast spin-echo, fluid-attenuated inversion-recovery, and diffusion-weighted MR imaging in the first 10 days after cerebral infarction. American Journal of Neuroradiology. 20 (8), 1535-1542 (1999).
  40. Eastwood, J. D., Engelter, S. T., MacFall, J. F., Delong, D. M., Provenzale, J. M. Quantitative assessment of the time course of infarct signal intensity on diffusion-weighted images. American Journal of Neuroradiology. 24 (4), 680-687 (2003).
  41. Wardlaw, J. M. What is a lacune?. Stroke. 39, 2921-2922 (2008).
  42. Kate, M. P. Dynamic Evolution of Diffusion-Weighted Imaging Lesions in Patients With Minor Ischemic Stroke. Stroke: a Journal of Cerebral Circulation. 46, 2318-2341 (2015).
  43. Inoue, M. Early diffusion-weighted imaging reversal after endovascular reperfusion is typically transient in patients imaged 3 to 6 hours after onset. Stroke. 45, 1024-1028 (2014).
  44. Campbell, B. C. V. The infarct core is well represented by the acute diffusion lesion: Sustained reversal is infrequent. Journal of Cerebral Blood Flow and Metabolism. 32 (1), (2012).
  45. Sperber, C., Karnath, H. O. On the validity of lesion-behaviour mapping methods. Neuropsychologia. 115, 17-24 (2018).
  46. Hillis, A. E., et al. Restoring Cerebral Blood Flow Reveals Neural Regions Critical for Naming. Journal of Neuroscience. 26 (31), 8069-8073 (2006).
  47. Wilke, M., de Haan, B., Juenger, H., Karnath, H. O. Manual, semi-automated, and automated delineation of chronic brain lesions: A comparison of methods. NeuroImage. 56 (4), 2038-2046 (2011).
  48. Zhang, R., et al. Automatic Segmentation of Acute Ischemic Stroke From DWI Using 3-D Fully Convolutional DenseNets. IEEE Transactions on Medical Imaging. 37 (9), 2149-2160 (2018).
  49. Biesbroek, J. M., et al. Distinct anatomical correlates of discriminability and criterion setting in verbal recognition memory revealed by lesion-symptom mapping. Human Brain Mapping. 36 (4), 1292-1303 (2015).
  50. Biesbroek, J. M., van Zandvoort, M. J. E., Kappelle, L. J., Velthuis, B. K., Biessels, G. J., Postma, A. Shared and distinct anatomical correlates of semantic and phonemic fluency revealed by lesion-symptom mapping in patients with ischemic stroke. Brain Structure & Function. 221 (4), 2123-2134 (2016).
  51. Ten Brink, F. A., et al. The right hemisphere is dominant in organization of visual search-A study in stroke patients. Behavioural Brain Research. 304, 71-79 (2016).
  52. Pluim, J. P. W., Maintz, J. B. A. A., Viergever, M. A. Mutual-information-based registration of medical images: A survey. IEEE Transactions on Medical Imaging. 22 (8), 986-1004 (2003).
  53. Zhao, L., et al. The additional contribution of white matter hyperintensity location to post-stroke cognitive impairment: Insights from a multiple-lesion symptom mapping study. Frontiers in Neuroscience. 12 (MAY), (2018).
check_url/de/59653?article_type=t

Play Video

Diesen Artikel zitieren
Biesbroek, J. M., Kuijf, H. J., Weaver, N. A., Zhao, L., Duering, M., , Biessels, G. J. Brain Infarct Segmentation and Registration on MRI or CT for Lesion-symptom Mapping. J. Vis. Exp. (151), e59653, doi:10.3791/59653 (2019).

View Video