إجراء جنبا إلى جنب على أساس اليغنوكليوتيد عزل الحمض النووي الريبي لاسترداد مجمعات البروتين مرناً حقيقية النواة
Summary
ويرد وصف إجراء عزل الحمض النووي الريبي جنبا إلى جنب (رحلة) لانتعاش مجمعات البروتين مرناً اندوجينوسلي المشكلة. على وجه التحديد، مجمعات البروتين الحمض النووي الريبي كروسلينكيد في فيفو، الكشف بوليادينيلاتيد المعزولة من مقتطفات مع الخرز oligo(dT)، ويتم التقاطها مرناس خاصة مع تعديل الجيش الملكي النيبالي النوكليوتيد العقاقير. يتم الكشف عن البروتينات منضمة إلى مرناس بتحليل إيمونوبلوت.
Abstract
الجيش الملكي النيبالي ملزم البروتينات (الممارسات التجارية التقييدية) دوراً رئيسيا في التحكم في بوستترانسكريبشونال التعبير الجيني. ولذلك توصيف البيوكيميائية مجمعات مرناً بالبروتين ضروري لفهم التنظيم مرناً الاستدلال بالبروتينات المتفاعلة أو الكشف غير الترميز. وهنا، نحن تصف إجراء عزل الحمض النووي الريبي جنبا إلى جنب (رحلة) التي تمكن من تنقية البروتين مرناً اندوجينوسلي شكلت مجمعات من مقتطفات الخلوية. يشمل البروتوكول خطوتين عزلة بوليادينيلاتيد مرناس مع حبات العقاقير oligo(dT) وبعد ذلك القبض على مرناً للفائدة مع 3 ‘–بيوتينيلاتيد 2-س-ميثليته النوكليوتيد العقاقير الجيش الملكي النيبالي، الذي يمكن أن تكون معزولة ثم مع حبات ستريبتافيدين. واستخدمت الرحلة لاسترداد في فيفو كروسلينكيد مرناً-ريبونوكليوبروتين (مرنب) مجمعات من الخميرة والديدان الخيطية والخلايا البشرية لمزيد من التحليل الجيش الملكي النيبالي، والبروتينات. وبالتالي، رحلة من اتباع نهج متعدد الاستخدامات التي يمكن تكييفها لجميع أنواع بوليادينيلاتيد الكشف عبر الكائنات الحية لدراسة دينامية إعادة ترتيب مرنبس تفرضها العظة داخل الخلايا أو البيئية.
Introduction
هو الدافع وراء تنظيم الجينات بوستترانسكريبشونال من خلال التفاعلات بين الكشف (نكرناس) ومرناس الحمض النووي الريبي ملزم البروتينات (الممارسات التجارية التقييدية)، غير الترميز، الذي المباشر التجهيز والتعريب والترجمة والانحلال من كل نسخة داخل الخلايا1 , 2-تحديد الممارسات التجارية التقييدية ونكرنا التفاعل مع مرناس خاصة، إنشاء ما يعرف باسم ريبونوكليوبروتين مجمعات/الجسيمات (رنبس)، ولذلك هو المفتاح لفهم مصير تحكم تعبير مرناس والجينات. تقوم نهج تكميلية لتوصيف البيوكيميائية رنب مجمعات3،4: بينما يستند النهج “البروتين التي تركز على” تنقية محددة الممارسات التجارية التقييدية، ينطوي “الجيش الملكي النيبالي” النهج المرتكز عزل الفئات السكانية الفرعية أو الكشف الفردي والتحليل اللاحق للبروتينات المتفاعلة أو الكشف. في الآونة الأخيرة، نهج المرتكز على الحمض النووي الريبي للتعرف على الممارسات التجارية التقييدية مرجع التفاعل مع بوليادينيلاتيد (poly(A)) الكشف5 أصبحت شعبية متزايدة بإدراج خطوة crosslinking ضوء (الأشعة فوق البنفسجية) الأشعة فوق البنفسجية على استقرار البروتين-الجيش الملكي النيبالي التفاعلات السابقة عزلة مرناس، الذي مدد كبير الكتالوج الخاص بالممارسات التجارية التقييدية في الخلايا البشرية6،،من78،،من910،11، ايليجانس كاينورهابديتيس 12،13،12، saccharomyces cerevisiae14، وسائر الكائنات الحية15،16،،من1718، ،من 1920. ومع ذلك، رسم خرائط للبروتينات و/أو نكرناس تجميعها على وقائع معينة لا يزال تحديا كبيرا. وتحقيقا لهذه الغاية، تستخدم حاليا نهجين رئيسيين: من ناحية، تنصهر فيها الجيش الملكي النيبالي ابتمر العلامات للجيش الملكي النيبالي الفائدة لتمكين انجذاب تطهير. وبالتالي، ربط الابتامرات الجيش الملكي النيبالي مع تقارب عالية للمضادات الحيوية امينوغليكوزيد بما في ذلك توبراميسين وستربتوميسين21،22،،من2324، أو للبروتينات، مثل البروتين معطف من R17/MS2 عاثية أو الجرثومي ستريبتافيدين S125،،من2627،،من2829. على الرغم من أن هذا النهج كان سيظهر أن تكون قوية ومرنة نسبيا، فإنه يتطلب استنساخ لتصميم الجيش الملكي النيبالي قيد التحقيق، وبالتالي لا يمكن استخدامها لالتقاط مرناس الطبيعية. من ناحية أخرى، النوكليوتيد العقاقير (منظمات خدمات الإيدز) استخدمت في وقت مبكر للانتعاش وتوصيف للغاية وأعرب عن30،رنبس الأصلية31 والفيروسية الكشف32. في الآونة الأخيرة، تم تطبيق منظمات خدمات الإيدز لالتقاط الترميز غير طويلة الكشف33،،من3435 و في المختبر شكلت مرنبس36. هو أحد العوامل المقيدة الرئيسية مع كافة النهج التي تركز على الحمض النووي الريبي عدد نسخ الحمض النووي الريبي للفائدة، مما يجعل استعادة مرناس منخفضة-وأعرب عن أكثر إشكالية. ويمكن التغلب على هذا القيد برفع مستوى رد فعل؛ ومع ذلك، هذا يمكن أن يحتمل أن يؤدي إلى زيادة الخلفية.
وهنا، يمكننا وصف لدينا وضعت مؤخرا على أساس أسو جنبا إلى جنب الجيش الملكي النيبالي العزل الداخلي (رحلة) لعزل مجمعات البروتين مرناً الأصلية بانتقائية عالية37 (الشكل 1). البروتوكول يتطلب خطوتين تنقية المستندة إلى أسو متسلسلة، وهي عزلة مرناس poly(A) مع oligo(dT) المتاحة تجارياً إلى جانب الخرز تليها أسر مرناس محددة تستخدم على وجه التحديد المصممة بيوتينيلاتيد قصيرة 2-ميثوكس الجيش الملكي النيبالي منظمات خدمات الإيدز. يساعد على القضاء على البروتينات تلويث هذا الإجراء المكون من مرحلتين ويضيف فرص للتعديل والتحسين. في هذه الحالة، رحلة كان يطبق على مرناس مختارة من الخميرة، الديدان الخيطية، وشكلت الخلايا البشرية لتأكيد في فيفو مرناً-البروتين المجمعات.
Protocol
Representative Results
Discussion
رحلة يسمح تحليل البروتينات منضمة إلى مرناس محددة في فيفو بالوسائل البيوكيماوية. في حين أننا استخدمنا الأسلوب للتحقق من صحة التفاعل بين الممارسات التجارية التقييدية خاصة مع أهداف مرناً من الكائنات الحية/خلايا مختلفة، رحلة يمكن أن ينطبق أيضا على دراسة أنواع أخرى من poly(A) الكشف، مثل نكرناس طويلة هيولى. وعلاوة على ذلك، يمكن تحقيق تحليل منهجي للبروتينات منضم و/أو الكشف مع تسلسل الحمض النووي الريبي أو مرض التصلب العصبي المتعدد بزيادة من هذا الإجراء. وفي هذا الصدد، لدينا البيانات الأولية تشير إلى أن 1 لتر من الخميرة الثقافات ومالا يقل عن 100 مليون من الخلايا HEK293 البشرية يمكن أن توفر مواد انطلاق كافية للحصول على بيانات موثوقة من مرض التصلب العصبي المتعدد مرناس أعرب جيدا (غير منشورة النتائج).
يشمل البروتوكول رحلة وصف تشعيع الخلايا مع ضوء الأشعة فوق البنفسجية في 254 نانومتر للتفاعلات التشعب الجيش الملكي النيبالي بالبروتين. وهذا يتيح تنفيذ الشروط الصارمة أغسل أثناء تنقية. ومع ذلك، على الرغم من عدم وضوح اختبارها، نود أن نشير أن crosslinking اختيارية ويمكن أيضا استرداد رنبس النشطة مع المخازن المؤقتة الفسيولوجية. ومع ذلك، ينبغي إعادة ترتيب المحتملة من البروتينات واو الكشف عن هدف الجيش الملكي النيبالي في ليساتيس في هذه الحالة، في الاعتبار. على العكس من ذلك، إذا كانت الأشعة فوق البنفسجية أو غيرها من الإجراءات كروسلينكينج التطبيقية (مثلاً، والفورمالديهايد)، ينبغي تقييم سلامة الجيش الملكي النيبالي تدهور الجيش الملكي النيبالي يمكن أن يؤدي إلى تناقص استرداد مرنبس. بالإضافة إلى ذلك، كروسلينكينج الأشعة فوق البنفسجية عدم كفاءة بدلاً من ذلك (~ 5 ٪) وحتى أقل من ذلك للبروتينات التي تتفاعل مع الحمض النووي الريبي مزدوج-الذين تقطعت بهم السبل، التي يمكن أن تستحدث التحيز للكشف عن فئات معينة من الممارسات التجارية التقييدية12. وأخيراً، يمكن أيضا حمل إشعاع الأشعة فوق البنفسجية كروسلينكس البروتين-بروتين والبروتين-الحمض النووي التي ينبغي النظر في البيانات الشفوية45،46. ولذلك، يمكن أيضا إجراءات crosslinking البديلة، على سبيل المثال مع فورمالدهايد، أهمية خاصة لالتقاط أكبر تجميعات البروتين في مرناس.
هو إحدى السمات الرئيسية لرحلة خطوتين الداخلي القائم على أسو تنقية لاسترداد الكشف خاصة، مما يزيد من الانتقائية وتقليل احتمال المشاركة تنقية الملوثات. على سبيل المثال، القلق واحدة تتعلق بإضافة منظمات خدمات الإيدز بيوتينيلاتيد مباشرة إلى مقتطفات الخلية، والتي يمكن أن تؤدي إلى تنقية المشارك من البروتينات البيوتين-ملزمة. وهذا هو التحايل في رحلة بتنفيذ جولة أولى من تنقية للكشف poly(A) باستخدام oligo-(dT) تساهمي إلى جانب25 المغناطيسي الخرز، مما يسمح لتنقية صرامة شروط كما فعلت لالتقاط إينتيراكتومي الجيش الملكي النيبالي بالبروتين. علاوة على ذلك، poly(A) الحمض النووي الريبي اختيار يزيل نكرناس وفرة عالية، مثل الكشف الريباسي وترناس، وذلك يقلل من تعقيد بعينه والمصادر المحتملة للصليب-التهجين والتلوث. في الخطوة الثانية، يتم استردادها مع بيوتينيلاتيد مرناس خاصة وتعديل لمنظمات خدمات الإيدز أن يصلب مع المناطق على أهداف مرناً. بدلاً من ذلك، تعديل منظمات خدمات الإيدز يمكن أن تكون مباشرة تساهمي تعلق أيضا على الخرز المغناطيسي عن طريق أمين-رابط، الحد من الميل إلى التقاط البيوتين ملزم البروتينات. ومع ذلك، في تجربتنا، حضانة كسر الجيش الملكي النيبالي poly(A) مع منظمات خدمات الإيدز قبل إضافة الخرز streptavidin تعافي مرنبس أكثر كفاءة من المباشرة إضافة إلى جانب أسو الخرز. ربما، هي كينيتيكالي يفضل أوليجوس الحرة مع وصول أفضل إلى تسلسل في الجيش الملكي النيبالي تنظيماً بالمقارنة مع أوليجوس المعطل تداولها. ومن ثم، اقتران التساهمية لمنظمات خدمات الإيدز لحبات قبل الاحتضان مع العينة يمكن أن تكون ضارة لانتعاش هدف الجيش الملكي النيبالي ويمكن اختباره تجريبيا.
عيب واحد مع أساليب أسو على أساس عدم كفاءة استرداد بعض مرناس المستهدفة. ولذلك نوصي بتقييم عدة منظمات خدمات الإيدز أن يصلب إلى مناطق مختلفة من النسخة. على وجه التحديد، فإننا نقترح تصميم منظمات خدمات الإيدز 2-3 أن يصلب مع تسلسل في 3 ‘-UTR أو الأقراص المضغوطة من مرناً للفائدة. كل أسو قد يحمل من كفاءة مختلفة لاسترداد الهدف مرناً كل منها، وينبغي أن يكون تجريبيا اختبار (الشكل 2 أ، ب، المعطيات غير معروضة). في النهاية، وجدنا أن منظمات خدمات الإيدز الصلب لتحيلها 3 ‘ أداء أفضل بالمقارنة مع تلك الصلب إلى أقراص مدمجة. يمكن أن يكون هذا بسبب زيادة إمكانية الوصول إلى مواقع في تحيلها الربط بسبب عدم وجود ترجمة ريبوسوم، بينما ريبوسوم قد يعرقل التهجين كفاءة داخل الاسطوانات. شهدنا أيضا أن الجمع بين عدة منظمات خدمات الإيدز يمكن أن يؤدي إلى زيادة التلوث من وفرة غير المستهدفة مرناس وانخفاض كفاءة المنسدلة. على أي حال، يمكن التحكم بانتقائية أوليجوس المختار بالتجارب المنافسة (على سبيل المثال-، إضافة أوليجوس المتنافسة).
أخرى القلق يتصل بالتهجين عبر المحتملة مع الكشف غير ذات صلة، كما لاحظنا أن التهجين حتى ولو جزئية مع مرناس الأخرى يمكن أن يؤدي إلى استرداد تلك مرناً (الشكل 2). لتقييم مدى ملاءمة منظمات خدمات الإيدز مصممة، ولذلك نوصي أداء الأولية في المختبر التجارب مع الكشف التام تركيزات الملح ودرجة حرارة الغسيل من المخازن المؤقتة على النحو الأمثل. في أيدينا، غسالة من ستريبتافيدين-إلى جانب الخرز المغناطيسية في المخازن المؤقتة التي تحتوي على 150 مم كلوريد الصوديوم في 55 درجة مئوية أداء أفضل، ولكن نوصي باختبارات مستقلة من الشروط لكل أسو مصممة. الجدير بالذكر، وجدنا أن جميع منظمات خدمات الإيدز المحدد من تجارب في المختبر (الشكل 2D) كانت مناسبة لالتقاط الهدف مرناً كل منهما من مقتطفات الخلية كروسلينكيد (الشكل 3)، كذلك تثبت صحة في المختبر الاختبار. وإلى جانب تصميم منظمات خدمات الإيدز مناسبة لالتقاط مرناً، يمكن أن تؤثر عوامل إضافية على الانتقائية. ولذلك، يمكن منع إجراءات حظر شامل مع جيش صرب البوسنة و/أو الحمض الريبي النووي النقال وفقا لمواصفات نوع حبة ملزمة غير محدد الخرز. لزيادة خفض الاستيعاب غير محدد من البروتينات، نوصي أيضا باستخدام لو-ربط الأنابيب، خاصة عند العمل مع كميات قليلة من العينات.
وبصفة عامة، يمكن أن تكمل الرحلة النهوج المتبعة سابقا لالتقاط الكشف مع منظمات خدمات الإيدز. على سبيل المثال، كان الجيش الملكي النيبالي غير الترميز زيست معزولة مع البروتينات منضم من مقتطفات النووية المستمدة من 200 مليون من الخلايا كروسلينكيد الأشعة فوق البنفسجية باستخدام صفيف من الطويل (90-مير) بيوتينيلاتيد الحمض النووي النوكليوتيد التي غطت نص كامل 34،35. ومع ذلك، يمكن أن يصبح النهج المختار تبليط إشكالية في ضوء إمكانات كبيرة للصليب-التهجين مع الكشف لا علاقة لها، ولا يمكن استخدامه لتحديد نسخة محددة، على سبيل المثال-، وبدلاً من ذلك تقسم أشكال. في الآونة الأخيرة، مصممة خصيصا مؤمن الحمض النووي (LNA) أو ميكسميرس “أسو الحمض النووي” تم إرفاقه تساهمي راتنج مغناطيسي لاسترداد نسخة في المختبر أو الغاية المعلنة الريباسي الكشف من مقتطفات الخلية الحرة؛ ومع ذلك، لم تم اختباره لاسترداد في فيفو شكلت مرناً بالبروتين المجمعات36. في ضوء زيادة الاعتراف بالجينات بوستترانسكريبشونال مراقبة الممارسات التجارية التقييدية ونكرنا، نعتقد أن الرحلة وسيلة مفيدة للتحقيق في تكوينها وديناميات مجمعات رنب داخل الخلايا عند الإشارات داخل الخلايا والبيئية وتأثيرها في الصحة والمرض.
Offenlegungen
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
نحن ممتنون للدكتور جوناثان هول وماورو زيمرمان (ETH زيوريخ) لتركيب PFK2 و المجلس الانتخابي المؤقت-1 منظمات خدمات الإيدز، الدكتور صدر ووترز لتصميم منظمات خدمات الإيدز p27/CDKN1B، والدكتور رافال سيوسك (فريدريك ميسشر معهد “البحوث الطبية الحيوية”، بازل) للأجسام المضادة-شعبة الشؤون القانونية العامة-1. هذا العمل كان تدعمها التكنولوجيا الحيوية ومجلس بحوث العلوم البيولوجية (BB/K009303/1) والملكية المجتمع وولفسون البحوث جائزة الجدارة (WM170036) إلى A.P.G.
Materials
| MaxQ 5000 Large Incubated and Refrigerated Orbital Shaker | Thermo Fisher Scientific | SHKE5000-8CE | Floor shaker to grow yeast cells |
| BBD 6220 | Thermo Fisher Scientific | CO2 incubator to grow human cells | |
| Sonicator Soniprep150 | MSE | MSS150.CX4.5 | Sonicator/cell disruptor. Used to shear DNA in human cell lysates |
| Stratalinker 1800 | Stratagene | Stratalinker to expose cells to UV light at 254 nm | |
| Tissue Lyser | Qiagen | RETSCH MM200 | Device to mechanically disrupt yeast cells |
| Refrigerated Centrifuge | Eppendorf | 5810R | Centrifuge to spin down cells, lysates |
| Shaking incubator, Thriller | Peqlab | Thermoshaker for 1.5 mL tubes | |
| Glass beads 0.5mm | Stratech Scientific Limited | 11079105 | Lysis of yeast cells |
| Nylon Filter, 0.41 μm | Millipore | NY4104700 | Collection of yeast cells |
| Millex-HA Filter, 0.45 µm | EMD Millipore | SLHA02510 | Filter to clear nematode lysate |
| Eppendorf LoBind microcentrifuge tubes Protein 1.5 mL | Sigma-Aldrich | 22431081 | Minimise protein loss |
| 2 mL microfuge tube | Ambion | AM12425 | Yeast extract preparation and other applications |
| 5 mL tube | Thermo Fisher Scientific | 129A | Collection of HEK293 cell lysate |
| 15 mL tube | Sarstedt | 62.547.254 | Collection C. elegans |
| 50 mL plastic tube | Sarstedt | 62.554.502 | Collection yeast cells |
| DMEM, high glucose, pyruvate | Thermo Fisher Scientific | 41966 | Media for culturing HEK293 cells |
| Penicillin-Streptomycin | Sigma-Aldrich | P4333 | Used to supplement cell culture media to control bacterial contamination |
| Fetal Bovine Serum (FBS) | Sigma-Aldrich | F7524 | Used to supplement cell culture media |
| Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher Scientific | 11668027 | Transfection reagent |
| RQ1 RNase-Free DNase | Promega | M6101 | DNAse I to degrade DNA from cell lysate |
| RNasin Plus RNase Inhibitor | Promega | N2611 | RNase inhibitor to avoid RNA degradation |
| cOmplete, Mini, EDTA-free Protease Inhibitor Cocktail | Roche | 11836170001 | Protease inhibitor cocktail to avoid protein degradation |
| Dynabeads Oligo (dT)25 | Thermo Fisher Scientific | 61011 | Magnetic beads required for the first step of mRNA-protein complex purification |
| Dynabeads M-280 Streptavidin | Thermo Fisher Scientific | 11205D | Magnetic beads required for the second step of mRNA-protein complex purification |
| E. coli tRNA | Sigma-Aldrich | 10109550001 | transfer RNA from E. coli used for blocking streptavidin beads and avoid unsepecific interactions |
| Quick Start Bradford 1x Dye Reagent | BioRad | 5000205 | To determine protein concentration within lysates, using BSA as reference |
| Bovine Serum Albumin | Sigma | A7906-100G | Used to perform the standard curve that will be used as reference for protein concentration determination |
| mouse anti-Act1 | MP Biomedicals | 869100 | Antibody for detection of yeast actin in Western blot (1:2,500) |
| mouse anti-Act1 | Sigma | A1978 | Antibody for detection of human actin in Western blot (1:2,000) |
| mouse anti-HuR | Santa Cruz | sc-5261 | Antibody for detection of HuR in Western blot (1:500) |
| mouse anti–CYC-1 | Invitrogen | 456100 | Antibody for detection of Cyc-1 in Western blot (1:1,000) |
| peroxidase anti-peroxidase soluble complex | Sigma | P1291 | Detection of Pfk2:TAP in Western blot (1:5,000) |
| HRP-conjugated sheep anti-mouse IgG | Amersham | NXA931 | HRP-coupled secondary antibody |
Referenzen
- Mitchell, S. F., Parker, R. Principles and properties of eukaryotic mRNPs. Molecular Cell. 54 (4), 547-558 (2014).
- Iadevaia, V., Gerber, A. P. Combinatorial Control of mRNA Fates by RNA-Binding Proteins and Non-Coding RNAs. Biomolecules. 5 (4), 2207-2222 (2015).
- McHugh, C. A., Russell, P., Guttman, M. Methods for comprehensive experimental identification of RNA-protein interactions. Genome Biology. 15 (1), 203 (2014).
- Matia-González, A. M., Gerber, A. P., Sesma, A., von der Haar, T. Ch. 14. Fungal RNA Biology. , 347-370 (2014).
- Tsvetanova, N. G., Klass, D. M., Salzman, J., Brown, P. O. Proteome-wide search reveals unexpected RNA-binding proteins in Saccharomyces cerevisiae. PLoS One. 5 (9), (2010).
- Castello, A., et al. Insights into RNA biology from an atlas of mammalian mRNA-binding proteins. Cell. 149 (6), 1393-1406 (2012).
- Baltz, A. G., et al. The mRNA-bound proteome and its global occupancy profile on protein-coding transcripts. Molecular Cell. 46 (5), 674-690 (2012).
- Castello, A., et al. System-wide identification of RNA-binding proteins by interactome capture. Nature Protocols. 8 (3), 491-500 (2013).
- Liao, Y., et al. The Cardiomyocyte RNA-Binding Proteome: Links to Intermediary Metabolism and Heart Disease. Cell Reports. 16 (5), 1456-1469 (2016).
- Liepelt, A., et al. Identification of RNA-binding Proteins in Macrophages by Interactome Capture. Molecular Cell Proteomics. 15 (8), 2699-2714 (2016).
- Conrad, T., et al. Serial interactome capture of the human cell nucleus. Nature Communications. 7, 11212 (2016).
- Matia-Gonzalez, A. M., Laing, E. E., Gerber, A. P. Conserved mRNA-binding proteomes in eukaryotic organisms. Nature Structural and Molecular Biology. 22 (12), 1027-1033 (2015).
- Mitchell, S. F., Jain, S., She, M., Parker, R. Global analysis of yeast mRNPs. Nature Structural and Molecular Biology. 20 (1), 127-133 (2013).
- Beckmann, B. M., et al. The RNA-binding proteomes from yeast to man harbour conserved enigmRBPs. Nature Communications. 6, 10127 (2015).
- Wessels, H. H., et al. The mRNA-bound proteome of the early fly embryo. Genome Research. 26 (7), 1000-1009 (2016).
- Sysoev, V. O., et al. Global changes of the RNA-bound proteome during the maternal-to-zygotic transition in Drosophila. Nature Communications. 7, 12128 (2016).
- Despic, V., et al. Dynamic RNA-protein interactions underlie the zebrafish maternal-to-zygotic transition. Genome Research. 27 (7), 1184-1194 (2017).
- Zhang, Z., et al. UV crosslinked mRNA-binding proteins captured from leaf mesophyll protoplasts. Plant Methods. 12, 42 (2016).
- Reichel, M., et al. In Planta Determination of the mRNA-Binding Proteome of Arabidopsis Etiolated Seedlings. Plant Cell. 28 (10), 2435-2452 (2016).
- Koster, T., Marondedze, C., Meyer, K., Staiger, D. RNA-Binding Proteins Revisited – The Emerging Arabidopsis mRNA Interactome. Trends Plant Sciences. 22 (6), 512-526 (2017).
- Hamasaki, K., Killian, J., Cho, J., Rando, R. R. Minimal RNA constructs that specifically bind aminoglycoside antibiotics with high affinities. Biochemie. 37 (2), 656-663 (1998).
- Bachler, M., Schroeder, R., von Ahsen, U. StreptoTag: a novel method for the isolation of RNA-binding proteins. RNA. 5 (11), 1509-1516 (1999).
- Vazquez-Pianzola, P., Urlaub, H., Rivera-Pomar, R. Proteomic analysis of reaper 5′ untranslated region-interacting factors isolated by tobramycin affinity-selection reveals a role for La antigen in reaper mRNA translation. Proteomics. 5 (6), 1645-1655 (2005).
- Hartmuth, K., Vornlocher, H. P., Luhrmann, R. Tobramycin affinity tag purification of spliceosomes. Methods Molecular Biology. 257, 47-64 (2004).
- Beach, D. L., Keene, J. D. Ribotrap : targeted purification of RNA-specific RNPs from cell lysates through immunoaffinity precipitation to identify regulatory proteins and RNAs. Methods Molecular Biology. 419, 69-91 (2008).
- Slobodin, B., Gerst, J. E. A novel mRNA affinity purification technique for the identification of interacting proteins and transcripts in ribonucleoprotein complexes. RNA. 16 (11), 2277-2290 (2010).
- Slobodin, B., Gerst, J. E. RaPID: an aptamer-based mRNA affinity purification technique for the identification of RNA and protein factors present in ribonucleoprotein complexes. Methods Molecular Biology. 714, 387-406 (2011).
- Yoon, J. H., Gorospe, M. Identification of mRNA-Interacting Factors by MS2-TRAP (MS2-Tagged RNA Affinity Purification). Methods Molecular Biology. 1421, 15-22 (2016).
- Leppek, K., Stoecklin, G. An optimized streptavidin-binding RNA aptamer for purification of ribonucleoprotein complexes identifies novel ARE-binding proteins. Nucleic Acids Research. 42 (2), 13 (2014).
- Blencowe, B. J., Sproat, B. S., Ryder, U., Barabino, S., Lamond, A. I. Antisense probing of the human U4/U6 snRNP with biotinylated 2′-OMe RNA oligonucleotides. Cell. 59 (3), 531-539 (1989).
- Lingner, J., Cech, T. R. Purification of telomerase from Euplotes aediculatus: requirement of a primer 3′ overhang. Proceedings of the National Academy of Sciences U S A. 93 (20), 10712-10717 (1996).
- Upadhyay, A., Dixit, U., Manvar, D., Chaturvedi, N., Pandey, V. N. Affinity capture and identification of host cell factors associated with hepatitis C virus (+) strand subgenomic RNA. Molecular Cell Proteomics. 12 (6), 1539-1552 (2013).
- Imig, J., et al. miR-CLIP capture of a miRNA targetome uncovers a lincRNA H19-miR-106a interaction. Nature Chemical Biology. 11 (2), 107-114 (2015).
- Chu, C., et al. Systematic discovery of Xist RNA binding proteins. Cell. 161 (2), 404-416 (2015).
- McHugh, C. A., et al. The Xist lncRNA interacts directly with SHARP to silence transcription through HDAC3. Nature. 521 (7551), 232-236 (2015).
- Rogell, B., et al. Specific RNP capture with antisense LNA/DNA mixmers. RNA. 23 (8), 1290-1302 (2017).
- Matia-Gonzalez, A. M., Iadevaia, V., Gerber, A. P. A versatile tandem RNA isolation procedure to capture in vivo formed mRNA-protein complexes. Methods. , 93-100 (2017).
- Gruber, A. R., Lorenz, R., Bernhart, S. H., Neubock, R., Hofacker, I. L. The Vienna RNA websuite. Nucleic Acids Research. 36 (Web Server issue), W70-W74 (2008).
- Kalendar, R., Khassenov, B., Ramankulov, Y., Samuilova, O., Ivanov, K. I. FastPCR: An in silico tool for fast primer and probe design and advanced sequence analysis. Genomics. 109 (3-4), 312-319 (2017).
- Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W., Lipman, D. J. Basic local alignment search tool. Journal of Molecular Biology. 215 (3), 403-410 (1990).
- Stiernagle, T. Maintenance of C. elegans. WormBook. , 1-11 (2006).
- Kedde, M., et al. A Pumilio-induced RNA structure switch in p27-3′ UTR controls miR-221 and miR-222 accessibility. Nature Cell Biology. 12 (10), 1014-1020 (2010).
- Schumacher, B., et al. Translational repression of C. elegans p53 by GLD-1 regulates DNA damage-induced apoptosis. Cell. 120 (3), 357-368 (2005).
- Ziegeler, G., et al. Embryonic lethal abnormal vision-like HuR-dependent mRNA stability regulates post-transcriptional expression of cyclin-dependent kinase inhibitor p27Kip1. Journal of Biological Chemistry. 285 (20), 15408-15419 (2010).
- Itri, F., et al. Femtosecond UV-laser pulses to unveil protein-protein interactions in living cells. Cellular and Molecular Life Sciences. 73 (3), 637-648 (2016).
- Zhang, L., Zhang, K., Prandl, R., Schoffl, F. Detecting DNA-binding of proteins in vivo by UV-crosslinking and immunoprecipitation. Biochemical and Biophysical Research Communications. 322 (3), 705-711 (2004).
