여기, 우리는 간단, 신속 하 고 효율적인 프리온 증폭 기술, 실시간 떨게 유발 변환 (RT-QuIC) 메서드를 설명 하는 프로토콜을 제시.
RT QuIC 기술은 민감한 생체 외에서 셀 무료 프리온 증폭 분석 결과 기반으로 주로 시드 misfolding 및 변환에 대 한 템플릿으로 프리온 씨앗을 사용 하 여 재조합 프리온 단백질 (PrP) 기판의 집계입니다. RT QuIC는 실시간 중 합 효소 연쇄 반응 (PCR)는 소설 높은 처리 기술입니다. 녹말 체 fibril 성장의 감지 염료 ᵦ 시트 풍부한 단백질의 특정 상호 작용에 따라 fluoresces Thioflavin T를 기반으로 합니다. 따라서, 녹말 체 형성을 실시간으로 검색할 수 있습니다. 우리는 지저분한 추출 만성 낭비 질병 (CWD) prions를 검출 하기 위하여 신뢰할 수 있는 비-침략 적 선별 검사를 개발 하려고 결정 했습니다. 여기, 우리가 구체적으로 PrPSc 시드 CWD의 배설물에는 활동 감염 cervids 공개 RT QuIC 기술을 적응 시켰다. 처음에, 우리가 준비 배설물 추출의 시드 활동 상대적으로 낮은 RT QuIC 배설물 소재에 잠재적인 분석 결과 억제제 때문에 가능 하 게 했다. 대변 추출의 시드 활동 향상과 잠재력 분석 결과 억제제를 제거, 우리는 세제와 프로 테아 제 억제제를 포함 하는 버퍼에 배설물 샘플 무 균. 우리는 또한 PrP 단백질 강 수 나트륨 phosphotungstic 산, 및 원심력을 사용 하 여 기준Sc 집중 다른 방법론에 샘플을 제출. 마지막으로, 배설물 추출 최적화 된 RT-QuIC 탐지의 감도 향상 시키기 위해 프로토콜에 기판 교체를 포함 하 여 테스트 되었습니다. 따라서, 우리는 시드 여 RT-QuIC, 비-침략 적 CWD 진단에 대 한 실용적인 도구가 될 수 있는 전 임상 및 임상 cervids의 배설물에서 활동 하는 CWD 프리온의 민감한 감지에 대 한 프로토콜을 설립.
프리온 질병 또는 전송 가능 해 encephalopathies (TSE) 인간, 소 면 뇌 질환 (BSE) 가축, 양, 염소, 그리고 만성 낭비 scrapie에에서 크로이츠펠트-야콥 병 (CJD)를 포함 한 신경 퇴행 성 장애는 질병 (CWD) cervids 1,2. TSEs 독특한 면 모양 및 두뇌에서 뉴런의 손실에 의해 특징. “단백질만” 가설에 따르면 prions PrPSc (‘Sc’ scrapie에 대 한) 3, 호스트 인코딩 세포 프리온 단백질, PrPC의 misfolded isoform의 주로 구성 됩니다. PrPSc 구조 바인딩할 다른 PrPC 분자를 변환 하는 씨앗 역할을 할 수 있는 ᵦ 시트 4,,56 농축에 PrPC 의 변환에서 유래한 다. 새로 생성 된 PrPSc 분자는 성장 폴리머 7,8 작은 올리고, 전염 성 핵의 더 높은 숫자의 결과로 침입에 통합 됩니다. PrPSc 집계 하는 경향이 고은 부분적으로 프로 테아 제 9,10.
CWD 야생과 농장 엘크 (Cervus 카 나 덴 시스), 사슴 (Odocoileus hemionus), 흰 꼬리 사슴 (WTD; 영향을 Odocoileus virginianus), 사슴 (Alces alces), 그리고 순 록 (Rangifer tarandus tarandus) 11,,1213. Cervid 상호 작용 및 infectivity 14,15의 환경 지 속성에 의해 선호 하는 수평 전송 가장 전염 성 프리온 질병을 여겨진다. PrPSc 축적과 infectivity 뇌에 수감 된다 다른 프리온 질병과는 달리 CWD에 이들은 또한 발견 된다 주변 조직과 체액에서 예 타 액, 소변, 대변 16,17, 18.
Immunohistochemistry는 PrPSc 분포 및 발생 병 변 19,20감지 하 CWD 진단에 대 한 황금 표준으로 간주 됩니다. ELISA 더 드문 경우에, 서쪽 오 점 CWD 진단을 위해 사용 됩니다. 따라서, 현재 프리온 질병 진단 주로 기반으로 사후 조직에 prions를 감지 합니다. 편도 또는 recto 항문 점 막 관련 림프 조직 (RAMALT) 생 검; 여 CWD에 대 한 축전 진단이 이다 그러나,이 절차는 침략 하며 동물의 캡처. 따라서, 소변, 대변, 등 쉽게 접근할 수 있는 견본의 사용 CWD 프리온 검출을 위한 실용적인 방법 것입니다. 그러나, 그 배설물 하버는 상대적으로 현재 진단 방법의 검출 한계 아래 prions의 농도가 낮은. 따라서, 더 과민 하 고 높은 처리량 진단 도구는 필요 합니다. 생체 외에서 변환 시스템, 순환 증폭 misfolding 단백질 분석 결과 (PMCA) 21, 아 밀 로이드 시드 분석 결과, 그리고 실시간 떨게 유발 변환 (RT-QuIC) 분석 결과 22,23, 24 는 매우 강력한 도구를 프리온 변환 프로세스 생체 외에서 모방을 PrPSc 의 자체 전파 기능을 악용 하 고 그로 인하여 감지 레벨 25에 PrPSc 의 총계의 존재를 증폭 ,26. 그러나 RT QuIC 방법, 활용 사실 β 시트 보조 구조에서 농축 변환 제품 특히 thioflavin T (Th-T)를 바인딩할 수 있습니다. 따라서, 시드 변환 시 재조합 형 PrP (rPrP)는 Th-T를 바인딩할 및 따라서 Th-T 시간이 지남에 상대적 형광 단위 (RFU)로 표현의 형광을 측정 하 여 실시간으로 검출 될 수 있는 녹말 체 소에 자 랍니다. 모니터링, 일단 상대 시드 활동, 그리고 지연 위상 등 양적 매개 변수를 평가 하는 RFU는 사용할 수 있습니다. 래그 단계는 rPrP 동안 반응의 초기 단계에서 변환 Th-T 형광의 탐지 한계 아래는 임계값에 도달 하는 데 필요한 시간을 (h)를 나타냅니다. 충분 한 녹말 체 핵 (nucleation/신장)의 형성을 수 반하는 명백한 지연 위상의 끝에는 Th-T 형광 임계값 수준을 초과 긍정적인 됩니다 때 발생 합니다. 소는 실시간으로 초기 PrPSc 또는 샘플에 포함 된 시드 활동에서 검출 될 수 있다 아 밀 로이드의 성장은 더 많은 씨를 생성 하는 시장 세분화에 의해 증폭 된다. 이 씨는 차례 차례로 녹말 체 섬유 성장의 급속 한 지 수 단계를 유도.
이 분석 결과 1 최저 감지할 수 있기 때문에 PrP사우스 캐롤라이나 24의 fg, 높은 감도 자격이 기술을 다양 한 주변 조직, 배설물 등에서 PrPSc 를 감지 하 여 안 테 부검 또는 비-침략 적 진단을 달성 하 표본 infectivity의 저급을 은닉의 종류입니다. RT QuIC 확실히 이점을 제공 한다 다른 분석 실험의 재현성, 실용성, 신속성 (50 시간 미만) 및 생물 검정에 비해 낮은 비용에 대 한. 그것은 쥡니다 PMCA;에 사용 등 기술적인 복잡성 방지 또한, 그것은 각의 어로 졸 오염 위험을 최소화 하는 테이프 봉인 microplate에 수행 됩니다. 다 잘 형식 같은 실험에서 최대 96 샘플의 분석을 수 있습니다. 잘못 된 반응의 재발 문제 및 생체 외에서 변환 분석에서 rPrP의 자발적인 변환에 대응 하기 위해 임계값 (컷오프)에서 RT-QuIC의 구현을 매우 유용 합니다. 실제로, 부정적인 컨트롤 (평균 RFU의 부정적인 샘플 + 5 SD 27)의 결과에 따라, 초기 계획 설정 됩니다는 긍정적이 고 부정적인 샘플 사이 차별을 할 수 있습니다. 각 샘플에 대 한 4 개의 복제를 사용 하 여 수 있습니다 따라서는 복제의 50% 이상에서 긍정적인 신호를 표시 하는 때 긍정적으로 샘플을 정의 하는 데 도움이 됩니다, 즉, 교차 하는 절단 28. 예: 이전 연구에서 햄스터 rPrP는 발견으로 인간의 PrPvCJD 에 동종 기판에 비해 더 민감한 기판 하 시드 및 양 scrapie 시드 반응 씨와 기판 사이의 homology RT QuIC에서 필요 하지 않습니다. 29. 햄스터 양 공상 rPrP 또한 인간의 변종 CJD prions 30감지 하 인간 rPrP 보다 더 적합된 기판 수를 제안 했다. 따라서, 다른 종에서 rPrP 기판의 사용이 분석이 결과에서 아주 일반적 이다. 이 분석 결과 산발적 CJD 31,,3233, 겐 등 여러 프리온 질환에 성공적으로 적용 되었습니다.etic 프리온 질병 34, 광우병 35,,3637, scrapie 23,36및 CWD 38,,3940,41, 42. RT QuIC 씨앗 PrPSc 38,,3940,41, 감지 하 모두 성공 했다 연구를 사용 하 여 중추 신 경계, 전체 혈액, 타 액, 소변 처리 42. 녹말 체 형성 억제제를 포함 될 수 있습니다 혈액 플라스마 등 샘플의 탐지 능력을 육성 하기 위해 Orrú 외. (2011) PrPSc immunoprecipitation (IP) 단계 및 RT-QuIC 빗질 하 여 녹말 체 형성의 잠재적인 억제제를 제거 하는 전략을 개발, “향상 된 QuIC” 분석 결과 (eQuIC) 라는. 또한, 기판 교체 단계 반응 시간 ~ 24 시간 후 감도 개량 하기 위하여 고용 되었다. 궁극적으로,로 1 PrPSc 의 ag eQuIC 30에 의해 감지 되었다.
배설물 추출 정화 하 고 배설물에 가능한 분석 결과 억제제를 제거, 실험 구강 감염 시 엘크에서 전 임상 및 임상 단계에서 수집 된 배설물 샘플 세제와 프로 테아 제 억제제를 포함 하는 버퍼에서 무 균 했다. 대변 추출 추가 나트륨 phosphotungstic 산 (NaPTA) 강 수를 통해 단백질 강 수를 활용 하는 샘플에 PrPSc 를 집중 하는 다른 방법론에 제출 했다. NaPTA 강 수 방법, Safar 외. 에 의해 처음으로 설명 43, 테스트 샘플에 PrPSc 를 집중 하는 데 사용 됩니다. 샘플 NaPTA의 인큐베이션 PrPC보다는 PrPSc 의 우선 강 수 발생합니다. 그러나, 분자 메커니즘이 아직 명확 하지 않습니다. 이 단계는 또한 포함 하 고 어떤 경우에 관찰 되는 rPrP의 자발적인 변환 방지 도움. 마지막으로, 배설물 추출 최적화 된 RT-QuIC 프로토콜에 기판 교체를 포함 하 여 기판으로 마우스 rPrP (aa 23-231)를 사용 하 여 탐지의 감도 향상 하 여 테스트 되었습니다.
여기 결과이 개선된 방법 CWD prions의 매우 낮은 농도 검출할 수 있다 검출 및 배설물 샘플 NaPTA 강 수와 기판 교체 없이 프로토콜에 비해 특이성의 감도 증가 보여줍니다. 이 메서드는 잠재적으로 다른 조직 및 체액에 적용할 수 있다 하며 CWD 감시 야생과 포로 cervids에 대 한 훌륭한 사용 될 수 있습니다.
RT QuIC 이전 고용 되었다 소변 및 배설물 추출 물 구두로 감염 된 흰 꼬리 사슴, 뮬 사슴 38의 CWD prions를 검출 하기 위하여. 이 원고에 표시 된 시스템 RT QuIC 분석 결과의 적응된 방법입니다. 추가 단계는 검색 및 CWD prions 감염된 동물의 분 변 물질에 대 한 분석 결과의 감도 향상 시키기 위해 “클래식” RT QuIC 분석 결과에 통합 했다.
배설물 추출 물에서 낮은 감도 R…
The authors have nothing to disclose.
우리는 제공 하는 교육 및 cervid PrP 세균성 식 플라스 미드 박사 바이런 Caughey (NIH 록 키 마운틴 연구소)에 감사입니다. SG는 캐나다 연구의 자 프로그램에 의해 지원 됩니다. 우리는이 연구에 대 한 자금 게놈 캐나다, 앨버타 프리온 연구소와 앨버타 농업 게놈 알버타, 캘거리 대학이이 작품 지원 통해 임업에서 SG을 인정 합니다. 우리는 동물 연구에 대 한 마가렛 Gunn 재단에서 연구 보조금을 인정합니다.
Materials | |||
Acrodisc seringe filters | PALL | 4652 | |
amicon Ultra-15 Centrifugal filter Unit | Millipore | UCF901024 | |
BD 10 ml seringe | VWR | CA75846-842 | |
Chloramphenicol | Sigma-Aldrich | C0378 | |
Corning bottle-top vacuum filters | Sigma-Aldrich | 431118 | |
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) | Sigma-Aldrich | E4884 | |
gentleMACS M Tube | Miltenyi Biotec | 130-093-236 | |
Guanidine hydrochloride | Sigma-Aldrich | G4505 | |
Imidazole | Sigma-Aldrich | I5513 | |
Isopropanol | Sigma-Aldrich | I9516 | |
Kanamycin sulfate | Sigma-Aldrich | 60615 | |
Luria-Bertani (LB) broth | ThermoFisher Scientific | 12780029 | |
Magnesium chloride | Sigma-Aldrich | M9272 | |
N2 supplement (100X) | ThermoFisher Scientific | 15502048 | |
N-lauroylsarcosine sodium salt (sarkosyl) | Sigma-Aldrich | ML9150 | |
Nanosep centrifugal devices with omega membrane 100K | PALL | OD100C34 | |
Nunc sealing tapes | ThermoFisher Scientific | 232702 | |
Parafilm M | VWR | 52858-000 | |
phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF) | Sigma-Aldrich | P7626 | |
Protease inhibitor tablet | Roche | 4693159001 | |
Sodium chloride | Sigma-Aldrich | S3014 | |
Sodium deoxycholate | Sigma-Aldrich | D6750 | |
Sodium dodecyl sulfate (SDS) | Calbiochem | 7910-OP | |
sodium phosphate | Sigma-Aldrich | 342483 | |
Sodium phosphate dibasic anhydrous | Sigma-Aldrich | S9763 | |
Sodium phosphate monobasic monohydrate | Sigma-Aldrich | S9638 | |
Sodium phosphotungstate hydrate (NaPTA) | Sigma-Aldrich | 496626 | |
Thioflavin T | Sigma-Aldrich | T3516 | |
Tris-Hydroxy-Methyl-Amino-Methan (Tris) | Sigma-Aldrich | T6066 | |
Triton-100 | Calbiochem | 9410-OP | |
Tween 20 | Sigma-Aldrich | P7949 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Commercial buffers and solutions | |||
BugBuster Master Mix | Nogagen | 71456-4 | |
Ni-NTA superflow | Qiagen | 1018401 | |
Phosphate-buffered saline (PBS) pH 7.4 (1X) | Life Technoligies | P5493 | |
UltraPure Distilled Water | Invitrogen | 10977015 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Standards and commercial kits | |||
Express Autoinduction System 1 | Novagen | 71300-4 | |
Pierce BCA Protein Assay Kit | ThermoFisher Scientific | 23227 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Equipment setup | |||
AKTA protein purification systems FPLC | GE Healthcare Life Sciences | ||
Beckman Avanti J-25 Centrifuge | Beckman Coulter | ||
Beckman rotor JA-25.50 | Beckman Coulter | ||
Beckman rotor JA-10 | Beckman Coulter | ||
FLUOstar Omega microplate reader | BMG Labtech | ||
gentleMACS Dissociator | Miltenyi Biotec | 130-093-235 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Sofware | |||
MARS Data Analysis | BMG Labtech | ||
GraphPad Prism6 | GraphPad software |