Summary

원자 힘 현미경을 사용 하 여 단일 단백질 분자 힘 분광학

Published: February 28, 2019
doi:

Summary

우리는 상세한 절차 및 전략 기계적 특성 및 기계적 전개 경로 원자 힘 현미경을 사용 하 여 단일 단백질 분자의 측정을 설명 합니다. 우리는 또한 선택과 좋은 단일 단백질 분자 기록의 정당성에 대 한 참조로 대표적인 결과 보여줍니다.

Abstract

그들의 네이티브 3D 구조에 그들의 아미노산 시퀀스 로부터 단백질의 접히는 과정의 결정은 생물학에 있는 중요 한 문제 이다. 원자 힘 현미경 (AFM) 스트레칭과 휴식 단일 단백질 분자의 특정 전개 및 refolding 특성의 직접 증거를 제공 함으로써이 문제를 해결할 수 있습니다. AFM 기반 단일-분자 힘-분광학 AFM-SMF () 일관 되 게 에너지 conformations 전통적인 대량 (생화학) 측정에 가능 하지 않은 단백질을 측정 하는 수단을 제공 합니다. 수많은 논문 AFM SMF의 원리를 보여주는에 게시 된, 하지만 그것은 철저 하 게 완전 한 프로토콜의 부족 때문에 SMF 실험을 실시 쉽지 않다. 이 연구에서 우리는 AFM의 원리를 간단히 설명 하 고 광범위 하 게 세부 프로토콜, 절차, 및 데이터 분석 SMF 실험에서 좋은 결과 달성 하는 지침. 단일 단백질 기계 펼쳐진 측정의 대표적인 SMF 결과 설명 하 고 우리가 제공 하는 문제가 발생 하는 일반적으로 몇 가지 문제 해결 전략.

Introduction

AFM에 의해 단일 분자 힘 분광학 (SMF)에 발전 기계 조작 및 단일 단백질 분자의 정확한 특성화를 활성화 했습니다. 이 특성화 단백질 기계1,2,3, 단백질-리간드 상호작용4, 단백질 단백질 상호 작용5, 접히는 단백질에 대 한 새로운 통찰력을 생산 하고있다 및 단백질 기반 설계 재료6,,78. SMF는 단백질을 공부 하는 데 특히 유용 수 있습니다 제공 하는 지속적으로 증가 윤곽선 길이를 상승 그들의 강성에 따라 점차적으로 확장 하는 단백질 분자 내의 화학 및 물리적 채권 AFM에 의해 기지개로 전개. 단백질 분자의이 잡아당기고 수 파열 이벤트의 결과로 힘 확장 곡선에서 갑작스러운 변환을 (또는 강제로 피크). 강제로 피크 기계적 전개 과정에서 단백질의 펼쳐 힘 및 구조 변화에 직접 정보를 제공합니다. AFM을 사용 하 여 첫 번째 연구 중 하나 titin1 을 측정 하 고 전개 하 고 집중된 화학 물질 또는 극단적인 온도 같은 부자연 스러운 denaturants의 사용 없이 생리 적인 조건 하에서 refolding 단백질의 새로운 측면을 발견.

여기 우리가 고려만 AFM SMF 실험 다양 한 악기에 수행 됩니다. AFM은 4 개의 주요 요소로 구성: 프로브, 검출기, 샘플 홀더 및 압 전 스캐너. 프로브는 캔틸레버의 중세 끝에 날카로운 끝 이다. 교정, 후 연결 된 분자의 스트레칭 하는 동안 캔틸레버의 휨 측정 된다 Hooke의 법률을 사용 하 여 힘을 정확 하 게 결정 하는 캔틸레버의 뒤쪽에서 반영 되는 레이저 빔을 사용 하 여. 레이저 빔 다이오드 센터에서의 변위에 비례하여 전압을 생성 하는 사분면 포토 다이오드 검출기에 반사 된 레이저 빔 프로젝트. 액체에 단백질 샘플 기판 하위 나노미터 정밀도로 제어할 수 있는 3 차원 압 전 단계에 거치 된다. 컴퓨터 포토 다이오드 감지기에서 전압을 읽는다 고 컴퓨터 제어 전압 공급을 통해 3D 단계를 제어 합니다. 이러한 압 전 액추에이터 단계는 일반적으로 장착 용량 성 또는 스트레인 게이지 위치 센서 정확 하 게 측정 압 전 변위 및 피드 백 제어 시스템을 통해 정확한 히스테리시스. 압 전 컨트롤러에서 센서 신호 출력은 공장에서 캘리브레이션 된 압 전 전압 상수를 사용 하 여 거리 변환 됩니다. 당기는 실험에서 예 힘 확장 곡선 그림 2에 표시 됩니다.

AFM SMF 실험의 두 가지 유형이 있다: 일정 한 속도 지속적인 힘 측정을 당기. 지속적인 힘 SMF 측정 Oberhauser 에 설명 되어 있습니다. 9, 여기 우리가 일정 속도 측정에 집중 하는 동안. 전형적인 AFM 상수 속도 당기 실험 기판 캔틸레버 끝에 상대적으로 부드럽게 이동 하는 압 전 전압을 제공 하 여 수행 됩니다. 전형적인 실험 표면에 대해 처음 누르면 팁이 있다. 당기 측정 접촉에서가지고 팁에서 기판으로 이동 하 여 시작 됩니다. 단백질 처음 팁의 접촉으로 온다, 당겨 질 것 이다 하 고 변위에 대 한 힘의 펼쳐진 추적 측정 됩니다. 기판은 다음 팁 접촉 돌아온 것 고 편안한 추적 어디 단백질 접기 결정 될 수 있다 힘 변위에서 측정 된다.

Protocol

1. 단백질 준비 DNA 복제입니다. 관심, NI10C10, 예를 들어 DNA 시퀀스의 DNA 순서를 합성 하거나 통해 PCR 표준 분자 생물학 기법11를 사용 하 여 호스트 유기 체에서 분리 합니다. 합성 또는 5′-끝 (Addgene #74888)12에 플라스 미드 pEMI91 모듈에 해당 하는 PCR 뇌관의에 사이트를 배치 하 여 금지 사이트와 관심사의 유전자를 측면….

Representative Results

이 프로토콜에서 대표적인 결과 그림 2에 표시 됩니다. 두 패널 단백질에서 대표적인 힘 확장 곡선을 표시합니다. 상단 하단 표시는 단백질–관심, NI10C 분자 측면 I91 단백질 I91 polyprotein에서 결과 표시 합니다. 이러한 녹음 표시 I91의 특성 힘 (200 pN) 윤곽선 길이 증가 (28 nm) 정렬 및 AFM의 교정 되었는지 나타냅니다. 이러한 힘 확장 곡선 다음 웜 …

Discussion

프로토콜에 중요 한 단계는 “지문” 단일 분자 이벤트를 긍정적인 통제 역할 단계 1.1.2에서에서 설명 하는 polyprotein의 사용 이다. 일반적으로, 거기 한다 밝혀지고 있을 polyprotein 단백질의 이벤트 (I91, 즉 약 28의 약 200 pN 및 윤곽선 길이 증가의 펼쳐진 힘 nm) 관심사의 단백질의 접힌 되었습니다는 명확 하 게 결론. 예를 들어 때 관심사의 단백질은 양쪽에서 3 개의 I91 도메인에 의해 형벌 이다, 다음 있?…

Offenlegungen

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

이 작품은 국립 과학 재단 교부 금 인 m c B-1244297 및 MCB-1517245 PEM에 의해 지원 되었다.

Materials

AFM Specimen Discs, 15mm diameter Ted Pella, Inc. 16218 Serve as base for glass substrate
Round Glass Coverslips, 15mm diamiter No.1 Thick Ted Pella, Inc. 26024 serve as glass substrate and base for gold coating
Adhesive Tabs Ted Pella, Inc. 16079 Paste on AFM Specimen Discs to provide a sticky face for attaching glass coverslips
STD Multimode head assembly Bruker Nano Inc. 1B75C AFM head
Glass probe holder Bruker Nano Inc. MTFML-V2 Glass probe holder for scanning in fluid with the MultiMode AFM.  
Microlever AFM probes Bruker Nano Inc. MLCT Silicon Nitride cantilevers with Silicon Nitride tips, ideal for contact imaging modes
AFM probes with Au coated tips Bruker Nano Inc. OBL-10 Cantilevers for pulling on proteins with low unfolding force
Multifunction Data Acquisition (DAQ) Card,16-Bit, 1 MS/s (Multichannel), 1.25 MS/s (1-Channel), 32 Analog Inputs National Instruments PCI-6259 Data Acquisition for signals from AFM head and Piezo Actuators
LISA Linear Piezo Stage Actuators Physik Instrumente LP P-753.11C Piezo Actuator to control the position of substrate and perform pulling measurements
XY Piezo Stage Physik Instrumente LP P-541.2CD Piezo Actuator to control the position of substrate and scan on substrate surface

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Scholl, Z. N., Li, Q., Josephs, E., Apostolidou, D., Marszalek, P. E. Force Spectroscopy of Single Protein Molecules Using an Atomic Force Microscope. J. Vis. Exp. (144), e55989, doi:10.3791/55989 (2019).

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