Summary

Laboratory Simulering av en Iron (II) rik prekambrium Marine Oppstrømning System til Utforsk Vekst av fotosyntetiske bakterier

Published: July 24, 2016
doi:

Summary

Vi simulert en prekambrium ferruginous marine oppstrømning system i en lab-skala vertikal gjennomstrømning kolonnen. Målet var å forstå hvordan geokjemiske profiler av O 2 og Fe (II) utvikle seg som cyanobakterier produserer O 2. Resultatene viser etablering av en kjemoklin på grunn av Fe (II) oksidering av photosynthetically produsert O 2.

Abstract

En konvensjonell konsept for deponering av noen prekambriske bøyle Iron Formasjoner (BIF) fortsetter på antagelsen om at toverdig jern [Fe (II)] oppstrømning fra hydrotermale kilder i prekambrium havet ble oksidert av molekylært oksygen [O 2] produsert av cyanobakterier. De eldste BIFs, deponert før den store Oksidasjon hendelse (GOE) på om lag 2,4 milliarder år (Gy) siden, kunne ha dannet ved direkte oksidasjon av Fe (II) ved anoxygenic photoferrotrophs henhold anoksiske forhold. Som en metode for testing av geokjemiske og mineralogiske mønstre som utvikler under forskjellige biologiske scenarier, har vi designet en 40 cm lang vertikal gjennomstrømning kolonne for å simulere en anoksisk Fe (II) rik marin oppstrømning system representant for en gammel havet på en lab skala . Sylinderen ble fylt med en porøs glassperle matrise for å stabilisere de geokjemiske gradienter, og væskeprøver for jern kvantifisering kan bli tatt gjennom vannsøylen. Oppløst oksygen varoppdaget ikke-invasiv via optodes fra utsiden. Resultater fra biotiske eksperimenter som involverte upwelling fluks av Fe (II) fra bunnen, en tydelig lys gradient fra toppen, og cyanobakterier til stede i vannsøylen, viser klart bevis for dannelse av Fe (III) mineralske utfellinger og utvikling av en kjemoklin mellom Fe (II) og O 2. Denne kolonnen tillater oss å teste hypoteser for dannelsen av de BIFs ved dyrking cyanobakterier (og i fremtiden photoferrotrophs) under simulerte marine prekambriske forhold. Videre hypoteser vi at vår kolonne konseptet tillater for simulering av ulike kjemiske og fysiske omgivelser – herunder grunne marine eller innsjøsedimenter.

Introduction

Prekambrium (4,6 til 0,541 Gy siden) atmosfære opplevd en gradvis oppbygging av photosynthetically produsert oksygen (O 2), kanskje avbrutt av vise endringer i den såkalte "Great Oksidasjon hendelse" (GOE) på ca 2,4 Gy siden, og igjen i Neoproterozoic (1 til 0,541 Gy siden) som atmosfærisk O 2 nærmet moderne nivå 1. Cyanobakterier er de evolusjonære rester av de første organismer som kan oxygenic fotosyntese to. Geokjemiske bevis og modellering studier støtter rollen til grunne kystmiljøer i husing aktive samfunn av cyanobakterier eller organismer som kan oxygenic fotosyntese eller oxygenic fotoautotrofi, genererer lokale oksygen oaser i overflaten havet under en overveiende anoksisk atmosfære 3-5.

Avsetningen av bøyle Iron Formasjoner (BIFs) fra sjøvann gjennom prekambriske poeng til jern (II) (Fe (II)) som en viktig geokjemiske constituent av sjøvann, i det minste lokalt, i løpet av deres behandling. Noen av de største BIFs er dypvanns innskudd, forming av kontinentalsokkelen og skråningen. Mengden av Fe deponert er uforenlige fra et massebalanse standpunkt med overveiende kontinental (dvs. forvitring) kilde. Derfor er mye av Fe må ha blitt levert fra hydrotermale endring av mafisk eller ultramafiske havbunnen skorpe 6. Estimater av frekvensen av Fe avsatt påhengs av kystmiljøet er i samsvar med Fe (II) som leveres til overflaten havet via oppstrømning 7. For at Fe som skal transporteres i upwelling strømmer, må ha vært tilstede i den reduserte, mobil formen – som Fe (II). Den gjennomsnittlige oksydasjonstilstanden av Fe bevart i BIF er 2,4 til 8, og det er generelt antatt at BIF bevare Fe avsatt som Fe (III), som dannes ved oppstrømning Fe (II) ble oksydert, eventuelt med oksygen. Derfor utforske potensielle Fe (II) oksidasjonsmekanismer langs skråningen environments er viktig å forstå hvordan BIF dannet. Videre har videreutviklet geokjemisk karakterisering av marine sedimenter identifisert som ferruginous forhold, der Fe (II) var til stede i en anoksisk vannsøyle, var en vedvarende funksjon av havene gjennom prekambrium, og kanskje ikke har vært begrenset til bare tid og sted hvor BIF ble avsatt 9. Derfor, i minst to milliarder år av jordens historie, redoks grensesnitt mellom Fe (II) og O 2 i de grunne havene var sannsynligvis vanlig.

Tallrike studier utnytte moderne nettsteder som er kjemiske og / eller biologiske analoger av ulike funksjoner i prekambrium havet. Et godt eksempel er jernholdig innsjøer hvor Fe (II) er stabil og til stede i solbelyste overflatevann mens fotosynteseaktiviteten (inkludert av cyanobakterier) ble påvist 10-13. Resultatene fra disse studiene gir innsikt i geokjemiske og mikrobielle egenskaper ved en oksisk til anoksisk / ferruginous kjemoklin. Men disse områdene er generelt fysisk stratifisert med liten vertikal miksing 14, i stedet for de kjemiske grensesnitt som forekommer i en oppstrømning system, og er tenkt å støtte de mest oksygen produksjon i prekambrium tid 4.

En naturlig analog å utforske utviklingen av et marint oksygen oase under en oksygenfri atmosfære, og på en Fe (II) rik oppstrømning system i solbelyste overflatevann kolonnen er ikke tilgjengelig på moderne Jorden. Derfor er et laboratorium system som kan simulere en ferruginous oppstrømning sone og også støtte veksten av cyanobakterier og photoferrotrophs nødvendig. Forståelsen og identifisering av mikrobielle prosesser og deres samspill med en oppstrømning vandig medium som representerer prekambrium sjøvann fremmer forståelse og kan utfylle informasjonen han fikk fra rock posten for å fullt ut forstå den særegne biogeokjemiske prosesser på gamle jorden. </p>

Mot dette formål, ble en laboratorie-skala-kolonne konstruert i hvilken Fe (II) -rik sjøvann medium (pH nøytral) ble pumpet inn i bunnen av kolonnen og pumpes ut fra toppen. Belysning ble gitt øverst for å skape en 4 cm bred "eufotisk" som støttet vekst av cyanobakterier i topp 3 cm. Naturmiljøer er generelt stratifisert og stabilisert av fysio gradienter, som salinitet eller temperatur. For å stabilisere vannsøylen på en lab-skala, ble kolonnen sylinder pakket med et porøst glassperle matrise som hjalp til å opprettholde etablering av geokjemiske mønstre som er utviklet i løpet av eksperimentet. En kontinuerlig N2 / CO2-gass-strømmen ble anvendt for å skylle det øvre område av kolonnen for å opprettholde en oksygenfri atmosfære reflektert av et hav før den GOE 15. Etter å ha en konstant strøm av Fe (II) ble etablert, ble inokulert cyanobakterier i hele kolonnen, og deres growth ble overvåket av celletall på prøver fjernet gjennom prøvetakingsportene. Oksygen ble overvåket in situ ved å plassere oksygenfølsomme optode folier på den indre vegg av kolonnen sylinder og målinger den ble gjort med en optisk fiber fra utsiden av kolonnen. Vandig Fe arts ble kvantifisert ved å fjerne prøver fra dybde-løst horisontale prøvetakingsporter og analysert med Ferrozine metoden. De abiotiske kontroll eksperimenter og resultater viser proof-of-concept – som en laboratorieskala analog av den gamle vannsøylen, holdt isolert fra atmosfæren, er oppnåelig. Cyanobakterier vokste og produsert oksygen, og reaksjonene mellom Fe (II) og oksygen ble løses. Heri er metodikken for design, forberedelser, montering, gjennomføring, og prøvetaking av en slik kolonne presentert, sammen med resultatene fra en 84-timers løp i kolonnen mens inokulert med den marine cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7002.

Protocol

1. Utarbeidelse av Dyrking Medium Merk: Informasjon om de nødvendige utstyr, kjemikalier og forsyninger for utarbeidelse av kulturmediet er oppført i tabell 1 Kursiv alfanumeriske koder i parentes refererer til utstyr spesifisert i tabell 2 og vist i figur 1.. Forbered 5 liter Marine fotoautotrofi (MP) medium (heretter kalt "medium") etter protokollen av Wu et al. 16. Juster pH til 6,8 ved hjelp av …

Representative Results

kontrollforsøk Abiotiske kontrollforsøk (10 dager) viste gjennomgående lav oksygenkonsentrasjon (O 2 <0,15 mg / l) uten vesentlige svingninger i Fe (II) -profile hele oppstrømning vannsøylen. Dannelsen av bunnfall (antagelig Fe (III) (oxyhydr-) oksyder) i mediet reservoaret og svak nedgang i det totale Fe (II) konsentrasjon fra 500 uM til 440 uM over 10 dager viser at noen av ok…

Discussion

Mikrobielle samfunn i prekambrium havet ble regulert av, eller endring som et resultat av deres aktivitet og de rådende geokjemiske forhold. I tolke opprinnelsen til BIF, forskere generelt antyde tilstedeværelsen eller aktiviteten til mikroorganismer basert på sedimentologi eller geokjemi av BIF, f.eks Smith et al. 23 og Johnson et al. 24. Studiet av moderne organismer i moderne miljøer som har geokjemiske analoger til gamle miljøer er også en verdifull tilnærming,…

Offenlegungen

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Mark Nordhoff bistått i utformingen og gjennomføringen av slangekoblinger. Ellen Struve bidratt til å velge og kjøpe utstyr som brukes.

Materials

Widdel flask (5 L) Ochs 110015 labor-ochs.de
Glass bottles (5 L) Rotilabo Y682.1 carlroth.com
Glass pipettes (5 mL) 51714 labor-ochs.de
0.22 µm Steritop filter unit (0.22 µm Polyethersulfone membrane) Millipore X337.1 carlroth.com
Aluminum foil
Sterile Luer Lock glass syringe, filled with cotton C681.1 carlroth.com
Luer Lock stainless steel needles (150 mm, 1.0 mm ID) 201015 labor-ochs.de
NaCl Sigma 433209 sigmaaldrich.com
MgSO4 Sigma 208094 sigmaaldrich.com
CaCl2 Sigma C4901 sigmaaldrich.com
NH4Cl Sigma A9434 sigmaaldrich.com
KH2PO4 Sigma P5655 sigmaaldrich.com
KBr Sigma P3691 sigmaaldrich.com
KCl Sigma P9541 sigmaaldrich.com
Glass cylinder Y310.1 carlroth.com
Glass wool 7377.2 carlroth.com
Glass beads (ø 0.55 – 0.7 mm) 11079105 biospec.com
Butyl rubber stopper (ø 1.2 cm) 271024 labor-ochs.de
Petri Dish, glass (ø 8.0 cm) T939.1 carlroth.com
Polymers glue OTTOSEAL S68 adchem.de
Optical oxygen sensor foil (for oxygen analysis, see below) – on request – presens.de
Rubber tubing (35 mm, 7 mm ID) 770350 labor-ochs.de
Luer Lock tube connector (3.0 mm, luer lock male = LLM) P343.1 carlroth.com
Luer Lock tube connector (3.0 mm, luer lock female = LLF) P335.1 carlroth.com
Rubber tubing (25 mm, 0.72 mm ID) 2600185 newageindustries.com
Rubber tubing (50 mm, 7 mm ID) 770350 labor-ochs.de
Luer Lock stainless steel needle (150 mm, 1.0 mm ID) 201015 labor-ochs.de
Luer Lock glass syringe (10 mL) C680.1 carlroth.com
Loose cotton 
Butyl rubber stopper (ø 1.75 cm) 271050 labor-ochs.de
Stainless steel needle (40 mm, 1.0 mm ID) Sterican 4665120 bbraun.de
Luer Lock stainless steel needle (150 mm, 1.5 mm ID) 201520 labor-ochs.de
position: Luer Lock female connector part at C.7
Polymers glue OTTOSEAL S68 adchem.de
Stainless steel needle (120 mm, 0.7 mm ID) Sterican 4665643 bbraun.de
Rubber tubing (40 mm, 0.74 mm ID) 2600185 newageindustries.com
Heat shrink tubing (35 mm, 3 mm ID shrunk) 541458 – 62 conrad.de
Tube clamp STHC-C-500-4 tekproducts.com
Luer Lock tube connector (1.0 mm, LLF) P334.1 carlroth.com
Luer Lock plastic cap (LLM) CT69.1 carlroth.com
Glass bottle (5 L) Rotilabo Y682.1 carlroth.com
Butyl rubber stopper (for GL45) 444704 labor-ochs.de
Stainless steel capillary (300 mm, 0.74 mm ID) 56736 sigmaaldrich.com
Stainless steel capillary (50 mm, 0.74 mm ID) 56737 sigmaaldrich.com
Shrink tubing (35 mm, 3 mm ID shrunk) 541458 – 62 conrad.de
Rubber tubing (100 mm, 0.74 mm ID) 2600185 newageindustries.com
Luer Lock tube connector (1.0 mm, LLF) P334.1 carlroth.com
Luer Lock glass syringe (10 mL) C680.1 carlroth.com
Loose cotton 
Butyl rubber stopper (ø 1.75 cm) 271050 labor-ochs.de
Stainless Steel needle (40 mm, 0.8 mm ID) Sterican 4657519 bbraun.de
Luer Lock glass syringe (5 mL) C679.1 carlroth.com
Butyl rubber stopper (ø 1.75 mm) 271050 labor-ochs.de
Stainless steel needle (40 mm, 0.8 mm ID) Sterican 4657519 bbraun.de
Rubber tubing (40 mm, 0.74 mm ID) 2600185 newageindustries.com
Glass bottle (2 L) Rotilabo X716.1 carlroth.com
Butyl rubber stopper (for GL45) 444704 labor-ochs.de
Stainless steel capillary (50 mm, 0.74 mm ID) 56736 sigmaaldrich.com
Rubber tubing (30 mm x 0.74 mm ID) 2600185 newageindustries.com
Rubber tubing (100 mm x 0.74 mm ID) 2600185 newageindustries.com
Luer Lock tube connector (1.0 mm, LLF) P334.1 carlroth.com
Luer Lock 3-way connector (LLF, 2x LLM) 6134 cadenceinc.com
Light source Samsung SI-P8V151DB1US samsung.com
Peristalic pump Ismatec EW-78017-35 coleparmer.com
Pumping tubing (0.89 mm ID) EW-97628-26 coleparmer.com
Stainless steel capillary (200 mm, 0.74 mm ID) 56736 sigmaaldrich.com
Stainless steel capillary (400 mm, 0.74 mm ID) 56737 sigmaaldrich.com
Supel-Inert Foil (Tedlar – PFC) gas pack (10 L) 30240-U sigmaaldrich.com
Rubber tube (30 mm, 6 mm ID) 770300 labor-ochs.de
Luer Lock tube connector (3.0 mm, LLM) P343.1 carlroth.com
Luer Lock tube connector (3.0 mm, LLF) P335.1 carlroth.com
Gas-tight syringe (20 mL) C681.1 carlroth.com
Bunsen burner
Fiber optic oxygen meter for oxygen quantification Presens TR-FB-10-01 presens.de
Vacuum pump
Silicone glue for oxygen optodes Presens PS1 presens.de

Referenzen

  1. Lyons, T. W., Reinhard, C. T., Planavsky, N. J. The rise of oxygen in Earth’s early ocean and atmosphere. Nature. 506 (7488), 307-315 (2014).
  2. Raymond, J., Blankenship, R. E. The origin of the oxygen-evolving complex. Coord. Chem. Rev. 252 (3-4), 377-383 (2008).
  3. Kendall, B., Reinhard, C. T., Lyons, T., Kaufman, A. J., Poulton, S. W., Anbar, A. D. Pervasive oxygenation along late Archaean ocean margins. Nature Geosci. 3 (9), 647-652 (2010).
  4. Olson, S. L., Kump, L. R., Kasting, J. F. Quantifying the areal extent and dissolved oxygen concentrations of Archean oxygen oases. Chem. Geol. 362 (1), 35-43 (2013).
  5. Satkoski, A. M., Beukes, N. J., Li, W., Beard, B. L., Johnson, C. M. A redox-stratified ocean 3.2 billion years ago. Earth Planet. Sci. Lett. 430 (1), 43-53 (2015).
  6. Holland, H. D. Oceans – Possible Source of Iron in Iron-Formations. Econ. Geol. 68 (7), 1169-1172 (1973).
  7. Holland, H. D., Lazar, B., Mccaffrey, M. Evolution of the Atmosphere and Oceans. Nature. 320 (6057), 27-33 (1986).
  8. Klein, C., Beukes, N. J., Schopf, J. W., Klein, C. Time distribution, stratigraphy, and sedimentologic setting, and geochemistry of Precambrian iron-formations. The Proterozoic Biosphere. , 139-146 (1992).
  9. Poulton, S. W., Canfield, D. E. Ferruginous Conditions: A Dominant Feature of the Ocean through Earth’s History. Elements. 7 (2), 107-112 (2011).
  10. Busigny, V., et al. Iron isotopes in an Archean ocean analogue. Geochim. Cosmochim. Acta. 133, 443-462 (2014).
  11. Crowe, S. A., et al. Photoferrotrophs thrive in an Archean Ocean analogue. PNAS. 105 (41), 15938-15943 (2008).
  12. Jones, C., et al. Biogeochemistry of manganese in ferruginous Lake Matano, Indonesia. Biogeosciences. 8 (10), 2977-2991 (2011).
  13. Lliros, M., et al. Pelagic photoferrotrophy and iron cycling in a modern ferruginous basin. Sci. Rep. 5 (13803), (2015).
  14. Koeksoy, E., Halama, M., Konhauser, K. O., Kappler, A. Using modern ferruginous habitats to interpret Precambrian banded iron formation deposition. Int. J. Astrobiol. , 1-13 (2015).
  15. Canfield, D. E. A new model for Proterozoic ocean chemistry. Nature. 396 (6710), 450-453 (1998).
  16. Wu, W. F., et al. Characterization of the physiology and cell-mineral interactions of the marine anoxygenic phototrophic Fe(II) oxidizer Rhodovulum iodosum – implications for Precambrian Fe(II) oxidation. FEMS Microbiol. Ecol. 88 (3), 503-515 (2014).
  17. Hungate, R. E., Macy, J. The Roll-Tube Method for Cultivation of Strict Anaerobes. Bull. Ecol. Res. Comm. 17 (1), 123-126 (1973).
  18. Van Baalen, C. Studies on marine blue-green algae. Bot. mar. 4 (1-2), 129-139 (1962).
  19. Sakamoto, T., Bryant, D. A. Growth at low temperature causes nitrogen limitation in the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7002. Arch. Microbiol. 169 (1), 10-19 (1998).
  20. Swanner, E. D., Mloszewska, A. M., Cirpka, O. A., Schoenberg, R., Konhauser, K. O., Kappler, A. Modulation of oxygen production in Archaean oceans by episodes of Fe(II) toxicity. Nature Geosci. 8 (2), 126-130 (2015).
  21. Stookey, L. L. Ferrozine – a New Spectrophotometric Reagent for Iron. Anal. Chem. 42 (7), 779-784 (1970).
  22. Fitch, M. W., Koros, W. J., Nolen, R. L., Carnes, J. R. Permeation of Several Gases through Elastomers, with Emphasis on the Deuterium Hydrogen Pair. J. Appl. Polym. Sci. 47 (6), 1033-1046 (1993).
  23. Smith, A. J. B., Beukes, N. J., Gutzmer, J. The Composition and Depositional Environments of Mesoarchean Iron Formations of the West Rand Group of the Witwatersrand Supergroup, South Africa. Econ. Geol. 108 (1), 111-134 (2013).
  24. Johnson, C. M., Beard, B. L., Klein, C., Beukes, N. J., Roden, E. E. Iron isotopes constrain biologic and abiologic processes in banded iron formation genesis. Geochim. Cosmochim. Acta. 72 (1), 151-169 (2008).
  25. Krepski, S. T., Emerson, D., Hredzak-Showalter, P. L., Luther, G. W., Chan, C. S. Morphology of biogenic iron oxides records microbial physiology and environmental conditions: toward interpreting iron microfossils. Geobiology. 11 (5), 457-471 (2013).
  26. Posth, N. R., Konhauser, K. O., Kappler, A. Microbiological processes in banded iron formation deposition. Sedimentology. 60 (7), 1733-1754 (2013).
  27. Maliva, R. G., Knoll, A. H., Simonson, B. M. Secular change in the Precambrian silica cycle: Insights from chert petrology. Geol. Soc. Am. Bull. 117 (7-8), 835-845 (2005).
  28. Kappler, A., Pasquero, C., Konhauser, K. O., Newman, D. K. Deposition of banded iron formations by anoxygenic phototrophic Fe(II)-oxidizing bacteria. Geology. 33 (11), 865-868 (2005).
  29. Krepski, S. T., Hanson, T. E., Chan, C. S. Isolation and characterization of a novel biomineral stalk-forming iron-oxidizing bacterium from a circumneutral groundwater seep. Environ. Microbiol. 14 (7), 1671-1680 (2012).
  30. Czaja, A. D., Johnson, C. M., Beard, B. L., Roden, E. E., Li, W. Q., Moorbath, S. Biological Fe oxidation controlled deposition of banded iron formation in the ca. 3770 Ma Isua Supracrustal Belt (West Greenland). Earth. Planet. Sci. Lett. 363 (1), 192-203 (2013).
  31. Melton, E. D., Schmidt, C., Kappler, A. Microbial iron(II) oxidation in littoral freshwater lake sediment: the potential for competition between phototrophic vs. nitrate-reducing iron(II)-oxidizers. Front. Microbiol. 3 (197), 1-12 (2012).

Play Video

Diesen Artikel zitieren
Maisch, M., Wu, W., Kappler, A., Swanner, E. D. Laboratory Simulation of an Iron(II)-rich Precambrian Marine Upwelling System to Explore the Growth of Photosynthetic Bacteria. J. Vis. Exp. (113), e54251, doi:10.3791/54251 (2016).

View Video