The zebrafish is a powerful model system for developmental biology and human disease research due to their genetic similarity with higher vertebrates. This protocol describes a methodology to create haploid zebrafish embryos that can be utilized for forward screen strategies to identify recessive mutations in genes essential for early embryogenesis.
El pez cebra se ha convertido en un modelo vertebrado dominante que es relevante para muchas disciplinas de estudio científico. El pez cebra son especialmente adecuados para el análisis genético de avance de los procesos de desarrollo debido a su fertilización externa, tamaño embrionario, la ontogenia rápida, y claridad óptica – una constelación de características que permiten la observación directa de eventos que van desde la gastrulación de organogénesis con un estereomicroscopio básica. Además, los embriones de pez cebra pueden sobrevivir durante varios días en el estado haploide. La producción de embriones haploides in vitro es una herramienta poderosa para el análisis mutacional, ya que permite la identificación de alelos mutantes recesivos presente en primera generación (F1) mujeres portadoras Después de la mutagénesis en la generación parental (P). Este enfoque elimina la necesidad de elevar múltiples generaciones (F2, F3, etc) que implica la cría de las familias mutantes, ahorrando así el tiempo investigador junto con la reducciónlas necesidades de espacio de pez cebra colonia, el trabajo y los costos de la cría. Aunque el pez cebra se han utilizado para llevar a cabo delante de las pantallas de las últimas décadas, ha habido una constante expansión de transgénicos y el genoma herramientas de edición. Estas herramientas ofrecen ahora una gran cantidad de formas de crear ensayos de matices para pantallas de próxima generación que se pueden utilizar para diseccionar las redes reguladoras de genes que conducen a la ontogenia de los vertebrados. Aquí se describe cómo preparar los embriones de pez cebra haploides. Este protocolo se puede implementar para nuevos futuras pantallas haploides, tales como en pantallas intensificadoras y supresores, para hacer frente a los mecanismos de desarrollo para un amplio número de procesos y los tejidos que se forman durante las primeras etapas embrionarias.
Los procesos fundamentales que organizan el desarrollo de vertebrados están ampliamente conservados 1. Una forma eficaz de identificar los genes con un papel esencial en el desarrollo es aislar mutaciones hereditarias que conducen a defectos fenotípicos en el proceso de interés. El pez cebra, Danio rerio, es una pequeña especie de teleósteos de agua dulce pertenecientes a la familia de los peces ciprínidos que se ha convertido en un organismo modelo ampliamente utilizado para la genética del desarrollo de vertebrados en las últimas décadas 2. Huevos de pez cebra son fertilizados externamente, que permite el acceso al cigoto desde el inicio de la fertilización 3. Además, el embrión temprano es ópticamente transparente, que permite la visualización del desarrollo con un simple microscopio estereoscópico 3. Ontogenia de pez cebra es rápida, con los procesos de la escisión, la gastrulación, y la organogénesis de muchas estructuras, tales como el corazón y el riñón, en gran medida completadas en el primer día de desarrollo 3. Tque el tiempo de los estadios larvales hasta la madurez sexual tarda 2-3 meses, y los adultos son pequeños vertebrados aproximadamente 3-4 cm de longitud, por lo que muchos peces se pueden mantener en un espacio mínimo 2. Además, los adultos de pez cebra tienen alta fecundidad, con cada pez capaz de producir varios cientos de embriones por semana 2. Estos atributos han hecho que la trazabilidad de pez cebra para el avance y retroceso pantallas genéticos. El pez cebra posee un alto grado de conservación en su anatomía, biología celular y fisiología de las especies más avanzadas de vertebrados como mamíferos 2,4. De hecho, el reciente análisis de la secuencia ha demostrado que el genoma pez cebra contiene homólogos a casi el 70% de los genes humanos 5. Esta conservación ha permitido a los investigadores a utilizar el pez cebra como modelo para numerosas enfermedades humanas, incluyendo tanto embrionario y condiciones de adultos 2,4. En conjunto, estos factores han hecho que el pez cebra un excelente sistema para pantallas cuyo objetivo es identificar los genes que sonesencial para la ontogenia normal de vertebrados.
Un número de pantallas de gran escala han sido llevado a cabo en el pez cebra y han identificado varios miles de mutaciones en los genes de desarrollo 6-8. El macho adulto de pez cebra es susceptible de mutagénesis y alteraciones cromosómicas se puede generar con la relativamente alta frecuencia utilizando el etilnitrosourea mutágeno químico (ENU) 6,7 o retroviral mutagénesis de inserción 9. Hasta la fecha, se han creado más de 9.000 mutaciones hereditarias, e incluyen genes que afectan a prácticamente todos los aspectos de la embriogénesis. La comunidad pez cebra ha establecido un banco centralizado de estos mutantes en el Centro Internacional de Recursos de pez cebra (o ZIRC) 10, que ha recogido aproximadamente 5.000 alelos mutantes y transgénicos de todo el mundo. Muchas de estas mutaciones se han analizado y clonado, dando a los investigadores en todas las disciplinas biológicas información valiosa que se ha utilizado para desmenuzar numeronosotros los caminos celulares y fisiológicos a través de los puntos de vista procedentes de experimentos de pez cebra.
Aunque las pantallas delanteras han identificado un número impresionante de genes importantes, pero mucho tiene que ser apreciado por las redes de regulación genética que median una miríada de procesos. Muchas pantallas emprendidas hasta el momento no han llegado a la saturación, y por lo tanto hacia adelante, así como pantallas de genética inversa se han mantenido una piedra angular para identificar y analizar los mecanismos de la embriogénesis. Si bien hay grandes ideas que pueden extraerse de una sola línea de pez cebra mutante, un factor limitante importante en el campo ha sido históricamente el esfuerzo de mucho tiempo involucrados en la clonación posicional. Por esta razón, la identidad de muchas mutaciones inducidas químicamente ha permanecido como un misterio. Sin embargo, con la reciente llegada de los enfoques de secuenciación de todo el genoma que facilitan la clonación rápida 11-14, identificación increíblemente eficiente de mutaciones genéticas es ahora feasible.
La pantalla hacia adelante prototípico en el pez cebra es una pantalla diploide que pueden identificar mutaciones recesivas en tres generaciones 6,7 (Figura 1, columna de la izquierda). Esta técnica consiste en la generación de mutaciones en las células germinales de los padres (P) hombre, y después del apareamiento este macho con una hembra tipo salvaje. Cada uno de los descendientes de primera generación (F1) de este acoplamiento va a albergar una o más mutaciones únicas debido a las contribuciones cromosómicas del genoma paterno mutado. La progenie F1 se crían y outcrossed con tipos silvestres para crear familias F2. En la familia F2, hermanos serán ya sea de tipo salvaje o portadores heterocigotos, y se incrossed al azar para generar embragues F3 que se analizan para fenotipo (s) de interés. Los embragues F3 de portadores heterocigotos contendrán tipo salvaje 25%, 50% heterocigotos y 25% peces mutantes homocigotos. Este esquema de detección multi-generacional es eficaz, sin embargo, una desventaja importante a esto unnfoque incluye el tiempo necesario para prepararse para la pantalla: al menos 1 año de la cría de peces solo se tratara, ya que cada generación necesita alrededor de 3 meses en alcanzar la madurez sexual. Otras limitaciones de este tipo de pantalla diploide son el trabajo, el espacio y costo de la vivienda de estas generaciones.
La pantalla haploide es una alternativa que se puede utilizar para identificar y posteriormente aislar mutaciones recesivas utilizando estrategias de mutagénesis similares 15 (Figura 1, columna derecha). La producción de embriones de pez cebra haploides fue descrito por primera vez hace más de 30 años 16, y la capacidad del pez cebra normalmente diploide para desarrollar durante varios días con una ploidía cromosómica haploide ha sido utilizada para numerosos estudios genéticos desde este momento. El mayor beneficio de la pantalla haploide es que este método no implica elevar familias F2 con el fin de detectar los alelos mutantes recesivos. En lugar de ello, las hembras de la generación F1 se evalúan parala heterocigosidad de mutaciones recesivas en el proceso de interés mediante el examen de su progenie F2 en una condición haploide (Figura 1, columna derecha). En general, las medidas para procurar embriones haploides son relativamente sencillos (Figura 2). Después de la preparación de las soluciones necesarias para la manipulación de esperma, los huevos se obtienen a partir de hembras de la generación F1 por manipulación manual a fin de extruir (o "exprimir") los huevos desde el vientre. Una vez que se obtienen los huevos, que son fertilizados in vitro por exposición a luz ultravioleta (UV) de esperma inactivado. El esperma inactivado UV son incapaces de contribuir ADN viable para el huevo debido al hecho de que la longitud de onda UV corta reticula el ADN paterna. Sin embargo, los espermatozoides son todavía capaces de desencadenar la actividad de huevo y los eventos asociados con el desarrollo cigóticos. Después de la activación metabólica, el huevo será completar la meiosis II, y proceder a desarrollar con sólo la copia materna depositado de cada cromosómimí. Debido a esto ploidía 1N, el embrión está sujeto a las consecuencias en el desarrollo de un alelo mutante recesivo, si está presente en un cromosoma materno. Por lo tanto cada embrague haploides F2 contendrá 50% de tipo salvaje y el 50% los embriones mutantes si la madre es portadora heterocigota de un alelo recesivo totalmente penetrante. Esta distribución de los genotipos embrionarias permite relativa facilidad en términos de evaluar el embrague para la presencia de fenotipo mutante (s) de interés. Si se detecta un fenotipo tal, el fundador generación hembra F1 posteriormente outcrossed tipo salvaje pez cebra macho para crear y recaudar más portadores heterocigotos. Porque no es necesario levantar múltiples generaciones para realizar la pantalla, el investigador puede ahorrar un tiempo considerable, el trabajo y el espacio acuario, pero todavía tiene el poder para examinar un gran número de genomas con base en el número de hembras F1 examinado. De este modo, las pantallas haploides son especialmente factible para pequeños laboratorios o proyectos iniciados en el absence de una financiación sustancial.
Sin embargo, hay varias limitaciones y desventajas de la utilización de haploides. En primer lugar, los embriones de pez cebra haploides viven por sólo varios días, y por lo general mueren entre 3 y 5 días después de la fertilización (dpf) 15. Embriones de pez cebra haploides se pueden distinguir de los diploides basados en varias características, primero entre ellos un cuerpo corto y robusto, que sin embargo tiene el número normal de segmentos somite 15,17. Dado que el desarrollo avanza, las exposiciones cerebrales aumentaron la muerte celular y la circulación es pobre, por lo general asociados con la acumulación de sangre en un 2-3 dpf y edema 15,17. Además, haploides logran inflar un 15,17 vejiga natatoria. Independientemente de estas diferencias morfológicas, se forman la mayoría de los principales órganos y tejidos, incluyendo el corazón, los ojos y la notocorda 15,17. Una característica observó sobre embragues haploides es que contienen una gama de fenotipos en términos de variedades de embriones defectuosos y #8212; una característica observada través de las cepas de pez cebra. Por lo tanto, se debe verificar si el tejido (s) y lugar de interés vez muestran el desarrollo razonablemente normal en la cepa haploide de tipo salvaje y, por tanto, tienen el potencial de ser evaluados en busca de defectos genéticos en una pantalla u otro proyecto de investigación.
A pesar de estos desafíos, pantallas haploides se han aplicado con éxito para identificar los genes necesarios para los procesos de desarrollo temprano en el pez cebra, y los protocolos de haploides han sido bien establecidos los recursos en la comunidad desde hace muchos años 15-19. Más recientemente, el proceso de generación de embriones de peces haploides se ha utilizado por investigadores para crear haploide madre embrionarias (ES) de cultivos de células de los peces medaka 20,21. Después de la producción de embriones haploides medaka in vitro, se utilizaron los embriones para obtener cultivos de células primarias que se pasaron por cerca de 15 semanas, seguido de otros 5-8 semanas para generar clones puros de células haploides conPropiedades de células madre embrionarias 15-19. La generación de peces haploides líneas de células madre embrionarias tiene amplia promesa de futuro para el análisis de fenotipos recesivos en linajes de células de vertebrados, y representa un nuevo enfoque para el análisis genético en los próximos años. Por lo tanto, la generación de embriones de peces haploides ha creciente de aplicaciones en la comunidad de investigación biomédica. Este artículo de vídeo proporciona una demostración visual de los pasos involucrados con la producción de embriones de pez cebra haploides in vitro usando el esperma inactivado por UV basado en protocolos establecidos 15-19,22.
Screening haploide es una técnica útil para descubrir los genes esenciales necesarios para las etapas tempranas del desarrollo. Además, el cultivo de las células haploides de los peces medaka se ha utilizado para aislar líneas celulares ES-como que tienen numerosas aplicaciones de investigación y el potencial, lo que demuestra que las células haploides pueden proporcionar una valiosa lugar futuro para otros tipos de estudios genéticos de vertebrados 20,21. Este protocolo proporciona una demostración de los métodos involucrados con la realización de la producción de embriones de pez cebra haploides a través de la fertilización in vitro con esperma inactivado con UV. Esta metodología se puede utilizar para realizar pantallas hacia adelante haploides con F1 peces mutagenizado, que se puede hacer utilizando el tipo salvaje, transgénico o cepas mutantes para la detección del potenciador / supresor.
Aunque el tiempo de detección sistemática mediante una estrategia haploides se acorta enormemente en comparación con el cribado diploide, será, sin embargo, tardará varios meses en completarse. Como DescriCama anteriormente, hay muchos beneficios que existen al realizar una pantalla utilizando un esquema haploides, todo lo cual puede ayudar a hacer nuevos aportes al conocimiento actual acerca de cualquier número de eventos de desarrollo. La metodología pantalla haploide es más eficiente para la identificación de alelos mutantes recesivos que las pantallas basadas en diploides debido a la reducción de tiempo, espacio, y el número de peces que se necesitan. Sin embargo, hay varias trampas a una pantalla haploide. Una pantalla haploide sólo puede identificar mutantes en genes que están activos dentro de los primeros pocos días de desarrollo, como el embrión sólo puede sobrevivir por un tiempo limitado con un genoma haploide. Los genes que se expresan más adelante en el desarrollo tendrían que ser identificado por un método diferente, tal como una pantalla diploide. Además, algunos órganos no se desarrollan correctamente en un organismo haploide. Puede haber anormalidades anatómicas, o un tiempo de retraso de desarrollo, que pueden causar la mutación se puede perder por la técnica de cribado haploides. Yon Además, algunas cepas de peces no se desarrollan tan bien en una condición haploide 15. Haploides pueden clasificarse por una serie de calificaciones de buenos, intermedios y pobres características embrionarias, con una embriones es el más normal, B para designar a los embriones con defectos en el eje, pero una cabeza y una cola clara, y C / D para designar a los embriones con irreconocible características (masas de células encima de las bolas de la yema) 15,17. Las proporciones de los embriones dentro de estas categorías varía según la cepa de pez cebra, con un mayor número de mejores haploides calidad más prevalentes en particular, las bases genéticas 15,17. Debido a estos factores, es necesario encontrar una cepa adecuada de pez cebra para llevar a cabo la mutagénesis y cruces subsiguientes. En nuestra experiencia reciente, la cepa de tipo salvaje Tübingen producido haploides viables para la selección (como se muestra en las figuras 3 y 4) aunque los investigadores históricamente pez cebra han utilizado el AB o los AB * cepas para experim haploidesentación 15.
Además de estos retos anteriormente mencionados, no todas las hembras de pez cebra adultos imprimadas producirán un embrague en la realización de la técnica de compresión. Por ejemplo, en el trabajo con mutagenized-ENU hembras cepa Tübingen, aproximadamente la mitad de todas las mujeres producen un embrague a apretar, y una fracción de ellos (normalmente 10-30%) eran de mala calidad embrionaria o no podría ser fertilizado. Por lo tanto, para llevar a cabo una pantalla haploides se debe planificar para elevar al menos dos veces tantos peces como sea necesario para seleccionar el número deseado de genomas (cada mujer representa un genoma proyectado). Independientemente de esta consideración, los beneficios del método haploide de cribado para cubrir un gran número de genomas sin una instalación de animales masiva son de hecho bastante significativo si el ensayo es susceptible al estado haploide. Sin embargo, cabe también señalar que el estudio adicional de la mutación (s) identificados en el embrague haploide es totalmente dependiente de criar con éxito unn outcross del fundador femenino. Al igual que con cualquier pantalla, 'hits' identificado inicialmente durante el proceso de selección debe ser re-identificados en el estado diploide.
A pesar de los peligros de la utilización de la pantalla haploides, que ha demostrado ser un gran éxito en la identificación de mutantes, que se han analizado en profundidad con ganancias interesantes en el campo científico 15. Pantallas haploides se pueden implementar para investigar otros procesos poco conocidos del desarrollo de los vertebrados. Usando haploides para pantallas intensificadoras y supresores es una manera de obtener mayor conocimiento en las actividades y red de regulación de un gen de interés. La técnica de cribado haploides también se puede utilizar para identificar potenciadores y supresores de mutantes que ya hayan sido aislados por métodos tales como mutagénesis química o por inserción o la genética inversa enfoques como la labranza o Talens. En resumen, el mutante aislado previamente puede mutagenizó con ENU y se tamiza para potenciadores o suppressors del fenotipo mutante original de. El mutante debe ser capaz de llegar a la etapa adulta, por lo que es necesario disponer de un animal o heterocigotos una débil peces mutantes homocigotos para realizar esta pantalla, sin embargo los recientes avances en la transgénesis han permitido a los investigadores de la falda de este problema. Aprender a manipular vías de desarrollo puede dar lugar a muchas posibilidades interesantes, como la posibilidad de que las vías de perturbación para el tratamiento de estados de enfermedad.
The authors have nothing to disclose.
Este trabajo fue apoyado por fondos de RAW de las siguientes opciones: subvenciones del NIH K01 DK083512, DP2 OD008470 y R01 DK100237; March of Dimes Basil O'Connor Premio Académico de Inicio # 5-FY12-75; poner en marcha los fondos de la Universidad de Notre Dame Colegio de Ciencias y el Departamento de Ciencias Biológicas; y una generosa donación a la Universidad de Notre Dame de Elizabeth y Michael Gallagher, en nombre de la familia Gallagher para fomentar la investigación con células madre. Los financiadores no tenía papel en el diseño del estudio, recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito. Damos las gracias a los funcionarios del Departamento de Ciencias Biológicas por su apoyo, y el Centro de Investigación de Pez Cebra en Notre Dame por su extraordinaria dedicación en el cuidado y el bienestar de nuestra colonia de pez cebra. Agradecemos GF Gerlach para tomar las fotografías que se presentan en la Figura 4. Finalmente, agradecemos a todos los miembros de nuestro laboratorio de investigación para sus comentarios, discusiones y insights sobre este trabajo.
Name of Reagent/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description |
Hank's Stock Solution #1 | 8.0 g NaCl, 0.4 g KCl in 100 ml ddH2O | ||
Hank's Stock Solution #2 | 0.358 g Na2HPO4 anhydrous; 0.60 g K2H2PO4 in 100 ml ddH2O | ||
Hank's Stock Solution #4 | 0.72 g CaCl2 in 50 ml ddH2O | ||
Hank's Stock Solution #5 | 1.23 g MgSO4-7H2O in 50 ml ddH2O | ||
Hank's Premix | Combine in the following order: (1) 10.0 ml HS#1, (2) 1.0 ml HS#2, (3) 1.0 ml HS#4, (4) 86 ml ddH2O, (5) 1.0 ml HS#5. Store all HS Solutions and Premix at 4 degrees Celcius. | ||
Hank's Stock Solution #6 | 0.35 g NaHCO3 in 10.0 mls ddH2O; make fresh on day of use. | ||
Hank's Final working solution | Combine 9.9 ml of Hank's Premix with 0.1 ml HS Stock #6 | ||
XX-Series UV Bench lamp | UVP | 95-0042-05 | Model XX-15S Bench Lamp |
XX Bench Stand (Adjustable) | UVP | 18-0062-01 | Model XX-15 Stand |
Embryo incubation dish | Falcon | 35-1005 | |
50 X E3 | 250 mM NaCl, 8.5 mM KCL, 16.5 mM CaCl2, 16.5 mM MgSO4 in distilled water. Supplement with methylene blue (1 x 10-5 M) (Sigma M9140) to inhibit contamination. | ||
1 X E3 | Dilute 50 X E3 in distilled water | ||
Stereomicroscope | Nikon | SMZ645; SMZ1000 |