The zebrafish is a powerful model system for developmental biology and human disease research due to their genetic similarity with higher vertebrates. This protocol describes a methodology to create haploid zebrafish embryos that can be utilized for forward screen strategies to identify recessive mutations in genes essential for early embryogenesis.
斑马鱼已成为一种主流的脊椎动物模型是相关的科学研究的许多学科。斑马鱼特别适合于发育过程前进遗传分析,由于其外部受精,胚胎大小,迅速个体发育,和光学透明性 – 特性,使直接观察的活动范围从原肠胚形成到器官发生与基本的体视显微镜的一个星座。此外,斑马鱼的胚胎可以在单倍体状态下存活数天。 体外单倍体胚的生产是一种强大的工具,突变分析,因为它可以使隐性突变等位基因的鉴定存在于第一代(F1)雌性载体在亲本(P)生成下列诱变。这种方法消除了需要提高多个世代(F2,F3 等 ),涉及突变的家庭繁殖,从而节省了研究者的时间随着减少需要对斑马鱼克隆空间,劳动力和饲养成本。尽管斑马鱼已被用来进行着屏幕,在过去几十年里,出现了转基因和基因组编辑工具,稳步扩张。这些工具现在提供了大量的方法来创建细致入微的分析,为新一代的屏幕,可以用来进一步剖析了基因调控网络,推动脊椎动物个体发育。在这里,我们描述了如何准备单倍体斑马鱼胚胎。这个协议可以为未来的新颖单倍体的屏幕,如在增强子和抑制屏来实现,以解决发展的机制,在早期胚胎阶段形成过程和组织的广泛数量。
编排脊椎动物发育的基本过程大致保守1。一个强大的方法,以确定基因与发展至关重要作用是隔离遗传突变导致的表型缺陷,在利益的过程。斑马鱼, 斑马鱼 ,是属于鲤科鱼的家庭,已经成为一种广泛使用的模式生物,脊椎动物的发育遗传学在过去的几十年中2小淡水硬骨鱼类的物种。斑马鱼的卵被外部受精,从而准许接近所述受精卵从受精3的发作。另外,在早期胚胎是光学透明的,从而使显影的可视化用一个简单的显微镜3。斑马鱼的个体发育迅速,与乳沟,原肠胚形成,许多结构,如心脏和肾脏,基本完成了开发3的第一天的器官的过程。 Ŧ他的时间从幼虫期到性成熟需要2-3个月,而成年人是小型脊椎动物长约3-4厘米,这么多的鱼可以保持在最小的空间2。此外,斑马鱼的成年人有较高的繁殖力,每个鱼能够生产每2星期几百个胚胎。这些属性都呈现斑马鱼的易处理性的正向和反向遗传筛选。斑马鱼具有保护高度在他们的解剖学,细胞生物学,生理学与更高级的脊椎动物物种,如哺乳动物2,4。事实上,最近的序列分析表明,斑马鱼基因组中含有同源近70%的人类基因5。这种保护使研究人员能够利用斑马鱼作为模式为许多人类疾病,包括胚胎和成年条件2,4。总而言之,这些因素使斑马鱼一个优秀的系统屏幕旨在确定基因的位置正常脊椎动物个体发育至关重要。
一些大型的屏幕已经进行了斑马鱼,并在发育基因6-8发现数千突变。斑马鱼成年男性是服从诱变和染色体改变可以与相对高的频率利用化学诱变剂乙基亚硝基脲(ENU)6,7或逆转录病毒插入诱变9产生。迄今为止,已有超过9,000遗传的突变已被创建,并且包括基因影响胚胎发生的几乎所有方面。斑马鱼的社区已经建立了这些突变体的银行集中在国际斑马鱼资源中心(或ZIRC)10,已经从世界各地收集约5,000突变和转基因的等位基因。许多这些突变进行了分析和克隆,让研究人员跨生物学科已被用来捉弄除了NUMERO有价值的信息通过发起与斑马鱼实验的见解,我们的细胞和生理途径。
尽管前进的屏幕已经确定的重要的基因数目可观,很多还没有意识到有关的基因调控网络,调解的过程万千。迄今开展的许多画面都没有达到饱和,从而推进以及反向遗传筛选仍然是一个基石,以识别和分析胚胎发育的机制。虽然有一些可以从任何单一的斑马鱼突变系中搜集到的巨大的见解,在该领域的主要限制因素,历史上曾参与了定位克隆的时候费时费力。出于这个原因,许多化学诱导突变的身份一直是个谜。然而,随着全基因组测序的方法,以促进快速克隆11-14近期问世,令人难以置信的高效识别基因突变是目前FEasible。
在斑马鱼中的典型正向屏幕是二倍体屏幕,可以三代6,7内识别隐性突变( 图1中 ,左边的列)。这项技术涉及在父母(P)的男性的生殖细胞产生突变,然后交配这个男性与野生型女性。每个从该配合的第一代(F1)的后代将怀有因突变的父本基因组的染色体贡献的一个或多个独特的突变。 F1子代被提出,并远交与野生类型来创建F2家庭。在F2家庭,兄弟姐妹将实行野生型或杂合子携带者,并incrossed随机生成,这对于感兴趣的表型(S)分析,F3离合器。杂合子携带者的F3离合器将包含25%的野生型,50%杂合性,并且25%的纯合突变体鱼。这种多代筛选模式是有效的,但是一个主要的缺点是这种一pproach包括,用于在屏幕准备所需要的时间:至少1年独自鱼养殖的参与,因为每一代人需要3个月左右达到性成熟。这种类型的二倍体屏幕的其他限制的工作,空间和住房这些世代成本。
单倍体屏幕是一个替代方案,可用于识别,并随后分离出隐性突变使用类似的诱变策略15( 图1,右列)。单倍体斑马鱼胚胎的生产被首次描述了30年前的16,和这段时间以来的正常二倍体斑马鱼的几天发展与单倍体染色体倍性的能力已经被用于众多的遗传研究。单倍体屏幕的主要好处是,这种方法不涉及募集F2家庭为了筛选隐性突变等位基因。相反地,F1代雌性为评估对象隐性突变的利益通过检查他们的F2后代在单倍体条件( 图1,右列)的过程合度。整体,步骤,促使单倍体胚是相对简单的( 图2)。准备精液处理所需的解决方案后,卵子从F1代雌性通过手工操作获得的,从而挤压(或“挤”)将鸡蛋从腹部。一旦卵获得,它们通过暴露于紫外(UV)灭活的精子受精体外 。紫外灭活精子是不能由于该短波长的UV交联的父系DNA的事实有助于可行的DNA的鸡蛋。然而,精子尚能触发蛋活动,并与合子发育相关的事件。经代谢活化,卵子将完成减数分裂II,并继续发展与各chromoso只有一个母体沉积副本我。正因为如此1N套数,胚胎是受隐性突变等位基因的发展后果,如果是存在于母体染色体。因此,每个F2单倍体离合器将包含50%的野生型和50%的突变的胚胎,如果母亲是一个完全渗透隐性等位基因的杂合载体。胚胎基因型的这种分布使得相对容易地在评价离合器为感兴趣的突变表型(S)的存在方面。如果这样的表型检测,F1代女创始人随后向远交野生型雄性斑马鱼来创建和筹集更多的杂合子携带者。因为这是没有必要提高多代履行屏幕,研究者可以节省大量的时间,人力和水族馆的空间,但仍然有调查基因组的基础上探讨女性F1的数目显著数量的权力。因此,单倍体屏幕是可行尤其在absenc发起的小型实验室或工程Ë投入大量资金。
但是,也有一些局限性和缺点,使用单倍体。首先,单倍体胚胎斑马鱼只能活数天,通常死于天受精后(DPF)15 3和5之间。单倍体斑马鱼的胚胎可以从基于几个特点二倍体加以区别,其中最重要的是一个短而粗壮的身体仍具有体节段15,17的正常数量。随着开发的进展,大脑表现出增加的细胞死亡和血液循环差,由2-3 DPF和水肿15,17与血池通常是相关联的。此外,单倍体不能夸大鳔15,17。不管这些形态差异,最主要的器官和组织形成,包括心脏,眼睛和脊索15,17。一个功能注意到对单倍体离合器就是它们含有各种表型的品种有缺陷的胚胎&#方面8212;整个斑马鱼品系的特征观察。因此,人们应该验证组织(S)和感兴趣的时间点显示出合理的正常发展,在野生型单倍体菌株,所以对在屏幕或其他研究项目的遗传缺陷进行评估的潜力。
尽管存在这些挑战,单倍体屏幕已成功实施,以确定必要在斑马鱼早期发育过程中的基因,和单倍体的协议已经确立社区资源,多年15-19。最近,产生单倍体鱼胚胎的过程已被用于研究人员创建单倍体胚胎干从青鳉鱼20,21(ES)细胞培养物。生产体外鳉单倍体胚后,胚被用来推导传代约15周,然后再5-8周,以产生单倍体细胞与纯克隆原代细胞培养胚胎干细胞特性15-19。鱼单倍体胚胎干细胞系的产生持有分析隐性表型在脊椎动物细胞谱系广阔的未来的承诺,并代表基因分析的新方法在未来几年。因此,单倍体鱼胚胎的一代生长在生物医学研究领域的应用。这个视频文章中提供的涉及生产体外单倍体斑马鱼胚胎使用基于既定协议15-19,22紫外线灭活精子的步骤的可视化演示。
单倍体筛查是一项有用的技术来发现所需的早期发育阶段的必需基因。另外,从青鳉鱼单倍体细胞的培养已用于分离那些有许多研究应用和潜在的,这表明单倍体细胞可以用于其它类型的脊椎动物基因研究20,21提供了宝贵的未来地点ES样细胞系。该协议提供的涉及通过试管受精,用紫外灭活的精子进行生产单倍体斑马鱼胚胎的方法的示范。此方法可用于用诱变F1鱼,可以使用野生型,转基因或突变株为增强/抑制筛选进行执行前向单倍体屏幕。
虽然使用单倍体策略筛选时间被大大缩短相比,二倍体筛选,但是这也将需要几个月的时间才能完成。正如我们所记述先前的床,还有,通过使用一个单倍体模式,所有这些都可以在使左右任意数量的发育事件的当前知识新颖度有助于执行屏幕存在许多好处。单倍体屏幕的方法是更有效的隐性突变等位基因比二倍体的基于屏幕的因时间,空间,和有需要的鱼的数量的减少鉴定。然而,有几个陷阱,以单倍体屏幕。单倍体屏幕只能识别突变的基因是活跃在发展的最初几天,由于胚胎只能在有限的时间生存与单倍体基因组。那些在发展以后表达基因需要通过不同的方法,如一个二倍体屏幕来识别。此外,一些器官不正常的单倍体生物发展。有可能是解剖学异常,或发展的延迟时间,这可能导致该突变由单倍体筛选技术被错过。我Ñ 另外,鱼的某些菌株不以单倍体条件15发展为好。单倍体可以通过分级一系列的好,中,差的胚胎特征进行分类,其中A胚是最正常的,B到指定的胚胎与轴缺陷,但是一个明确的头部和尾部,和C / D指定胚胎无法辨认功能(群众细胞卵黄顶上球)15,17。在这些类别中的胚胎的比例变化由斑马鱼品系,以更优质的单倍体在特定遗传背景的15,17较为普遍增加的数字。由于这些因素,有必要找到斑马鱼的一个适当的菌株进行诱变和随后的杂交。在我们最近的经验,野生型蒂宾根株产生可行的单倍体筛选( 如图3和图4),虽然历史上的斑马鱼研究人员已利用AB或AB *株单倍体experimentation 15。
除了上述这些挑战,不是所有涂底漆的成年雌性斑马鱼将应执行的挤压技术生产的离合器。例如,在用ENU诱变蒂宾应变女性工作时,大约有一半的女性产生经压缩的离合器,以及它们的一些部分(通常10-30%)是胚胎质量不好或不能受精。因此,要进行单倍体屏合一必须计划根据需要筛选基因组(每个女性代表一个基因组筛选)所需的数量,以提高至少两倍的鱼。无论这样的考虑,筛选以覆盖大量的基因组没有大规模动物设施的单倍体方法的好处是确实相当显著,如果分析方法是适合于单倍体状态。但是,也应指出的是,突变(S)在单倍体离合器确定的进一步研究是完全依赖于成功地养育Ñ异交的女创始人。正如任何屏幕上,'打'在筛查过程中初步确定必须重新确定的二倍体状态。
尽管使用了单倍体屏幕的缺陷,它已证明是在确定的突变体,已在深入分析了具有洞察力的涨幅,科学领域的15个非常成功的。单倍体屏幕可以被实现为调查脊椎动物发育的其他知之甚少流程。利用单倍体的增强和抑制的屏幕是获得更多的洞察和活动感兴趣的基因调控网络的方法之一。单倍体筛选技术也可以被用来识别增强剂和已分离的方法,如化学或插入突变或反向遗传学方法,如TILLING或TALENS突变体的抑制剂。总之,先前分离的突变体可以被诱变用ENU和筛选增强或s原突变体的表型uppressors。该突变体必须能够达到成年阶段,所以它需要有一个杂合的动物或弱纯合突变体鱼来执行此屏幕上,但在转基因的最新进展已经使研究人员能够绕开这个问题。学习如何操纵途径的发展可能会导致许多令人兴奋的可能性,包括扰动途径的前景来治疗的疾病状态。
The authors have nothing to disclose.
这项工作是由以下资金为RAW的支持:美国国立卫生研究院资助K01 DK083512,DP2 OD008470,和R01 DK100237;三月角钱罗勒奥康纳入门学者奖#5-FY12-75;开始从科学和生物科学系的圣母院书院的大学基金;和丰盛的礼物圣母院大学从伊丽莎白和迈克尔·加拉格尔代表格尔家族培养干细胞研究。资助者在研究设计,数据收集和分析,发布的决定,或准备稿子没有任何作用。我们感谢生物科学部的工作人员的支持,和中心斑马鱼研究在巴黎圣母院为他们在我们的斑马鱼殖民地的照顾和福利的杰出贡献。我们感谢GF格拉赫采取在图4中提供的照片。最后,我们感谢我们的研究实验室的所有成员的意见,讨论和INSIG关于这项工作HTS。
Name of Reagent/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description |
Hank's Stock Solution #1 | 8.0 g NaCl, 0.4 g KCl in 100 ml ddH2O | ||
Hank's Stock Solution #2 | 0.358 g Na2HPO4 anhydrous; 0.60 g K2H2PO4 in 100 ml ddH2O | ||
Hank's Stock Solution #4 | 0.72 g CaCl2 in 50 ml ddH2O | ||
Hank's Stock Solution #5 | 1.23 g MgSO4-7H2O in 50 ml ddH2O | ||
Hank's Premix | Combine in the following order: (1) 10.0 ml HS#1, (2) 1.0 ml HS#2, (3) 1.0 ml HS#4, (4) 86 ml ddH2O, (5) 1.0 ml HS#5. Store all HS Solutions and Premix at 4 degrees Celcius. | ||
Hank's Stock Solution #6 | 0.35 g NaHCO3 in 10.0 mls ddH2O; make fresh on day of use. | ||
Hank's Final working solution | Combine 9.9 ml of Hank's Premix with 0.1 ml HS Stock #6 | ||
XX-Series UV Bench lamp | UVP | 95-0042-05 | Model XX-15S Bench Lamp |
XX Bench Stand (Adjustable) | UVP | 18-0062-01 | Model XX-15 Stand |
Embryo incubation dish | Falcon | 35-1005 | |
50 X E3 | 250 mM NaCl, 8.5 mM KCL, 16.5 mM CaCl2, 16.5 mM MgSO4 in distilled water. Supplement with methylene blue (1 x 10-5 M) (Sigma M9140) to inhibit contamination. | ||
1 X E3 | Dilute 50 X E3 in distilled water | ||
Stereomicroscope | Nikon | SMZ645; SMZ1000 |