一种用于生物分子转运试验液制备固态纳米孔方法呈现。通过施加高电场的短脉冲,纳米孔直径可控制地增大以亚纳米精度和电气噪声特性显著改善。使用的实验条件下的标准实验室设备中原位进行此过程。
固态纳米孔已经成为一个多功能的工具,单个生物分子,如核酸和蛋白质1的特征。然而,建立在薄的绝缘膜纳米孔中仍然充满挑战。涉及专门聚焦的电子束系统的制造方法可以制作良好定义的纳米孔,但在市售的膜可靠和低噪音的纳米孔产量仍然很低,2,3和大小的控制是平凡4,5。这里,高电场的应用,以微调,同时确保最佳的低噪声性能的纳米孔的尺寸被证实。这些短的高电场脉冲被用来产生一个原始电信号,并允许在长时间暴露放大纳米孔具有亚纳米精度。 在原位进行在使用标准实验室设备的含水环境中,该方法中,改进s的产率和再现性Olid酒店态纳米孔加工。
生物和固态纳米孔提供的检测生物分子的分析物单分子水平1的装置。单个纳米孔通常嵌入在薄的绝缘膜,为离子电流双液水库之间传递的唯一管道。利用的较大规模的库尔特计数器的原理,纳米孔实验涉及变化的离子电流来确定带电生物分子的长度,大小,电荷和构型,因为它们是通过纳米孔在外部电场的存在下电泳驱动。
而生物纳米孔,如α-溶血素通常提供更高的灵敏度和低噪声特性如图3所示 ,支承脂质双层是脆弱的固定尺寸的,并且限制了其适用性。固态纳米孔,在另一方面,被制造在薄(10-50 nm)的氮化硅或氧化硅膜,可以制成不同的SIZES,可以容易地与晶片规模技术6,7集成,并且更健壮,允许更大范围的实验条件。尽管有这些优点,固态纳米孔技术受到限制其效用为生物分子研究几个实际的缺点。而纳米孔尺寸的控制是可能的,但通常是昂贵和费力的实现,需要专门的设备和技术人员。例如,纳米孔通过聚焦离子束钻出最近已显示的特定的实验条件下在扫描电子显微镜(SEM)5收缩。在其他方法中,纳米孔用透射电子显微镜(TEM)钻出可以扩大或缩小取决于光束的条件和随后暴露于水性溶剂8。在这些情况下,纳米孔尺寸的可达到的范围是有限的,难以控制,甚至不可靠的纳米孔的尺寸可以改变下列化学处理或当浸没在一个特定的液体环境9。
离子电流通过固态纳米孔也可以从高噪声苦,这来源是在纳米孔文献2,3,10,11激烈探讨的话题。而各种方法已经被提出来减小电噪声,可靠的,稳定的低噪声的纳米孔的产率通常很低。碳质残渣的钻孔和成像期间沉积可以对电信号的质量产生不利影响,往往使完全润湿了挑战,并造成纳米气泡,可以是难以除去12的形成。此外,通过纳米孔的分子分析物的堵塞会降低信号质量的渲染毛孔无法用于进一步的实验13,14。总之,这些影响大大降低功能性纳米孔器件成品率,增加固态纳米孔研究相关的成本。
该应用程序用Ag / AgCl电极的电压,以产生在0.15-0.3伏/ nm范围内的高电场化提出了一个非常简单的解决方案,这些挑战。经过短暂的电压脉冲,一个清洁,低噪音纳米孔的表面非常适用于单分子研究中的循环应用就产生了。长时间暴露于高电场发起去除构成孔壁膜材料,从而增加了纳米孔的直径。这个增长可通过调整脉冲的强度和持续时间进行精确控制。为流动痕迹降解过一个实验的过程中,由于纳米孔的堵塞的分子吸附到纳米孔表面,这个过程可以被重复以恢复否则将被丢弃堵塞装置。因此,功能性纳米孔的产率进一步提高至使用同一设备多次的能力。这种方法提供了,因为它是在液态下的实验迅速地进行几个优点的条件下,仅需要标准的实验室设备,也可以用软件实现自动化,并产生功能性的高品质纳米孔具有超过95%的产率。
纳米孔大小的控制是极为重要的生物分子传感应用。纳米孔的直径必须被探测分子的大小的数量级,它们必须足够大,以容纳样品但足够小,以实现最佳的信号 – 噪声。而大小的控制使用呈现施加高电场的方法是单向在于,纳米孔直径仅在整个过程中增加 ,纳米孔具有3-100纳米之间的直径可以是老式的,具有亚纳米精度。为3-4纳米的孔隙,可以使用TEM 23可以容易地制造,这允许的固态纳米孔,适用范围广的由探测单链DNA结构的笨重的蛋白-配体复合物的相互作用的应用程序的可靠制造。而纳米孔的增长100nm以上可以非常快速和精确的少,更温和放大的条件可以被用来达到更好的控制过程。为sUCH,为了实现有效的大小控制的最重要的步骤是为了平衡扩效率和在实现所期望的孔径要求的精度水平的脉冲强度和持续时间的选择。这是由较薄的纳米孔(10纳米厚),在那里放大观察较低偏压但可比的电场强度的增大进一步凸显。取决于最终的尺寸,它通常是可能的纳米孔扩大到几分钟亚100纳米的直径。
同样,较大的低频电流波动排除单分子研究,因为它是几乎不可能从背景噪声区分易位信号。不完全润湿24,初始制造25和吸附于纳米孔壁13的碎片后残留的碳残留物的存在会降低信号的质量,因此需要额外的清洁与苛刻的化学处理,往往是我nefficacious。有趣的是,它是常见的固态纳米孔的协议来强调清洁纳米孔在食人鱼溶液或用氧等离子体安装,以帮助润湿剂或除去从钻孔,成像和处理过程遗留下来的任何污染前的重要性。即使有这样的待遇,然而,纳米孔往往不湿或继续表现出高噪声,以及失败的尝试建议的解决方案是进行额外的清洗可以是非常耗时14。具有高电场的应用,根据不同的应用中,这些冗长的协议可能不是必要的。结果发现,大多数设备能够在原地使用本文描述的方法进行复原,从而减少准备时间和需要处理苛刻的化学品。在缓解电噪声的最重要的步骤是在电压和/或脉冲持续时间一个简单的增加完全湿润毛孔和去除松散结合的碎片。以这种方式处理过的纳米孔可以可靠地在生物分子易位实验,如DNA和蛋白质的通道被使用。如果这些分子粘附在孔壁导致堵塞,嘈杂的电信号,高电场脉冲可以重新应用到解除梗阻,恢复为进一步的实验低噪声性能,而无需卸载从流体细胞的纳米孔的芯片。
使用所描述的安装高电场的应用是由该最多可应用10 V和电流放大器,它缺乏在高带宽(> 1千赫)的灵敏度和低噪声特性对外部电源的要求限定单分子检测。虽然典型的生物分子实验依靠一个低噪声电流放大器,它被限制为±1伏,它是简单的设计一个单系统,可以用ADJU做到既高电场调节和灵敏的电流测量稳定的增益。尽管有此限制,从一个设置到另一个的转换是快速,简单。在与用于控制纳米孔尺寸,如使用扫描电镜5,热氧化膜和重塑8的现有技术相比,高电场提供可以在实验室工作台上使用标准设备来执行,并提供更快速,更精确和更便宜的方法范围更广的纳米孔的大小。快速和可重复地降低低频噪声的能力也使得初始制造更可靠和延长的固态纳米孔的寿命,如先前所用的孔,可以振兴用于进一步的实验。总而言之,不同厚度空调与高电场的纳米孔的95%以上表现出非常小的低频噪声特性,使它们适合用于生物分子检测。制造是如此容易,更可靠,使固态纳米孔实验更accessi竹叶提取研究人员和可能允许通过实现更强大的制造工艺商业化的纳米孔技术的路径。
The authors have nothing to disclose.
我们通过自然科学和加拿大,加拿大创新基金会,以及安大略省研究基金工程研究理事会承认的支持。我们感谢华刘援助在纳米孔制备和表征,L. Andrzejewski的有价值的讨论和技术支持,和A. Marziali帮助与纳米孔的软件和仪器的设计。
JEM-2100F TEM | JEOL | Drilling requires 200 kV accelerating voltage | |
Axon Axopatch 200B patch-clamp amplifier | Molecular Devices | Low-noise voltage and current amplifier | |
X-Series data acquisition card | National Instruments | PCI-6351 | Interfacing with setup, apply of high electric fields |
LabVIEW 2012 software | National Instruments | Apply voltages, record current, data analysis | |
Current amplifier | Keithley | Current amplification during high electric field pulses | |
30-nm thick silicon nitride TEM membrane windows | Norcada Inc. | NT005X | Substrate in which nanopores are created |
10-nm thick silicon nitride TEM membrane windows | Norcada Inc. | NT005Z | Substrate in which nanopores are created |
Silicone elastomer O-rings | Marian Chicago | HT6135 | Punched for sealing the nanopore chip |
Ag/AgCl electrodes | In Vivo Metric | E255 | |
Nitric acid | Fisher Scientific | 52004P | Used for cleaning cells – handle with caution |
Hydrogen peroxide | Fisher Scientific | H323 | Used for piranha solution – handle with caution |
Sulfuric acid | Fisher Scientific | A300 | Used for piranha solution – handle with caution |
Potassium chloride | Fisher Scientific | P335 | |
HEPES | Fisher Scientific | BP310 | Buffering KCl solution |
Primary Faraday cage | Shielding nanopore cell, electrodes | ||
Secondary Faraday cage | Shielding headstage, electrode wires | ||
Teflon cell | To hold nanopore chip and reservoirs | ||
Hot plate | VWR | Heating piranha solution |