Órganos aéreos de las plantas están protegidos por la cutícula, una supramolecular biopolyester la cera de montaje. Se presentan los protocolos para controlar la eliminación selectiva de epi-y las ceras de la cutícula intracuticular fruta de tomate en las escalas moleculares y micro por la RMN en estado sólido y la microscopía de fuerza atómica, respectivamente, y para evaluar la capacidad de entrecruzamiento de ingeniería biopolyesters cuticulares.
La cutícula, una capa hidrofóbica de protección en las partes aéreas de las plantas terrestres, funciona como una barrera defensiva versátil a varios estreses bióticos y abióticos, y también regula el flujo de agua desde el ambiente externo. 1 A biopolyester (cutina) y largas cadenas de ácidos grasos ceras) forman el marco estructural principal de la cutícula; la integridad funcional de la capa cuticular depende del exterior 'epicuticular' capa, así como la mezcla que consiste en el biopolímero cutina y ceras de intracuticular de 2 Aquí, se describe un protocolo integral. para extraer de forma exhaustiva las ceras de tomate comercial (Solanum lycopersicum) de frutas o las cutículas para eliminar las ceras y epicuticulares intracuticular secuencialmente y de forma selectiva del compuesto de la cutícula. El método de la máquina y su Schäffer (2001) fue adaptada para la extracción gradual de las ceras y epicuticulares intracuticular de la cutícula de la fruta. 3,4 Para controlar laproceso de eliminación de la cera secuencial, de estado sólido de polarización cruzada magia de ángulo de giro (CPMAS) 13 C RMN se utiliza en paralelo con la microscopía de fuerza atómica (AFM), que proporciona a nivel molecular perfiles estructurales de los materiales a granel, complementadas con información sobre la topografía microescala y la rugosidad de las superficies cuticulares. Para evaluar la capacidad de reticulación de las cutículas desparafinados de frutos de tomate cultivadas de tipo salvaje y de un solo gen mutante, el MAS RMN de 13 C se utilizó para comparar las proporciones relativas de los hidrocarburos alifáticos oxigenada (CHO y CH 2 O), restos químicos.
Desparafinado exhaustiva por extracción Soxhlet en etapas con un panel de disolventes de polaridad variable proporciona un medio eficaz para aislar restos de cera sobre la base de las características hidrofóbicas de su alifáticos y compuestos aromáticos, mientras que preserva la estructura química de la biopolyester cutina. La extracción mecánica de ceras epicuticulares y Seleeliminación de ceras ctive intracuticular, cuando son supervisados por metodologías complementarias físicas, proporciona un medio sin precedentes para investigar el conjunto cutícula: este enfoque revela que la organización supramolecular y la integración estructural de varios tipos de ceras, la arquitectura de la matriz de cutina-cera, y la química la composición de cada componente. Además, de estado sólido de 13 C RMN revela diferencias en los números relativos de CHO y CH 2 O restos químicos de tipo salvaje y mutante frutas rojas maduras de tomate. Las técnicas de RMN ofrecen herramientas excepcionales para huella de la estructura molecular de los materiales que son insolubles cuticulares, amorfo, y heterogéneo químicamente. Como una técnica de imagen no invasiva de superficie selectiva, AFM proporciona un medio eficaz y directo para sondear la estructura orgánica de la asamblea cuticular en la escala de longitud de nm-m.
Los protocolos descritos aquí permiten la caracterización molecular detallada y microescala de un material vegetal intratable complejo sin la necesidad de descomposición química destructiva. Para investigar la fusión de la biopolyester cutina con diversos lípidos (ceras) que controlan la estructura orgánica de la asamblea cuticular, 10 llevamos a cabo y supervisar los procedimientos para la eliminación selectiva de las ceras y epicuticulares intracuticular partir de la mezcla heterogénea cuticular. De estado sólido 13 C RMN se utilizó para medir la extracción de los componentes de cera moleculares, y microscopía de fuerza atómica sirve para examinar los cambios concomitantes en la rugosidad superficial. 6,11 Para comparar las capacidades de reticulación de las entrada de cultivo de tipo salvaje y de un solo gen las frutas mutantes de tomate, de estado sólido de 13 C RMN también se utilizó para estimar el número relativo de CHO y CH 2 O restos de productos químicos.
Una serie de característica de diseños de este protocolo son notables. Como los materiales de cera abarcar una amplia gama de lípidos, el tratamiento de la cutícula fruta con una serie de disolventes que tienen polaridades divergentes es esencial para lograr desparafinado exhaustiva. Además, el tiempo de desparafinado puede variar de 8 horas a 24 horas dependiendo de la naturaleza de las muestras de la cutícula. Para extraer las ceras epicuticulares consistentemente de la cutícula de frutas intactos, es imperativo para aplicar el revestimiento adhesivo de manera uniforme a la superficie.
De estado sólido CPMAS 13 C RMN 12 es un método rápido cualitativo para la identificación de diferentes componentes estructurales de biopolímeros vegetales altamente heterogéneas e insoluble preservando al mismo tiempo sus características físicas nativas; 13 tradicional solución RMN en estado también se puede utilizar para caracterizar las mezclas de cera extraídos. Si estimación cuantitativa de los grupos funcionales se desea para los polímeros de plantas intactas, 5 de alta fidelidad directa de polarización de ángulo mágico de hilatura (DPMAS) 13 C RMN 5,14 se debe utilizar como un método complementario. Cuantificación exacta de los grupos funcionales requiere la optimización cuidadosa de los tiempos de reciclado, las longitudes de excitación del pulso y la fuerza de la disociación heteronuclear. 15 La desvinculación heteronuclear se pueden establecer para una intensidad de campo H 1 que van desde 50 kHz a 185 kHz utilizando el TPPM 16 o LA COLUMNA VERTEBRAL 7 metodologías. Además de estos parámetros, la sensibilidad de las mediciones CPMAS depende del tiempo de giro de bloqueo y Hartmann-Hahn condición coincidente. 15 En lugar de CPMAS tradicionales, una rampa de amplitud CP (RAMP-CP) técnica puede ser implementada para maximizar la cruz -polarización eficiencia mediante la variación de la amplitud 1 H linealmente (~ 20-50%) o tangencialmente, manteniendo la amplitud de intensidad de campo 13 C constante durante el periodo de giro de bloqueo (o viceversa). 17,18 Realización de las mediciones en CPMAS un mínimo de dos ro diferentetor de hilado de frecuencias es imprescindible para distinguir bandas laterales giratorios de los picos espectrales principales.
Simultáneas llevadas a cabo mediciones de AFM en el modo de contacto permiten la imagen directa de la condición de superficie de la cutícula con velocidades de escaneo de alta resolución y alta, 19 por ejemplo, durante la eliminación secuencial de los componentes de cera. Operando AFM en tapping (sin contacto) modo se puede utilizar como una alternativa para la caracterización de la superficie de delicados materiales "blandos" de plantas, evitando posibles daños debido a laterales (corte) fuerzas y raspado de la superficie de la muestra. 5,20 En cualquier caso , la adquisición secuencial de múltiples imágenes del mismo lugar en la superficie sirve para identificar cualquier daño en la superficie debido a la "superficie de la sonda de interacciones" en las mediciones de AFM. 6,21 Para la reproducibilidad óptima, las sondas de AFM con constantes de resorte adecuado para superficies blandas cuticulares debe ser utilizado, y la constancia de la temperatura y la humedad debe mantenerse. 6,15,20 </sa> Considerando RMN en estado sólido ofrece un perfil molecular del conjunto de la media (a granel) en las propiedades de las cutículas de la fruta del tomate, la imagen de fuerza atómica proporciona una sonda complementaria no invasiva 22,23 para el seguimiento de la topografía de la superficie de estas asambleas macromoleculares exquisitamente complejas. 1,2
The authors have nothing to disclose.
Este trabajo fue apoyado por EE.UU. concede la National Science Foundation # MCB-0741914 y 0843627 MCB-, el apoyo de infraestructura adicional fue proporcionada en el City College de Nueva York por los Institutos Nacionales de Salud 2 RR03060 G12-26 del Centro Nacional para Recursos de Investigación. Agradecemos la JKC Rose grupo en el Departamento de Biología Vegetal de la Universidad de Cornell para proporcionar M82 (tipo salvaje) y CM15 (mutante) las cutículas de tomate. Agradecemos al Dr. Spyros Monastiriotis del grupo de Ingeniería Química CCNY del Prof. Alexander Couzis por su generosa ayuda con los experimentos de AFM. Agradecemos a la Sra. Laura Gohara de apoyo de diseño gráfico.
Name of the reagent | Company | Catalog no. | Comments |
Sodium acetate trihydrate | Sigma-Aldrich | S8625-500G | |
Pectinase | TCI America | P0026 | EC 3.2.1.15; 10 U ml-1, store in refrigerator |
Cellulase | Sigma-Aldrich | C1184-100KU | EC232.734.4; 1.3 units/mg, store in refrigerator |
Glacial Acetic acid | Sigma-Aldrich | A9967 | |
Sodium azide | Sigma-Aldrich | S2002-100G | Extremely hazardous |
Incubator/shaker | New Brunswick Scientific Co. | Model No.G24 | MFG No.M1036-000G |
Vacuum Oven | Precision Scientific | 31566 | |
Variac Controller | |||
Sintered glass thimble (85 mm/25mm) | VWR | 89056 | |
Disposable extraction thimble ( 80 mm/ 25 mm) | VWR | 28320 | |
Methanol | VWR | EMD-MX0485-7 | |
Glass wool | VWR | RK20789 | |
Aluminum foil | Fisher | 01-213-100 | |
Tweezers | VWR | 82027-452 | |
Chloroform | VWR | EM-CX1050-1 | |
Hexane | Fisher Scientific | H302-4 | |
Nitrogen gas | |||
Parafilm | VWR | 52858 | |
Paper towels | VWR | 89002-984 | |
Kim wipes | VWR | 21905-026 | |
Gum arabic | Sigma | G9752 | |
1.6 mm fastMAS zirconia rotor | Varian (Agilent) | ||
NMR spectrometer | Varian 600 NMRS | standard bore magnet | |
Glycine | Sigma-Aldrich | 50046 | Model compound for CPMAS |
Glutamine | Sigma-Aldrich | 49419 | Model compound for CPMAS |
Adamantane | Sigma-Aldrich | 100277 | To calibrate 90° pulse in NMR |
Multimode Scanning Probe Microscope (Nanoscope IIIA) | Digital Instruments (Bruker AXS) | ||
Nanoscope software | Digital Instruments (Bruker AXS) | Version 5.30r3sr3 (2005) | |
AFM probe (Nonconductive silicon nitride tip) | Veeco (Bruker AXS) | Model NP-20 | |
Light microscope | Digital Instruments | ||
Magnetic puck | Digital Instruments | ||
Double sided tape | VWR | ||
Fruit Peeler | |||
Büchner funnel | VWR | 89038 |