Bir özelliğin uygunluğu, bir populasyon içindeki farklı özelliklere göre ne kadar yaygın olduğundan (yani sıklığından) etkilendiğinde, buna frekansa bağlı seçilim denir. Frekansa bağlı seçilim, türler arasında veya tek bir tür içinde gerçekleşebilir. Bu tür bir seçilim, daha yüksek uygunluğa sahip daha yaygın fenotiplerle pozitif olabilir veya daha nadir fenotipler daha fazla uygunluk sağlarsa negatif olabilir.
Pozitif frekansa bağlı seçilimde, yaygın fenotiplerin uygunluk avantajı vardır. Bu senaryo genellikle taklitin dahil olduğu etkileşimlerde görülür. Orta Amerika'nın Neotropikal bölgesinde, kelebek türleri Heliconius cydno ve Heliconius sapho, Müllerian taklit ortaklığında yer almaktadır. Her iki kelebek de siyah ve beyazdır; bu, hayvanlar aleminde toksisite, zehir, kötü tat veya diğer avcı caydırıcı unsurlar konusunda uyarıda bulunan yaygın bir aposematik sinyaldir.
İlginç bir şekilde, H. cydno, yakın akraba olan kardeş türlerle, H. melpomene melezleşebilir ve yavru üretebilir. H. melpomene, ağırlıklı olarak siyah ve kırmızıdır. Ortaya çıkan karışık beyaz-kırmızı-siyah melez yavrular önemli ölçüde daha az uyum sağlar. Dişi melezlerin kısır olmasına ek olarak, yırtıcılar renkleri caydırıcı uyarılar olarak tanımazlar ve her iki ebeveyn türün kelebekleri de melezleri potansiyel eş olarak tanımaz. Bu nedenle, en yaygın fenotip-siyah ve beyaz-seçilir. Bununla birlikte, beyaz-kırmızı-siyah melezler ne kadar sık olursa, fenotip göreceli olarak o kadar uygun hale gelir, çünkü avcıların başka bir melez bireyle daha önceki karşılaşmalarıyla uyarı modelini öğrenmiş olma olasılığı artar.
Negatif frekansa bağlı seçilim, ortak fenotiplere karşı seçildiği bir seçilim şeklidir. Bir tür negatif frekansa bağlı seçilim, bir av türünün nadir fenotipleri daha yüksek uygunluk sağladığında meydana gelir çünkü yırtıcılar organizmaları av olarak tanımaz. Bu da, apostatik seçim olarak bilinir.
Apostatik seçilimin klasik bir örneği, kara salyangozunda ve yırtıcılarından biri olan ardıç kuşunda bulunur. Kara salyangozu polimorfik kabuk desenine sahiptir, ancak yırtıcı ardıç kuşları, av ararken bir veya iki yaygın kabuk desenine odaklanma eğilimindedir. Bu nedenle, bu yaygın fenotipler daha güçlü negatif seçim baskısı yaşarlar.
Negatif frekansa bağlı seçilimin başka bir örneği, bitki kendine uyuşmazlık sistemlerinde bulunur. Kapalı tohumlularda homomorfik kendine uyuşmazlık, polen ve dişi organ aynı alelleri ifade ederse, polen çimlenmesini veya tüp büyümesini önleyen genetik mekanizmaları içeren kendi kendine döllenmeyi önlemek için çok önemlidir. Bu, S-locus adı verilen çok paralel bir genomik bölge tarafından kontrol edilir. Bu nedenle, S-locus'un ortak formlarını ifade eden bitkiler, genellikle potansiyel bir üreme olayının ve dolayısıyla gen akışının kendine uyuşmazlık genleri nedeniyle engellendiği yanlış “benlikler” ile karşılaşacaktır. Bu, S-locus'un daha nadir biçimlerinin pozitif seçilim altında olduğu, ortak formların karşı seçildiği anlamına gelir.
