Cis-Düzenleyici diziler, düzenledikleri genlerle aynı kromozomlarda bulunan kodlamayan DNA'nın kısa parçalarıdır. Bu fragmanlar, yani transkripsiyonel düzenleyiciler, gen transkripsiyonunu kontrol etmekten sorumlu proteinler ve ökaryotlardaki hücre tipleri arasında diferansiyel gen ekspresyonu için bağlanma bölgeleri görevi görür. Cis-Düzenleyici diziler, ilgilenilen gene yakın olabilir veya DNA dizisinde binlerce baz uzakta olabilir; bununla birlikte, daha uzak olan bu diziler, kromozomdaki DNA'nın sıkı bir şekilde paketlenmesi nedeniyle düzenledikleri genin yakınında mekansal olarak bulunur. Dizide yakın olanlar, gen transkripsiyonunun başlatılmasını düzenlerken, daha uzak olanlar, gen transkripsiyonunu arttırır veya susturur. Bazı Cis-Düzenleyici sekansların etkileri transkripsiyonel olarak çoğu geni düzenler; bununla birlikte, bazen tek bir Cis-Düzenleyici sekans, bir genin transkripsiyonunu düzenler.
Transkripsiyon faktörleri, DNA çift sarmallı formdayken Cis-Düzenleyici dizilere bağlanır. Transkripsiyonel düzenleyiciler belirli dizileri bağlar, ancak yakından ilişkili dizileri de bağlayabilir. Çift sarmal vardır (iki tip: daha küçük, küçük oluk, ve daha büyük, büyük oluk). Düzenleyici faktörlerin, boyutlarından dolayı ana DNA oluklarına bağlanma olasılığı daha yüksektir. Transkripsiyon regülatörleri, azotlu baz çiftlerinin kenarlarında bulunan karakteristik kimyasal özelliklere göre spesifik Cis-Düzenleyici dizileri tanır. Örneğin, bazlar, transkripsiyonel regülatörler ile hidrojen bağları oluşturabilen oluk boyunca maruz kalan farklı hidrojen bağı donörlerine ve alıcılarına sahiptir. Bu bağlamada birçok kovalent olmayan etkileşim de yer aldığından, ilişki oldukça kararlıdır.
