Внутренне неупорядоченные белки — это группа белков, которые не складываются в определенные трехмерные структуры. Их структурная гибкость позволяет им дополнять упорядоченные белки для выполнения функций, недоступных для жестких структур. Они чаще встречаются у эукариот, чем у прокариот, и могут либо быть полностью внутренне неупорядоченными, либо являться гибридными белками, состоящими из смеси упорядоченных и неупорядоченных областей. Отсутствие жесткой структуры в этих белках можно объяснить обилием полярных и заряженных аминокислотных остатков и относительно меньшим количеством гидрофобных аминокислот, что способствует упорядочению структуры.
На форму и уровень неупорядоченности в белке влияют несколько факторов, таких как pH и температура. Кроме того, другие белки, с которыми они связываются или ассоциируют, также могут влиять на их форму. Это связывание может происходить в нескольких сайтах связывания и может привести к постоянному или временному сворачиванию изначально неупорядоченного белка или области. Структурные изменения происходят из-за свойства молекулярного распознавания—короткие, легко поддающиеся взаимодействию фрагменты неупорядоченных белков могут быстро претерпевать переходы от беспорядка к порядку при связывании с другими белками с определенной структурой.
Посттрансляционные модификации во время или после синтеза белка также вносят вклад в структуру изначально неупорядоченных белков. Они могут включать в себя энзиматическое расщепление пептидной связи в белке-предшественнике, образование дисульфидных связей и ковалентные модификации белков другими молекулами или химическими группами.