Hoewel de Mendel's wet van segregatie stelt dat de twee allelen voor één gen zijn gescheiden in verschillende gameten, blijft een andere vraag bestaan over hoe verschillende genen worden geërfd. Is het gen voor hoge planten bijvoorbeeld geërfd met het gen voor erwten? Mendel stelde deze vraag door te experimenteren met een dihybride kruising; een kruis waarin beide ouders homozygoot zijn voor twee verschillende eigenschappen resulterend in een F 1 generatie die heterozygoot is voor beide eigenschappen.
Laten we het voorbeeld nemen van twee homozygote planten, een met ronde gele erwten (genotype YYRR ) en een met gerimpelde groene erwten ( yyrr ). In de F 1- generatie ontdekte Mendel dat alle planten beide dominante eigenschappen vertoonden (geel en rond; YyRr ). In de F 2- generatie hadden planten echter combinaties van eigenschappen die in een voorspelbare verhouding voorkwamen: van elke 16 planten waren er 9 geel en rond, 3 geel en gerimpeld, 3 groen en rond en 1 wasgroen en gerimpeld. Op basis van dit resultaat stelde Mendel voor dat de opname van een groen allel in een gameet geen invloed had het opnemen van het ronde of gerimpelde allel: elke combinatie was even waarschijnlijk. Mendel's onafhankelijkheidswet stelt dat genen geen invloed op elkaar hebben wat betreft het opslitsen in gameten.
Wetenschappers weten nu dat deze onafhankelijkheid optreedt omdat de chromosomen willekeurige paren vormen tijdens meiose I, langs de metafaseplaat. Hierdoor worden genen op verschillende chromosomen onafhankelijk geselecteerd. Dit betekent ook dat twee genen die zich op hetzelfde chromosoom bevinden, in strijd zijn met de onafhankelijkheidswet, vooral als ze heel dicht bij elkaar staan, omdat ze bijna altijd samen zullen worden overgeërfd. Dit fenomeen wordt beschreven als "koppeling". Gekoppelde genen volgen niet de 9: 3: 3: 1 verhouding in de F2 generatie van een dihybrid kruising.
