يمكن للبروتينات التي تنظم النسخ أن تفعل ذلك إما عن طريق الاتصال المباشر بـ RNA بوليميراز أو من خلال التفاعلات غير المباشرة التي يتم تسهيلها بواسطة المحولات والوسطاء والبروتينات المعدلة للهيستون ومُعاد تشكيل الجسيمات النووية. تظهر التفاعلات المباشرة لتنشيط النسخ في البكتيريا وكذلك في بعض الجينات حقيقية النواة. في هذه الحالات، تكون متواليات التنشيط الأولية مجاورة للمحفزات، وتتفاعل البروتينات المنشط مباشرة مع آلية النسخ. على سبيل المثال، في بدائيات النوى، يتفاعل بروتين المنشط الهدمي أو CAP مباشرة مع المجال الطرفي C من وحدة ألفا الفرعية لبوليميراز الحمض النووي الريبي لتنظيم التعبير الجيني. والدليل القوي على التفاعل المباشر هو فقدان الطفرات الوظيفية في مجالات تنشيط البروتينات التي تؤدي إلى قمع نشاط النسخ.
ومع ذلك، في بعض الجينات حقيقية النواة، يمكن أن يحدث التنظيم عن طريق التنشيط البعيد. ومن ثم، قد لا تكون العناصر المنظمة على مقربة من المحفّز أو قد لا تتفاعل مباشرة مع آلية النسخ. يمكن اكتشاف هذه التفاعلات من خلال (أ) مراقبة معدل النسخ في وجود أو عدم وجود البروتين التنظيمي (ب) الطفرات في موقع الارتباط للبروتين التنظيمي الذي يمكن أن يعطل التعبير الجيني (ج) & # 160 ؛ قياس ألفة الارتباط بين البروتين المنظم والمحفّز.
بالإضافة إلى ذلك، تحتاج آلية النسخ أيضاً إلى معاد تشكيل الجسيمات النووية للوصول إلى الحمض النووي داخل الكروماتين. ومن ثم، فإن معيدات تشكيل النواة هذه تشارك أيضاً في تنظيم التعبير الجيني.
