Белки, которые регулируют транскрипцию, могут делать это либо посредством прямого контакта с РНК-полимеразой, либо посредством непрямых взаимодействий, которым способствуют адаптеры, медиаторы, гистон-модифицирующие белки и ремоделеры нуклеосом. Прямые взаимодействия для активации транскрипции наблюдаются как у бактерий, так и в некоторых эукариотических генах. В этих случаях вышележащие активационные последовательности соседствуют с промоторами, и белки-активаторы взаимодействуют непосредственно с аппаратом транскрипции. Например, у прокариот белок-активатор катаболитных оперонов, или CAP, напрямую взаимодействует с C-концевым доменом альфа-субъединицы РНК-полимеразы для регуляции экспрессии генов. Убедительным доказательством прямого взаимодействия являются мутации потери функции в активационных доменах белков, которые приводят к подавлению транскрипционной активности.
Однако в некоторых эукариотических генах регулирование может происходить через активацию на расстоянии. Следовательно, регулирующие элементы могут не находиться в непосредственной близости от промотора или могут не взаимодействовать напрямую с аппаратом транскрипции. Такие взаимодействия могут быть обнаружены путем (а) наблюдения за скоростью транскрипции в присутствии или в отсутствие регуляторного белка (б) мутаций в сайте связывания регуляторного белка, которые могут нарушать экспрессию гена (в) измерения аффинности связывания между регуляторным белком и промотором.
Кроме того, аппарат транскрипции также нуждается в ремоделерах нуклеосом для доступа к ДНК в хроматине. Следовательно, эти ремоделеры нуклеосом также участвуют в регуляции экспрессии генов.
