Тканеспецифические факторы транскрипции участвуют в разнообразных клеточных функциях у млекопитающих. Например, ген бета-глобина, основного компонента гемоглобина, присутствует во всех клетках организма. Однако он экспрессируется только в красных кровяных тельцах, поскольку факторы транскрипции, которые могут связываться с промоторными последовательностями гена бета-глобина, экспрессируются только в этих клетках. Тканеспецифические факторы транскрипции также гарантируют, что мутации в этих факторах могут нарушить функцию только определенных тканей или частей тела, не затрагивая весь организм.
Дополнительный уровень сложности добавляют факторы транскрипции у эукариот, осуществляющие комбинаторный контроль. Это означает, что вход, обеспечиваемый несколькими факторами транскрипции, синхронно регулирует экспрессию одного гена. Комбинация нескольких активаторов и репрессоров транскрипции позволяет дифференцированно регулировать ген и адаптироваться к различным изменениям окружающей среды без необходимости использования дополнительных генов.
