Fatores de transcrição específicos de tecidos contribuem para diversas funções celulares em mamíferos. Por exemplo, o gene da beta globina, um componente importante da hemoglobina, está presente em todas as células do corpo. No entanto, só é expresso em glóbulos vermelhos porque os fatores de transcrição que se podem ligar às sequências promotoras do gene da beta globina são expressos apenas nessas células. Fatores de transcrição específicos de tecidos também garantem que mutações nesses fatores possam prejudicar apenas a função de certos tecidos ou partes do corpo sem afetar todo o organismo.
Uma camada adicional de complexidade é adicionada por fatores de transcrição em eucariotas que exercem controlo combinatório. Isso significa que os sinais fornecidos por vários fatores de transcrição regulam sincronizadamente a expressão de um único gene. A combinação de vários ativadores e repressores transcricionais permite que um gene seja regulado diferencialmente e se adapte a uma variedade de mudanças ambientais sem a necessidade de genes adicionais.
