Como o nome sugere, retrotransposões não LTR não têm as repetições terminais longas características dos retrotransposões LTR. Além disso, tanto os retrotransposões LTR como os não LTR utilizam mecanismos distintos de mobilização. Os retrotransposões não LTR dividem-se em duas classes – Elementos nucleares intercalados longos (LINEs) e elementos nucleares intercalados curtos (SINEs), que ocorrem ambos abundantemente na maioria dos mamíferos, incluindo os humanos. Alguns retrotransposões não LTR ativos em humanos são elementos L1 (LINE) e os elementos Alu (SINE).
A transposição ocorre tipicamente ao acaso, o que significa que a localização onde o elemento transponível é inserido é aleatória. Transposões que são inseridos aleatoriamente nos genes podem interferir na expressão de genes e causar disfunções genéticas. Um exemplo clássico é a inserção do retrotransposão L1 no gene do factor VIII que causa hemofilia. A integração de L1 no gene supressor tumoral Adenomatous polyposis coli (APC) também foi encontrada em doentes com cancro do cólon. O elemento SINE Alu provoca aberrações cromossómicas e também tem sido associado a defeitos congénitos como a neurofibromatose.
O mecanismo celular de repressão de retrotransposões envolve modificações químicas, como a metilação de elementos LINE ou a produção de retrotransposões truncados. A grande maioria dos elementos LINE e SINE no genoma humano está truncada no seu terminal 5’ devido a transcrição reversa errónea. Esses retrotransposões são geralmente silenciosos, o que significa que não afectam a expressão de genes após a inserção.
A ocorrência de retrotransposões em células cancerígenas foi explorada para desenvolver retrotransposões como L1, como biomarcadores de cancro. Observou-se que a metilação de L1 está significativamente reduzida em células cancerígenas. Este tipo de hipometilação leva a instabilidade genómica. Os níveis de L1 hipometilados foram investigados como biomarcadores para malignidades como o cancro da mama, do cólon, da pele.
