Kromatin sıkışmasının derecesi, spesifik DNA bağlayıcı boyalar kullanılarak kromatin boyanarak incelenebilir. Mikroskop altında, yoğun sıkıştırılmış bölgeler daha fazla boya alır, daha koyu görünürken, daha az kompakt bölgeler daha az boya alır ve daha açık görünür. Sıkıştırma seviyesine bağlı olarak, kromatinler üç ana forma ayrılır – eukromatin, kurucu heterokromatin ve fakültatif heterokromatin.
Eukromatin: Kromatinin daha az yoğun bölgesidir ve lekeler daha hafiftir. ökromatin, lizin 9 üzerinde yoğun olarak asetillenmiş histon H3 içerir. Promotör bölgedeki histonlar metillenmiş lizin 4'e ve pozisyon 10'un fosforilasyonuna sahiptir. Geniş asetilasyon, kromatini gevşeten histonlar ve DNA arasındaki çekimi azaltır.
Kurucu heterokromatin: Çoğunlukla sentromere ve telomerde yoğunlaşan son derece kompakt bir kromatin bölgesidir.Ökromatin'den farklı olarak, histonlar H3 kuyruğundaki 9 .pozisyondaki amino asit di – veya tri-metillenir. Bu, metillenmiş bölgeye heterokromatin proteini 1 (HP1) adı verilen özel bir nonhistone proteini çeker. Bastırılmış kromatin bölgesini temsil eder. İnsan erkeklerinde insan kromozomları 1,9,16 ve Y kromozomu, kurucu heterokromatinin büyük bir bölümünü içerir.
Fakültatif heterokromatin: Bu bölge ökromatin daha yoğundur, ancak kurucu heterokromatinin aksine, histon H3 kuyruğunun 27. pozisyonundaki lizin di-veya tri-metillenir (H3K27me3). Bu bölgeler Polikomya baskılayıcı komplekslerin bağlanması ile karakterizedir: PRC1 ve PRC2. PRC2 etki alanının önce bağlandığı ve heterokromatin oluşumunu başlattığı düşünülmektedir. PRC2 kompleksleri, transkripsiyonu inhibe eden ve kromatin baskısına neden olan histon deasetilaz enzimleri içerir. Ek olarak, PRC2 kompleksi ayrıca di-trimetil lisinler üreten birkaç histon metil transferazın katalitik alanını da içerir. PRC 1 Daha sonra metillenmiş nükleozomlara bağlanır ve kromatini transkripsiyonu inhibe eden kompakt bir yapıya yoğunlaştırır.
