酵素が機能するには、多くの場合 補助因子と呼ばれるさらなる分子が必要です。この補助の働きをする分子は、金属イオン もしくは非タンパクの有機分子に分けられます。例えば、解糖の最初の段階で 補助因子のマグネシウムがATPに結合し 2つのリン酸基の結合を強化します。この作用により残りのリン酸基が 酵素であるヘキソキナーゼによって容易に切り離され グルコースをグルコース-6-リン酸に変換します。したがって、マグネシウムは補助因子としてATPに結合し その効率性を高めます。もう一つの補助因子のサブセット、補酵素は 有機化合物で、通常、ビタミンの誘導体です。例えば、ビタミンCはタンパク質であるコラーゲンの 合成に重要な補酵素です。コラーゲンがその酵素のヒドロキシラーゼに結合すると ビタミンCは酵素に結合し ヒドロキシル基を提供します。加水分解されたヒドロキシラーゼは コラーゲンが、重要な体組織の維持に不可欠である 最終的な三重螺旋構造に 変換するのを助けます。