Les enzymes ont besoin de composants supplémentaires pour bien fonctionner. Il existe deux catégories de molécules de ce type : les cofacteurs et les coenzymes. Les cofacteurs sont des ions métalliques et les coenzymes sont des molécules organiques non protéiques. Ces deux types de molécules auxiliaires peuvent être fortement liés à l’enzyme ou liés seulement lorsque le substrat se lie.
Les cofacteurs sont présents dans environ 30 % des protéines matures. Ils sont fréquemment incorporés dans une enzyme alors qu’elle est repliée et ils sont impliqués dans l’activité catalytique de l’enzyme. Le magnésium est un cofacteur essentiel pour plus de 300 enzymes dans le corps humain, y compris la polymérase d’ADN. Dans ce cas, l’ion magnésium aide à la formation de la liaison phosphodiester sur le squelette de l’ADN. Le fer, le cuivre, le cobalt et le manganèse sont d’autres cofacteurs courants.
Beaucoup de vitamines sont des coenzymes car ce sont des molécules auxiliaires organiques non protéiques pour les enzymes. Par exemple, la biotine — un type de vitamine B — est importante dans une variété d’enzymes qui transfèrent le dioxyde de carbone d’une molécule à l’autre. La biotine, la vitamine A et d’autres vitamines doivent être ingérées par le biais de notre alimentation car elles ne peuvent pas être fabriquées par des cellules humaines.