光化学系2と同様に,光化学系1では,光子も集光複合体内の色素分子に吸収されて エネルギーを反応中心に伝え,傘下に続いて 高エネルギー電子が 一時電子受容体に渡されます。しかしこの場合は,クロロフィルA対の不足電子は,光化学系2から電子輸送鎖を通って移動する 電子によって置き換えられます。担体分子のプラストキノンから 二重タンパク質チトクローム複合体,他のタンパク質プラストシアニンへと置き換えられます。このプロセスによって放出されたエネルギーは、チトクローム複合体を介して チラコイド空間にプロトンを送り込むために使用され、化学浸透作用によってATPを生成する プロトン勾配を作り出す。一旦電子がこの反応中心を通過すると、タンパク質複合体フェレドキシンから出発し 第二の電子輸送鎖に入ります。ここから、単一の電子は他の電子と共に NADPとレダクターゼに受容され プロトンは最終的に エネルギー生成物NADPHを形成します。