Этот протокол описывает простой и экономически эффективный метод исследования и количественной оценки гибели клеток в органоидах толстой кишки человека в ответ на цитотоксические пертурбагены, такие как цитокины. В этом подходе используется флуоресцентный клеточный смертельный краситель (SYTOX Green Nucleic Acid Stain), живая флуоресцентная микроскопия и программное обеспечение для анализа изображений с открытым исходным кодом для количественной оценки реакций отдельных органоидов на цитотоксические стимулы.