Dieses Protokoll beschreibt eine einfache und kostengünstige Methode zur Untersuchung und Quantifizierung des Zelltods in menschlichen Dickdarmorganoiden als Reaktion auf zytotoxische Störungen wie Zytokine. Der Ansatz verwendet einen fluoreszierenden Zelltodfarbstoff (SYTOX Green Nucleic Acid Stain), Lebendfluoreszenzmikroskopie und Open-Source-Bildanalysesoftware, um die Reaktionen einzelner Organoide auf zytotoxische Reize zu quantifizieren.