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होस्ट-रोगज़नक़ इंटरैक्शन की जांच के लिए उच्च-थ्रूपुट ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण
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JoVE 杂志 免疫与感染
High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions
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होस्ट-रोगज़नक़ इंटरैक्शन की जांच के लिए उच्च-थ्रूपुट ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण

DOI:
10.3791/62324-v

•

14:58 min

•

March 05, 2022

•

, , , , ,
1Laboratory of Pathology of Infectious Diseases, Department of Pathology, Medical School,University of São Paulo, 2Scientific Platform Pasteur USP, 3Department of Clinical and Toxicological Analyses, School of Pharmaceutical Sciences,University of São Paulo, 4Hospital Israelita Albert Einstein

Chapters

  • 00:07Introduction
  • 01:15Docker Desktop Installation
  • 04:25Quality Control
  • 05:10Mapping and Annotation Steps
  • 05:51Differentially Expressed Genes Process
  • 06:10Transfer Data to the Personal Computer
  • 12:02Representative Results
  • 14:22Conclusions

Summary

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यहां प्रस्तुत प्रोटोकॉल आरएनए-अनुक्रमण ट्रांसक्रिप्टोम डेटा का विश्लेषण करने के लिए एक पूर्ण पाइपलाइन का वर्णन करता है कच्चे पठन से कार्यात्मक विश्लेषण तक, जिसमें गुणवत्ता नियंत्रण और उन्नत सांख्यिकीय विश्लेषणात्मक दृष्टिकोणों के लिए प्रीप्रोसेसिंग चरण शामिल हैं।

Tags

– High-throughput Transcriptome Analysis- Host-pathogen Interactions- Quality Control- Sequencing And Annotations- Statistical And Co-expression Analysis- Molecular Degree Of Perturbation Analysis- Functional Analysis- Docker Container- Chikungunya Virus- RNA Sequencing- Reference Genome- Gene Annotation

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