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3' final de preparação da biblioteca com A-seq2 de sequenciamento
JoVE 杂志
生物学
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JoVE 杂志 生物学
3′ End Sequencing Library Preparation with A-seq2

3' final de preparação da biblioteca com A-seq2 de sequenciamento

DOI:
10.3791/56129-v

•

12:01 min

•

October 10, 2017

•

, , , , ,
1Computational and Systems Biology, Biozentrum,University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum,University of Basel

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:46Isolation of mRNA from Cells
  • 03:245′ End Phosphorylation, DNase Treatment, and 3′ End Blocking
  • 04:30Ligation of Reverse 3′ Adapters to 5′ End of RNA Fragments and Reverse Transcription
  • 05:59Digestion with Uracil DNA Glycosylase Enzyme Mix and Ligation of 5′ Adapters to 5′ Ends of cDNA
  • 07:44Pilot PCR, Amplification of Libraries, and Size Selection
  • 09:21Computational Analysis of DNA Sequence Data
  • 10:03Results: The A-seq2 Method Maps pre-mRNA 3′ End Processing Sites
  • 10:52Conclusion

Summary

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Este protocolo descreve um método para mapeamento pre-mRNA' a extremidade 3 sites de processamento.

Tags

Keywords: 3′ End SequencingA-seq2MRNA ProcessingPolyadenylationTranscript IsoformsCell TypesPoly(A) StretchesAdapter DimersCell LysisOligo D(T)25 Magnetic BeadsBuffer ABuffer BAlkaline HydrolysisRNA IsolationPolynucleotide Kinase

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