Detta protokoll beskriver separation av funktionella mitokondriella elektrontransportkedjekomplex (Cx) IV och superkomplex därav med användning av nativ elektrofores för att avslöja information om deras sammansättning och struktur. Den nativa gelén kan utsättas för immunoblottning, in-gel-analyser och rening genom elektroeluering för att ytterligare karakterisera individuella komplex.