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Die ITS2 Database
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JoVE 杂志 生物学
The ITS2 Database
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Die ITS2 Database

DOI:
10.3791/3806-v

•

16:17 min

•

March 12, 2012

•

, , , , , , ,
1Department of Bioinformatics, Biocenter,University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry,University of Würzburg

Chapters

  • 00:03Title
  • 01:55Correct Annotation of ITS2 Sequence
  • 03:30Secondary Structure Prediction
  • 06:38Motif Search
  • 08:07Search and Browse
  • 10:21ITS2 BLAST
  • 12:23Multiple Sequence-structure Alignment
  • 13:46Phylogenetic Tree
  • 14:47Additional Software
  • 15:25Conclusion

Summary

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Die ITS2 Datenbank ist eine Werkbank für phylogenetische Schluß gleichzeitiger Berücksichtigung Sequenz und der Sekundärstruktur der internen transkribierten Spacer 2. Dazu gehören die Datenerfassung mit genauen Anmerkungen, die Vorhersage, multiples Sequenz-Alignment-Struktur und schnelle Berechnung Baum. Auf den Punkt gebracht, erleichtert es das erste Werkbank phylogenetische Analysen auf ein paar Klicks.

Tags

ITS2 DatabaseInternal Transcribed Spacer 2Phylogenetic MarkerITS2 SequenceSecondary StructurePhylogenetic ResolutionSpecies DelimitationNCBI GenBankReannotated SequencesHidden Markov ModelsFold PredictionHomology ModelingMotif DetectionBLAST SearchSequence-structure Information4SALEProfDistS

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