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La base de données ITS2
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JoVE 杂志 生物学
The ITS2 Database
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La base de données ITS2

DOI:
10.3791/3806-v

•

16:17 min

•

March 12, 2012

•

, , , , , , ,
1Department of Bioinformatics, Biocenter,University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry,University of Würzburg

Chapters

  • 00:03Title
  • 01:55Correct Annotation of ITS2 Sequence
  • 03:30Secondary Structure Prediction
  • 06:38Motif Search
  • 08:07Search and Browse
  • 10:21ITS2 BLAST
  • 12:23Multiple Sequence-structure Alignment
  • 13:46Phylogenetic Tree
  • 14:47Additional Software
  • 15:25Conclusion

Summary

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La base de données ITS2 est un atelier pour la séquence d'inférence phylogénétique considérant simultanément et de la structure secondaire de l'espaceur interne transcrit 2. Cela comprend la collecte de données avec l'annotation précise, prédiction de la structure, plusieurs séquence-structure d'alignement et de calcul d'arbre rapide. En un mot, ce plan de travail simplifie les analyses phylogénétiques premiers à quelques clics.

Tags

ITS2 DatabaseInternal Transcribed Spacer 2Phylogenetic MarkerITS2 SequenceSecondary StructurePhylogenetic ResolutionSpecies DelimitationNCBI GenBankReannotated SequencesHidden Markov ModelsFold PredictionHomology ModelingMotif DetectionBLAST SearchSequence-structure Information4SALEProfDistS

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