Las células madre del cáncer (CCC) se han identificado en un número de tumores malignos. En este protocolo se describe un método de citometría de flujo utilizando la actividad de aldehído deshidrogenasa y la expresión de CD44 y CD24 para aislar células madre cancerosas de xenoinjertos de adenocarcinoma pancreático. Estas células viables se pueden utilizar en los estudios funcionales y análisis.