כל הליכי הטיפול וההזרקה בבעלי חיים אושרו על ידי הוועדה לטיפול בבעלי חיים ב- NINDS. כל ההליכים בבעלי חיים נערכו בהתאם להנחיות NINDS לטיפול ושימוש בבעלי חיים. 1. הכנה לפני הזרקה הכנת מינון AAVלקבוע את המשקל הממוצע של העכברים שיוזרקו. חישוב נפח ההזרקה המרבי המותר בהתאם להנחיות הטיפול בבעלי חיים של המוסד כמוצג במשוואה (1). נפח ההזרקה המרבי הוא בדרך כלל נפח (μL)/משקל עכבר (g) ערך (למשל, 10 μL/g).נפח הזרקה מרבי (μL)/עכבר= (נפח הזרקה מרבי (μL/g)) × (משקל עכבר ממוצע (גרם)) (1)הערה: חישוב לדוגמה: נפח הזרקה מרבי/עכבר = 10 μL/g × 20 גרם/עכבר= 200 μL/עכבר הגדר את מינון הגנום הווקטורי AAV (vg) שיועבר לכל עכבר.הערה: זה יכול להיות אותו ערך מוחלט בין עכברים שונים (למשל, כל העכברים מקבלים 1.5 × 1012 vg ללא קשר לכמה כל עכבר שוקל). או שהמינון יכול להיות vg/kg, כך שיש לחשב את סך כל VG להזרקה לכל עכבר עבור כל עכבר בהתאם למשקל העכבר ביום ההזרקה.אם המינון הוא vg / kg, לשקול כל עכבר ביום ההזרקה לפני הכנת המינון. חשב את הגנום הווקטורי שיועבר עבור כל עכבר לפי משקלו באמצעות משוואה (2):גנומים וקטוריים שיועברו בעכבר ספציפי (vg) = ערך vg/kg שצוין מראש (vg/kg) × (2)הערה: שימוש ב- vg/kg כיחידת מינון במקום vg/mouse עשוי להיות מתאים יותר במחקרים פרה-קליניים מסוימים כדי להבטיח השוואות תקפות בין מינונים מוזרקים. זאת בשל הבדלי המשקל בין עכברים זכרים ונקבות באותו גיל או אולי בין עכברים מאותו מין. השתמש בנפח ההזרקה המרבי ובמינון AAV (vg) כדי לחשב את נפחי מלאי AAV ותמיסת מלח סטרילית חוצצת פוספט (PBS) הדרושים להכנת המינון הנדרש (ראה משוואות (3-6)). ודא שהנפח שיש להזריק שווה או קטן מנפח ההזרקה המרבי המותר. הכינו תמיד נפח הזרקה הגדול לפחות ב-15 מיקרוליטר מהנפח שיוזרק, כדי להתחשב בטעויות צנרת ובחלל המת של המזרק.ריכוז ההזרקה (vg/μL) = (3)סה”כ גנומים וקטוריים AAV שיש להוסיף כדי להכין את ההזרקה (vg) = ריכוז ההזרקה (vg/μL) × נפח שיש להכין (μL) (4)נפח מלאי AAV שיתווסף להכנת ההזרקה) (μL) = (5)נפח PBS שיתווסף להכנת ההזרקה (μL) = נפח שיש להכין (μL) – נפח מלאי AAV שיתווסף להכנת ההזרקה (μL) (6)הערה: חישוב לדוגמה:6 × 1013 vg/kg (המינון) יסופק ב-200 μL/עכבר (הנפח שיש להזריק) בעכבר ששוקל 25 גרם. טיטר מלאי AAV הוא 3.0 × 1013 (vg/mL)גנומים וקטוריים שיועברו בעכבר ספציפי זה (vg) = 6 × 1013 (vg/kg) × = 1.5 × 1012 vg עבור עכבר זהריכוז הזרק= = 7.5 × 109 (vg/μL)סה”כ גנומים וקטוריים AAV שיתווספו להכנת ההזרקה = 7.5 × 109 (vg/μL) × (200 (μL) + 15 (μL)) = 1.6125 × 1012 (vg)נפח מלאי AAV שיתווסף להכנת ההזרקה = = 53.75 (μL)נפח PBS שיתווסף להכנת ההזרקה = 215 (μL) – 53.75 (μL) = 161.25 (μL) הליך הכנת מינון AAVהערה: בהתאם להנחיות הבטיחות הביולוגית וה- PPE של המוסד לטיפול ב- AAV, בצינור מיקרוצנטריפוגה סטרילי ללא RNase וללא DNase 1.7 מ”ל, יש להכין את הזרקת ה- AAV באמצעות מלאי AAV ו- PBS סטרילי בהתאם לחישובים בשלב 1.1.3.3. תמיד לשמור את המניות AAV ו AAV להזריק על קרח. השתמש micropipettes נקי תיבות קצה micropipette חדש כדי להבטיח סטריליות. השליכו את קצות המיקרופיפטה המזוהמים ב-AAV בהתאם להנחיות ניהול הפסולת של המוסד.הפשירו את המניה AAV על קרח.הערה: הימנע מהפשרה והקפאה מחדש של מלאי AAV. או להזמין או להכין את מלאי AAV ב aliquots של 100-200 μL כדי למנוע עודף AAV לאחר הכנת מינון כי יהיה צורך להקפיא מחדש. הכנת תחנת הזרקהניקוינקו את אזור העבודה עם אתנול 70% (EtOH). יש לחטא את אזור העבודה באמצעות ריאגנטים קוטלי חיידקים, קוטלי פטריות ווירוסידליים. נקו את משנן צינור העכבר במים וסבון. הגדרת כלי תחנהמניחים צינור חרוטי נקי וריק בנפח 15 מ”ל במחזיק צינורות/מתלה. הגדירו פלטפורמה מוגבהת שעליה יוצב מרסן צינור העכבר (איור 1A,B). הניחו את משפופרת העכבר הנקייה באזור העבודה. אם אתם מזריקים עכברים קטנים בהרבה ממרסנת צינור העכבר הזמינה, השתמשו בקונוס ריסון מכרסמים מפלסטיק כדי ליצור שרוול ריסון. ראה שלבים 2.1.3-4. מניחים את המזרקים שישמשו להזרקות באזור העבודה. השתמש מזרקי אינסולין 0.3 מ”ל עם מחטים 29 גרם. הניחו את מיכל הפסולת קרוב ככל האפשר לתחנת ההזרקה כדי לאפשר השלכה מיידית של כלים מזוהמים ב-AAV. משוך ודחוף את הבוכנה של כל מזרק מספר פעמים כדי לוודא שהבוכנה נעה בצורה חלקה כך שלא תהיה התנגדות הנגרמת על ידי מזרק במהלך ההזרקה. אם הבוכנה אינה זזה בצורה חלקה, השליכו את המזרק הזה והחלף אותו במזרק חדש. יש משקל עכבר ומיני צנטריפוגה זמינים ליד אזור ההזרקה. הכינו את ה-AAV על הקרח באזור ההזרקה. מכינים מים חמים (38-40 מעלות צלזיוס). ודא כי טמפרטורת המים אינה עולה על 40 °C כדי למנוע גרימת כוויות זנב העכבר. 2. הליך הזרקה ריסון עכברשקול כל עכבר כדי לחשב את המינון VG / ק”ג במידת הצורך. ודא שהעכבר מרוסן לחלוטין ואינו מסוגל לזוז.הערה: אם העכבר אינו מרוסן לחלוטין, הוא עלול לזוז במהלך מתן העירוי וכתוצאה מכך להזיז את המחט. זה עלול לגרום למחט לצאת מהווריד ו / או לפצוע את העכבר. לריסון צינורות:שטפו את המשענת במים חמים וסבון בין עכברים כדי לנקות ולחמם את המחזיק. החזק את העכבר בזנבו. הכנס את זנב העכבר לפתח העליון של הצינור; לאחר מכן, משוך לאט את העכבר לתוך ריסון הצינור. אם גודל משנן הצינור מתאים לגודל העכבר, מקם את התקע לפני העכבר כדי למנוע מהעכבר לברוח.הערה: התקע צריך להיות קרוב מספיק לעכבר כדי למנוע מהעכבר לזוז או להסתובב בתוך הצינור, אך התקע לא אמור לחסום את אפו של העכבר כדי לאפשר לעכבר לנשום בחופשיות. אם העכבר קטן מגודל ריסון הצינור, השתמש בקונוס ריסון חד-פעמי גמיש בנוסף לריסון הצינור כמתואר להלן בשלב 2.1.4. עבור קונוסים מרסנים חד פעמיים גמישים במידת הצורך (כדי ליצור שרוול ריסון עבור עכברים קטנים יותר):בצע חתך בקצה האף של החרוט כדי לוודא שאפו של העכבר אינו חסום ולעכבר יש מספיק מקום לנשום. חתכו את גב החרוט כך שאורך החרוט יהיה כמעט זהה לזה של העכבר (כך שהחרוט ייכנס לתוך הצינור) (איור 1A,B). הנח את העכבר בריסון הצינור כמתואר לעיל בשלבים 2.1.3. בעת החזקת זנב העכבר, הכנס תחילה את חרוט הרסן עם צד הפתיחה הרחב יותר לתוך הצינור. בעודו מחזיק את זנב העכבר, תן לעכבר ללכת לתוך החרוט; לאחר מכן, החלק את שאר החרוט לתוך הצינור. ודא שזנב העכבר נמצא כל הדרך החוצה מהחלק האחורי של הצינור, ולעכבר יש מקום לנשום בתוך החרוט. אבטח את תקע הצינור מיד לפני פתח האף של החרוט תוך ודא שהעכבר מרוסן לחלוטין ויש לו מספיק מקום לנשום. הזרקת העכברממלאים את הצינור החרוטי 15 מ”ל במים חמים. הניחו את משנן הצינור עם העכבר בתוכו על המשטח המוגבה (איור 1B). טבלו כמה שיותר מזנב העכבר המאופק במים החמים למשך דקה אחת לפחות עד שהוורידים הרוחביים מורחבים ונראים בבירור (איור 1B). במהלך שלב חימום הזנב, טען את מנת AAV לתוך המזרק.הניחו את צינור המיקרוצנטריפוגה בנפח 1.7 מ”ל המכיל AAV במדף צינורות. הכנס את המחט אנכית לתוך הצינור עם היד הדומיננטית. ברגע שהמחט נמצאת בתוך הצינור, החזיקו את הצינור ביד הלא דומיננטית.הערה: ההחדרה האנכית של המחט מונעת נזק למחט שעלול להיגרם כתוצאה מנגיעה בדופן הצינור. ניתן להשתמש בשיטות חלופיות אחרות לטעינת מזרקים, אך יש להבטיח את בטיחות הנסיין והעכבר המוזרק. החזקת הצינור ביד הלא דומיננטית מגנה מפני פציעות ניקוב מחט בשוגג אם המחט מוחדרת תוך כדי החזקת הצינור. עם המחט בתוך הצינור, הרימו את הצינור ואת המזרק בו זמנית לגובה העיניים תוך הקפדה שהמחט לא תיגע בדופן הצינור. הניחו את שתי הידיים על השולחן כדי לייצב אותן. לאט למשוך את המינון לתוך מזרק.הערה: שאיפה איטית מונעת מבועות אוויר עדינות להיצמד לדפנות חבית המזרק. מוציאים בועות אוויר מהמזרק. אם מזריקים AAV, יש לוודא כי בועות האוויר נפרשות מהמזרק מעל פד סופג חד פעמי שיושלך לקופסת סיכון ביולוגי. החזיקו את ההזרקה לפחות 40 שניות כדי לחמם אותה.הערה: יש לוודא תמיד שההזרקה חמה לפני ההזרקה. אם ניתנת הזרקה קרה, ייתכן שהזריקה לא תזרום דרך הווריד למעט כמה μL ראשונים. בדוק את ורידי הזנב כל דקה.הערה: הורידים חייבים להיות גלויים מאוד עד לאתר ההזרקה (יש להוסיף את זמן חימום הזנב ולהחליף במים חמים מתוקים לפי הצורך עד שהוריד נראה בבירור, אך לא לחרוג מזמן הריסון של העכבר המותר על פי פרוטוקול הטיפול בבעלי חיים של המוסד). לאחר שווידאתם כי הוורידים נראים בבירור, הסירו את ריסון הצינור מראש הפלטפורמה המוגבהת והניחו את ריסון הצינור ישירות על השולחן. מקם את העכבר ברסן כשרגליו כלפי מטה ולא הצידה לטיפול קל בזנב.הערה: העכבר לא אמור להיות על צדו או על גבו בתוך הרסן. העכבר צריך להיות מרוסן לחלוטין ולא מסוגל לזוז או להסתובב בתוך הרסן או לזוז/למשוך את זנבו. לנגב במהירות את הזנב עם גזה כדי לייבש את הזנב; לנגב את הזנב עם ספוגית אלכוהול ולאחר מכן, לנגב אותו יבש עם גזה יבש.הערה: השתמש בגזה יבשה כדי להפוך את הזנב ליבש מספיק כדי לאפשר אחיזה בטוחה של הזנב אך לא יבש לחלוטין. זה יכול להיות קשה יותר לראות את הווריד כאשר הזנב יבש לחלוטין. סובבו את הזנב כ-90° שמאלה או ימינה כך שאחד משני הוורידים הרוחביים פונה כלפי מעלה. אתר אתר הזרקה מתאים בתוך השליש האמצעי של הזנב. התחל את ההזרקה הראשונית באופן מרוחק (קרוב יותר לקצה הזנב) ונוז בסמיכות אם נדרשות זריקות נוספות עקב ניסיונות כושלים או הנדרשים על ידי תכנון הניסוי.הערה: אין לנסות להזריק דיסטלי לאתר הזרקה קודם מכיוון שההזרקה עלולה לדלוף מאתר ההזרקה הקודם. אופציונלי: השתמש באגודל ובאצבע המורה של היד הלא דומיננטית כדי להפעיל לחץ פרוקסימלי (במעלה הזרם/קרוב יותר לגוף העכבר) על אתר ההזרקה למשך 10 שניות. האצבעות פועלות כחוסמי עורקים כדי להרחיב עוד יותר את הווריד באתר ההזרקה. מיד לאחר חוסם העורקים של 10 שניות, שחררו את אצבעות חוסם העורקים וודאו שאחד משני הורידים הרוחביים פונה כלפי מעלה ונראה בבירור. החזיקו את הזנב ביד הלא דומיננטית בעזרת האגודל והאצבע המורה מיד דיסטליים לאזור ההזרקה. קפלו את הזנב מעל האצבע המורה כך שמקום ההזרקה יהיה שטוח על האצבע המורה. משכו לאחור את הזנב כך שהזנב יהיה מתוח ואתר ההזרקה יהיה אופקי לחלוטין (ב-0°) (מקביל לטבלה האופקית) (איור 1C). החזיקו את המזרק באמצעות האצבע המורה והאצבע האמצעית של היד הדומיננטית משני צדי אוגן הקנה של המזרק תוך שמירה על האגודל מוכן בבוכנה.הערה: זה יקל עלינו לא להזיז את האגודל או את המחט ברגע שהמחט נמצאת בתוך הווריד (איור 1C). הניחו את שתי הידיים על השולחן כדי לייצב אותן והניחו את המחט ישירות על ובמקביל לזנב ולווריד כשהשיפוע פונה כלפי מעלה. שמור את אתר ההזרקה קרוב לאצבע המורה המחזיקה את הזנב כדי לשפר את השליטה והיציבות של אתר ההזרקה.הערה: ריסון הצינור צריך להיות עמוק מספיק בשולחן כך ששתי הידיים נתמכות על השולחן. תוך שמירה על המחט מקבילה לווריד הזנב והפעלת לחץ כלפי מטה על המחט, החליקו את המחט קדימה לתוך הווריד.הערה: הלחץ כלפי מטה אמור להספיק כדי להחדיר את המחט בזווית הנכונה לתוך הווריד. הווריד רדוד מאוד, ולכן המחט צריכה להיות שטוחה ככל האפשר כאשר מנסים להיכנס לווריד. להזריק לאט את הפתרון לתוך הווריד. לאחר מתן המינון, לאט למשוך את המחט מיד להפעיל לחץ עם גזה באתר ההזרקה לפחות 10 s כדי לעצור דימום.הערה: יש להפעיל את הלחץ כל עוד יש צורך עד שהדימום ייפסק לחלוטין כדי למנוע אובדן פוטנציאלי של המגיב המוזרק. טיפת דם מופיעה בדרך כלל לאחר משיכת המחט המעידה על כך שהמחט חדרה לווריד. לעיתים, טיפת הדם אינה מופיעה אפילו עם זריקה מוצלחת. טיפת הדם אינה מעידה על הזרקה מוצלחת; זה רק מציין כי המחט חדרה לווריד. אינדיקטור ההזרקה המוצלח האמין הוא היעדר מוחלט של התנגדות הבוכנה במהלך ההזרקה. אם המחט נמצאת בתוך הווריד, לא אמורה להיות התנגדות בבוכנה של המחט במהלך ההזרקה, והווריד הפרוקסימלי למקום ההזרקה ייראה לרגע מעט בהיר יותר בצבע (blanches) (הלבנת הווריד עשויה שלא להיות ברורה מאוד בזני עכברים מסוימים). אם יש התנגדות ו / או בליטה מתחילה להופיע במקום ההזרקה, אז המחט אינה ממוקמת כראוי בתוך הווריד. אם זה קורה, להסיר לחלוטין את המחט מהזנב ולנסות להזריק את הווריד באתר הזרקה חדש פרוקסימלי לאתר ההזרקה הכושל (קרוב יותר לגוף העכבר). יש להשליך את המזרקים והצינורות המזוהמים ב-AAV בהתאם להנחיות הטיפול בפסולת של המוסד. שחררו את העכבר מהרסן והחזירו אותו לכלוב חדש נפרד מעכברים שלא עברו הכלחה. עקוב אחר העכברים במשך 10 דקות כדי להבטיח רמות פעילות תקינות לאחר ההזרקה.הערה: פעולה זו מונעת העברה פוטנציאלית של חומרים מוזרקים לעכברים unnjected אם חומרים transmissible מנוהלים. יש לחטא את אזור העבודה באמצעות ריאגנטים קוטלי חיידקים, קוטלי פטריות ווירוסידליים ו-70% EtOH. נקו את משנן צינור העכבר במים וסבון. 3. דיסקציה ואיסוף רקמות וקיבוע27 הכנת תחנת איסוף רקמותנקה את תחנת העבודה עם מגיב פירוק DNA בהתאם להוראות היצרן כדי לפרק DNA מזהם שעלול להימצא באזור העבודה. מניחים מתילבוטאן במיכל מתכת. מניחים את מיכל המתכת מתילבוטאן בתוך קופסת קלקר; לאחר מכן, הקיפו את מיכל המתכת בקרח יבש כך שמפלס הקרח היבש המקיף את המיכל יהיה גבוה יותר מרמת המתילבוטאן בתוך המיכל. יש לתייג ולהניח צינורות אחסון ריקים של רקמת מיקרוצנטריפוגה בנפח 2 מ”ל על הקרח היבש. השאירו את צינורות אחסון המתילבוטאן והרקמות להתקרר על קרח יבש למשך 20 דקות לפחות לפני שתתחילו להקפיא את הרקמות. מניחים מלקחיים להעברת רקמות על קרח יבש. תייגו ומלאו קבוצה נוספת של צינורות אחסון רקמת מיקרוצנטריפוגה בנפח 2 מ”ל בפרפורמלדהיד טרי של 4% (PFA) ושמרו אותם בטמפרטורת החדר. הוסף מספיק 4% PFA לכל צינור כדי לטבול לחלוטין את הרקמות שיונחו בצינור. איסוף רקמות וקיבועיש להרדים את העכבר בהתאם להנחיות הטיפול בבעלי חיים של המוסד.הערה: כאן, העכברים הומתו באמצעות נקע צוואר הרחם. רסס את העכבר באופן מלא עם 70% EtOH. לאסוף את הרקמות הנדרשות.הערה: פרוטוקול האיסוף והקיבוע המתואר כאן נבדק על שרירי השלד והכבד. עבור רקמות שישמשו למיצוי DNA:זרקו את הרקמה במתילבוטאן מקורר על קרח יבש והשאירו את הרקמה במתילבוטאן למשך דקה אחת לפחות. השתמש במלקחיים העברה מראש כדי להעביר את הרקמות הקפואות מן methylbutane לתוך precooled ריק 2 מ”ל מיקרוצנטריפוגה רקמות אחסון צינור. אחסן את הרקמה ב -80 ° C.הערה: אופציונלי: ניתן לחתוך את הרקמה לחתיכות של 20 מ”ג לפני הטמנת מתיל-בוטאן כדי להיות מוכנה לשימוש בשלב 4.1.4. לרקמות שישמשו לניתוח היסטולוגי ולשימור פלואורסצנטיות של חלבוני כתב:באמצעות מלקחיים ייעודיים הנשמרים בטמפרטורת החדר, שחררו את הרקמות בצינור המיקרוצנטריפוגה המתאים להן המכיל 4% PFA (נשמר בטמפרטורת החדר) תוך כדי לוודא שהרקמה שקועה לחלוטין בתמיסת 4% PFA.הערה: זיהום PFA יכול להשפיע לרעה על בדיקות מולקולריות שונות במורד הזרם. השתמש במלקחיים ייעודיים ל- PFA רק בעת טיפול ב- PFA כדי למנוע זיהום PFA של רקמות או כלים אחרים. הניחו את צינורות המיקרוצנטריפוגות על מדף וכיסו את המדף בנייר כסף כדי לשמור על הצינורות בחושך. יש לדגור על המדף המכוסה בטמפרטורה של 4°C על שייקר עם ניעור עדין למשך הלילה. לאחר דגירה של לילה, הכינו 5% סוכרוז (% w/v) ב-1x PBS על ידי המסת 5.0 גרם סוכרוז ב-70 מ”ל של 1x PBS על ידי ניעור נמרץ. הוסף מספיק PBS 1x לנפח כולל סופי של 100 מ”ל כדי להשיג תמיסת 5% סוכרוז (% w / v). יש לעקר את תמיסת הסוכרוז 5% באמצעות מסנן מזרקים בגודל 0.22 מיקרומטר. לתייג ולמלא צינורות מיקרוצנטריפוגות 2.0 מ”ל עם 5% סוכרוז טרי שהוכן. העבירו את הרקמות מ-4% PFA לצינור המיקרוצנטריפוגה המתאים להן המכיל 5% סוכרוז (נשמר בטמפרטורת החדר) תוך וידוא שהרקמה שקועה לחלוטין בתמיסת 5% סוכרוז. הניחו את צינורות המיקרוצנטריפוגות על מדף וכיסו את המדף בנייר כסף כדי לשמור על הצינורות בחושך. יש לדגור על המדף המכוסה בטמפרטורה של 4°C על שייקר עם ניעור עדין למשך הלילה. לאחר דגירה של לילה, הכינו 20% סוכרוז (% w/v) ב-1x PBS על ידי המסת 20.0 גרם סוכרוז ב-70 מ”ל של 1x PBS על ידי טלטול נמרץ. הוסף מספיק PBS 1x לנפח כולל סופי של 100 מ”ל כדי להשיג תמיסת סוכרוז 20% (% w / v). יש לעקר את תמיסת הסוכרוז 20% באמצעות מסנן מזרקים בגודל 0.22 מיקרומטר. לתייג ולמלא צינורות מיקרוצנטריפוגה 2.0 מ”ל עם 20% סוכרוז טרי שהוכן. העבירו את הרקמות מ-5% סוכרוז לצינור המיקרו-צנטריפוגה המתאים להן המכיל 20% סוכרוז (נשמר בטמפרטורת החדר) תוך וידוא שהרקמה שקועה לחלוטין בתמיסת 20% סוכרוז. הניחו את צינורות המיקרוצנטריפוגות על מדף וכיסו את המדף בנייר כסף כדי לשמור על הצינורות בחושך. יש לדגור על המדף המכוסה בטמפרטורה של 4°C על שייקר עם ניעור עדין למשך הלילה. לאחר דגירה של לילה, הניחו מתיל-בוטאן במיכל מתכת והניחו את מיכל המתכת מתיל-בוטאן בתוך קופסת קלקר. הקיפו את מיכל המתכת בקרח יבש כך שרמת הקרח היבש המקיף את המיכל גבוהה מרמת המתילבוטאן בתוך המיכל. יש לתייג ולהניח צינורות אחסון ריקים של רקמת מיקרוצנטריפוגה בנפח 2 מ”ל על קרח יבש. השאירו את צינורות אחסון המתילבוטאן והרקמות להתקרר על קרח יבש למשך 20 דקות לפחות לפני שתתחילו להקפיא את הרקמות. מניחים את המלקחיים על קרח יבש. הכתימו במהירות את הרקמות באמצעות מגבונים מדויקים כדי להסיר עודפי 20% סוכרוז. זרקו את הרקמה במתילבוטאן מקורר מראש על קרח יבש. השאירו את הרקמה במתילבוטאן למשך דקה אחת לפחות. השתמש במלקחיים העברה מראש כדי להעביר את הרקמות הקפואות מן methylbutane לתוך precooled ריק 2 מ”ל מיקרוצנטריפוגה רקמות אחסון צינור. אחסן את הרקמה ב -80 ° C. 4. dPCR לכימות VG/DG מיצוי DNA מרקמות ועיכול RNA ראשוניהערה: המדריך של ערכת מיצוי הדנ”א המופיע בטבלת החומרים שימש לגזירת פרוטוקול מיצוי דנ”א זה. שמור תמיד את הצינורות המכילים את חתיכות הרקמה הקפואה על קרח יבש.הכינו דלי קרח. עבור כל דגימת DNA, יש לסמן צינור חרוז ליזה אחד בנפח 1.5 מ”ל ושתי שפופרות מיקרוצנטריפוגות ריקות ללא RNase ונטולות DNase בנפח 1.7 מ”ל. הוסף 180 μL של מאגר ערכת מיצוי ה- DNA הראשון לכל צינור חרוזים. צמצמו את צינור החרוזים הראשון המכיל חיץ.הערה: אם הרקמות לא נחתכו מראש בשלב 3.2.4.1, השתמש בסכין גילוח המצונן מראש על קרח יבש כדי לחתוך את הרקמה לחתיכות של 20 מ”ג. שלב זה חייב להיעשות בתוך קריוסטט נקי נשמר ב -20 ° C או קר יותר. הוסף חתיכה אחת של רקמה לתוך הצינור; לשקול ולרשום את משקל הרקמה (להיות ~ 20 מ”ג). מיד מניחים את צינור החרוז lysis עם הרקמה בו על קרח. החיץ עלול להתגבש. חזור על השלבים הקודמים עבור כל דגימת רקמה. מעבירים את הצינורות לבלנדר צינור החרוזים ליזיס ופועלים במשך דקה אחת במהירות מרבית (מהירות 10) ב-4°C. מניחים את הדגימות על קרח כדי להעביר אותן לצנטריפוגה. צנטריפוגה למשך דקה אחת ב-20,000 × גרם ב-4°C. במהלך שלב הצנטריפוגה, הוסף 20 μL של proteinase K לסדרה הראשונה של צינורות מיקרוצנטריפוגות 1.7 מ”ל. לאחר שלב הצנטריפוגה, מעבירים את הסופרנאטנט של ההומוגנטים לצינורות 1.7 מ”ל המכילים את הפרוטאינאז K ומערבבים היטב. יש לדגור בטמפרטורה של 56°C למשך 15 דקות, עם ערבוב של 500 סל”ד. אספו את הטיפות מהקירות והמכסה של הצינור על ידי צנטריפוגה של הצינור למשך 1-2 שניות באמצעות מיני צנטריפוגה. יש לדגור בטמפרטורת החדר למשך 2 דקות. מוסיפים 4 μL של RNase A ומערבבים על ידי מערבולת פולסים קצרה. יש לדגור בטמפרטורת החדר למשך 2 דקות. מערבולת דופק למשך 15 שניות. אספו את הטיפות מהקירות והמכסה של הצינור על ידי צנטריפוגה של הצינור למשך 1-2 שניות באמצעות מיני צנטריפוגה. הוסף 200 μL של מאגר ערכת מיצוי ה- DNA השני. מערבולת דופק למשך 15 שניות. אספו את הטיפות מהקירות והמכסה של הצינור על ידי צנטריפוגה של הצינור למשך 1-2 שניות באמצעות מיני צנטריפוגה. הוסף 200 μL של 100% EtOH. מערבולת דופק למשך 15 שניות. אספו את הטיפות מהקירות והמכסה של הצינור על ידי צנטריפוגה של הצינור למשך 1-2 שניות באמצעות מיני צנטריפוגה. העבר את הליזטים לעמודת הספין של מיצוי ה- DNA. יש לסחוט במהירות של 6,000 × גרם למשך דקה. הניחו את עמוד הסחרור בצינור איסוף חדש. הוסף 500 μL של מאגר ערכת מיצוי ה- DNA השלישי לעמודת הספין. יש לסחור במהירות של 6,000 × גרם למשך דקה. הניחו את עמוד הסחרור בצינור איסוף חדש. הוסף 500 μL של מאגר ערכת מיצוי ה- DNA הרביעית לעמודת הספין. סחרור ב 20,000 × גרם במשך 3 דקות. מקם את עמוד הסחרור בצינור מיקרוצנטריפוגה חדש בנפח 1.7 מ”ל. הוסף 100 μL של מים ברמה מולקולרית לעמודת הסחרור. יש לדגור בטמפרטורת החדר למשך דקה. יש לסחור במהירות של 6,000 × גרם למשך דקה אחת בטמפרטורת החדר. מדדו את ריכוז הדנ”א במידת הצורך. יש לאחסן ב-4°C לאחסון לטווח קצר או ב-20°C לאחסון לטווח ארוך. מיצוי DNA מתאים ממוינים ב-FACהערה: המדריך של ערכת מיצוי הדנ”א המופיע בטבלת החומרים שימש לגזירת פרוטוקול מיצוי דנ”א זה.לאחר מיון התאים, צנטריפוגות את הדגימות ב 300 × גרם במשך 5 שניות לאסוף את כל הטיפות על הצדדים ואת המכסה. ודא שכל הטיפות נאספות.הערה: אם נפח הדגימה קטן מ- 1.5 מ”ל, המשך ישירות לשלב הבא. אם נפח הדגימה גדול מ -1.5 מ”ל, הסר בזהירות והשלך את החלק העליון של הסופרנאטנט באמצעות מיקרופיפטה ומשאיר 1-1.5 מ”ל של הדגימה. מערבבים את הדגימה על ידי צנרת למעלה ולמטה מספר פעמים ומעבירים את הדגימה לצינור מיקרוצנטריפוגה בנפח 1.7 מ”ל. צנטריפוגה ב 515 × גרם למשך דקה אחת בטמפרטורת החדר. השליכו את הסופרנאטנט למעט 50 μL האחרונים. השהו מחדש את הגלולה ב-50 μL של מאגר ערכת מיצוי הדנ”א הראשונה לקבלת נפח סופי של 100 μL. פעל בהתאם לפרוטוקול היצרן לבידוד DNA גנומי מכמויות קטנות של דם (ראה טבלת חומרים).הוסף 10 μL של proteinase K ו 100 μL של מאגר ערכת מיצוי DNA שני; מערבבים על ידי מערבולות פולס במשך 15 שניות. דגרו את הדגימות בטמפרטורה של 56°C למשך 10 דקות עם ערבוב של 300 סל”ד. מערבבים את הדגימות פעמיים בהיפוך עדין במהלך תקופת הדגירה. אספו את הטיפות מהקירות והמכסה של הצינור על ידי צנטריפוגה של הצינור למשך 1-2 שניות באמצעות מיני צנטריפוגה. מוסיפים 50 μL של 100% EtOH ומערבבים על ידי מערבולות פולס במשך 15 שניות. דוגרים על הדגימות בטמפרטורת החדר למשך 5 דקות. אספו את הטיפות מהקירות והמכסה של הצינור על ידי צנטריפוגה של הצינור למשך 1-2 שניות באמצעות מיני צנטריפוגה. מעבירים את הדגימות לעמודת מיצוי הדנ”א (העמודה נמצאת בצינור איסוף של 2 מ”ל) מבלי להרטיב את השפה. צנטריפוגה בעוצמה של 6,000 × גרם למשך דקה. לאחר הנחת העמוד בצינור איסוף נקי של 2 מ”ל, יש להשליך את צינור האיסוף המכיל את הזרימה. הוסף 500 μL של מאגר ערכת מיצוי ה- DNA השלישי לעמוד מבלי להרטיב את השפה והצנטריפוגה ב- 6,000 × גרם למשך דקה אחת. שוב, לאחר הנחת העמוד בצינור איסוף נקי של 2 מ”ל, יש להשליך את צינור האיסוף המכיל את הזרימה. הוסף 500 μL של מאגר ערכת מיצוי ה- DNA הרביעית לעמוד מבלי להרטיב את השפה והצנטריפוגה ב- 6,000 × גרם למשך דקה אחת. מניחים את העמוד בצינור איסוף נקי של 2 מ”ל ומשליכים את צינור האיסוף המכיל זרימה. צנטריפוגה בעוצמה של 20,000 × גרם למשך 3 דקות. מניחים את העמוד בצינור מיקרוצנטריפוגה נקי בנפח 1.7 מ”ל ומשליכים את צינור האיסוף המכיל זרימה. הוסף 20 μL של מים כיתה מולקולרית למרכז קרום העמוד עבור elution; סגרו את המכסה ודגרו על הדגימות עם המים המולקולריים בטמפרטורת החדר למשך 5 דקות. צנטריפוגה בעוצמה של 20,000 × גרם למשך דקה. אחסן את ה- DNA המדולל ב- 4 ° C לאחסון לטווח קצר או – 20 ° C לאחסון לטווח ארוך. עיכול וניקוי RNAהערה: המדריך של ערכת מיצוי הדנ”א המופיע בטבלת החומרים שימש להפקת פרוטוקול ניקוי דנ”א זה. בהתאם לתנאי dPCR, ריאגנטים ותכנוני פריימר ובדיקה, ייתכן שיהיה צורך להבטיח היעדר מוחלט של RNA בדגימת ה- DNA לפני שתמשיך לכימות dPCR vg/dg. זיהום RNA עלול לגרום לדרגות שונות של ערכי vg/dg לא מדויקים בתנאי dPCR מסוימים.בצינור PCR של 0.2 מ”ל או בצינור מיקרוצנטריפוגה של 1.7 מ”ל, הוסף לכל היותר 20 μL של דגימת ה- DNA שחולצה ו- 1.5 μL של RNase ללא DNase לכל דגימת DNA. אם נפח תערובת ה- DNA/RNase קטן מ- 21.5 μL, הוסף מספיק מים ברמה מולקולרית לנפח סופי של 21.5 μL וערבב פי 25 על ידי היפוך הצינורות. יש לדגור בטמפרטורה של 37°C למשך 30 דקות עם ערבוב תקופתי כל 10 דקות על ידי היפוך הצינורות.הערה: הכמות הכוללת של חומצות גרעין שנוספו לצינור צריכה להיות בין 175 ננוגרם ל-700 ננוגרם. ייתכן שיהיה צורך בשינויים אם דגימות הדנ”א מכילות נפחים או כמויות חומצות גרעין מחוץ לטווח זה או אם דגימות הדנ”א בודדו באופן שונה. מניחים על קרח למשך 2 דקות. הוסף מספיק מים באיכות מולקולרית לכל תערובת DNA/RNase לנפח סופי של 100 μL.הערה: ה- RNase המפורט כאן מומלץ מכיוון שהוא מעכל את ה- RNA המזהם מבלי להשפיע לרעה על DNA המטרה או בדיקות PCR במורד הזרם. פעל בהתאם לפרוטוקול היצרן לניקוי DNA גנומי (ראה טבלת חומרים).הוסף 10 μL של מאגר ערכת מיצוי ה- DNA הראשון ו- 250 μL של מאגר ערכת מיצוי ה- DNA השני. מערבבים על ידי מערבולות פולס במשך 10 שניות. העבירו את הדגימות לעמודת מיצוי הדנ”א בצינור איסוף של 2 מ”ל מבלי להרטיב את השפה. צנטריפוגה ב-6,000 × גרם למשך דקה. לאחר הנחת העמוד בצינור איסוף נקי של 2 מ”ל, יש להשליך את צינור האיסוף המכיל את הזרימה. הוסף 500 μL של מאגר ערכת מיצוי ה- DNA השני לעמוד מבלי להרטיב את השפה. צנטריפוגה ב-6,000 × גרם למשך דקה. מניחים את העמוד בצינור איסוף נקי של 2 מ”ל ומשליכים את צינור האיסוף המכיל זרימה. צנטריפוגה בעוצמה של 20,000 × גרם למשך 6 דקות. מניחים את העמוד בצינור מיקרוצנטריפוגה נקי של 1.7 מ”ל ומשליכים את צינור האיסוף המכיל את הזרימה. יש להוסיף 20 μL של מים באיכות מולקולרית למרכז קרום העמוד לצורך הדבקה, לסגור את המכסה ולדגור על הדגימות עם המים המולקולריים בטמפרטורת החדר למשך 5 דקות. צנטריפוגה בעוצמה של 20,000 × גרם למשך דקה. יש לאחסן ב-4°C לאחסון לטווח קצר או ב-20°C לאחסון לטווח ארוך. אשר את היעדר זיהום RNA בדגימה המעוכלת ב- RNase עם PCR או dPCR בנקודת קצה או PCR כמותי (qPCR) באמצעות זוג פריימר PCR שיגביר אזור mRNA המשתרע על פני אקסונים מרובים ולא רק אקסון יחיד.הערה: מטרת ה-mRNA צריכה להיות של גן המתבטא היטב ברקמת המטרה/סוג התא כדי להבטיח שזיהום ה-mRNA יזוהה כראוי אם קיים. אמפליקונים המשתרעים על פני אקסונים מרובים מבדילים בין פסים הנובעים מזיהום mRNA לעומת DNA גנומי. תמיד יש דגימת DNA מעוכלת שאינה RNase כבקרה חיובית לתגובת PCR כדי להבטיח כי זיהום mRNA יזוהה אם קיים. PCR דיגיטלי (dPCR)PCR בנקודת קצה לבדיקת ספציפיות הפריימרים ותנאי PCR אופטימליים (אופציונלי)תכנן זוגות פריימר dPCR ובדיקות עבור הגנום הווקטורי וזוגות פריימר dPCR ובדיקות עבור גן הייחוס של העכבר שישמשו לכימות הגנום הדיפלואידי בדגימה.הערה: יש לשאוף לגודל אמפליקון בין 60 bp ל-150 bp. גן הייחוס של העכבר צריך להיות גן שיש לו מספר העתק גן קבוע לכל גנום דיפלואידי. לצורך החישובים המפורטים כאן, לגן הייחוס (Polr2a) יש שני עותקים לכל גנום דיפלואידי. עבור תגובת PCR של 10 μL בנקודת הקצה, הכינו את תערובת ה-PCR באמצעות הריאגנטים והריכוזים הסופיים שישמשו מאוחר יותר לתגובת dPCR. הוסף את דגימת ה- DNA של תבנית RNase מעוכלת (טווח כמויות חומצות גרעין 56-223 ננוגרם) לריכוז סופי של תערובת מאסטר 1x dPCR המכילה את ה- DNA פולימראז ו- dNTPs, 0.8 מיקרומטר מכל פריימר קדמי, 0.8 מיקרומטר מכל פריימר הפוך, 0.4 מיקרומטר מכל בדיקה ו- 0.025 U/μL של אנזים הגבלה (הריכוז הסופי של אנזים הגבלה תלוי באנזים ההגבלה ובמותג בו נעשה שימוש). הוסיפו מים ברמה מולקולרית כדי להגיע לנפח סופי של 10 μL.הערה: צריכים להיות לפחות שני זוגות פריימר ושתי בדיקות בתמהיל ה-PCR: זוג פריימר אחד ובדיקה אחת לגילוי הגנום הווקטורי וזוג פריימר אחד ובדיקה אחת לזיהוי גנום העכבר. תנאי מחזור תרמי PCR: שלב הפעלת חום ראשוני ב- 95 ° C למשך 2 דקות, ואחריו 35-45 מחזורים של שלב דנטורציה ב- 95 ° C למשך 25 שניות ושלב חישול / הארכה משולב ב- 58-62 ° C למשך דקה אחת.הערה: יש לקבוע את טמפרטורת החישול האופטימלית עבור כל זוג אמפליקון ופריימר. ניתן להתאים את מספר המחזורים בהתאם לכמות הדנ”א של התבנית בדגימה. דמיינו את מוצר ה-PCR על ג’ל אגרוז באמצעות אלקטרופורזה בג’ל כדי לקבוע את נוכחותם של רצועות אמפליקון המטרה וכל להקות הגברה לא ספציפיות אפשריות. המשך לשלב dPCR הבא לאחר אישור כי זוגות פריימר ותנאי רכיבה על אופניים לגרום הגברה ספציפית של רצפי המטרה. תגובת dPCRעבור תגובת dPCR של 40 μL, הוסף עד 4 μL של דגימת DNA של תבנית RNase מעוכלת (טווח חומצות גרעין 50-330 ng) לריכוז סופי של 1x dPCR Master Mix המכיל את ה- DNA פולימראז ו- dNTPs, 0.8 מיקרומטר מכל פריימר קדמי, 0.8 מיקרומטר מכל פריימר הפוך, 0.4 מיקרומטר מכל בדיקה, ו-0.025 U/μL של אנזים הגבלה (הריכוז הסופי של אנזים ההגבלה תלוי באנזים ההגבלה ובמותג שבו משתמשים). הוסיפו מים ברמה מולקולרית כדי להגיע לנפח סופי של 40 μL. תנאי מחזור תרמי dPCR: שלב הפעלת חום ראשוני ב- 95 ° C למשך 2 דקות, ואחריו 40-50 מחזורים של שלב דנטורציה ב- 95 ° C למשך 25 שניות, ושלב חישול / הרחבה משולב ב- 58-62 ° C למשך דקה אחת.הערה: יש לקבוע את טמפרטורת החישול האופטימלית עבור כל זוג אמפליקון ופריימר. ניתן להתאים את מספר המחזורים בהתאם לכמות הדנ”א של התבנית בדגימה. הנפחים, הריכוזים והתנאים המפורטים כאן ממוטבים עבור לוחות dPCR, ריאגנטים והתקנים המפורטים בטבלת החומרים. תנאים אלה מפחיתים את ההשפעה של מעכבי dPCR פוטנציאליים שעלולים להפחית את דיוק התגובה. לאחר הרצת תגובת dPCR וקבלת הערכים המוחלטים עבור הגנום הווקטורי וגן הייחוס של העכבר, חשב vg/dg במדגם באמצעות משוואות (7-8).לגני ייחוס בעלי שני עותקי גנים/גנום דיפלואידי:ערך מוחלט של גנום דיפלואידי (dg) = (7)VG/DG = (8) בדוק את תרשים הפיזור ה-1D של תגובת dPCR כדי לאשר את תקפות הבדיקה והכימות (איור 3A,C). כדי שהבדיקה תהיה תקפה, ודא כי 1D scatterplot עונה על כל הקריטריונים הבאים: נוכחות של מחיצות חיוביות ושליליות; הפרדה ברורה בין המחיצה החיובית לשלילית כדי לאפשר קביעת סף מדויקת; ונוכחות של טיפות בודדות בין המחיצות החיוביות והשליליות (הידועות גם בשם גשם), מה שיכול להפחית את הדיוק של כימות dPCR.