Termoplazmonik delme yöntemi, hücrelerde ve dev unilameller veziküllerde plazma membran onarımı sırasında protein tepkilerini incelemek için konfokal mikroskopi, optik cımbız ve altın nanopartikülleri entegre eder. Teknik, hızlı ve lokalize membran delinmesini mümkün kılarak, anahtar proteinlerin ve bunların karmaşık plazma membran onarım mekanizmasındaki fonksiyonel rollerinin tanımlanmasına izin verir.
Hücre zarı, hücrenin hayatta kalması için çok önemlidir ve hücre tüm yaşam döngüsü boyunca yaralanmalar yaşadığından bütünlüğünün sağlanması çok önemlidir. Zarın zarar görmesini önlemek için, hücreler verimli plazma zarı onarım mekanizmaları geliştirmiştir. Bu onarım mekanizmaları, canlı hücrelerde ve membran model sistemlerinde yüzey onarımında yer alan annexinler gibi anahtar proteinlerin rolünü belirlemek ve araştırmak için konfokal mikroskopi ve nano ölçekli termoplazmoniklerin birleştirilmesiyle incelenebilir.
Delme yöntemi, nanopartikül ışınlaması üzerine yüksek oranda lokalize ısıtmayı indüklemek için bir lazer kullanır. Yakın kızılötesi ışığın kullanılması, biyolojik numunedeki fototoksisiteyi en aza indirirken, absorpsiyonun çoğunluğu yakın kızılötesi rezonans plazmonik nanopartikülde gerçekleşir. Bu termoplazmonik yöntem, vezikül ve hücre füzyon çalışmaları yoluyla hücre içi mekanizmaların ve hücresel yanıtların anlaşılmasını geliştirmek için potansiyel fototermal ve biyofiziksel araştırmalar için kullanılmıştır. Yaklaşımın, mekanik, kimyasal veya optik olarak indüklenen yaralanmalar gibi membran bozulması için mevcut yöntemlerin tamamlayıcısı olduğu ve son derece lokalize yaralanmalara neden olarak yüksek düzeyde kontrol sağladığı gösterilmiştir. Yaralanmanın kapsamı, küresel nanopartikülün çevresi ile sınırlıdır ve farklı dalga boyları kullanan darbeli lazerlerin aksine, ışın yolu boyunca zararlı bir hasar meydana gelmez. Nanokabarcıkların oluşumu gibi belirli sınırlamalara rağmen, termoplazmonik yöntem, hücre canlılığından ödün vermeden neredeyse doğal bir ortamda plazma membran onarımındaki hücresel yanıtları araştırmak için benzersiz bir araç sunar.
Konfokal mikroskopi ile entegre edildiğinde, delme yöntemi, model membran sistemlerindeki membran dinamiğinin mekanik bir anlayışının yanı sıra, protein alımı ve biyofiziksel işlevleri de dahil olmak üzere membran hasarına protein tepkileri hakkında nicel bilgiler sağlayabilir. Genel olarak, bu yöntemin indirgenmiş model sistemlere uygulanması, canlı hücrelerdeki karmaşık plazma zarı onarım mekanizmaları hakkındaki anlayışımızı geliştirebilir.
Hem fiziksel bir bariyer hem de bir sinyal platformu görevi gören hücre zarı, hücrenin hayatta kalması için hayati önem taşır1. Tüm hücre döngüsü boyunca, plazma zarı (PM) mekanik 2,3,4,5 ve kimyasal6 stres kaynaklı yaralanmalar gibi hasara maruz kalır. Membran bütünlüğünü korumak ve hücrenin hayatta kalmasını sağlamak için hücre, sağlam plazma membran onarımı (PMR) mekanizmaları geliştirmiştir. Bu mekanizmalar, hücre iskeletinin yeniden düzenlenmesi, membran füzyonu ve membran değiştirme stratejileri7,8,9,10,11 gibi çeşitli stratejilere bağlıdır ve bunların tümü spesifik proteinlerin işe alınmasına dayanır. Özellikle, annexin protein ailesinin üyeleri, PMR 1,9,12,13,14,15,16 süreçleriyle ilişkili anahtar proteinler olarak tanımlanmıştır. PM hasarını takiben, hücre, hücrenin hayatta kalması için acil bir tehdit oluşturan bir kalsiyum iyonu akışı (Ca2 +) yaşar17. Ca2+ akışına yanıt olarak, ağırlıklı olarak sitozolde bulunan annexin proteinleri, PMR stratejilerinin bir parçası olarak hasarlı plazma zarının iç broşürünebağlanır 18. Annexin A2 (ANXA2), disferlin eksikliği olan kas distrofisinde PMR ile ilişkilendirilen annexin ailesinin ilk üyelerinden biriydi ve hücre içi vezikülleri yaralanma bölgesi 5,19,20,21 yakınındaki PM’ye kaynaştırarak onarıma aracılık etmesi önerildi. Daha sonra, ek22’ye çeşitli işlevler atfedildi ve PMR’deki rolleri son 20 yılda artan bir ilgi gördü. Bununla birlikte, PMR’deki eklerin kesin rolü tam olarak anlaşılmamıştır 15,18,21,22.
Bu makale, konfokal mikroskopi, optik cımbız ve altın nanopartiküllerin (AuNP’ler) bir kombinasyonunu kullanarak protein-membran etkileşimini ve membran dinamiklerini kontrollü ve oldukça lokalize bir şekilde araştırmak için bir yöntem önermektedir. Bu yöntem, membran hasarına veCa2+ akışına yanıt olarak protein, lipid ve küçük molekül etkileşimlerinin kantitatif çalışmasını sağlar. Membran onarımı sürecinde yer alan bileşenlerin karmaşıklığına ve çokluğuna rağmen, membran dinamiği ve annexin proteinlerinin membran bozulmasına tepkisi hakkında daha derin bir mekanik anlayış kazanmak için plazma membranını taklit eden basitleştirilmiş membran sistemleri kullanılmıştır16. Dev unilamellar lipid vezikülleri (GUV’ler), belirli bir lipid bileşimine sahip model membran sistemi olarak seçildi. GUV’ler, Weinberger ve ark.23 tarafından tarif edildiği gibi, jel destekli hidrasyon yöntemi, özellikle polivinil alkol jel hidrasyonu kullanılarak üretildi ve bu, annexinlerin GUV’lere verimli bir şekilde kapsüllenmesine izin verdi.
Metalik nanopartiküller (NP’ler) üzerinde yakın kızılötesi (NIR) lazer ışınlamasının kullanılması, NP’nin önemli ölçüde ısınmasına neden olur ve bu da onu biyomedikal uygulamalarda kullanılan yerel bir ısı kaynağı oluşturmak için etkili bir yöntem haline getirir24. Yöntem başlangıçta hem 2D hem de 3D biyomimetik tahlillerde tek bir AuNP’yi çevreleyen sıcaklığı doğrudan ölçmek için kullanıldı. Bu tahlillerde25,26, plazmonik nanopartiküller, desteklenen bir lipid çift tabakası üzerinde ışınlandı veya yerel ısıtma üzerine yerel bir termal faz geçişine uğrayan GUV’lerin yakınında optik olarak hapsedildi, bu da partikül etrafındaki tam sıcaklık profilinin ölçülmesini ve kontrolünü sağladı. Bu referans sıcaklık profili, biyolojik numuneler araştırılırken veya manipüle edilirken kullanılmıştır. Yöntemdeki daha ileri ilerlemeler, membranlarda(27) nanoskopik gözeneklerin indüksiyonunu kolaylaştırarak vezikül ve hücre füzyonunaizin vermiştir 28,29. Diğer çalışmalar, yeni hibrit veziküller oluşturarak GUV’lerde29 ve transmembran proteinlerde30 periferik membran proteinlerinin davranışını araştırırken, hücresel yanıtları veya gen ekspresyonunu kontrol etmek ve incelemek için hücreye özgü ilaç dağıtımı da araştırılmıştır 28,29,31,32,33. Son zamanlarda, yöntem membran hasarına protein yanıtlarını araştırmak için kullanılmıştır 32,34,35.
Hücresel yanıtları ve membran onarımını araştırmak için plazma membranını bozmak için çeşitli yöntemler mevcuttur. Bunlar, tümü hücre zarını mekanik olarak bozabilen mikroiğne deliklerini, mikroboncuk sallamayı ve hücre kazımayı içerir 14,36,37. Kimyasal olarak indüklenen hasar, lipid çift tabakasını kararsızlaştıran ve plazma zarı boyunca membran gözenekleri oluşturan deterjanlar5,38 veya bakteriyel toksinler39,40 eklenerek elde edilebilir. Ayrıca, plazmonik nanopartiküller 42,43,44,45 ile kombinasyon halinde annexin proteinleri 5,14,21,41 gibi PMR bileşenlerini incelemek için sürekli dalga ve darbeli lazerler tarafından optik olarak indüklenen yaralanmalar kullanılmıştır.. Yüksek güçlü darbeli lazerlerin verimliliğine rağmen, ışın yolu boyunca hücrenin iç kısmında önemli yaralanmalara ve hasara neden olabilirler. Ayrıca, darbeli lazer ışınlaması üzerine biyolojik maddede meydana gelen ayrıntılı değişiklikler ve iyi tanımlanmış bir gözenek oluşturup oluşturmadığı daha fazla araştırılmayı beklemektedir. Bu makalede, iç yapılara önemli bir zarar vermeden PM’de nanoskopik delikleri kontrollü bir şekilde34,35 indüklemek için termoplazmonik kullanan alternatif bir yöntem sunulmaktadır. Bu, plazmonik NP’lerin yüksek oranda odaklanmış bir NIR lazere maruz bırakılmasıyla gerçekleştirilir, bu da 200 °C’yi aşan sıcaklıklara kolayca ulaşabilen ve küçük nanoskopik patlamalara yol açabilen son derece lokalize bir sıcaklık artışına neden olur 25,46,47. Bu işlem, lazer yoğunluğunun yanı sıra NPs48’in boyutu, şekli ve bileşimi ayarlanarak kontrol edilebilir. Araştırmacılar, bu tekniği kullanarak, proteinlerin canlı hücrelerde PM onarımındaki rolünü keşfedebilirler, bu da hücre canlılığından ödün vermeden ektrin proteinlerinin membran onarımına katılımı ile ilgili cevaplanmamış bazı soruların ele alınmasına yardımcı olabilir.
Plazmonik nanopartiküllerin optik tuzağı, önceki çalışmalarla iyi bir şekilde belirlenmiştir 25,49,50,51,52; bununla birlikte, nanopartiküllerin 53,54,55 termoplazmonik özelliklerine ilişkin ek bilgiler ek materyallerde elde edilebilir (Ek Dosya 1). Termoplazmonik yöntem, hücresel yanıt ve onarım mekanizmalarını incelemek amacıyla PM’de nanoskopik delikler oluşturmak için kullanılabilir. Daha doğrusu, delinme, Şekil 1A ve B’de gösterildiği gibi, membrana yakın olan AuNP’lerin optik ısıtması yoluyla elde edilebilir. Bu lokalize delinme, bir kalsiyum sensörü tarafından doğrulanan ve böylece PMR makinesini harekete geçiren Ca2+ akışına izin verir. Canlı hücre deneyleri için, ANXA2’nin PMR’deki rolünü konfokal mikroskopi ile izlemek için 200 nm çapındaki AuNP’ler hücrenin altındaki yüzeyde hareketsiz hale getirildi. 1064 nm dalga boyuna sahip NIR lazeri (Şekil 1A,B), AuNP’yi ışınlar, plazmonik özelliklerinden yararlanır (Şekil 1C), biyolojik saydamlık penceresinde önemli ölçüde yerel ısınmaya (Şekil 1D) neden olurkenhücrenin kendisine minimum zarar verir. AuNP’yi çevreleyen yüksek sıcaklık bölgesi, Şekil 1E’de gösterildiği gibi, NP’nin yarıçapına karşılık gelen bir mesafede hızla %30-40 oranında azalır ve her üç boyutta da son derece sınırlı bir yaralanmaya izin verir.
Ek Dosya 1. Bu Dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.
Şekil 1: Deneysel yöntemin şematik taslağı. (A) ANXA ile transfekte edilmiş hücreler, yüzeydeki hareketsizleştirilmiş altın nanopartiküllerin (AuNP’ler) üzerine yerleştirilir veya (B) kapsüllenmiş ANXA’ya sahip dev unilameller veziküller (GUV’ler), AuNP’ler içeren bir ortamda süspanse edilir. (C) Tek bir AuNP, gelen elektromanyetik alan ile iletim elektronları arasındaki etkileşimin NP içindeki elektronların toplu salınımına yol açtığı NIR optik tuzağı tarafından ışınlanır. (D) Bu işlem, sıcaklıkta oldukça sınırlı ancak önemli bir artışa neden olur. NP yüzeyindeki sıcaklığı tahmin etmek için Mie teorisi kullanılır ve 200 nm çapında ve lazer yoğunluğu I = 6.36 x 108 W/cm2 olan bir AuNP için bir (E) sıcaklık profili hesaplanır. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
Hücre zarı üzerindeki termal etkiyi en aza indirmek için, AuNP’ler yalnızca ~1 saniye boyunca ışınlanır. Bu, tipik olarak ortaya çıkması için daha fazla zaman gerektiren proteinlere verilen zararı azaltan geçici ve yerel bir ısınma patlamasına neden olur. Membran delinmesi üzerine, eklavin proteinleri saniyenin çok küçük bir bölümünde toplanır ve birkaç saniye içinde, yaralanma bölgesi çevresinde eklavin halkası benzeri bir iskele oluşur (Şekil 2). Bu yaklaşım aynı zamanda, onarım süreçlerinin tam şemasına ışık tutmak amacıyla ANXA5’in hem canlı hücrelere hem de model membranlara16 katılımını araştırmak için de uygulanmıştır. Birincil odak noktası, çeşitli annexin proteinlerinin ilişkili alımı üzerinde olsa da, onarım mekanizmasının biyofiziksel yönleri henüz aydınlatılamamıştır.
Önerilen yöntemi tam olarak uygulamak için üç temel bileşen gereklidir: konfokal mikroskopi, optik cımbız ve metal nanopartiküller. Optik cımbız, AuNP’leri yakalamak için kullanılır ve bunların yapımı, Neuman ve ark.49 tarafından özetlenen prosedür izlenerek gerçekleştirilebilir. Bununla birlikte, bir optik cımbız oluşturmanın çok zor olduğu kanıtlanırsa, hücrelerin altında hareketsiz hale getirilen AuNP’leri ışınlamak için sıkıca odaklanmış bir NIR lazeri kullanılabilir. Bu protokol için küresel AuNP’ler seçilirken, NIR bölgesi48 içinde oldukça lokalize bir sıcaklık gradyanı elde etmek için ayarlanabilir absorpsiyon spektrumlarına sahip çeşitli plazmonik parçacıklar da kullanılabilir.
Floresan görüntüleme, floresan etiketli proteinlerin rolünü gözlemlemek için gereklidir ve bu nedenle, toplam iç yansıma mikroskobu (TIRF)56 , konfokal görüntülemeye bir alternatif olarak düşünülebilir. Bununla birlikte, bu teknik sadece yüzey görüntülemeye izin verir ve model membran vezikül deneyleriyle uyumlu olmaz. Sonuç olarak, hem optik cımbız hem de konfokal mikroskop, nanopartikülün kesin lokalizasyonu ve hücre hasarını çevreleyen lokal alanın ayrıntılı olarak araştırılması için gereklidir. Nanoparçacığı kırınım sınırlı bir lazer odağı ile etkili bir şekilde ışınlamak için nanoparçacığı görselleştirmek gerekir. Bu, Leica konfokal mikroskopların standart bir görüntüleme özelliği olan yansıma mikroskobu ile en iyi şekilde elde edilebilir. Bununla birlikte, yansıma veya saçılma görüntüleme mevcut değilse, daha az verimli floresan AuNP etiketlemesi gibi alternatif yöntemler düşünülebilir.
Özetle, bu çalışmada sunulan yüksek oranda kontrol edilebilir ve lokalize termoplazmonik yöntem, canlı hücrelerde hücresel yanıtlarda ve PM onarım mekanizmalarında yer alan moleküler bileşenleri araştırmak için mükemmel bir platform olarak hizmet etme potansiyeline sahiptir. PM hasarı üzerine protein yanıtını incelemeye ek olarak, bu yaklaşım vezikülleri lokal olarak delmek için de kullanılabilir, böylece hem protein-protein hem de protein-membran dinamiklerinde protein yanıtının araştırılmasını sağlar. Ayrıca bu yöntem, zarlar bozulduğunda proteinler, lipitler ve küçük moleküller arasındaki etkileşimlerin kantitatif bir analizine izin verir. Toplu olarak, bu ilerlemeler, karmaşık ve karmaşık plazma membran onarım makineleriyle ilgili çözülmemiş bazı sorulara ışık tutma potansiyeline sahiptir.
Çalışma, termoplazmonik yaklaşımı, canlı hücrelerdeki protein tepkilerini keşfetmek ve zar bozulmasını takiben zarları modellemek için umut verici bir teknik olarak vurgulamaktadır. Bu yöntem sadece protein alımı hakkında değil, aynı zamanda protein-zar dinamiğinde yer alan proteinlerin biyofiziksel işlevi hakkında da kapsamlı bilgi sağlar. Sonuç olarak, yüzey onarımından sorumlu moleküler bileşenlerin tanımlanmasını kolaylaştırır ve plazma membran onarımının karmaşık ancak hayati mekanizmasının anlaşılmasını ilerletir. Membran bozulmasını indüklemek için mekanik, kimyasal ve optik teknikler gibi çeşitli yöntemler mevcut olsa da, bu yöntemler, hücrelere spesifik olmamak, hücre zarında birden fazla yaralanma oluşturmak veya membranda önemli hasara neden olmak ve yüksek güçlü darbeli lazerler kullanırken lazer yolu boyunca dahili hücresel materyali kesmek gibi sınırlamalardan muzdariptir. Konfokal mikroskopi ve optik cımbızın entegrasyonu en kapsamlı bilgileri sunarken, alternatif görüntüleme yöntemleri de kullanılabilir. Örneğin, plazmonik nanopartikülün görüntülenmesi yansıma mikroskobu kullanılarak elde edildiğinden, Leica konfokal mikroskoplarda yerleşik bir görüntüleme modu, karanlık alan mikroskobu 65,66, iSCAT 67,68 gibi diğer saçılma yöntemleri veya nanoparçacığın floresan etiketlemesi gibi ek görüntüleme teknikleri, AuNP görselleştirmesi için kullanılabilir, ancak bu, yöntemin uygulanabilirliğini sınırlayabilir.
Sunulan yöntem ayrıca model membranlarda nanoskopik delikler indükleyebilir ve farklı ekler arasındaki sinerji etkilerinin araştırılmasını sağlar. Bu, farklı şekilde etiketlenmiş rekombinant eklerin, örneğin sırasıyla RFP ve GFP’nin kapsüllenmesi ve ardından termoplazmonik ponksiyonun kapsüllenmesiyle elde edilir. Bu model sistemi, Şekil 2D’de gösterildiği gibi, annexinlerin serbest kenarların yakınındaki membranlarla nasıl etkileşime girdiğine dair fikir verir. Bununla birlikte, hücrelerden farklı olarak, GUV’lere açılan delikler genişlemeye devam eder, ardından vezikülün dengesizleşmesi devam eder. Konfokal mikroskopi kullanarak delik evrimini görüntülemek, delik çapının hızlı genişlemesi nedeniyle zor olabilir, ancak zaman içinde birkaç z-yığını yakalanarak gerçekleştirilebilir. Alternatif bir yöntem, daha hızlı görüntüleme için dönen bir disk konfokal kullanmak olabilir. Ayrıca, termoplazmonik yaklaşım, 20 °C ile 30 °C arasındaki numune sıcaklıklarında genellikle iki ila üç olmak üzere tek hücrelere veya GUV deneylerine uygulandığında tipik olarak saatte sınırlı sayıda optimal sonuç verir. Protein-membran dinamiğinin en doğru gözlemini elde etmek için, hücrelerin HEPES içeren bir tamponda tutulması ve numunenin her saat değiştirilmesi önerilir. Alternatif olarak, deneyler bir hücre inkübasyon odasında, yani %5CO2 ile 37 ° C’lik sabit bir sıcaklıkta gerçekleştirilerek deney penceresi uzatılabilir. Ayrıca, bu yaklaşımın stokastik optik rekonstrüksiyon mikroskobu (STORM) gibi diğer görüntüleme teknikleriyle birleştirilmesi, membran onarımında yer alan anahtar proteinlerin biyofiziksel işlevinin ve etkileşiminin tek molekül düzeyinde daha derin bir şekilde anlaşılmasını sağlayabilir. Bu, yara geometrisi ve annexin proteinlerinin yeri de dahil olmak üzere yaralanma bölgesi hakkında ayrıntılı bilgi sağlayabilir ve ayrıca membran yüzeyinin onarımında yer alan diğer kilit oyuncuları tanımlayabilir.
Membran yaralanmasını indüklemede maksimum etkinlik ve hassasiyet elde etmek için, her deneyden önce lazer odağının konumunu doğrulamak ve lazer odağının eksenel konumunun konfokal odakla çakıştığından emin olmak zorunludur. Bu hizalama, AuNP görüntüleme sırasında yoğunluğu optimize eder, bu da maksimum yerel sıcaklık artışına ve bunun sonucunda daha düşük lazer gücünde membran yaralanmasına yol açar. Bu işlem manuel olarak yürütülür ve bu nedenle odak, parçacığın konumuyla çakışan bir konuma manuel olarak çevrildiğinden, membran yırtılma verimliliğindeki değişkenliğe karşı hassastır. Bazı ticari sistemlerde olduğu gibi, yansıma modu olmayan mikroskoplarda, lazer odağının ve partikülün birlikte lokalizasyonu zor olabilir. Bu gibi durumlarda, alternatif görüntüleme modları (örneğin, parlak alan) kullanılabilir ve beklenen parçacık konumu etrafında yavaş bir raster taraması gerçekleştirilebilir. Düşük lazer gücünün yalnızca membran geçirgenliğine neden olabileceğine dikkat edilirken, yüksek lazer gücünün, cam yüzey bir soğutma etkisine sahip olsa bile, NP çevresinde suyun kaynama noktasını aşan sıcaklıklar üretebileceği unutulmamalıdır. NP’leri çevreleyen nanokabarcıkların oluşumunun 200 °C ile 300 °C25,48 arasında meydana geldiği tahmin edilmektedir, burada patlayıcı ısı ya lazer odağından parçacık yer değiştirmesine ya da parçacık parçalanmasına neden olabilir. Ek olarak, ısıtma sırasında nano veya mikro kabarcıkların oluşması bu yöntem için bir zorluk teşkil eder. Hava arayüzleri membranları ıslattığından ve istenmeyen bir durum olan protein destabilizasyonuna neden olabileceğinden, membran onarımını araştırırken ısıtmayı sınırlamak zorunludur. Özellikle, altın nanokabuklar yüksek sıcaklıklara tolerans göstermez ve yüksek çözünürlüklü mikroskopi58 ile gösterildiği gibi bu koşullar altında bozulur.
Bu makale, hem hücrelere hem de model membranlara uygulanabilen, membranlarda yüksek oranda lokalize delikler gerçekleştirmek için termoplazmonik kullanmak için ayrıntılı bir protokol sağlar. Isınma derecesini daha da azaltmak için, NIR ışığıyla rezonansa giren daha küçük nanopartiküller kullanılabilir, bu da endozomlarda, endoplazmik retikulumda ve nükleer zarfta hücre içi deliklere olanak tanır. Çubuklar ve nanomatruşkalar48 dahil olmak üzere bu tür nanopartiküller, hücre yüzeyinde kolayca alınan ve çekirdeğe doğru kaçakçılığı yapılan endositozlu altın nanopartikülleri hedefleyerek nükleer zarf onarımını araştırmak için kullanılabilir69. Genel olarak, bu teknik, PMR’de yer alan temel moleküler bileşenlerin tanımlanmasını ve incelenmesini, hücrelerin canlılığını korurken biyofiziksel işlevlerini ve rollerini aydınlatmayı sağlar.
The authors have nothing to disclose.
Jesper Nylandsted’e bize rekombinant annexin proteinleri ve annexinleri kodlayan plazmitler sağladığı için teşekkür etmek istiyoruz. Bu çalışma, Danimarka Bağımsız Araştırma, Doğa Bilimleri Konseyi (DFF-4181-00196), Novo Nordisk Vakfı Disiplinlerarası Sinerji Programı 2018 (NNF18OC0034936), Danimarka Kanser Derneği Bilimsel Komitesi (R90-A5847-14-S2), Lundbeck Vakfı (R218-2016-534) ve Lundbeck Vakfı Mükemmeliyet Merkezi (Nanotıpta Biyomembranlar) tarafından finansal olarak desteklenmiştir.
1064 nm trapping laser | Spectra Physics | N/A | Spectra Physics J201-BL-106C, Nd: YVO4 NIR laser |
160 nm Gold Nanoshells | NanoComposix | NCXGSIR150 | |
200 nm Gold Nanoparticles | BBI Solutions | EM.GC200/7 | |
35 mm glass surface MatTex microwell | MATTEK | P35G-1.5-14-C | |
Amber-glass vials | Supelco Sigma Aldrich | 243438 | |
Annexin A2 plasmids | N/A | N/A | Received from our collaborator at the Danish Cancer Research Center |
Annexin A4 recombinant-protein | N/A | N/A | N-terminal GFP tagged ANXA4 received from our collaborator at the Danish Cancer Research Center |
Annexin A5 recombinant-protein | N/A | N/A | N-terminal GFP tagged ANXA5 received from our collaborator at the Danish Cancer Research Center |
beta-casein | Sigma Life Science | C6905-1G | |
CaCl2 | Suprlco (sigma Aldrich) | 10035-04-8 | |
Centrifuge 5702 | Eppendorf | 5702 | |
Chloroform | VWR Chemicals | 67-66-3 | |
Culture dish (Nunclon Delta Surface) | Thermo scientific | 150460 | |
DID cell-labelling Solution | Invitrogen | 7757 | |
Distilled water | Gibco | 15230-089 | |
DOPC | Avanti Polar Lipids | 850375C | Dissolved in chloroform |
DOPS | Avanti Polar Lipids | 840035C | Dissolved in chloroform |
Dulbecco's Modified Eage's Medium | Thermo Fisher Scientific | 11995065 | |
FIJI ImageJ distribution | ImageJ2 | N/A | |
GCaMP6s-CAAX | N/A | Received from our collaborator at the Danish Cancer Research Center | |
Gibco Fetal Bovine Serum | Fisher Scientific | 11573397 | 10% of the culture medium |
Glucose | PROLABO | 24 374.297 | |
Hamilton syringes | Hamilton Company | N/A | 50 and 500 microliters |
Harrick Plasma Cleaner PDG-002 | Harrick Plasma | N/A | |
HEK293T cells | N/A | Received from our collaborator at the Danish Cancer Research Center | |
Leica Acousto-Optical Beam Splitter (AOBS) | Leica | N/A | |
Leica PL APO 63x water immersion objective, NA = 1.2 | Leica | N/A | |
Leica SP5 confocal scanning microscope | Leica | N/A | |
Lipofectamine | Fisher Scientific | 15338030 | |
MatLab | The Mathworks, Inc., Natick, Massachusetts, United States | N/A | |
NaCl | VWR Chemicals | 7647-14-5 | |
Opti-MEM Reduced-Serum Medium | Thermo Fisher Scientific | 11058021 | |
Parafilm | Bemis | PM-992 | |
Penicillin-Streptomycin | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | 1% of the culture medium |
Phosphate Buffered Saline (PBS) | Thermo Fisher Scientific | 10010023 | |
Piezoelectric stage (PI 731.20) | Physik Instrumente (Germany) | N/A | |
Poly-L-Lysine | Sigma-Aldrich | P8920-100ML | 0.01-0.1% for coating |
Polyvinyl alcohol | Sigma-Aldrich | 363065-25G | |
round glass slide 25 mm Ø | VWR | 631-1584 | |
Sonicator Brandson 2800 | Brandson | N/A | |
sucrose | Sigma Life Science | 57-50-1 | |
T25 tissue culture flask | Falcon | 353108 | Blue Vented cap |
Tris-HCl | Invitrogen | 15567-027 | |
TrypLE | Thermo Fisher Scientific | A1285901 | |
Trypsin-EDTA | Fisher Scientific | 11590626 | |
VWR Mixer mini vortex 230V EU | VWR | 12620-84 | ECN: 444-2790, SN: 150713022 |