Summary

Modelagem Computacional de Neurônios da Retina para Pesquisa de Próteses Visuais - Abordagens Fundamentais

Published: June 21, 2022
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Summary

Resumimos um fluxo de trabalho para modelar computacionalmente os comportamentos de um neurônio da retina em resposta à estimulação elétrica. O modelo computacional é versátil e inclui etapas de automação que são úteis na simulação de uma variedade de cenários fisiológicos e na antecipação dos resultados de futuros estudos in vivo / in vitro .

Abstract

A modelagem computacional tem se tornado um método cada vez mais importante na engenharia neural devido à sua capacidade de prever comportamentos de sistemas in vivo e in vitro . Isso tem a principal vantagem de minimizar o número de animais necessários em um determinado estudo, fornecendo uma previsão muitas vezes muito precisa dos resultados fisiológicos. No campo da prótese visual, a modelagem computacional tem uma série de aplicações práticas, incluindo informar o projeto de uma matriz de eletrodos implantáveis e prever percepções visuais que podem ser provocadas através da entrega de impulsos elétricos da referida matriz. Alguns modelos descritos na literatura combinam uma morfologia tridimensional (3D) para calcular o campo elétrico e um modelo de cabo do neurônio ou rede neural de interesse. Para aumentar a acessibilidade deste método de duas etapas para pesquisadores que podem ter experiência anterior limitada em modelagem computacional, fornecemos um vídeo das abordagens fundamentais a serem tomadas para construir um modelo computacional e utilizá-lo na previsão dos resultados fisiológicos e psicofísicos de protocolos de estimulação implantados via uma prótese visual. O guia compreende as etapas para a construção de um modelo 3D em um software de modelagem de elementos finitos (MEF), a construção de um modelo de células ganglionares da retina em um software computacional de neurônios multicompartimentais, seguido pela fusão dos dois. Um software de modelagem de elementos finitos para resolver numericamente equações físicas seria usado para resolver a distribuição do campo elétrico nas estimulações elétricas do tecido. Em seguida, foi utilizado um software especializado para simular as atividades elétricas de uma célula ou rede neural. Para seguir este tutorial, a familiaridade com o princípio de funcionamento de uma neuroprótese, bem como conceitos neurofisiológicos (por exemplo, mecanismo de potencial de ação e uma compreensão do modelo de Hodgkin-Huxley), seria necessária.

Introduction

As neuropróteses visuais são um grupo de dispositivos que fornecem estímulos (elétricos, leves, etc.) às células neurais na via visual para criar fosfénos ou sensação de ver a luz. É uma estratégia de tratamento que está em uso clínico há quase uma década para pessoas com cegueira permanente causada por doenças degenerativas da retina. Normalmente, um sistema completo incluiria uma câmera externa que captura as informações visuais em torno do usuário, uma fonte de alimentação e uma unidade de computação para processar e traduzir a imagem para uma série de pulsos elétricos e uma matriz de eletrodos implantados que interage com o tecido neural e entrega os pulsos elétricos às células neurais. O princípio de funcionamento permite que uma neuroprótese visual seja colocada em diferentes locais ao longo da via visual da retina ao córtex visual, desde que esteja a jusante do tecido danificado. A maioria das pesquisas atuais em neuropróteses visuais se concentra em aumentar a eficácia da estimulação e melhorar a acuidade espacial para fornecer uma visão mais natural.

Nos esforços para melhorar a eficácia da estimulação, a modelagem computacional tem sido um método econômico e eficaz em termos de tempo para validar o projeto de uma prótese e simular seu resultado visual. A modelagem computacional neste campo ganhou popularidade desde 1999, quando Greenberg1 modelou a resposta de uma célula ganglionar da retina a estímulos elétricos extracelulares. Desde então, a modelagem computacional tem sido utilizada para otimizar os parâmetros do pulso elétrico2,3 ou o desenho geométrico do eletrodo 4,5. Apesar da variação na complexidade e nas questões de pesquisa, esses modelos funcionam determinando a distribuição de tensão elétrica no meio (por exemplo, tecido neural) e estimando a resposta elétrica que os neurônios nas proximidades produzirão devido à tensão elétrica.

A distribuição de tensão elétrica em um condutor pode ser encontrada resolvendo as equações de Poisson6 em todos os locais:

Equation 1

Equation 2

onde E é o campo elétrico, V o potencial elétrico, J a densidade de corrente e σ é a condutividade elétrica. O Equation 12 na equação indica um operador de gradiente. No caso da corrente estacionária, as seguintes condições de contorno são impostas ao modelo:

Equation 3

Equation 4

onde n é o normal para a superfície, Ω representa o limite e I0 representa a corrente específica. Juntos, eles criam isolamento elétrico nos limites externos e criam uma fonte de corrente para um limite selecionado. Se assumirmos uma fonte pontual monopolar em um meio homogêneo com uma condutividade isotrópica, o potencial elétrico extracelular em um local arbitrário pode ser calculado por7:

Equation 5

onde I e é a corrente e é a distância entre o eletrodo e o ponto de medição. Quando o meio é não homogêneo ou anisotrópico, ou a matriz de eletrodos tem múltiplos eletrodos, um conjunto computacional para resolver numericamente as equações pode ser conveniente. Um software de modelagem de elementos finitos6 divide o condutor de volume em pequenas seções conhecidas como “elementos”. Os elementos estão interligados uns com os outros de tal forma que os efeitos da mudança em um elemento influenciam a mudança em outros, e resolve as equações físicas que servem para descrever esses elementos. Com o aumento da velocidade computacional dos computadores modernos, esse processo pode ser concluído em segundos. Uma vez que o potencial elétrico é calculado, pode-se então estimar a resposta elétrica do neurônio.

Um neurônio envia e recebe informações na forma de sinais elétricos. Tais sinais vêm em duas formas – potenciais graduais e potenciais de ação. Potenciais graduais são mudanças temporárias no potencial de membrana em que a tensão através da membrana se torna mais positiva (despolarização) ou negativa (hiperpolarização). Potenciais graduados, normalmente, têm efeitos localizados. Nas células que os produzem, os potenciais de ação são respostas de tudo ou nada que podem viajar longas distâncias ao longo do comprimento de um axônio. Ambos os potenciais graduados e de ação são sensíveis ao ambiente elétrico e químico. Um pico de potencial de ação pode ser produzido por vários tipos de células neuronais, incluindo as células ganglionares da retina, quando um potencial transmembrana limiar é cruzado. O potencial de ação e propagação desencadeia a transmissão sináptica de sinais para os neurônios a jusante. Um neurônio pode ser modelado como um cabo que é dividido em segmentos cilíndricos, onde cada segmento possui capacitância e resistência devido à membrana de bicamada lipídica8. Um programa computacional de neurônios9 pode estimar a atividade elétrica de uma célula eletricamente excitável discretizando a célula em múltiplos compartimentos e resolvendo o modelo matemático10:

Equation 6

Nesta equação, Cmé a capacitância da membrana, V e,n é o potencial extracelular no nó n, Vi,n o potencial intracelular no nó n, R n a resistência intracelular (longitudinal) no nó n e oíon I é a corrente iônica que atravessa os canais iônicos no nó n. Os valores de V do modelo FEM são implementados como Ve,n para todos os nós do neurônio quando a estimulação está ativa.

As correntes transmembranares dos canais iônicos podem ser modeladas usando formulações de Hodgkin-Huxley11:

Equation 7

onde g i é a condutância específica do canal, V m o potencial transmembrana (V i,n Ve,n) e E íon o potencial de reversão do canal iônico. Para canais dependentes de tensão, como o canal Na, são introduzidos parâmetros adimensionais, m e h, que descrevem a probabilidade de abertura ou fechamento dos canais:

Equation 8

onde Equation 9 é a condutância máxima da membrana para o canal iônico particular, e os valores dos parâmetros m e h são definidos por equações diferenciais:

Equation 10

onde α x e βx são funções dependentes de tensão que definem as constantes de taxa do canal iônico. Eles geralmente assumem a forma:

Equation 11

Os valores dos parâmetros nessas equações, incluindo a condutância máxima, bem como as constantes A, B, C e D, foram tipicamente encontrados a partir de medições empíricas.

Com esses blocos de construção, modelos de diferentes complexidades podem ser construídos seguindo as etapas descritas. Um software FEM é útil quando a equação de Poisson não pode ser resolvida analiticamente, como no caso de condutância não homogênea ou anisotrópica no condutor de volume ou quando a geometria da matriz de eletrodos é complexa. Depois que os valores de potencial extracelular foram resolvidos, o modelo de cabo de neurônios pode então ser resolvido numericamente no software computacional de neurônios. A combinação dos dois softwares permite a computação de uma célula ou rede de neurônios complexos para um campo elétrico não uniforme.

Um modelo simples de duas etapas de uma célula ganglionar da retina sob uma estimulação supracoroidal será construído usando os programas acima mencionados. Neste estudo, a célula ganglionar da retina será submetida a uma gama de magnitudes de pulsos de corrente elétrica. A localização da célula em relação ao estímulo também é variada para mostrar a relação distância-limiar. Além disso, o estudo inclui uma validação do resultado computacional em relação a um estudo in vivo do limiar de ativação cortical usando diferentes tamanhos de eletrodo de estimulação12, bem como um estudo in vitro mostrando a relação entre a distância eletrodo-neurônio e o limiar de ativação13.

Protocol

1. Configurando o modelo de elementos finitos para cálculos de potencial elétrico Determinar as etapas de simulação e a complexidade do modeloNOTA: O objetivo da primeira etapa é esclarecer o propósito da modelagem, que determinará os elementos necessários do modelo e do procedimento de simulação. Um ponto importante a considerar é o comportamento das células neurais que precisa ser mostrado pelo modelo e qual protocolo de teste seria necessário para demonstrar esse comportamen…

Representative Results

Foram realizados dois protocolos de simulação para demonstrar o uso do modelo. O primeiro protocolo envolveu a variação do tamanho do eletrodo, mantendo a localização do neurônio e os parâmetros de pulso elétrico iguais. O segundo protocolo envolveu o deslocamento do neurônio na direção x em passos de 100 μm, enquanto o tamanho do eletrodo permaneceu constante. Para ambos os protocolos, o pulso utilizado foi um único pulso bifásico catódico de 0,25 ms de largura com um intervalo interfásico de 0,05 ms. P…

Discussion

Neste artigo, demonstramos um fluxo de trabalho de modelagem que combinou a modelagem de elementos finitos e neurônios biofísicos. O modelo é altamente flexível, pois pode ser modificado em sua complexidade para se adequar a diferentes propósitos, e fornece uma maneira de validar os resultados em relação aos achados empíricos. Também demonstramos como parametrizamos o modelo para permitir a automação.

O método de modelagem em duas etapas combina as vantagens de usar FEM e conjunto …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Esta pesquisa é financiada pelo National Health and Medical Research Council Project Grant (Grant Number 1109056).

Materials

Computer workstation N/A N/A Windows 64-bit operating system, at least 4GB of RAM, at least 3 GB of disk space
Anaconda Python Anaconda Inc. Version 3.9 The open source Individual Edition containing Python 3.9 and preinstalled packages to perform data manipulation, as well as Spyder Integrated Development Environment. It could be used to control the simulation, as well as to display and analyse the simulation data.
COMSOL Multiphysics COMSOL Version 5.6 The simulation suite to perform finite element modelling. The licence for the AC/DC module should be purchased. The Application Builder capability should be included in the licence to follow the automation tutorial.
NEURON NEURON Version 8.0 A freely-distributed software to perform the computation of neuronal cells and/or neural networks.

References

  1. Greenberg, R. J., Velte, T. J., Humayun, M. S., Scarlatis, G. N., de Juan, E. A computational model of electrical stimulation of the retinal ganglion cell. IEEE Transactions on Bio-medical Engineering. 46 (5), 505-514 (1999).
  2. Guo, T., et al. Mediating retinal ganglion cell spike rates using high-frequency electrical stimulation. Frontiers in Neuroscience. 13, 413 (2019).
  3. Loizos, K., et al. Increasing electrical stimulation efficacy in degenerated retina: Stimulus waveform design in a multiscale computational model. IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering. 26 (6), 1111-1120 (2018).
  4. Cao, X., Sui, X., Lyu, Q., Li, L., Chai, X. Effects of different three-dimensional electrodes on epiretinal electrical stimulation by modeling analysis. Journal of Neuroengineering and Rehabilitation. 12 (1), 73 (2015).
  5. Wilke, R. G. H., Moghadam, G. K., Lovell, N. H., Suaning, G. J., Dokos, S. Electric crosstalk impairs spatial resolution of multi-electrode arrays in retinal implants. Journal of Neural Engineering. 8 (4), 046016 (2011).
  6. AC/DC module user’s guide. COMSOL AB Available from: https://doc.comsol.com/5.4/doc/com.comsol.help.acdc/ACDCModuleUsersGuide.pdf (2018)
  7. Malmivuo, P., Malmivuo, J., Plonsey, R. . Bioelectromagnetism: Principles and Applications of Bioelectric and Biomagnetic Fields. , (1995).
  8. Rall, W. Electrophysiology of a dendritic neuron model. Biophysical Journal. 2, 145-167 (1962).
  9. Carnevale, N. T., Hines, M. L. . The Neuron Book. , (2006).
  10. Rattay, F. The basic mechanism for the electrical stimulation of the nervous system. 神经科学. 89 (2), 335-346 (1999).
  11. Hodgkin, A. L., Huxley, A. F. A quantitative description of membrane current and its application to conduction and excitation in nerve. The Journal of Physiology. 117 (4), 500-544 (1952).
  12. Liang, T., et al. Threshold suprachoroidal-transretinal stimulation current required by different-size electrodes in rabbit eyes. Ophthalmic Research. 45 (3), 113-121 (2011).
  13. Jensen, R. J., Rizzo, J. F., Ziv, O. R., Grumet, A., Wyatt, J. Thresholds for activation of rabbit retinal ganglion cells with an ultrafine, extracellular microelectrode. Investigative Ophthalmology and Visual Science. 44 (8), 3533-3543 (2003).
  14. Kim, W., Choi, M., Kim, S. -. W. The normative retinal and choroidal thicknesses of the rabbit as revealed by spectral domain optical coherence tomography. Journal of the Korean Ophthalmological Society. 62 (3), 354-361 (2021).
  15. Guo, T., et al. Influence of cell morphology in a computational model of ON and OFF retinal ganglion cells. 35th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC). 2013, 4553-4556 (2013).
  16. Haberbosch, L., et al. Safety aspects, tolerability and modeling of retinofugal alternating current stimulation. Frontiers in Neuroscience. 13, 783 (2019).
  17. Sheasby, B. W., Fohlmeister, J. F. Impulse encoding across the dendritic morphologies of retinal ganglion cells. Journal of Neurophysiology. 81 (4), 1685-1698 (1999).
  18. Rockhill, R. L., Daly, F. J., MacNeil, M. A., Brown, S. P., Masland, R. H. The diversity of ganglion cells in a mammalian retina. Journal of Neuroscience. 22 (9), 3831-3843 (2002).
  19. Lukasiewicz, P., Werblin, F. A slowly inactivating potassium current truncates spike activity in ganglion cells of the tiger salamander retina. The Journal of Neuroscience: The Official Journal of the Society for Neuroscience. 8 (12), 4470-4481 (1988).
  20. Van Rossum, G. . Python Reference Manual. , (1995).
  21. . Welcome to Spyder’s Documentation – Spyder 5 documentation Available from: https://docs.spyder-idle.org/current/index.html (2022)
  22. Rattay, F. Ways to approximate current-distance relations for electrically stimulated fibers. Journal of Theoretical Biology. 125 (3), 339-349 (1987).
  23. Tsai, D., Morley, J. W., Suaning, G. J., Lovell, N. H. Direct activation and temporal response properties of rabbit retinal ganglion cells following subretinal stimulation. Journal of Neurophysiology. 102 (5), 2982-2993 (2009).
  24. Tsai, D., Morley, J. W., Suaning, G. J., Lovell, N. H. Frequency-dependent reduction of voltage-gated sodium current modulates retinal ganglion cell response rate to electrical stimulation. Journal of Neural Engineering. 8 (6), 066007 (2011).
  25. Joucla, S., Glière, A., Yvert, B. Current approaches to model extracellular electrical neural microstimulation. Frontiers in Computational Neuroscience. 8, 13 (2014).
  26. . OpenFOAM Available from: https://www.openfoam.com/ (2022)
  27. Barba, L., Forsyth, G. CFD Python: The 12 steps to Navier-Stokes equations. Journal of Open Source Education. 1 (9), 21 (2018).
check_url/cn/63792?article_type=t

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Cite This Article
Pratiwi, A., Kekesi, O., Suaning, G. Computational Modeling of Retinal Neurons for Visual Prosthesis Research – Fundamental Approaches. J. Vis. Exp. (184), e63792, doi:10.3791/63792 (2022).

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