Summary

In Vivo Avanti Schermo Genetico per Identificare Nuovi Geni Neuroprotettivi in Drosophila melanogaster

Published: July 11, 2019
doi:

Summary

Vi presentiamo un protocollo utilizzando un approccio genetico in avanti allo screening per i mutanti che mostrano neurodegenerazione in Drosophila melanogaster. Incorpora un saggio di arrampicata, analisi istologica, mappatura genica e sequenziamento del DNA per identificare in ultima analisi nuovi geni legati al processo di neuroprotezione.

Abstract

C’è molto da capire sull’insorgenza e la progressione delle malattie neurodegenerative, compresi i geni sottostanti responsabili. Lo screening genetico in avanti utilizzando mutageni chimici è una strategia utile per mappare i fenotipi mutanti ai geni tra la Drosophila e altri organismi modello che condividono le vie cellulari conservate con gli esseri umani. Se il gene mutato di interesse non è letale nelle fasi iniziali dello sviluppo delle mosche, è possibile eseguire un’analisi in aumento per esaminare gli indicatori fenotipici del funzionamento del cervello in diminuzione, come i bassi tassi di arrampicata. Successivamente, è possibile eseguire un’analisi istologica secondaria del tessuto cerebrale per verificare la funzione neuroprotettiva del gene segnando fenotipi di neurodegenerazione. Le strategie di mappatura genica includono la mappatura meiotica e di carenza che si basa su questi stessi assegni può essere seguita dal sequenziamento del DNA per identificare possibili cambiamenti nucleotidi nel gene di interesse.

Introduction

I neuroni sono per la maggior parte post-mitotici e incapaci di dividere1,2. Nella maggior parte degli animali, esistono meccanismi neuroprotettivi per mantenere queste cellule per tutta la durata della vita dell’organismo, soprattutto in età avanzata quando i neuroni sono più vulnerabili ai danni. I geni alla base di questi meccanismi possono essere identificati in mutanti che presentano neurodegenerazione, un indicatore fenotipipico per la perdita di neuroprotezione, utilizzando un protocollo genetico in avanti. Gli schermi genetici in avanti che utilizzano mutageni chimici come il metaesonte etilare (EMS) o N-ethyl-N-nitrosourea (ENU) sono particolarmente utili a causa delle mutazioni casuali che inducono, con conseguente un approccio intrinsecamente imparziale che ha fatto luce numerose funzioni geniche negli organismi del modello eucariotico3,4,5 (al contrario, la mutagenesi a raggi X crea rotture del DNA e può provocare riarrangiamento piuttosto che mutazioni puntiformi6).

Il comune filo della frutta Drosophila melanogaster è un soggetto ideale per questi schermi grazie alla sua alta qualità, sequenza genomica ben annotata, la sua lunga storia come organismo modello con strumenti genetici altamente sviluppati, e più significativamente, la sua comune storia evolutiva con gli esseri umani7,8. Un fattore limitante nell’applicabilità di questo protocollo è la letalità precoce causata dai geni mutati, che impedirebbe i test ai9anni . Tuttavia, per le mutazioni non letali, un saggio di arrampicata, che sfrutta il geotassi negativo, è un metodo semplice, anche se esteso, per quantificare il funzionamento motorio alterato10. Per mostrare una sufficiente reattività locomotoria, le mosche dipendono dalle funzioni neurali per determinare la direzione, percepire la sua posizione e coordinare il movimento. L’incapacità delle mosche di salire sufficientemente in risposta agli stimoli può quindi indicare difetti neurologici11. Una volta identificato un particolare fenotipo dell’arrampicata difettosa, ulteriori test utilizzando uno schermo secondario come l’analisi istologica del tessuto cerebrale, possono essere utilizzati per identificare la neurodegenerazione nelle mosche difettose dell’arrampicata. La successiva mappatura genica può quindi essere utilizzata per rivelare la regione genomica sul cromosoma che porta il gene neuroprotettivo difettoso di interesse. Per restringere la regione cromosomica di interesse, è possibile eseguire la mappatura meiotica utilizzando linee di mosca mutanti che trasportano geni marcatori dominanti con posizioni note sul cromosoma. I geni marcatori fungono da punto di riferimento per la mutazione, poiché la frequenza di ricombinazione tra due loci fornisce una distanza misurabile che può essere utilizzata per mappare la posizione approssimativa di un gene. Infine, l’attraversamento delle linee mutanti con linee che trasportano carenze equilibrate sulla regione cromosomica meioticamente mappata crea un test di complemento in cui il gene di interesse può essere verificato se il suo fenotipo noto è espresso5. Le sequenze di nucleotidi polimorfici nel gene identificato, eventualmente risultanti in sequenze di amminoacidi alterate, possono essere valutate sequenziando il gene e confrontandolo con la sequenza del genoma della Drosophila. La successiva caratterizzazione del gene di interesse può includere test di ulteriori alleli mutanti, esperimenti di salvataggio delle mutazioni e l’esame di fenotipi aggiuntivi.

Protocol

1. Preparazione e invecchiamento delle mosche Ottenere o generare6 una raccolta di mutanti Drosophila che verranno utilizzati per lo schermo genetico. Qui vengono utilizzate linee ENU-mutagenized mappate al secondo cromosoma e bilanciate rispetto al CyO. Amplificate le linee di genotipo sperimentale in un’incubatrice fissata a 25 gradi centigradi, 12 h ciclo chiaro/scuro sul mezzo della farina di mais-melassa. Raccogli circa 20 progenie omozionali tr…

Representative Results

In questo aertico, presentiamo i passi utilizzati per identificare il tumore del cervello genico (brat) come svolgere un ruolo nel mantenimento dell’integrità neuronale (ad esempio, neuroprotezione) nelle mosche adulte17; una metodologia che può essere utilizzata per identificare i geni coinvolti nella neuroprotezione. Abbiamo usato un approccio genetico in avanti (la strategia è delineata nella Figura 1A) per esam…

Discussion

Gli schermi genetici in avanti nella Drosophila sono stati un approccio efficace per identificare i geni coinvolti in diversi processi biologici, tra cui la neuroprotezione dipendente dall’età5,23,24, 25. Utilizzando questa strategia, siamo riusciti a identificare il moccioso come un nuovo gene neuroprotettivo17.

Un passaggi…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Siamo particolarmente grati al Dr. Barry Ganetzky, in chi è stato eseguito il laboratorio dello schermo genetico, permettendo l’identificazione e la caratterizzazione del marmocchio come gene neuroprotettivo. Ringraziamo il Dr. Steven Robinow per aver gentilmente fornito la raccolta di mosche ENU-mutagenized utilizzati nella schermata genetica presentata in questo articolo. Ringraziamo i membri del laboratorio Ganetzky, i dottori Grace Boekhoff-Falk e David Wassarman per le discussioni utili per tutta la durata di questo progetto, Ling Ling Ho e Bob Kreber per l’assistenza tecnica, il Dr. Aki Ikeda per l’uso della sua struttura microtoma presso il Dell’Università del Wisconsin e il Dr. Kim Lackey e lo Optical Analysis Facility presso l’Università dell’Alabama.

Materials

Major equipment
Fume hood for histology
Light Microscope Nikon Eclipe E100 Preferred objective for imaging is X20
Imaging software Nikon
Microscope Camera Nikon
Thermal cycler Eppendorf
Fly pushing and climbing assay
VWR® Drosophila Vial, Narrow VWR 75813-160
VWR® General-Purpose Laboratory Labeling Tape VWR 89097-912
Standard mouse pad
Stereoscope Motic Model SMZ-168
CO2 anesthesia station (Blowgun, foot valve, Ultimate Flypad) Genesee Scientific 54-104, 59-121, 59-172 Doesn’t iinclude CO2 tank
Fine-Tip Brushes SOLO HORTON BRUSHES, INC.
Drosophila Incubator VWR 89510-750
Gene mapping
CantonS Bloomington Drosophila Stock Center 9517
w1118 Bloomington Drosophila Stock Center 5905
yw  Bloomington Drosophila Stock Center 6599
Drosophila line used for recombination mapping Bloomington Drosophila Stock Center 3227 Genotype: wg[Sp-1] J[1] L[2] Pin[1]/CyO, P{ry[+t7.2]=ftz/lacB}E3
CyO/sno[Sco]  Bloomington Drosophila Stock Center 2555 Drosophila balancer line used for recombination mapping
Deficiency Kit for chromosome 2L Bloomington Drosophila Stock Center DK2L Cook et al., 2012
Histology analysis
Ethanol, (100%) Thermo Fischer Scientific A4094
Chloroform Thermo Fischer Scientific C298-500
Glacial Acetic Acid Thermo Fischer Scientific A38-500
Fisherbrand™ Premium Microcentrifuge Tubes: 1.5mL Thermo Fischer Scientific 05-408-129
Histochoice clearing agent 1X VWR Life Sciences 97060-934
Harris Hematoxylin VWR 95057-858
Eosin VWR 95057-848
Thermo Scientific™ Richard-Allan Scientific™ Mounting Medium Thermo Scientific™ 4112 22-110-610 CyO/sna[Sco]
Unifrost Poly-L-Lysine microscope slides, 75x25x1mm, EverMark Select Plus Azer Scientific
Fisherbrand™ Cover Glasses: Rectangles Fisherbrand 12-545M Dimensions: 24×60 mm
Traceable timer VWR
Slide Warmer Barnstead International model no. 26025
Slide tray and racks DWK Life Sciences Rack to hold 20 slides
Fisherbrand™ General-Purpose Extra-Long Forceps Fisherbrand 10-316A
Kimwipes™ Kimberly-Clark™ Professional 
6 inch Puritan applicators Hardwood Products Company, Guilford, Maine 807-12
VWR® Razor Blades VWR 55411-050
Tupperware or glass containers for histology liquids 16 + 1 for running water
High Profile Coated Microtome Blades VWR 95057-834
Corning™ Round Ice Bucket with Lid, 4L Corning™
Beaker Or other container for ice water and cassettes
Tissue Bath Precision Scientific Company 66630
Microtome Leica Biosystems
Molecular analysis
Wizard® SV Gel and PCR Clean-Up System Promega A9282
Ex Taq DNA polymerase TaKaRa 5 U/μl
Invitrogen™ SYBR™ Safe™ DNA Gel Stain   Invitrogen™
UltraPure™ Agarose  Invitrogen™
1 Kb Plus DNA Ladder  Invitrogen™
ApE-A plasmid Editor software Available for free download
Statistical analysis
R software package
Further analysis
y[1] w[*]; wg[Sp-1]/CyO; Dr[1]/TM3, Sb[1] Bloomington Drosophila Stock Center 59967

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Cite This Article
Gevedon, O., Bolus, H., Lye, S. H., Schmitz, K., Fuentes-González, J., Hatchell, K., Bley, L., Pienaar, J., Loewen, C., Chtarbanova, S. In Vivo Forward Genetic Screen to Identify Novel Neuroprotective Genes in Drosophila melanogaster. J. Vis. Exp. (149), e59720, doi:10.3791/59720 (2019).

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