Der In-vitro-Mikrokern-Assay ist eine etablierte Methode zur Bewertung von Genotoxizität und Zytotoxizität, aber die Bewertung des Assays mittels manueller Mikroskopie ist mühsam und leidet unter Subjektivität und Inter-Scorer-Variabilität. In diesem Artikel wird das Protokoll beschrieben, das entwickelt wurde, um eine vollautomatische Version des Tests mit multispektraler Bildflusszytometrie durchzuführen.
Der In-vitro-Mikrokern (MN)-Assay wird häufig zur Bewertung der Zytotoxizität und Genotoxizität verwendet, aber die Bewertung des Assays mittels manueller Mikroskopie ist mühsam und führt zu Unsicherheit in den Ergebnissen aufgrund der Variabilität zwischen den Scorern. Um dies zu beheben, wurden automatisierte Dia-Scanning-Mikroskopie sowie herkömmliche Durchflusszytometrie-Methoden eingeführt, um die Voreingenommenheit des Scorerzufalls zu beseitigen und den Durchsatz zu verbessern. Diese Methoden haben jedoch ihre eigenen inhärenten Einschränkungen, wie z. B. die Unfähigkeit, das Zytoplasma der Zelle zu visualisieren und das Fehlen einer visuellen MN-Verifizierung oder Bilddatenspeicherung mit Durchflusszytometrie. Multispektrale Imaging Flow Cytometry (MIFC) hat das Potenzial, diese Einschränkungen zu überwinden. MIFC kombiniert die hochauflösenden fluoreszierenden Bilder der Mikroskopie mit der statistischen Robustheit und Geschwindigkeit der konventionellen Durchflusszytometrie. Darüber hinaus können alle gesammelten Bilder in dosisspezifischen Dateien gespeichert werden. In diesem Artikel wird das Protokoll beschrieben, das entwickelt wurde, um eine vollautomatische Version des MN-Tests auf MIFC durchzuführen. Die tK6-Zellen des menschlichen Lymphoblastoids wurden mit einer hypotonischen Lösung (75 mM KCl) vergrößert, die mit 4% Formalin fixiert wurde, und der Kerngehalt wurde mit Hoechst 33342 gefärbt. Alle Proben wurden in Suspension auf der MIFC ausgeführt, was die Erfassung von hochauflösenden Bildern aller für den Test erforderlichen Schlüsselereignisse (z. B. binukleierte Zellen mit und ohne MN sowie mononukleierte und polynukleierte Zellen) ermöglichte. Bilder wurden automatisch in der MIFC-Datenanalysesoftware identifiziert, kategorisiert und aufgezählt, was eine automatisierte Bewertung sowohl der Zytotoxizität als auch der Genotoxizität ermöglicht. Die Ergebnisse zeigen, dass die Verwendung von MIFC zur Durchführung des In-vitro-MN-Assays es ermöglicht, statistisch signifikante Erhöhungen der MN-Frequenz in verschiedenen Zytotoxizitätsstufen im Vergleich zu Lösungsmittelkontrollen nach Exposition von TK6-Zellen Mitomycin C und Colchicin, und dass keine signifikanten Anstiegder der MN-Frequenz nach Exposition gegenüber Mannitol beobachtet werden.
Der In-vitro-Mikrokern (MN)-Assay ist ein häufig verwendeter Test zur Beurteilung der Zytotoxizität und Genotoxizität als Screening-Tool in verschiedenen Studienbereichen wie der chemischen und pharmazeutischen Entwicklung sowie dem humanen Biomonitoring bei Personen, die verschiedenen Umwelt-, Berufs- oder Lebensstilfaktoren1,2,3. MN bestehen aus Chromosomenfragmenten oder ganzen Chromosomen, die während der Zellteilung erzeugt werden und nicht in eine der beiden Haupttochterkerne integriert sind. Nach der Telophase bildet sich dieses chromosomale Material zu einem individuellen, abgerundeten Körper innerhalb des Zytoplasmas, der von einem der Hauptkerne2getrennt ist. Daher sind MN repräsentativ für DNA-Schäden und werden seit vielen Jahrenals Endpunkt in Genotoxizitätstests 4 verwendet. Die am besten geeignete Methode zur Messung von MN ist der Cytokinese-Block-Mikrokern (CBMN)-Assay. Mit dem CBMN-Test kann die Häufigkeit von MN in binucleatierten Zellen (BNCs) durch Die Einbeziehung von Cytochalasin B (Cyt-B) in die Probe bewertet werden. Cyt-B erlaubt die nukleare Teilung, verhindert aber die zelluläre Teilung und beschränkt somit die Bewertung von MN auf BNCs, die nur einmal5geteilt haben.
Protokolle, die sowohl Mikroskopie als auch Durchflusszytometrie verwenden, wurden entwickelt und validiert und werden routinemäßig zur Durchführung des In-vitro-MN-Assays6,7,8,9,10, 11,12,13,14. Mikroskopie profitiert davon, dass sie visuell bestätigen kann, dass MN legitim ist, aber zeitaufwändig und anfällig für Variabilität zwischen den Scorern15ist. Um diesem Problem zu begegnen, wurden automatisierte Mikroskopiemethoden entwickelt, um Dias zu scannen und Bilder von Kernen und MN16,17,18,19, aufzunehmen, aber das Zytoplasma kann nicht visualisiert werden, so dass es schwer zu bestimmen, ob eine MN tatsächlich einer bestimmten Zelle zugeordnet ist. Darüber hinaus haben diese Methoden Schwierigkeiten, polynukleierte (POLY) Zellen (einschließlich tri- und quadranukleatierte Zellen) zu identifizieren, die für die Berechnung der Zytotoxizität bei der Verwendung von Cyt-B9erforderlich sind. Durchflusszytometriemethoden, die zur Durchführung des MN-Assays entwickelt wurden, verwenden Fluoreszenz sowie Vorwärts- und Seitenstreuintensitäten, um Populationen sowohl der Kerne als auch der MN zu identifizieren, die nach der Lyse20,21 aus der Zelle befreit wurden. ,22. Dies ermöglicht die Erfassung von Daten aus mehreren tausend Zellen in wenigen Minuten und ermöglicht eine automatisierte Analyse23; Die Unfähigkeit, die Zellen zu visualisieren, macht es jedoch unmöglich zu bestätigen, dass gewertete Ereignisse echt sind. Darüber hinaus hemmt das Lysing der Zellmembran die Verwendung von Cyt-B und schafft eine Suspension, die andere Ablagerungen wie Chromosomenaggregate oder apoptotische Körper enthält, und es gibt keine Möglichkeit, diese von MN24zu unterscheiden.
Angesichts dieser Einschränkungen ist Multispektrale Imaging Flow Cytometry (MIFC) ein ideales System für die Durchführung des MN-Assays, da es die hochauflösenden fluoreszierenden Bilder der Mikroskopie mit der statistischen Robustheit und Geschwindigkeit der konventionellen Durchflusszytometrie kombiniert. In MIFC werden alle Zellen in ein Fluidiksystem eingeführt und dann hydrodynamisch in das Zentrum einer Durchflusszellküvetette fokussiert. Die orthogonale Ausleuchtung aller Zellen erfolgt durch den Einsatz einer Hellfeld-Leuchtdiode (BF), einer seitlichen Streuungslaser und (mindestens) eines Fluoreszenzlasers. Fluoreszierende Photonen werden von einer von drei (20x, 40x oder 60x) hohen numerischen Blendenobjektiven erfasst und durchlaufen dann ein spektrales Zersetzungselement. Photonen werden dann auf eine aufgeladene Gerätekamera (CCD) fokussiert, um hochauflösende Bilder aller Zellen zu erhalten, die die Durchflusszelle passieren. Um Unschärfen oder Streifen zu vermeiden, arbeitet die CCD im TDI-Modus (Time Delay Integration), der Objekte verfolgt, indem sie Pixelinhalte von Zeile zu Zeile nach unten überträgt. Pixelinformationen werden dann aus der letzten Pixelzeile gesammelt. Tdi-Bildgebung in Kombination mit spektraler Zersetzung ermöglicht es, bis zu 12 Bilder (2 BF, 10 fluoreszierend) gleichzeitig von allen Zellen, die die Durchflusszelle passieren, zu erfassen. Alle erfassten Bilder werden in beispielspezifischen Datendateien gespeichert, so dass die Analyse jederzeit mit der MIFC-Datenanalysesoftware durchgeführt werden kann. Schließlich behalten Datendateien die Verbindung zwischen Zellbildern und Punkten in allen bivariaten Diagrammen bei. Dies bedeutet, dass jeder Punkt auf einem traditionellen bivariaten Diagramm hervorgehoben werden kann und die entsprechenden BF- und Fluoreszenzbilder25angezeigt werden.
Kürzlich wurden MIFC-basierte Methoden entwickelt, um den MN-Assay für die Triage-Strahlungsbiodosimetrie26,27,28,29,30,31 und genetische Toxikologie32,33 Tests. Diese Arbeit hat gezeigt, dass Zellbilder von Hauptkernen, MN und dem Zytoplasma mit einem höheren Durchsatz als andere Methoden abgebildet werden können26. Alle für die Analyse erforderlichen Zelltypen, einschließlich MONO-Zellen, BNCs (mit und ohne MN) und POLY-Zellen, können automatisch in der MIFC-Datenanalysesoftware identifiziert werden, und die Umsetzung der von Fenech et al. entwickelten Bewertungskriterien wird durch die Verwendung verschiedener mathematischer Algorithmen6,34. Die Ergebnisse der Biodosimetrie zeigten, dass die Dosis-Wirkungs-Kalibrierungskurven in der Größenordnung denen anderer automatisierter Methoden in der Literatur bei der Quantifizierung der MN-Rate pro BNC29ähnlich waren. Darüber hinaus haben jüngste Arbeiten in der Toxikologie gezeigt, dass Bilder von MONO-Zellen, BNCs (mit und ohne MN) und POLY-Zellen automatisch mit MIFC erfasst, identifiziert, klassifiziert und aufgezählt werden können. Die Protokoll- und Datenanalyse ermöglichte die Berechnung der Zytotoxizität und Genotoxizität, nachdem TK6-Zellen mehreren Clastogenen und Aneugenen32aussetzten.
Das in diesem Dokument vorgestellte Protokoll beschreibt eine Methode zur Durchführung des In-vitro-MN-Assays mit MIFC. Die bei dieser Arbeit verwendete Probenverarbeitungstechnik benötigt weniger als 2 h, um eine einzelne Probe zu verarbeiten, und ist im Vergleich zu anderen Methoden relativ einfach durchzuführen. Die Datenanalyse in der MIFC-Analysesoftware ist kompliziert, aber die Erstellung der Analysevorlage kann in wenigen Stunden nach den in diesem Dokument beschriebenen Schritten durchgeführt werden. Darüber hinaus kann die Vorlage, sobald sie erstellt wurde, ohne weitere Arbeit automatisch auf alle gesammelten Daten angewendet werden. Das Protokoll beschreibt alle Schritte, die erforderlich sind, um TK6-Zellen Clastogenen und Aneugenen auszusetzen, beschreibt, wie die Zellen kultiviert, verarbeitet und befleckt werden, und zeigt, wie man hochauflösende Bilder mithilfe von MIFC erfasst. Darüber hinaus veranschaulicht dieses Papier die aktuellen Best Practices für die Analyse von Daten in MIFC-Software zur automatischen Identifizierung und Bewertung von MONO-Zellen, BNCs und POLY-Zellen zum Zwecke der Berechnung von Zytotoxizität und Genotoxizität.
Verma et al. unterstrichen kürzlich die Bedeutung der Entwicklung eines Systems, das den Hohen Durchsatzvorteil der Durchflusszytometrie mit den Daten- und Bildspeichervorteilen der Bildanalyse35kombiniert. Der in vitro MN-Assay MIFC, der in diesem Artikel beschrieben wird, erfüllt dieses Zitat und hat das Potenzial, viele der oben genannten Herausforderungen in der Mikroskopie und Durchflusszytometrie zu meistern. Das hier beschriebene Protokoll zeigt, dass sowohl Zytotoxizität als auch Genotoxizität mit MIFC bewertet werden können. Probenvorbereitung, zelluläre Färbung und Datenerfassung sind einfach, aber es gibt einige wichtige Schritte im Protokoll, die immer implementiert werden sollten. Die Zugabe von Kaliumchlorid (KCl) zu den Zellen ist entscheidend, um die Zellen anzuschwellen, wodurch eine Trennung zwischen den Hauptkernen entsteht. Dadurch wird sichergestellt, dass der Maskierungsalgorithmus alle einzelnen Kerne in BNCs und POLY-Zellen (POLY-Zellen) identifizieren kann, die für ihre Aufzählung erforderlich sind. Darüber hinaus bietet KCL die Trennung zwischen Kernen und MN, was für eine genaue MN-Maskierung und Quantifizierung unerlässlich ist. Darüber hinaus verhindert die Verwendung von Formalin nach Zugabe von KCl, dass Zellen während der Zentrifugation lysieren. Die Zugabe von Cytochalasin B bewirkt, dass TK6-Zellen, die mehr als eine nukleare Teilung durchlaufen haben, ziemlich groß sind. Dadurch wird das Zytoplasma zerbrechlich und kann lyse, wenn die Zentrifugation unmittelbar nach der Zugabe von KCl durchgeführt wird. Darüber hinaus ist es sehr wichtig, Hoechst in die Probe nach der Anzahl der Zellen in der Probe und nicht nach einer endgültigen Konzentration einzuführen. Eine Endkonzentration von 10 g/ml von Hoechst färbt z. B. eine Probe von 1 x 106 Zellen gleichmäßig, kann aber eine Probe mit 5 x 106 Zellen nicht ausreichend färben und kann zu vielen Zellen mit dunkel gefärbten Kernen führen, was die Analyse erschwert. Es ist auch wichtig zu beachten, dass Hoechst durch einen anderen DNA-Farbstoff wie DAPI ersetzt werden kann, wenn der MIFC mit dem 405 nm Anregungslaser oder DRAQ5 ausgestattet ist, wenn der MIFC mit dem Anregungslaser 488 nm und/oder 642nm ausgestattet ist. Bei der Änderung des nuklearen Flecks ist es wichtig, den Fleck zu tittifizieren, um die entsprechende Konzentration für die erforderliche/gewünschte Laserleistung zu finden.
Beim Sammeln von Daten auf der MIFC ist es wichtig, die optimalen Regionsgrenzen für die Gradient RMS-Features zu bestimmen. Die in diesem Protokoll dargelegten Grenzen erfordern möglicherweise aufgrund geringfügiger Abweichungen zwischen MIFC-Instrumenten eine Anpassung. Die Anwendung dieser Funktion während der Datenerfassung ist wichtig, um sicherzustellen, dass hochkonzentrierte Bilder erfasst werden. Wenn Datendateien viele verschwommene oder unfokussierte Bilder enthalten, ist es wahrscheinlich, dass die Maskierungsalgorithmen in der Analysesoftware fälschlicherweise Färbeartefakte in den verschwommenen Bereichen hervorheben, was dazu führt, dass eine hohe Anzahl falsch positiver Artefakte als MN bewertet wird. Obwohl die hier beschriebenen Bildverarbeitungstechniken schwierig sein können, ermöglicht die Batchverarbeitung, sobald eine Analysevorlage in der MIFC-Software entwickelt wurde, die automatische Analyse von Datendateien, wodurch Benutzereingriffe und damit Vorurteil. Wenn für den Test eine andere Zelllinie als TK6-Zellen verwendet wird, müssen die Masken und Regionsgrenzen geändert werden, da sich die morphologischen Eigenschaften (z. B. Größe) von Zellen von denen von TK6-Zellen unterscheiden.
Die hier vorgestellten Ergebnisse (Abbildung 5) zeigen statistisch signifikante Zunahmen der MN-Induktion, wenn TK6-Zellen verschiedenen Dosen von Mitomycin C und Colchicin aussetzen. Statistisch signifikante Erhöhungen der MN-Frequenz im Vergleich zu Lösungsmittelkontrollen wurden bei mehreren Dosen in beiden Chemikalien beobachtet. Darüber hinaus induzierte keine Dosis von Mannitol eine Zytotoxizität von über 30%, noch eine statistisch signifikante Erhöhung der Häufigkeit von MN im Vergleich zu Lösungsmittelkontrollen, wie erwartet. Das in diesem Dokument beschriebene Protokoll, das MIFC zur Durchführung des In-vitro-MN-Assays verwendet, liefert erwartete Ergebnisse sowohl aus positiven als auch aus negativen Kontrollchemikalien. Es ist sehr wichtig, eine Reihe von Experimenten mit Lösungsmittelkontrollen und Negativkontrollchemikalien durchzuführen, um Basiswerte sowohl der MN-Frequenz als auch des Cytokinesis Block Proliferation Index (CBPI) zu entwickeln. Bei der Genotoxizität werden statistisch signifikante Erhöhungen der MN-Frequenz durch Vergleich mit Basis-MN-Frequenzen bestimmt, die für den verwendeten Zelltyp bekannt sein müssen. Darüber hinaus basieren alle Zytotoxizitätsberechnungen auf dem CBPI der Kontrollproben, so dass die Basisraten von MONO-, BNCs- und POLY-Zellen in Kontrollen gut quantifiziert werden müssen.
Die Verwendung von MIFC im Rahmen des MN-Assays wurde in früheren Arbeitenbeschrieben 29,32. Die Haupteinschränkungen betreffen niedrigere MN-Frequenzen im Vergleich zur Mikroskopie, was wahrscheinlich sowohl auf die mangelnde Flexibilität bei der Implementierung der Bewertungskriterien in der Analysesoftware als auch auf die begrenzte Schärfentiefe der MIFC resultiert. Gut konturierte Masken können erstellt werden, um die Hauptkerne genau zu identifizieren, aber MN, die die Hauptkerne berühren (oder sehr nahe) berühren, können innerhalb der BNC-Maske erfasst werden. Darüber hinaus werden sehr kleine MN, die mit Mikroskopie ziemlich leicht bewertet werden können, wahrscheinlich fälschlicherweise übersehen, wenn MIFC verwendet wird, da der Flächenparameter der MN-Maske unter der Grenze liegt, um das Erzielen kleiner Artefakte zu vermeiden. Zusätzlich zu den Schwierigkeiten bei der bildbasierten Datenanalyse erhält MIFC aufgrund seines Designs zweidimensionale Projektionsbilder dreidimensionaler zellulärer Objekte. Dies führt wahrscheinlich dazu, dass einige MN in einer anderen Konzentrationstiefe erfasst werden, die die beiden Haupt-MN, so dass sie sehr dim und un-scorable mit Maskierung erscheinen. Darüber hinaus könnte ein kleiner Bruchteil von MN hinter einem der beiden Hauptkerne liegen, was sie unmöglich macht, zu visualisieren und zu punkten. Daher ist angesichts dieser Schwierigkeiten Vorsicht geboten, wenn man signifikante Erhöhungen der MN-Frequenz bei niedrigen Dosen interpretiert.
Trotz dieser Unzulänglichkeiten bietet die hier beschriebene MIFC-Methode mehrere Vorteile gegenüber anderen Techniken. Fenech et al. schlugen Kriterien und Leitlinien vor, die bei der Entwicklung automatisierter Systeme und Methoden für MN-Assays berücksichtigt werden sollten36. Dazu gehören unter anderem die direkte Visualisierung der Hauptkerne und des Zytoplasmas, die Bestimmung der Häufigkeit von MN aus verschiedenen Dosen der zu prüfenden Chemikalie oder des zu prüfenden Mittels sowie die Fähigkeit, die Morphologie zu quantitieren und die Position aller Kerne und MN, um sicherzustellen, dass sie sich innerhalb des Zytoplasmas befinden. Dieses Papier zeigt, dass die MIFC-Methode, die entwickelt wurde, um den In-vitro-MN-Assay durchzuführen, diese Kriterien erfüllt (oder das Potenzial besitzt, sie zu erfüllen). Insbesondere können Bilder der Kerne und MN von den fluoreszierenden Lasern erfasst werden, während zytoplasmatische Bilder mit der BF-LED erhalten werden können. Bilder von Zellen mit normaler kernatischer Morphologie können automatisch von Zellen mit unregelmäßiger Morphologie mit einer Kombination aus erweiterten Masken und Features unterschieden werden. Die ergebnissegezeigten Ergebnisse für Colchicin und Mitomycin C (Abbildung 5) zeigen, dass sowohl Genotoxizität als auch Zytotoxizität im Vergleich zu Lösungsmittelkontrollen in verschiedenen Dosen bewertet werden können und dass statistisch signifikante MN-Frequenzen beobachtet werden, wenn erwartet. Darüber hinaus empfiehlt die OECD-Testleitlinie 487, 2.000 BNCs pro Testkonzentration zu bewerten, um das Vorhandensein von MN zu bewerten, um die Genotoxizität zusammen mit mindestens 500 Zellen pro Testkonzentration zu bestimmen, um die Zytotoxizität9zu bestimmen; Dies kann über 1 h mit der manuellen Mikroskopie dauern. Das Protokoll und die Ergebnisse dieses Beitrags zeigen, dass durchschnittlich etwa 6.000 BNCs, 16.000 MONO-Zellen und 800 POLY-Zellen erfasst und pro Testkonzentration in etwa 20 min bewertet wurden. Die schnelle Rate der Datenerfassung und die hohe Anzahl von Kandidatenzellen, die in so kurzer Zeit erzielt wurden, verdeutlichen einen weiteren wichtigen Vorteil, indem MIFC für den In-vitro-MN-Test verwendet wird.
Obwohl die in diesem Papier vorgestellten Ergebnisse ermutigend sind, sind sie repräsentativ für eine frühe Proof-of-Concept-Methode. Diese Arbeit sollte durch eine gründlichere Untersuchung eines größeren, vielfältigeren chemischen Satzes, der mehrere Klassen und Mechanismen der Genotoxizität und Zytotoxizität abdeckt, wie sie von Kirkland et al. vorgeschlagen werden, weiterverfolgt werden.37 Die Durchführung solcher Studien ist zeitaufwändig und arbeitsintensiv, und fallen außerhalb des Rahmens dieses Papiers, werden diese größeren Studien jedoch wertvolle Einblicke in die Fähigkeit der Methode, schwach genotoxische Wirkstoffe zuverlässig zu identifizieren. Die hier vorgestellte Methodik wurde noch nicht auf ein Mikrowell-Format miniaturisiert, was ein schnelleres und effizienteres Screening über einen größeren Dosisbereich ermöglichen würde. Daher eignet sich der hier vorgestellte MIFC-basierte In-vitro-MN-Assay in seiner jetzigen Form am besten für arbeitsintensive Nachuntersuchungen oder die Erforschung guter Laborpraktiken. Die Methode wird jedoch weiterhin optimiert und validiert und verfügt über das Potenzial, eine größere Flexibilität beim Nachweis chemischer Ereignisse im Zusammenhang mit der Morphologie zu ermöglichen, wie z. B. eine Aneugen-Exposition, die den Anteil der Zellen mit nicht-kreisförmige Kerne, die noch versenkbar sind38. Schließlich bietet die MIFC-Methode die Möglichkeit, zusätzliche Biomarker in den MN-Assay einzuführen (z. B. Kinetochore-Färbung), um einen umfassenderen Überblick über den Mechanismus der MN-Induktion zu geben.
The authors have nothing to disclose.
Die Autorin dankt Christine Probst (Luminex Corporation) für ihre Bemühungen, frühere Formen der Datenanalysevorlage zu entwickeln, sowie Dr. Haley Pugsley (Luminex Corporation) und Dr. Phil Morrissey (Luminex Corporation) für die Überprüfung und Bearbeitung der manuskript.
15 mL centrifuge tube | Falcon | 352096 | |
Cleanser – Coulter Clenz | Beckman Coulter | 8546931 | Fill container with 200 mL of Cleanser. https://www.beckmancoulter.com/wsrportal/page/itemDetails?itemNumber=8546931#2/10//0/25/1/0/asc/2/8546931///0/1//0/ |
Colchicine | MilliporeSigma | 64-86-8 | |
Corning bottle-top vacuum filter | MilliporeSigma | CLS430769 | 0.22 um filter, 500 mL bottle |
Cytochalasin B | MilliporeSigma | 14930-96-2 | 5 mg bottle |
Debubbler – 70% Isopropanol | EMD Millipore | 1.3704 | Fill container with 200 mL of Debubbler. http://www.emdmillipore.com/US/en/product/2-Propanol-70%25-%28V%2FV%29-0.1-%C2%B5m-filtred,MDA_CHEM-137040?ReferrerURL=https%3A%2F%2Fwww.google.com%2F |
Dimethyl Sulfoxide (DMSO) | MilliporeSigma | 67-68-5 | |
Dulbecco's Phosphate Buffered Saline 1X | EMD Millipore | BSS-1006-B | PBS Ca++MG++ Free |
Fetal Bovine Serum | HyClone | SH30071.03 | |
Formaldehyde, 10%, methanol free, Ultra Pure | Polysciences, Inc. | 04018 | This is what is used for the 4% and 1% Formalin. CAUTION: Formalin/Formaldehyde toxic by inhalation and if swallowed. Irritating to the eyes, respiratory systems and skin. May cause sensitization by inhalation or skin contact. Risk of serious damage to eyes. Potential cancer hazard. http://www.polysciences.com/default/catalog-products/life-sciences/histology-microscopy/fixatives/formaldehydes/formaldehyde-10-methanol-free-pure/ |
Hoechst 33342 | Thermo Fisher | H3570 | 10 mg/mL solution |
Mannitol | MilliporeSigma | 69-65-8 | |
MEM Non-Essential Amino Acids 100X | HyClone | SH30238.01 | |
MIFC – ImageStreamX Mark II | EMD Millipore | 100220 | A 2 camera ImageStreamX Mark II eqiped with the 405nm, 488nm, and 642nm lasers was used. http://www.emdmillipore.com/US/en/life-science-research/cell-analysis/amnis-imaging-flow-cytometers/imagestreamx-Mark-ii-imaging-flow-cytometer/VaSb.qB.QokAAAFLzRop.zHe,nav?cid=BI-XX-BDS-P-GOOG-FLOW-B325-0006 |
MIFC analysis software – IDEAS | EMD Millipore | 100220 | The companion software to the MIFC (ImageStreamX MKII) |
MIFC software – INSPIRE | EMD Millipore | 100220 | This is the software that runs the MIFC (ImageStreamX MKII) |
Mitomycin C | MilliporeSigma | 50-07-7 | |
NEAA Mixture 100X | Lonza BioWhittaker | 13-114E | |
Penicllin/Streptomycin/Glutamine solution 100X | Gibco | 15070063 | |
Potassium Chloride (KCl) | MilliporeSigma | P9541 | |
Rinse – Ultrapure water or deionized water | NA | NA | You can use any ultrapure water or deionized water. Fill container with 900 mL of Rinse. |
RNase | MilliporeSigma | 9001-99-4 | |
RPMI-1640 Medium 1X | HyClone | SH30027.01 | |
Sheath – PBS | EMD Millipore | BSS-1006-B | This is the same as Dulbecco's Phosphate Buffered Saline 1X Ca++MG++ free. Fill container with 900mL of Sheath. |
Sterile water | HyClone | SH30529.01 | |
Sterilizer – 0.4-0.7% Hypochlorite | VWR | JT9416-1 | This is assentually 10% Clorox bleach that can be made by deluting Clorox bleach with water. Fill container with 200 mL of Sterilzer. |
System Calibration Reagent – SpeedBead | EMD Millipore | 400041 | Each tube holds ~10 mL. https://www.emdmillipore.com/US/en/life-science-research/cell-analysis/amnis-imaging-flow-cytometers/support-training/XDqb.qB.wQMAAAFLBDUp.zHu,nav |
T25 flask | Falcon | 353109 | |
T75 flask | Falcon | 353136 | |
TK6 cells | MilliporeSigma | 95111735 |