Summary

تحديد المناطق الوظيفية البروتين من خلال تشييد البروتين تشيميريك

Published: January 08, 2019
doi:

Summary

وكثيراً ما تمارس البروتينات المرتبطة هيكلياً الوظائف البيولوجية المتميزة. تبادل مناطق ما يعادل هذه البروتينات من أجل خلق البروتينات تشيميريك يشكل نهجاً مبتكراً لتحديد المناطق الحرجة البروتين التي المسؤولة عن الاختلاف الوظيفي.

Abstract

والهدف من هذا البروتوكول يشمل تصميم البروتينات تشيميريك فيها مناطق متميزة من البروتين تحل محلها تسلسل المقابلة في بروتين هيكلياً مشابهة، من أجل تحديد أهمية هذه المناطق الوظيفية. مثل هذه التركيبات يتم إنشاؤها بواسطة بروتوكول PCR متداخلة باستخدام شظايا من الحمض النووي متداخلة والمصممة على نحو كاف الإشعال، متبوعاً بالتعبير عنها ضمن نظام الثدييات لضمان هيكل الثانوية الأصلية والتعديلات بوستترانسلاشونال.

ثم يشار إلى الدور الوظيفي لمنطقة متميزة بفقدان نشاط الوهم في مقايسة قراءات مناسبة. ونتيجة لذلك، يتم تحديد مناطق إيواء مجموعة من الأحماض الأمينية الهامة، التي يمكن أن تكون كذلك فرزهم بتقنيات تكميلية (مثل موقع الموجه الطفرات) لزيادة دقة الجزيئية. على الرغم من أن يقتصر على الحالات التي يمكن العثور على بروتين هيكلياً المتصلة بوظائف مختلفة، البروتينات تشيميريك قد استخدمت بنجاح لتحديد المناطق الحرجة ملزمة في البروتينات مثل السيتوكينات وسيتوكين المستقبلات. هذا الأسلوب هو مناسبة خاصة في الحالات التي لا تكون المناطق الوظيفية للبروتين محددة تحديداً جيدا، ويشكل خطوة أولى قيمة في نهج التطور الموجه لتضييق المناطق ذات الاهتمام وتقليل الجهد الفحص المعنية.

Introduction

يتم تجميع عدة أنواع من البروتينات، بما في ذلك السيتوكينات وعوامل النمو، في أسر أعضاؤها مشاركة هياكل ثلاثية الأبعاد مشابهة ولكن غالباً ما يمارس الوظائف البيولوجية المتميزة1،2. هذا التنوع الوظيفي هو عادة نتيجة للفروق الصغيرة في تكوين الأحماض الأمينية داخل المواقع النشطة للجزيء3. تحديد هذه المواقع والمحددات الوظيفية لا فقط تقدم أفكاراً قيمة تطورية بل أيضا لتصميم أكثر تحديداً يضع ومثبطات4. ومع ذلك، عدد كبير من الاختلافات في تكوين بقايا كثيرا ما وجدت بين البروتينات المرتبطة هيكلياً تعقيد هذه المهمة. على الرغم من أن تشييد المكتبات الكبيرة التي تحتوي على مئات طفرات في الوقت الحاضر ممكناً، تقييم كل الاختلاف بقايا واحد ولا تزال مجموعات منهم صعبة وتستغرق وقتاً طويلاً جهد5.

تقنيات تقييم أهمية الوظيفية لمناطق كبيرة من البروتين ذات قيمة للحد من العدد البقايا المحتملة إلى الإدارة رقم6وهكذا. وقد البروتينات مبتوراً النهج الأكثر استخداماً لمعالجة هذه القضية. وبناء على ذلك، تعتبر مناطق ذات الصلة الوظيفية إذا تأثرت بحذف المنطقة خاصة7،،من89وظيفة البروتين قيد الدراسة. ومع ذلك، قيداً رئيسيا لهذا الأسلوب أن الحذف يمكن أن تؤثر على هيكل الثانوية للبروتين، مما يؤدي إلى ميسفولدينج والتجميع وعدم القدرة على دراسة المنطقة المقصودة. مثال جيد هو نسخة مقتطعة من oncostatin سيتوكين M (OSM)، الذي درس حذف داخلية أكبر من بقايا 7 أسفرت عن تجمعات متحولة لا يمكن زيادة10.

ويشكل توليد بروتينات تشيميريك نهج البديلة والمبتكرة التي تسمح بتحليل مناطق أكبر من البروتين. والهدف من هذا الأسلوب تبادل المناطق ذات الاهتمام في بروتين بتسلسل يتصل هيكلياً في بروتين آخر، بغية تقييم مساهمة الفروع حل محل للوظائف البيولوجية المحددة. يستخدم على نطاق واسع في مجال إشارات مستقبلات لتحديد المجالات الوظيفية11،12، البروتينات تشيميريك مفيدة بشكل خاص لدراسة البروتين الأسر مع القليل من الأحماض الأمينية الهوية لكن الهيكل الثانوي المصانة. يمكن العثور على أمثلة المناسبة في الفئة من انترلوكين-6 السيتوكينات (إيل-6) نوع، كعامل نيوروتروفيك انترلوكين-6 والهدبيه (6% تسلسل الهوية)13 أو اللوكيميا العوامل المثبطة (LIF) و OSM (هوية 20%)6، الذي ويستند اتباع البروتوكول.

Protocol

1-تصميم البروتين تشيميريك تحديد بروتين مناسب (المانحين) لتبادل مناطق مع البروتين للفائدة (المتلقي) ينبغي أن يكون البروتين المانحين هيكلياً مشابهة، من الناحية المثالية الذين ينتمون إلى نفس الأسرة البروتين، ولكن تفتقر إلى النشاط البيولوجي لاستخدامها كقراءات. إذا تعرف لا البروتينات ا?…

Representative Results

وسوف تجسد البناء وتوليد بروتين تشيميريك (الشكل 1) مع اثنين من أعضاء الأسرة سيتوكين انترلوكين-6، OSM وليف، والتي كانت موضوع دراسة نشرت مؤخرا6. ويبين الشكل 2 هيكل ثلاثي الأبعاد لهذه البروتينات. كلا جزيئات اعتماد هيكل الثانوية المم?…

Discussion

ويشكل توليد بروتينات تشيميريك تقنية متعددة الاستعمالات، وقادرة على تجاوز حدود البروتينات مبتوراً بمعالجة مسائل مثل الجزئية سيتوكين-مستقبلات ملزم المجالات13. تصميم التركيبات هو خطوة أساسية في هذا النوع من الدراسات، ويتطلب دراسة متأنية. الدراسات الأولية إنشاء مجالات وظيفية ?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

أيد هذا العمل جمعية ماكس بلانك، و Schüchtermann-العيادة (روثينفيلدي سيئة، ألمانيا). وكان نشر جزء من هذه البحوث في “مجلة الكيمياء البيولوجية”. أدريان-سيغارا، ج. م. شندلر، نون، جاجودا، ص، Lörchner، حاء، براون، ت. & Pöling، ج. حلقة AB ود-الحلزون في ربط الموقع الثالث من م Oncostatin البشرية (OSM) مطلوبة من أجل تنشيط مستقبلات OSM. ج. محاضرة الكيمياء عام 2018؛ 18:7017-7029. © المؤلفين.

Materials

Labcycler thermocycler Sensoquest 011-103 Any conventional PCR machine can be employed to carry out this protocol
NanoDrop 2000c UV-Vis spectrophotometer ThermoFisher Scientific ND-2000C  DNA quantification
GeneRuler 100 bp DNA ladder ThermoFisher Scientific SM0241
GeneRuler DNA Ladder Mix ThermoFisher Scientific SM0331
AscI restriction enzyme New England Biolabs R0558
PacI restriction enzyme New England Biolabs R0547
Phusion Hot Start II DNA Polymerase ThermoFisher Scientific F-549S
dNTP set (100 mM) Invitrogen 10297018
T4 DNA ligase Promega M1804
NucleoSpin Gel and PCR clean-up kit Macherey-Nagel 740609
MGC Human LIF Sequence-Verified cDNA (CloneId:7939578), glycerol stock ThermoFisher Scientific MHS6278-202857165
LE agarose Biozym 840004
Primers Sigma-Aldrich Custom order
Human Oncostatin M cDNA Gift of Dr. Heike Hermanns (Division of Hepatology, University Hospital Würzburg, Germany) 
pCAGGS vector with PacI and AscI restriction sites Gift of Dr. André Schneider (Max Planck Institute for Heart and Lung Research, Bad Nauheim, Germany)

References

  1. Huising, M. O., Kruiswijk, C. P., Flik, G. Phylogeny and evolution of class-I helical cytokines. The Journal of Endocrinology. 189 (1), 1-25 (2006).
  2. Brocker, C., Thompson, D., Matsumoto, A., Nebert, D. W., Vasiliou, V. Evolutionary divergence and functions of the human interleukin (IL) gene family. Human Genomics. 5 (1), 30-55 (2010).
  3. Bravo, J., Heath, J. K. Receptor recognition by gp130 cytokines. The EMBO Journal. 19 (11), 2399-2411 (2000).
  4. Schneider, G., Fechner, U. Computer-based de novo. design of drug-like molecules. Nature Reviews Drug Discovery. 4 (8), 649-663 (2005).
  5. Heydenreich, F. M., Miljuš, T., Jaussi, R., Benoit, R., Milić, D., Veprintsev, D. B. High-throughput mutagenesis using a two-fragment PCR approach. Scientific Reports. 7 (1), 6787 (2017).
  6. Adrian-Segarra, J. M., Schindler, N., Gajawada, P., Lörchner, H., Braun, T., Pöling, J. The AB loop and D-helix in binding site III of human Oncostatin M (OSM) are required for OSM receptor activation. The Journal of Biological Chemistry. 293 (18), 7017-7029 (2018).
  7. Wang, Y., Pallen, C. J. Expression and characterization of wild type, truncated, and mutant forms of the intracellular region of the receptor-like protein tyrosine phosphatase HPTP beta. The Journal of Biological Chemistry. 267 (23), 16696-16702 (1992).
  8. Lim, J., Yao, S., Graf, M., Winkler, C., Yang, D. Structure-function analysis of full-length midkine reveals novel residues important for heparin binding and zebrafish embryogenesis. The Biochemical Journal. 451 (3), 407-415 (2013).
  9. Kim, K. -. W., Vallon-Eberhard, A., et al. In vivo structure/function and expression analysis of the CX3C chemokine fractalkine. Blood. 118 (22), 156-167 (2011).
  10. Chollangi, S., Mather, T., Rodgers, K. K., Ash, J. D. A unique loop structure in oncostatin M determines binding affinity toward oncostatin M receptor and leukemia inhibitory factor receptor. The Journal of Biological Chemistry. 287 (39), 32848-32859 (2012).
  11. Aasland, D., Schuster, B., Grötzinger, J., Rose-John, S., Kallen, K. -. J. Analysis of the leukemia inhibitory factor receptor functional domains by chimeric receptors and cytokines. 生物化学. 42 (18), 5244-5252 (2003).
  12. Hermanns, H. M., Radtke, S., et al. Contributions of leukemia inhibitory factor receptor and oncostatin M receptor to signal transduction in heterodimeric complexes with glycoprotein 130. Journal of Immunology. 163 (12), 6651-6658 (1999).
  13. Kallen, K. J., Grötzinger, J., et al. Receptor recognition sites of cytokines are organized as exchangeable modules. Transfer of the leukemia inhibitory factor receptor-binding site from ciliary neurotrophic factor to interleukin-6. The Journal of Biological Chemistry. 274 (17), 11859-11867 (1999).
  14. Gibrat, J. F., Madej, T., Bryant, S. H. Surprising similarities in structure comparison. Current Opinion in Structural Biology. 6 (3), 377-385 (1996).
  15. Madej, T., Lanczycki, C. J., et al. MMDB and VAST+: tracking structural similarities between macromolecular complexes. Nucleic Acids Research. 42, 297-303 (2014).
  16. Berman, H., Henrick, K., Nakamura, H. Announcing the worldwide Protein Data Bank. Nature Structural Biology. 10 (12), 980 (2003).
  17. Biasini, M., Bienert, S., et al. SWISS-MODEL: modelling protein tertiary and quaternary structure using evolutionary information. Nucleic Acids Research. 42, 252-258 (2014).
  18. Bordoli, L., Kiefer, F., Arnold, K., Benkert, P., Battey, J., Schwede, T. Protein structure homology modeling using SWISS-MODEL workspace. Nature Protocols. 4 (1), 1-13 (2009).
  19. Maglott, D. R., Katz, K. S., Sicotte, H., Pruitt, K. D. NCBI’s LocusLink and RefSeq. Nucleic Acids Research. 28 (1), 126-128 (2000).
  20. Sievers, F., Wilm, A., et al. Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega. Molecular Systems Biology. 7, 539 (2011).
  21. Niwa, H., Yamamura, K., Miyazaki, J. Efficient selection for high-expression transfectants with a novel eukaryotic vector. Gene. 108 (2), 193-199 (1991).
  22. Barbas, C. F., Burton, D. R., Scott, J. K., Silverman, G. J. Quantitation of DNA and RNA. Cold Spring Harbor Protocols. , (2007).
  23. Sambrook, J., Russell, D. W. Preparation and Transformation of Competent E. coli Using Calcium Chloride. Cold Spring Harbor Protocols. 2006 (1), (2006).
  24. Sambrook, J., Russell, D. W. Preparation of Plasmid DNA by Alkaline Lysis with SDS: Minipreparation. Cold Spring Harbor Protocols. 2006 (1), (2006).
  25. Green, M. R., Sambrook, J. Preparation of Plasmid DNA by Alkaline Lysis with Sodium Dodecyl Sulfate: Maxipreps. Cold Spring Harbor Protocols. 2018 (1), 093351 (2018).
  26. Hopkins, R. F., Wall, V. E., Esposito, D. Optimizing transient recombinant protein expression in mammalian cells. Methods in Molecular Biology. 801, 251-268 (2012).
  27. Wang, X., Lupardus, P., Laporte, S. L., Garcia, K. C. Structural biology of shared cytokine receptors. Annual Review of Immunology. 27, 29-60 (2009).
  28. Deller, M. C., Hudson, K. R., Ikemizu, S., Bravo, J., Jones, E. Y., Heath, J. K. Crystal structure and functional dissection of the cytostatic cytokine oncostatin. Structure. 8, 863-874 (2000).
  29. Huyton, T., Zhang, J. -. G., et al. An unusual cytokine:Ig-domain interaction revealed in the crystal structure of leukemia inhibitory factor (LIF) in complex with the LIF receptor. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (31), 12737-12742 (2007).
  30. Oezguen, N., Kumar, S., Hindupur, A., Braun, W., Muralidhara, B. K., Halpert, J. R. Identification and analysis of conserved sequence motifs in cytochrome P450 family 2. Functional and structural role of a motif 187RFDYKD192 in CYP2B enzymes. The Journal of Biological Chemistry. 283 (31), 21808-21816 (2008).
  31. Wong, A., Gehring, C., Irving, H. R. Conserved Functional Motifs and Homology Modeling to Predict Hidden Moonlighting Functional Sites. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 3, 82 (2015).
  32. McDowell, D. G., Burns, N. A., Parkes, H. C. Localised sequence regions possessing high melting temperatures prevent the amplification of a DNA mimic in competitive PCR. Nucleic Acids Research. 26 (14), 3340-3347 (1998).
  33. Mamedov, T. G., Pienaar, E., et al. A fundamental study of the PCR amplification of GC-rich DNA templates. Computational Biology and Chemistry. 32 (6), 452-457 (2008).
  34. Park, J., Throop, A. L., LaBaer, J. Site-specific recombinational cloning using gateway and in-fusion cloning schemes. Current Protocols in Molecular Biology. 110, 1-23 (2015).
  35. Bitinaite, J., Rubino, M., Varma, K. H., Schildkraut, I., Vaisvila, R., Vaiskunaite, R. USER friendly DNA engineering and cloning method by uracil excision. Nucleic Acids Research. 35 (6), 1992-2002 (2007).
  36. Gibson, D. G., Young, L., Chuang, R. -. Y., Venter, J. C., Hutchison, C. A., Smith, H. O. Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases. Nature Methods. 6 (5), 343-345 (2009).
  37. Li, M. Z., Elledge, S. J. Harnessing homologous recombination in vitro. to generate recombinant DNA via SLIC. Nature Methods. 4 (3), 251-256 (2007).
  38. Zhu, B., Cai, G., Hall, E. O., Freeman, G. J. In-fusion assembly: seamless engineering of multidomain fusion proteins, modular vectors, and mutations. BioTechniques. 43 (3), 354-359 (2007).
check_url/cn/58786?article_type=t

Play Video

Cite This Article
Adrian-Segarra, J. M., Lörchner, H., Braun, T., Pöling, J. Identification of Functional Protein Regions Through Chimeric Protein Construction. J. Vis. Exp. (143), e58786, doi:10.3791/58786 (2019).

View Video