כאן אנו מציגים פרוטוקול כדי לנטר את הרכבה ופירוק של הרעלן גחלת באמצעות biolayer אינטרפרומטריה (בלי). בעקבות הרכבה/פירוק על פני ביוסנסור, משתחררים את מתחמי חלבון גדולה מפני השטח עבור פריט חזותי וזיהוי של רכיבי מתחמי באמצעות מיקרוסקופ אלקטרוני ו ספקטרומטר מסה, בהתאמה.
אין ויוו, חלבונים הם לעתים קרובות חלק מתחמים גדולים macromolecular בו מחייב ירידה לפרטים, dynamics בסופו של דבר להכתיב פלטי פונקציונלי. בעבודה זאת, הרעלן גחלת pre-endosomal מורכבים, מעבר מיגדרי לתוך endosomal מורכבים. ראשית, תחום N-מסוף של ציסטאין מוטציה קטלנית פקטור (אםN) מחוברת ביוסנסור אינטרפרומטריה (בלי) biolayer דרך דיסולפידי צימוד בכיוון האופטימלי, המאפשר הגנה אנטיגן (PA) prepore לאגד (Kd 1 ננומטר). מכוונת בצורה אופטימלית אםN-PAprepore מורכבים ואז נקשר לקולטן מסיסים נימי morphogenic ג’ין-2 (CMG2) תא השטח (Kד 170 pM), וכתוצאה מכך מתחם טרום-endosomal נציג גחלת, יציב ב- pH 7.5. זהו מתחם שהורכב ואז נענשים acidification (pH 5.0) נציג של הסביבה אנדוזום מאוחר כדי המעבר של הרשות הפלסטיניתprepore למצב נקבובית ממברנה מוכנס. מצב זה של הרשות הפלסטיניתהנקבוביות תוצאות איגוד חלשה בין הקולטן CMG2, אםN-PA אתהנקבוביות , דיסוציאציה משמעותי של CMG2 של הנקבובית המעבר. Thio-ההחזקה של אםN השטח ביוסנסור זה מתהפך בקלות על-ידי dithiothreitol. הפחתת על פני ביוסנסור רבנות בלי משחרר את אםN-PAprepore-מתחם ternary CMG2 או החומצה מעבר מיגדרי אםN-PAהנקבוביות מתחמי microliter כרכים. מתחמי שפורסמו אז דמיינו, מזוהה באמצעות מיקרוסקופ אלקטרונים וספקטרומטר מסה. ניסויים אלה מדגימים כיצד לפקח על פירוק/ההרכבה קינטי של מתחמי חלבון ספציפי באמצעות מתודולוגיות רבנות בלי ללא תווית ולהעריך את המבנה ואת זהותו של רבנות בלי אלה נאספו מתחמי באמצעות מיקרוסקופ אלקטרונים והמסה מסות, בהתאמה, באמצעות הליכים רציף קל-כדי-שכפול.
זיהוי והבנה יחודיות המסדירים חלבונים מורכבים הרכבה ויוו הוא עניין קיצוני לחוקרים הביוכימי. חלבון הטרוגנית גדולה הרכבות הם הנורמה ולא היוצא מן הכלל. מושג זה נתמך על ידי ניטור ספקטרוסקופיות ויוו האספה, לבודד את מתחמי באמצעות טכניקות הפרעה תא עדינה, הערכת מוצרים מ שיטות לטיהור המבוסס על זיקה והצגה של אותם באמצעות ברזולוציה גבוהה מיקרוסקופ אלקטרונים קריוגני (הקפאה-EM). כדי להבין את הפקד היחודיות הרכבה בתוך התא, החוקרים חייבים לבודד באופן שגרתי לזהות, בסופו של דבר לאפיין את המבנים דינמי הרכבה/פירוק. הכלי מולקולרית שימוש אינטנסיבי ביותר לזהות את מרכיבי מהרכבות אלה לעתים קרובות דורשת נוגדן מבוססי immunoprecipitation, אשר נשענת על שמירה על יציבות מורכבים במהלך לשבירת תאים. טכניקות אנליטיות בשילוב שונות פותחו לאחרונה כדי ללכוד מתחמי מדגימות תא שימוש בגישות microfluidic מבוסס, כגון משטח פלזמון תהודה (SPR). בעקבות הסרת של משטחים SPR, דגימות אלה נותחו על ידי לייזר בסיוע מטריקס desorption/יינון שעת הטיסה (MALDI-TOF)1,2. קידום מתודולוגיה זו משתמשת בפרוטוקול קל יאפשר לחוקרים להמחיש ולאמת מתחמי החזוי המתרחשים חצרו הסלולר. מאז SPR היא מערכת מבוססת מיקרופלואידיקה, בעיות לעיתים קרובות נובעים היווצרות צבירה. עקיפת הבעיה דורשת דילול לדוגמה, אשר בתורו, יכול להפחית את תקינות מכלולי ביולוגי עלול הריכוז.
התקדמות יחסית לאחרונה טכנולוגיות ללא תווית היא הפיתוח של מערכת אינטרפרומטריה (בלי)3biolayer. אלה מסוים השתקפות אור מבוססי מערכות שכפל, או עדיף לחקות, איגוד SPR ותוצאות קינטי בכל חלק של עלות3,4 במיוחד אם ערוץ אחד יחידות משמשות. מתה על מדידת שינויים בדפוסי משתקף הפרעות קלות בין שכבת אסמכתא (בקרה) על פני biolayer (ניסיוני). השינוי שנוצר בשלב נמדד בזמן אמת כמו readout קינטי, תפוקה5. פני השטח ביוסנסור, המכיל ספציפי בטקטיקות בדיקות, הביוכימיה, מועבר פיזית בין פתרונות ולא מאגר שינויים על ידי גישות microfluidic ב SPR, למדידה באמצעות גל שלב deflections. העברה המונית אפקטים תימנע מאת לזעזע את הפתרון. בניגוד SPR, מערכות אלו שימושיות למדי בהערכת קומפלקסים של דגימות ביולוגיות גולמי. הפרמטר הפיזי שנמדד במהלך הניסויים רבנות בלי בעיקר תלוי שינוי מסה או עובי על פני השטח ביוסנסור הנובעת הרכבה מורכב חלבון או פירוק.
אלה ביולוגיים סיב אופטי סיבים הם קל לשימוש וזולה יחסית. אחד ההיבטים שימושי המתעוררים של רבנות בלי הוא הסרת נתיישב חלבון שהורכב מתחמי מפני השטח. יישום האחרונות של שיטה זו אפשרה את המעבדה שלנו כדי לבחון את קינטיקה בזמן אמת של pH בקנה מידה גדול המושרה שחלוף חלבון מבנה של הרכיב מגן אנטיגן (PA) של הרעלן גחלת כמו prepore (הרשות הפלסטיניתprepore) לקביעת שלה טופס נקבובית (הרשות הפלסטיניתהנקבוביות). מעבר זה בקצה ביוסנסור אומתה באמצעות מיקרוסקופ אלקטרונים (EM)6. הסרה של קומפלקסים של משטחים ביוסנסור מונע נפח גדול יותר דילול אפקטים לעתים קרובות שאירעה בעת שחרור קומפלקסים של שבב משטחים בעת שימוש מיקרופלואידיקה מערכות.
בשנת העבודה הנוכחית, גחלת הרעלן מתחמי הם מורכבים, לפרק על פני ביוסנסור ושוחררתי microliter כרכים הרכיבים המורכבים וכתוצאה מכך מאומתות באמצעות orthogonally EM וספקטרומטר מסה (MS).
ההדגמה ממחיש כיצד היווצרות מורכבות macromolecular ניתן בקלות לנטר שימוש אינטרפרומטריה biolayer, visualized באמצעות EM, ואומתו עם MS, כולם עם microvolumes בפרק זמן קצר. מתחמי שנצפה בצע את התחזיות רלוונטי מבחינה ביולוגית, אימות נוסף מתודולוגיה זו משולב והאסיפה מבנית. כפי שצוין במקטע תוצאות, רכיב המפתח להצלחה הרכבה דורש ציסטאין מהונדס בצורה רציונלית מוטגנזה מכוונת כדי להבטיח כי הממשקים חלבון מורכב כהלכה אוריינטציה מהמשטח ביוסנסור.
מערכות קודמות יש להשתמש בטכניקות רבנות בלי ו- MS כדי להעריך חלבון מחייב של שניים או שלושה מערכות רכיבים, כמו גם שלמות של קולטן איגוד של ביטוי חלבון, אבל, בשני המקרים, השיטות פותחו לא לנצל טנדם EM/MS הגישה8,9. רק אחרים אינטרפרומטריה מערכת בשילוב ניתוח MS כדי לסייע לאפיין את האינטראקציות היה כפול-קיטוב אינטרפרומטריה10 למרבה הצער, מערכת זו היא כבר לא זמין לשימוש כללי. כאמור במבוא, היו מספר מחקרים שהושלמו איפה הדגימות היו שהוקמה על משטחים כמו SPR ביוסנסור והוסרו מניתוח MS. אף אחת הדוגמאות האלה גרמו מתחמי visualized באמצעות EM.
המגבלות של רציפים בשיטה זו יכולים להיות רבים אבל פתיר. כדי להפוך את הנייח הראשוני ולכן קרן שלב של ההרכבה, חוסר הידע של משטחים אינטראקציה מבניים בהחלט לעכב התקדמות המשויך פיקוח על שלבי ההרכבה הראשונית. חוסר מידע מבנה ניתן לטפל על-ידי עיצוב תעשייתי של קרן לבנות איפה מצורף בדיקות, הביוכימיה (למשל sulfhydryl moiety דיסולפידי קישורים / שלו מתויג מיצוב) ניתן להעביר אזורים שונים בתוך תוכו מערכת הרכבה. במקרה של הרעלן גחלת מורכבים, זה היה מזל כי המבנה של אםN מאוגדים הרשות הפלסטיניתprepore הוא זמין11. מיקום רציונלית ציסטאין מהונדסים מקומי אזורי ‘, מהפנים איגוד ‘prepore ‘ הרשות הפלסטינית. עם בדיקות, הביוכימיה הצמדה ציסטאין, עדיף כי אין cysteines תגובתי אחרים נמצאים על פני חלבון.
יש בדיקות שונות מצורף, הביוכימיה אשר יכול לשמש כדי להנדס מצורפים מסוים באתר על המשטחים של חלבון. אחד הקבצים המצורפים ספציפי הפופולרי ביותר כרוך מיצוב של ביוטין moiety במיקום מוגדר באופן ספציפי על פני שטח חלבון12. למרבה הצער, ביוטין איגוד streptavidin או אבידין מצופה משטחים די הדוק. היפוך של אינטראקציה הכריכה אינה פשוטה. השימוש מהונדסים שלו-תג-או C-אמיני וקלות עוקבות של קובץ מצורף משטחים Ni-נ הוא יישום אוניברסלי יותר של זיקה הנייח. כמובן, אחד ההליכים לאתרים המצורפים הרכבה הנדסה במערכות שלו מתויג היא הדרישה טרמיני N ו- C של החלבון הרכבה הליבה להישאר חשוף ומופרדים כך הקובץ המצורף הוא קל. כמו עם כל מכלול התהליכים, הממשק האינטראקציה של החלבון הרכבה הליבה חייבת להישאר זמין בהמשך מכלול מורכבים.
אולי החשש הנפוצה ביותר של שימוש ביוסנסור בדיקות משטח, הביוכימיה הוא מחייב שאינם ספציפיים. טיפים Streptavidin לעיתים קרובות מקור של אפקטים משמעותיים שאינם ספציפיים מחייב. דיסולפידי מקושרים ביוטין יכול לשמש כדי לשחרר את מתחמי ספציפית מאוד להשאיר מאחור את הצמדה S-ביוטין מופחתת הלחוצים streptavidin קיבוע ביולוגיים13. ישנם אחרים בדיקות הפיך, הביוכימיה הופכים זמינים כגון iminoboronates ו- ketoamide במידה פחותה14. שדה זה הוא כרגע לא מפותח, אבל יש ריביות גבוהות בפיתוח נוסף הפיך קוולנטיות פרוטוקולים כדי למנוע תופעות רעילות התרופה את המטרה המלוות נפוץ השימוש של פיתוח תרופות יישוב קוולנטיות.
הגבלה של שימוש EM כדי להמחיש מתחמי היא פרשנות, במיוחד במקרים שבו המבנים של מתחמי שהורכב לא בתחילה ידועים. ניתן לזהות את המיקום המרחבי של רכיבים בתוך קומפלקס macromolecular התאספו לא מוגדר באמצעות נוגדנים חד-שבטיים (mAb) כסמני קינטי ומבניים ספציפיים. לדוגמה, ברגע זה נוצר קומפלקס, נוגדנים חד-שבטיים יכולים להתווסף זה לאגד רכיבים ספציפיים. בשיטה זו נעשה שימוש תכוף כדי לזהות רכיבים ספציפיים בתוך מכלולים גדולים15ב EM. מגבלה נוספת קשורה לגודל של המתחם, אמנם היו מקרים שבו מוגדר סימטרי הרכבות קטנה כפי kDa 70 (GroES heptamer) הם בקלות נפתר באמצעות שלילי הכתם EM מתחמים מורכבים הם נותחו על ידי EM בדרך כלל בטווח גודל של ~ 100 Å בקוטר ומעלה. לאחרונה אולם, חלבונים קטן כמו 20 kDa כבר נפתרה, ברזולוציה נמוכה מבנים הושגו בעת שימוש מעולה מכתים מתודולוגיות16.
לניתוח MS, רגישות מוגברת מכשור MS הנוכחי עד לרמת femtomolar (attomoles) יכול במקרים מסוימים להגביר את הרגישות של רבנות בלי זיהוי. . זה מאוד מתקבל על הדעת כי אותות חלבון להראות עלייה amplitudes מינימלית אבל הדיר תגרום זיהוי של החלבון המדובר. בנוסף, חיטוט אינטראקציות חלבון-חלבון עם אחד מבני הזוג המחובר את החיישן והשני וחשש הסלולר בתוקף תגרום טיהור וזיהוי לאחר מכן קל של המתחם שהוקם. מגבלה אחת עלולים להיות שנצפו עם מערכות MS מאוד רגיש הנוכחי הוא החלבון של עניין ייתכן במסד הנתונים, אבל התבוננות זו היא נדירה (למשל, proteomes של מינים נדירים). אם הרצף של החלבונים עניין ידועים, בעיה זו נפתרה בקלות על ידי הכללת את רצף חומצות אמיניות protein(s) רקע חלבון מסד נתונים (כמתואר בעבודה זו במקטע לפרוטוקול). הגבלת פוטנציאל אחר התוצאות מתודולוגיה מן ההתנגדות של חלבון כדי trypsinolysis. טריפסין העיכול היא בדרך כלל שיטת ברירת המחדל עבור התחתון למעלה זיהוי חלבונים. עם זאת, חלבונים יכול להיות עמידים בפני טריפסין אם חסר להם שאריות Arg, ליס או גישה משקעים אלה מוגבלים על ידי המבנה מקופל. מגבלות אלה נפתרות, בהתאמה, באמצעות אלטרנטיבית או שילוב של פרוטאזות או כולל של ריאגנט התגלגלות (אוריאה או guanidine HCl, כפי שמעידה 1.1.14 ו 1.2.6) לפני עיכול אנזימטי.
הרחבות אפשריות של מתודולוגיה זו כוללים המאפשר למשתמש לעקוב ולזהות מכלולי הרכבה הסלולר מ lysates תאית גסה. מתברר בדיקות עבור מכלול הרכיבים השונים תמציות מרוכז הסלולר הוא קל לביצוע באמצעות ההליכים אינטרפרומטריה biolayer. בניגוד מתודולוגיות microfluidic הנפוצות מבוסס אשר נוטה סתימת רגישים צבירה, הגישה רבנות בלי יכול לשמש ישירות לטבול biolayer חיישן טיפים לתוך תמציות גולמי להרכיב באופן פוטנציאלי את מתחמי ספציפיים, ישירות אלה מרוכזים דגימות טהורות. ברגע התכנסה, זה ריאלי לחלוטין לשימוש הגששים נוגדן ספציפי מעקב המערכת רבנות בלי לזהות, אפילו quantitate חשד רכיבי תמציות הסלולר שזוהו באמצעות שיטת microvolume MS. שוב, המפתח כאן היא שימוש מוגדר, אוריינטציה כראוי ליבה חלבונים כמו אחווה מסוימות רגשים.
היכולת להציג את prepore כדי הנקבוביות תהליך המעבר kinetically עם רבנות בלי יהיה מאוד שימושי לזיהוי פוטנציאל “נוגד רעל” מעכבי מולקולה קטנה של המעברים חלבון ספציפי לתפקד תחת מאוחר endosomal, pH נמוך (5.0) תנאים. זה prepore pH המושרה על הנקבוביות המעבר מעוכבת בנוכחות קיפול מייצב (osmolytes) כגון גליצרול או סוכרוז, משאיל ובכך תמיכה חזקה לפיתוח מייצבים מתקפלים יישוב מסוים למנוע הרשות הפלסטינית היווצרותהנקבוביות . גישה ספציפית זו מונע והחלפת מבחני גולמי מבוססות, איפה ה-pH יורדת להוביל חלבון משקעים. השיטה השנייה, למרות טוב עבור שיטות prescreening הראשית, מובילה לעיתים קרובות תוצאות חיוביות שגויות איפה תרכובות מסוימות לעכב את המצבור במקום המעברים מולקולרית בפועל.
התצפיות במורד הזרם של מבנה וזיהוי של רכיבים מורכבים בודדים בתוך דגימות microvolume קטן יכול להיות שימושי גם אימות פוטנציאל להוביל תרכובות. זה יכול להיות מיושם במקרים מייצב הרכבה ספציפיים או הקשורה איפה התוצאה היעד. גישה מקבילה זו קינטי/מבנה/זיהוי שימושית ישירות המאשרת את תוקפו של עופרת חשד effectors תרכובת של הרכבה ומגישה שלב ההקרנה משנית סביר או גישה תפוקה בינונית.
הקפאה-EM היא טכניקה שימושית ללמוד את הפרטים אטומי של מתחמי מקרומולקולה במצבים שונים של הרכבה. לפני הכנת דוגמאות הקפאה-EM, חשוב לוודא קודם שהכנה מכיל מתחמי הומוגנית למדי טהור עם כתם שלילי EM. העבודה שהוצגו במסמך זה מדגים הרכבה של חלבון תסביכים על רבנות בלי ביוסנסור משטחים, שחרור של אלה מתחמי להמחשת EM, וזיהוי מרכיבים אלה באמצעות MS. מתודולוגיה זו מסוים של הרכבה מבוקרת ושחרור יכול להיות שימושי ביצירת פרוטוקולים מאוד ספציפיים המשפרים את הכנת הדוגמא רציפים הומוגנית על כתם שלילי EM, צעד הכרחי כי חייב להיות הפגינו לפני מתקדמים. הקפאה-EM. כדי לקבל מבנה תלת-ממד ברזולוציה נמוכה, רק 30-50 חלקיקים של המתחם יהיה צורך לבצע סדרה הטיה חרוט (70 תצוגות שונות תמונה דו-ממדית לכל חלקיק) בתנאי שיש גיוון התמצאות (מספר תצוגות שונות).
לגבי שיפור שיטות MS, ההתקדמות רגישות, צמצום נפח דגימה להמשיך לשפר. ננו זורם, כרומטוגרפיה נוזלית בלחץ גבוה במיוחד וכן פיתוח ספקטרומטרים המוני עם חובה מהר מחזור, רגישות מוגברת ופתרון כוח. היכרות האחרונות ספקטרומטר מסה orbitrap, בפרט הגירסה העדכנית ביותר (orbitrap Fusion Lumos, ו היורשת הצפוי Lumos פיוז’ן Orbitrap 1 מ’), כמו גם אלגוריתמים של חיפוש מאוד להקל על תהליך זה.
המתודולוגיה הנוכחי מנטרת את קינטי הרכבה ופירוק של גחלת הרעלן רכיבים באמצעות מתודולוגיות רבנות בלי ללא תווית, ערך את המבנה ואת זהותו של רכיבים אלה באמצעות EM ו- MS, בהתאמה. השימוש של ערוץ אחד פשוט מתה על המערכת יחד עם שלילי מכתים EM ניתוח שגרתי, טכניקות MS יסודי יותר הולם לאפיין תהליך ההרכבה.
The authors have nothing to disclose.
עבודה זו נתמכה על ידי מדיסון ו ליילה העצמי בוגר אחווה (ליאורה מאור), NIH 5T32GM008359 (PTO), KUMC ביו מחקר הכשרה תוכנית (PTO), NIH R01AI090085 (MTF), KU גישור קרנות, את (מרכז טכנולוגיות אינטראקציה Biomolecule (BITC) גרנט CT ו MTF). המחברים רוצה להודות Fegley ברברה KUMC מיקרוסקופ אלקטרונים הליבה לקבלת סיוע עם רכישת תמונת TEM.
(1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide)) (EDC) | Thermo Scientific | 22980 | |
(2-(2-pyridinyldithio)ethanamine) (PDEA) | GE Lifesciences | BR100058 | |
0.5 mL black microtubes | Sigma-Aldrich | Z688304-500EA | |
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (POPC) | Avanti | 850457C-25mg | |
Acclaim PepMap 50 μm x 150mm, C18, 2 μm, 100 Å | ThermoFisher Scientific | 164561 | |
Acetic acid glacial | Fisher | A38SL-212 | |
Acetonitrile | Fisher | A955-4 | |
Amine reactive 2nd generation (AR2G) tips | Forte Bio | 18-5092 | |
Ammonium bicarbonate | Fisher | A643-500 | |
Anotop 10 syringe filter, 0.02um | GE Lifesciences | 6809-1002 | |
BLItz System | Pall Forte Bio | 45-5000 | |
Boric acid | Fisher Scientific | 10043-35-3 | |
Capillary Morphogenic Gene-2 | Protein produced and purified in-house | ||
Carbon coated Cu 300 grid | Electron Microscopy Sciences | CF300-CU-50 | |
Dithiothreitol (DTT) | GoldBio | DTT25 | |
Formic acids | JT Baker | 0129-01 | |
Guanidine hydrochloride (GuHCl) | Sigma-Aldrich | G4505-100G | |
Iodoacetamide | MP-BioMedicals,LLC | 100-351 | |
JEM-1400 Transmission Electron Microscope | JEOL | ||
L-cystiene hydrochloride hydrate | Sigma-Aldrich | C121800-5G | |
Lethal Factor N-terminal domain | Protein produced and purified in-house | ||
MS software version 2.2 | ThermoFisher Scientific | ||
N-hydroxysuccinimide (NHS) | Sigma-Aldrich | 090M14531V | |
Orbitrap Fusion Lumos | ThermoFisher | ||
PCR tubes | ThermoFisher Scientific | AB-0620 | |
Pelco easiGlow glow discharge cleaning system | Ted Pella, Inc | 91000 | |
Protective Antigen prepore | Protein produced and purified in-house | ||
Qualitative filter paper circles | Fisher Scientific | 09-795C 5 | |
Sequencing grade modified trypsin | Promega | V5111 | |
Sequest HT search engine | ThermoFisher Scientific | ||
Sodium acetate trihydrate | Fisher Scientific | BP334-500 | |
Sodium chloride | Fisher Scientific | S271-10 | |
Sodium cholate | Sigma-Aldrich | C1254-100G | |
Tris base | Fisher Scientific | BP152-10 | |
Uranyl formate (UF) | Electron Microscopy Sciences | 22450 | |
Xcalibur | ThermoFisher Scientific | OPTON-30487 |