Aqui nós apresentamos um protocolo para a reparação de ferida de geração de imagens ao vivo e a resposta inflamatória associada à alta resolução espaço-temporal na vivo. Este método utiliza o estágio de pupa de Drosophila desenvolvimento para habilitar a longo prazo de imagem e rastreamento de populações de células específicas ao longo do tempo e é compatível com a inativação de genes mediada por RNAi eficiente.
Durante a rápida resposta inflamatória ao dano tecidual, células do sistema imunológico inato são rapidamente recrutadas para o local da lesão. Uma vez na ferida, células do sistema imune inatas realizar um número de funções essenciais, tais como o combate à infecção, limpando os restos necróticos e estimulando a deposição de matriz. Para melhor entender os eventos de sinalização diversos que regulam esta resposta imune, é crucial observar os comportamentos complexos de (e interações que ocorrem entre) várias células linhagens in vivo e em tempo real, com a alta resolução espaço-temporal. A translucidez óptico e a rastreabilidade genética de embriões da drosófila estabeleceram drosófila como um modelo de valor inestimável para viver-imagem e dissecam aspectos fundamentais do comportamento de células inflamatórias, incluindo mecanismos de dispersão do desenvolvimento, liberação de corpos apoptotic e/ou patógenos microbianos e recrutamento para feridas. No entanto, trabalhos mais recentes agora demonstrou que empregar um estágio muito posterior do ciclo de vida de drosófila – a pupa drosófila – oferece uma série de vantagens distintas, incluindo eficiência melhorada de RNAi, mais longa períodos, de imagem e significativamente maior número de células imunes. Aqui descrevemos um protocolo para o reparo de ferida de imagens e a resposta inflamatória associada com a alta resolução espaço-temporal em pupas de Drosophila ao vivo. Para acompanhar a dinâmica de re-epitelização e inflamação, usamos um número específico no vivo marcadores fluorescentes para o epitélio e células do sistema imunológico inatas. Nós também demonstrar a eficácia da foto-conversível fluorophores, tais como Kaede, por seguir os subconjuntos de célula imune específica, para controlar seu comportamento como migram para e resolver partir, local da lesão.
Uma resposta inflamatória eficaz e eficiente é crucial para qualquer organismo combater a infecção, limpar escombros e orquestrar a reparação de tecidos feridos1. Embora esta resposta é um resultado inevitável de maior dano de tecido, inflamação requer uma regulamentação estrita porque uma resposta inflamatória inadequada tem sido associada a uma variedade de diferentes doenças humanas (incluindo não-cura feridas crônicas, excessivo de cicatrizes e predisposição ao câncer)1,2,3. Dada esta relevância clínica, é crucial obter uma compreensão mais detalhada dos mecanismos moleculares e celulares de condução a resposta inflamatória, a fim de desenvolver novos indicadores prognósticos e estratégias para tratar uma variedade de crônica inflamatória condições, que podem proteger a reparação de tecidos de inflamação prolongada e desnecessária.
Nos últimos anos, a Drosophila tornou-se um sistema bem estabelecido e valioso modelo para dissecar as características fundamentais da resposta inflamatória conservada de insetos para humano4,5. Actualmente, a drosófila oferece rastreabilidade genética muito maior do que é actualmente possível em outros modelos experimentais (como ratos ou zebrafish), permitindo a manipulação genética espácio-temporais precisos na vivo (para inactivar ou excesso expressar qualquer gene de interesse dentro de tipos de células específicas em um tempo-ponto do desenvolvimento definido) e facilidade de todo o genoma telas6,7. Tradicionalmente, a maioria das imagens ao vivo da cicatrização da ferida e inflamação na Drosophila foram efectuados estudos em estágios embrionários, como embriões são opticamente translúcido e imóvel (ao contrário de Drosophila larvas ou adultos) que permite inigualável de alta resolução na vivo de imagem8. Isto permitiu que os pesquisadores a visualização rápido e robusto recrutamento de células do sistema imune inatos drosófila (hemócitos) para o local da ferida, em resposta a ferimentos mecânicos ou induzida por laser para o epitélio embrionário9, 10 , 11 , 12 , 13 , 14. combinando estes estudos de imagem ao vivo com a manipulação genética, estudos em embriões da drosófila tem descoberto muitas proteínas importantes células imunes que controlam o comportamento de células inflamatórias em vivo. Por exemplo, o homólogo do CED-1 Draper (uma ITAM domínio-contendo proteínas) foi identificado como uma importante «receptor de dano» que medeia as células imunitárias drosófila de recrutamento em um H2O2-forma dependente de sites de danificar a15. Níveis de Draper dentro de células do sistema imunológico são por sua vez regulados pela induzida por cálcio sinalização JNK e elevado a jusante de apoptotic cadáver captação12. Motilidade hematócito mais requer complexas alterações do citoesqueleto para coordenar a migração dirigida para a ferida e é dependente na atividade dos reguladores do citoesqueleto tais como a actina-empacotamento proteína Fascin16 e a família Rho pequena As GTPases Rac e Rho9.
Drosófila é um inseto holometábolos que atravessa os estágios larvas e pupal adicionais embriogênese, antes de atingir a idade adulta17a seguir. A pupa drosófila foi desenvolvida como um modelo adicional para a não-invasiva ao vivo-imagem latente de uma variedade de eventos celulares dinâmicos, incluindo divisão celular19de migração no desenvolvimento celular18, crescimento de célula20e músculo contração de21. Mais recentemente, ele foi estabelecido como um novo modelo em que para estudar a dinâmica da ferida reparo e inflamação na vivo22,23.
Assim como em estágios embrionários, Drosophila pupas são imóveis e opticamente translúcido, após dissecção cuidadosa de seus casos pupal opaco18. Explorando essa transparência óptica, um pode seguir o comportamento na vivo de células do sistema imune inatos (hemócitos) em resposta ao dano de tecido dentro drosófila pupal tecidos, tais como a asa pupal22. A ala pupal existe como uma estrutura de bilayered simples, consistindo de dois grandes folhas plana epiteliais que estão conectadas em torno da periferia da asa; o espaço extracelular entre estas duas camadas epiteliais está repleto de hemolinfa (sangue inseto) e um grande número de hemócitos motile24. Assim como em embriões, ferimentos mecânicos ou induzida por laser para o epitélio da asa desencadeia um rápido recrutamento de hemócitos a lesão local23. No entanto, nesta fase pupal oferece algumas vantagens distintas para a imagem latente sobre anteriormente estágios embrionários. Pupas lesionadas podem ser imaginadas durante períodos de tempo muito mais longos (pelo menos 5 h), mais área de tecido está disponível para a perturbação experimental (tais como a geração de múltiplos ferimentos) e há um número significativamente maior de hemócitos presentes no (fase fornecendo mais trajetórias de célula de distâncias mais potência estatística melhorada durante a análise matemática). Além disso, a eficiência de inativação de genes mediada por RNAi é consideravelmente melhorada em estágios pupal, permitindo que muitos genes ser ‘knocked-down’ em um tecido ou o modo de tempo específico, em comparação com a abordagem mais tradicional de todo mutante de embriões.
Para seguir a dinâmica da ferida re-epitelização e a resposta inflamatória que acompanha dentro deste novo modelo pupal, duas populações de células diferentes devem ser rotuladas: o epitélio pupal e as células do sistema imunológico inatas (Drosophila hemócitos). Um número de diferentes marcadores (Tabela de materiais) está disponível para rotular estas duas populações de células diferentes – a escolha do marcador varia de acordo com o processo específico a ser estudado. Para marcar o epitélio pupal, linhas de Drosophila , contendo também um ubiquitously expressa GFP-com a tag E-caderina (que rotula entroncamentos adherens) rotineiramente são utilizados para indicar as posições das margens de célula, ou alternativamente, um GFP-etiquetado Domínio de ligação de actina de Moesin (que rotula o citoesqueleto de actina) para visualizar as saliências de anel e ponta de ferida-borda contrátil actina. Para rotular os hemócitos de Drosophila , um específico hematócito srp-Gal425 a expressão de unidade de RFP nuclear (para rastreamento nuclear), GFP citoplasmática ou GFP-etiquetado Moesin (para rotular o citoesqueleto citoplasma ou actina, respectivamente) ou um fluoróforo photoconvertible (tais como Kaede) são utilizados. Na verdade, muitas vezes é vantajoso usar vários marcadores de células imunes em combinação, para permitir a análise simultânea do movimento nuclear e a morfologia da célula (veja resultados representativos). No entanto, desde que este protocolo envolve o uso de pupas de Drosophila , apenas combinações de marcadores genéticos que são viáveis até meados-pupal estágios podem ser utilizados. Além disso, estoques letais embrionários não será apropriados. Isso é pouco provável que seja um problema quando o controle de imagem (ou tipo selvagem) pupas mas é importantes considerar quando os genes estão para ser derrubado ou overexpressed, para avaliar seus efeitos sobre o fechamento de ferida ou inflamação. No caso de letalidade precoce causada por gene nocaute (ou superexpressão), um Gal80ts construção pode ser usada para induzir o nocaute Gal4-conduzido mais tarde no desenvolvimento (ver discussão).
Em estudos recentes, movendo-se para a fase de pupa nos permitiu coletar dados de trajetória de célula imune suficiente para analisar o comportamento inflamatório usando modelagem matemática sofisticada, que por sua vez nos permitiu deduzir novos detalhes da ferida attractant inflamatória sinaliza23. Por exemplo, esta abordagem revelou que a ferida quimiotático espalha-se lentamente através do tecido inflamado em 200/min2μm, um ritmo muito mais lento do que o sugerido anteriormente moléculas pequenas candidato como o ATP ou H2O2 são relatados para difusa de28,de27,26,29; Estas moléculas pequenas “danos” em vez disso são prováveis que atuam como sinais permissivos. Além disso, como eles resolver longe uma ferida inicial e estão expostos a um segundo (feito em vários momentos após a primeira), seguindo o comportamento a longo prazo das células do sistema imune inatos, nós descobrimos um período temporário ‘dessensibilização’ durante a quais as células imunes são cegos para lesões subsequentes23. Explorando o potencial a longo prazo da imagem latente do modelo pupal, juntamente com rastreabilidade genética da Drosophila , um pode acompanhar o comportamento de populações de células imunes específicas (por exemplo, somente as células imunes, recrutadas para o local da ferida) no resposta aos insultos subsequentes, usando o photoconvertible fluoróforo30 que pode ser expresso exclusivamente dentro a linhagem de células imunes23.
Aqui descrevemos um protocolo para visualizar a dinâmica da reparação da ferida e a resposta inflamatória associada em alta resolução espácio-temporais usando vivos pupas de Drosophila . Nós fornecemos uma metodologia detalhada para cobrir as etapas necessárias para a preparação de pupas inicial (dissecção e montagem) e a subsequente mediada por laser ferindo e a imagem latente de lapso de tempo. Descrevemos também o uso de foto-conversível fluorophores para permitir a rotulagem de célula imune específica subconjuntos no vivo. A longo prazo, vislumbramos que este novo modelo pupal Drosophila vai abrir possibilidades excitantes para dissecar a complexa dinâmica de sinalização subjacentes a resposta inflamatória ao dano tecidual. Aplicando mais sofisticadas análises estatísticas um pode descobrir características de resposta que caso contrário permaneceria experimentalmente inacessíveis, enquanto a eficiência melhorada de RNAi poderia emprestar-se a aplicação de todo o genoma de rastreio dentro células do sistema imunológico na vivo para identificar novos jogadores que regulam o comportamento de células imunes.
A resposta inflamatória aguda ao dano tecidual é um processo complexo e altamente dinâmico que é essencial para orquestrar a reparação dos tecidos feridos, incluindo o apuramento dos detritos necróticos e a luta contra a infecção. Para inteiramente compreender e desvendar os aspectos fundamentais desta resposta, é fundamental que estudos são realizados na vivo em amostras de 3-dimensional vivos em ordem para o comportamento exato e interações das várias linhagens envolvidas para ser seguido da pilha com precisão ao longo do tempo. Análise em tempo real destas dinâmicas de célula permite uma caracterização mais detalhada dos fenótipos mutantes do que estático único-pontos de tempo de amostras fixas usando técnicas de imuno-histoquímica clássico. Tradicionalmente, a maioria dos estudos de imagem ao vivo usando o modelo de Drosophila geneticamente tractable utilizaram fase embrionária de desenvolvimento fruitfly devido à sua translucidez óptico e imobilidade em comparação com os estádios de desenvolvimento mais tarde4 , 5. no entanto, mais recentemente o nosso grupo e outros desenvolveram a pupa drosófila como um novo modelo para executar a alta resolução e imagem a longo prazo de reparação da ferida e inflamação simultaneamente na vivo8,22 ,23. Esta abordagem emergente oferece um excitante potencial a longo prazo para unraveling os aspectos fundamentais do comportamento celular inflamatória e pode ser ainda mais adaptada para investigar o comportamento dinâmico de outras linhagens de células (por exemplo, Drosophila adipócitos 38) após a lesão tecidual.
Há um número de fatores críticos durante a preparação e imagem latente de pupas de Drosophila feridas que vai determinar a qualidade dos resultados de imagem descritos acima. Sem dúvida o passo mais difícil do protocolo descrito é a dissecção cuidadosa e posicionamento preciso das pupas antes da imagem e ferindo. Pupas nesta fase do desenvolvimento são extremamente frágeis e até mesmo pequenos danos acidentais para as pupas durante as fases de preparação prejudicará significativamente a experiência; qualquer pupas que podem ter danos não intencionais devem ser descartadas do experimento, desde que este dano pode ativar sua própria resposta inflamatória, que pode levar a mais difundida (ou mesmo sistêmicos) efeitos sobre o comportamento de células inflamatórias em outro lugar no a pupa. Devido ao desenvolvimento contínuo das pupas utilizados nesses experimentos (que estão passando por rearranjos de tecido significativa para preparar os tecidos para a idade adulta), ocasionalmente pupas moverá durante o curso da imagem latente. Rolling pupal é, no entanto, mais provável de ocorrer se pupas não foram montadas corretamente com a superfície plana da asa (ou de outro tecido para ser fotografada) em contato direto com a lamela; uso de cola de heptano para estabilizar as pupas no vidro tampa deve minimizar este movimento indesejável. Por este motivo, muito cuidado também deve ser tomado para evitar a desalojar as pupas de suas posições cuidadosamente alinhadas ao mover as amostras entre microscópios; Idealmente, o laser ferindo será anexado ao mesmo microscópio para ser usado para imagens de lapso de tempo subsequente e foto-conversão.
Além da proficiência da dissecação pupal e passos de montagem, o genótipo exato das pupas de Drosophila usado terá um efeito significativo sobre a qualidade dos dados gerados. Por exemplo, o número de cópias do driver Gal4 e construções UAS (por exemplo, UAS-GFP ou UAS-Kaede) dentro de um genótipo individual pupal determinará a relação sinal-ruído durante a imagem latente subsequente. Como regra geral, as mais cópias de um Gal4 ou UAS constroem presente, maior o nível total de proteína fluorescente (por exemplo, GFP ou Kaede) dentro do tecido. O nível ideal de proteína fluorescente, no entanto, será um equilíbrio cuidadoso entre elevação da fluorescência de tecido suficiente para permitir que a alta qualidade de imagem (permitindo o uso de baixas potências do laser, redução fotobranqueamento e imagem ao longo do tempo estendido períodos), mas sem causar toxicidade celular induzida por fluoróforo; o número ideal de Gal4 e UAS construções em cada experimento irá variar de acordo com os motoristas particulares e fluorophores sendo usado. Tenha cuidado para elevar as pupas a 25 ° C (ou acima, até 29 ° C), porque o sistema de Gal4-UAS é sensível à temperatura e será ineficaz em baixa temperaturas31. Para alcançar níveis adicionais de controle sobre o tecido ou tempo-especificidade de Gal4 –conduzido a expressão, o repressor do sistema Gal4-UAS Gal80 também pode ser incluído dentro o genótipo pupal39. Gal80 também pode ser usado para reprimir a atividade de Gal4 dentro de um determinado tecido (usando um Gal80 de tecido-específica) ou em um determinado momento (usando uma temperatura sensível Gal80). O sistema de Gal4-UAS pode ainda ser combinado com outros sistemas binários independentes (tais como os sistemas de QF –QUAS e LexA –lexAop ) para gerar a drosófila , que tem várias construções (por exemplo, fluorophores, linhas de RNAi ou outras construções genéticas) expressa simultaneamente em uma variedade de diferentes tecidos39.
Uso desse novo modelo pupal Drosophila oferece uma série de vantagens sobre a abordagem mais tradicional do embrião. Em comparação com a imagem de curto prazo (até 3 h) disponível em embriões de estágio 15 (a fase em que mais embrionárias ferindo estudos são executadas), pupas podem ser imaginadas durante significativamente mais longos períodos de tempo (em princípio, até a idade adulta após 96 h de desenvolvimento pupal ). Além disso, um número muito maior de hemócitos (células do sistema imunológico inatosDrosophila ) está presentes dentro de tecidos pupal (e disponível para a imagem latente) em relação ao número mais limitado presente dentro do embrião e isto permitiu-nos recolher significativamente mais dados sobre o comportamento do hematócito usando o mesmo número total de espécimes. Fundamentalmente, este, por sua vez, permitiu-nos aplicar mais sofisticada modelagem matemática para analisar o comportamento de hemócitos e extrair características inovadoras da ferida atrativos e resposta inflamatória que seria caso contrário permaneceram experimentalmente inacessível,23. Outra vantagem do modelo pupal é que aquele knockdown RNAi-mediada do gene é consideravelmente mais eficiente do que no anteriores estágios embrionários, permitindo análise melhorada de tecido ou inativação de genes específicos de tempo usando sistemas binários, tais como o sistema de Gal4-UAS 39. a eficiência de RNAi, nesta fase, portanto, abre-se o potencial para realizar em larga escala (ou até mesmo imparcial todo o genoma) telas de RNAi para procurar novos jogadores envolvidos no reparo de ferida ou comportamento de células inflamatórias.
No entanto, Drosophila pupas claramente não podem ser usadas para estudar os fenótipos resultantes de mutações genéticas que são embrionárias letal; estudos funcionais e geração de imagens ao vivo de genes que são essenciais para o desenvolvimento embrionário, portanto, ainda devem ser realizados em embriões, a menos que o knockdown RNAi-mediada do gene em um tempo ou forma tecido-específica permite desenvolvimento ocorra através de estágios pupal. O embrião também continua a ser o modelo de escolha para estudar e viver-imagem certas características do comportamento de células imunes, incluindo a dispersão do desenvolvimento das células do sistema imunológico de sua origem, contato-inibição de locomoção e fagocitose de corpos apoptotic gerados durante o desenvolvimento tecido escultura5,8 , que ainda não foram observadas em modelos pupal. Embora estudos em Drosophila larvas e adultos forneceram uma visão importante sobre os mecanismos subjacentes a ferida reparo e inflamação40,41,42,43, estudos de imagem ao vivo 44 estas fases têm provado difícil devido à natureza inerentemente móvel das amostras. Enquanto as larvas podem ser anestesiadas para permitir breves períodos de geração de imagens ao vivo, devido à natureza temporária da anestesia, só curtos instantâneos da ferida ao vivo reparar ou resposta inflamatória pode ser visualizado45. Um estudo recente desenvolveu um protocolo melhorado que permite imagens de longo prazo de larval ferida cura46, apesar de preparação e imagem ainda permanecem consideravelmente mais desafiador do que em embriões ou pupas. A longo prazo, nós encaramos isso utilizando a fase de desenvolvimento mais adequado para resolver cada questão específica, estudos em todos os quatro destes estágios diferentes de Drosophila – de embriões através de períodos larvas e pupal, à idade adulta (cada um com suas próprias vantagens exclusivas e limitações) – irá fornecer insights complementares sobre o mecanismo molecular e celular, dirigindo a reparação da ferida e inflamação.
No futuro, este protocolo para a imagem a longo prazo da drosófila pupas e ferindo pode ser facilmente adaptado para estudar uma variedade de fenômenos relacionados com inflamação e tem um potencial de longo alcance para descobrir características inovadoras da resposta inflamatória ferida. A combinação da imagem a longo prazo, juntamente com o pedido de photoconvertible fluorophores (tais como Kaede), são de grande valia para a compreensão da dinâmica do comportamento celular imune inata e em particular, o mais distante menos entendido fase de resolução de a resposta inflamatória da ferida. Etiquetando especificamente qualquer indivíduo ou subpopulações de células do sistema imunológico (tais como aqueles recrutados para uma ferida) será possível analisar como a exposição a uma sinalização ambiental (como um cadáver ou lesão) afeta a resposta subsequente da célula imune a uma posterior sugestão. O comportamento inflamatório de hemócitos de Drosophila pode ser alterado por experiências anteriores – por exemplo, eles são pré-pintados para responder à lesão tecidual por fagocitose prévia dos corpos apoptotic durante desenvolvimento12 , mas ela continua a ser visto se outras pistas ambientais induzem eventos similares de escorva. Embora estudos de pupa feridas até agora têm-se centrado sobre a resposta inflamatória inata, o modelo de asa pupal também oferece uma oportunidade ideal para ambos viver-imagem e dissecar os mecanismos subjacentes a reparação epitelial ferida. Além disso, este método de imagem pupal também poderia ser adaptado para investigar o comportamento dinâmico de outras linhagens de células em resposta ao tecido danos38, na ala pupal propriamente dito ou outros tecidos pupal facilmente acessíveis (por exemplo, olhos, pernas e tórax). Finalmente, combinando a rastreabilidade genética da Drosophila juntamente com a facilidade de imagiologia pupal a longo prazo, romance reparação epitelial ou reguladores inflamatórios podem ser descobertos através da aplicação de imparcial todo o genoma knock-down aproxima-se.
The authors have nothing to disclose.
Gostaríamos de agradecer aos membros do Martin, Nobes, Richardson e laboratórios de madeira para discussão útil. Agradecemos também a facilidade de Bioimaging Wolfson (Universidade de Bristol, UK), o centro de estoque de Bloomington (Universidade de Indiana, EUA) e Viena Drosophila Resource Centre (para estoques de Drosophila ) e Flybase (para até à data da drosófila anotação de gene). Este trabalho foi apoiado por uma concessão do projeto MRC-horas e W.W. (Sr/J002577/1), um Wellcome Trust Senior Fellowship para W.W. e um Wellcome Trust Investigator Award-horas.
Drosophila stocks | |||
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;Ubi-p63E-shg.GFP; (chrII) |
Kyoto Stock Center, DGRC | #109007 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;;Ubi-p63E-shg.GFP (III) |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #58742 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged Moesin P{sGMCA}3.1 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #59023 | The ubiquitously expressed sqh promoter/enhancer drives expression of a fragment of Moesin (that includes the actin binding sequences) tagged with GFPS65T. |
hemocyte specific serpent-Gal4 driver ;srp-Gal4; |
Generated by Katja Bruckner | Generated by Katja Bruckner | Expression of ScerGAL4 fused to a polyA tail is under the control of 2 genomic sequences from upstream of Drosophila serpent. Ref: Brückner, K., Kockel, L., Duchek, P., Luque, C.M., Rørth, P., Perrimon, N. The PDGF/VEGF receptor controls blood cell survival in Drosophila. Dev Cell. 7 (1), 73–84, doi: 10.1016/j.devcel.2004.06.007 (2004). |
UAS-nuclearRFP w1118;;P{UAS-RedStinger}6 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #8545 or #8547 | UAS regulatory sequences drive expression of the DsRed.T4 form of RFP which is tagged at the C-terminal end with a nuclear localisation signal |
UAS-cytoplasmicGFP ;;P{UAS-GFP.S65T} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | Multiple stocks available (e.g. #1522) | Expression of the S65T version of GFP by UAS regulatory sequences; the S65T variant exhibits increased brightness. |
UAS-photoconvertibleKaede w1118;; P{UAS-Kaede.A}3 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #26161 | Kaede protein emits bright green fluorescence after synthesis, but changes efficiently to a bright stable red fluorescence on irradiation with UV. |
GFP-tagged spaghetti squash w1118;;P{sqh-GFP.RLC} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #57145 | The sqh coding region, which is tagged at the C-terminal end with a T:AvicGFPS65T tag, is expressed under the control of the natural sqh promoter. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Ingredients for fly food media | Fly food media is made according to standard procedures (see Greenspan, R. 1997. Fly Pushing: The Theory and Practice of Drosophila Genetics. Cold Spring Harbor Press. 1-191 pp.) | ||
maize | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
soya flour | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
malt extract | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
molasses | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
Difco agar | BD Biosciences, Fisher Scientific | DF0142-15-2 | For preparation of fly food |
Propionic acid | Sigma | 402907 | For preparation of fly food |
Nipagen | Sigma | 79721 | For preparation of fly food |
Dried baker's yeast | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | For preparation of fly food |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Sample preparation and mounting | |||
Parafilm | Sigma | P7793-1EA | For preparation of heptane glue |
Fine sable paintbrush | Daler-Rowney (or equivalent) | #0 or 1 | |
Forceps | Fisher Scientific (or Fine Science Tools) | NC9404145 | Dumont #5 |
Glass bottomed dishes for imaging | MatTek | P35G-0-10-C | We suggest using 35mm petri dishes, with at least a 10mm Microwell, 0.085-0.13mm cover glass, uncoated. Dishes with larger microwells will enable increasing numbers of pupae to be mounted and imaged in a single experiment. |
Heptane | Sigma | 51730-5ML | For preparation of heptane glue |
Double sided sticky tape (e.g. Scotch) | Agar Scientific | AGG263 | For preparation of heptane glue |
50ml tube (for heptane glue) | Falcon tubes from Fisher Scientific | 14-432-22 | For preparation of heptane glue |
Glass microscope slides | Agar Scientific | AGL4244 | For dissection of Drosophila pupae |
Dissecting stereo microscope with brightfield | Leica (or equivalent) | M50 | For dissection of Drosophila pupae |
Microscissors | John Weiss International | 103123 | Miniature Research Scissors (straight) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Laser ablation and imaging | |||
Nitogen ablation laser | Spectra-Physics (or Andor equivalent) | Model VSL-337ND-S | For wounding, this should be attached to a widefield imaging system |
Multilaser confocal laser-scanning microscope (CLSM) | Leica (or equivalent) | TCS AOBS SP8 or SP5-II attached to a Leica DMi8 inverted epifluorescence microscope (or equivalent) | Ideally including a motorised stage for multi-site and 'mosaic' scanning, plus ‘hybrid’ GaAsP detectors (that offer much greater sensitivity and boosting of low signal) |
Environmental chamber | Life Imaging Services (or equivalent) | "Microscope Temperature Control System" | Attached to Confocal microscope for temperature control during imaging |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Image Analysis Software | |||
FRAP software module | Leica (or equivalent) | CLSM FRAP software module | For performing photoconversion of photoconvertible fluorophores such as Kaede |
ImageJ (image analysis software) | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.nih.gov/ij/ | Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012. |
ImageJ plugin "Manual Tracking" | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.net/Manual_Tracking | |
ImageJ plugin "TrackMate" | ImageJ, NIH | https://imagej.net/TrackMate | Tinevez, JY.; Perry, N. & Schindelin, J. et al. (2016), "TrackMate: An open and extensible platform for single-particle tracking.", Methods 115: 80-90, PMID 27713081 |
Volocity (high performance 3D imaging software) | Perkin Elmer | Volocity 6.3 | For image analysis |
IMARIS (image analysis software) | Bitplane | IMARIS for Cell Biologists | For image analysis |