Nous présentons ici un protocole pour la création d’images en direct de la cicatrisation et la réponse inflammatoire associée à haute résolution spatio-temporelle in vivo. Cette méthode utilise la chrysalide du développement de la drosophile pour permettre à long terme d’imagerie et suivi des populations de cellules spécifiques au fil du temps et est compatible avec l’inactivation de gènes RNAi efficace.
Au cours de la réaction inflammatoire rapide aux dommages de tissu, les cellules du système immunitaire inné sont rapidement recrutés pour le site de la lésion. Une fois la plaie, les cellules immunitaires innées exécuter un certain nombre de fonctions essentielles, telles que la lutte contre l’infection, en désactivant les débris nécrotiques et stimulant la déposition de la matrice. Pour bien comprendre les divers événements de signalisation qui régulent cette réponse immunitaire, il est crucial d’observer les comportements complexes de (et les interactions qui se produisent entre) plusieurs cellules lignées in vivo et en temps réel, avec la haute résolution spatio-temporelle. La transparence optique et la traçabilité génétique des embryons de drosophile ont établi la drosophile comme modèle inestimable à l’image en direct et dissèquent les aspects fondamentaux du comportement de cellules inflammatoires, y compris les mécanismes de dispersion du développement, garde de corps apoptotiques et/ou pathogènes microbiens et de recrutement sur les plaies. Cependant, des travaux plus récents a maintenant démontré qu’employant beaucoup ultérieurement dans le cycle de vie de Drosophila – la nymphe de la drosophile – offre un certain nombre d’avantages, y compris la meilleure efficacité de l’ARNi, plus longue périodes, l’imagerie et beaucoup plus grand nombre de cellules immunitaires. Nous décrivons ici un protocole pour la cicatrisation d’imagerie et la réponse inflammatoire associée à la haute résolution spatio-temporelle dans live pupes de drosophile . Pour suivre la dynamique de la réépithélialisation et l’inflammation, nous utilisons un certain nombre de particuliers in vivo des marqueurs fluorescents pour l’épithélium et cellules immunitaires innées. Nous démontrons également l’efficacité des fluorophores photo convertibles, telles que Kaede, pour avoir suivi les sous-ensembles de cellules immunitaires spécifiques, afin de suivre leur comportement, alors qu’ils migrent et volonté de, le site de la lésion.
Une réaction inflammatoire et efficace est essentielle pour n’importe quel organisme à combattre l’infection, dégager les débris et orchestrer la réparation des tissus lésés1. Bien que cette réponse est une conséquence inévitable de la plupart des lésions tissulaires, inflammation nécessite une réglementation stricte, car une réponse inflammatoire inappropriée a été liée à une variété de différentes maladies humaines (y compris les plaies chroniques non-guérison, cicatrisation excessive et la prédisposition au cancer)1,2,3. Compte tenu de cette pertinence clinique, il est crucial d’obtenir une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires et cellulaires conduisant la réponse inflammatoire afin de développer de nouveaux indicateurs pronostiques et stratégies pour traiter un éventail de chroniques inflammatoire conditions, qui pourraient protéger la réparation des tissus d’une inflammation prolongée et inutile.
Ces dernières années, Drosophila est devenu un système de modèle bien établi et précieux à disséquer les caractéristiques fondamentales de la réponse inflammatoire conservé des insectes humains4,,5. À l’heure actuelle, Drosophila offre bien plus grande traçabilité génétique est actuellement possible dans d’autres modèles expérimentaux (comme souris ou poisson zèbre), permettant des manipulations génétiques spatio-temporel précis en vivo (pour inactiver ou surexpression de n’importe quel gène d’intérêt dans les types spécifiques de cellules à un moment du développement défini) et facilité de Génome-large d’écrans6,7. Traditionnellement, la plupart des études d’imagerie en direct de la cicatrisation des plaies et de l’inflammation chez la drosophile ont été jouées dans des stades embryonnaires, comme les embryons sont immobiles (contrairement aux larves de drosophile ou adultes) et optiquement translucide qui permet inégalée de haute résolution en vivo imagerie8. Cela a permis aux chercheurs de visualiser le recrutement rapid et robuste de cellules immunitaires innées de drosophile (hémocytes) sur le site de la plaie en réponse au dommage mécanique ou induite par laser à l’épithélium embryonnaires9, 10 , 11 , 12 , 13 , 14. en combinant ces études d’imagerie en direct avec la manipulation génétique, des études dans des embryons de drosophile ont mis au jour plusieurs protéines importantes cellules immunitaires qui contrôlent le comportement de cellules inflammatoires in vivo. Par exemple, l’homologue de CED-1 Draper (une protéine du domaine contenant ITAM) a été identifié comme un important « endommager récepteurs » qui intervient dans les cellules immunitaires de drosophile de recrutement dans un H2O2-façon dépendante aux sites de endommager le15. Niveaux de Draper dans les cellules immunitaires relèvent à leur tour induit par JNK signalisation et élevé en aval de l’apoptose cadavre absorption12. Outre la motilité hémocytes nécessite des modifications du cytosquelette complexes pour coordonner une migration dirigée vers la plaie et cela dépend de l’activité des organismes de réglementation du cytosquelette comme l’actine-groupement protéine Fascin16 et de la famille Rho petite Rho et GTPases Rac9.
Drosophile est un insecte holométaboles qui passe par les stades de larves et les nymphes supplémentaires suivant l’embryogenèse, avant d’avoir atteint l’âge adulte,17. La nymphe de la drosophile a été conçue comme un modèle additionnel pour vivre-imagerie non invasive d’une variété d’événements cellulaires dynamiques, y compris developmental cell migration18,19de la division cellulaire, cellule croissance20et muscle 21de contraction. Plus récemment, il a été établi comme un nouveau modèle permettant d’étudier la dynamique de la plaie réparation et inflammation dans vivo22,de23.
Tout comme dans les stades embryonnaires, Drosophila pupes sont immobiles et optiquement transparent, après dissection minutieuse de leurs cas pupal opaque18. En exploitant cette transparence optique, on peut suivre le comportement in vivo de cellules immunitaires innées (hémocytes) en réponse à des lésions tissulaires au sein des tissus pupes de drosophile , tels que les ailes pupal22. L’aile pupal existe sous forme d’une structure simple et double, composé de deux grandes feuilles plates épithéliales qui sont connectés à la périphérie de l’aile ; l’espace extracellulaire entre ces deux couches épithéliales est rempli d’hémolymphe (sang insecte) et un grand nombre de mobiles hémocytes24. Tout comme dans des embryons, des blessures mécaniques ou induite par laser de l’épithélium de l’aile déclenche un recrutement rapid de hémocytes au site blessures23. Toutefois, ce stade pupal offre certains avantages distincts pour l’imagerie au plus tôt les stades embryonnaires. Nymphes blessés peuvent être photographiées au cours des périodes de temps beaucoup plus longs (pendant au moins 5 h), plus grande surface de tissus est disponible pour la perturbation expérimentale (par exemple, génération de blessures multiples) et un nombre significativement plus élevé de hémocytes présents à cette scène ( fournissant des trajectoires plus de cellules de plus longues distances pour l’accroissement de la puissance statistique lors de l’analyse mathématique). En outre, l’efficacité de l’inactivation de gènes véhiculée par ARNi est considérablement améliorée en étapes pupes, ce qui permet de nombreux gènes à être « démontés » dans un mouchoir ou la manière de précis par rapport à l’approche plus traditionnelle tout mutant d’embryons.
Pour suivre la dynamique de réépithélialisation de la plaie et la réponse inflammatoire qui l’accompagne au sein de ce nouveau modèle de pupe, deux populations de cellules différentes doivent être étiquetées : l’épithélium nymphal et les cellules immunitaires innées (Drosophila hémocytes). Il existe un certain nombre de différents marqueurs (Table des matières) qualifier ces deux populations cellulaires différentes – le choix du marqueur dépend le processus particulier à étudier. Pour marquer l’épithélium nymphal, Drosophila lignes contenant soit un gène exprimé GFP-étiquetée E-cadhérine (que les labels jonctions adherens) sont couramment utilisés pour indiquer les positions des marges de cellule, ou sinon, un élément GFP-étiqueté Domaine de liaison de l’actine de la moésine (que les labels le cytosquelette d’actine) pour visualiser les saillies de bague et pointe de plaie-bord actine contractile. Pour étiqueter les hémocytes de drosophile , un hémocytes spécifiques srp-Gal425 à expression lecteur DP nucléaire (pour suivi nucléaire), GFP cytoplasmique ou GFP-étiquetée moésine (d’étiqueter le cytoplasme ou actine cytosquelette, respectivement) ou un et un fluorophore (tels que Kaede) sont utilisés. En fait, il est souvent avantageux d’utiliser plusieurs marqueurs de cellules immunitaires en combinaison, pour permettre une analyse simultanée du mouvement nucléaire et de la morphologie cellulaire (voir résultats représentatifs). Toutefois, étant donné que ce protocole implique l’utilisation de pupes de drosophile , seules combinaisons de marqueurs génétiques qui sont viables jusqu’à mi-pupal étapes peuvent être utilisés. Aussi, les stocks de létalité embryonnaires ne sera pas adaptés. Il s’agit probablement pas d’un problème lorsque le contrôle de l’imagerie (ou sauvage) nymphes mais est importants à considérer lorsque les gènes doivent être renversé ou surexprimée, afin d’évaluer leur effet sur la fermeture de la plaie ou l’inflammation. Dans le cas de létalité précoce causée par précipitation de gène (ou surexpression), un Gal80ts construct peut être utilisé pour induire le knockdown axée sur la famille Gal4 plus tard dans le développement (voir Discussion).
Dans nos études récentes, pénétrant de la chrysalide nous a permis de recueillir des données de trajectoire de cellules immunitaires suffisantes pour analyser le comportement inflammatoire à l’aide de la modélisation mathématique sophistiquée, qui à son tour nous a permis d’en déduire de nouveaux détails de la plaie 23les signaux inflammatoire attractant. Par exemple, cette approche ont montré que le facteur chimiotactique plaie se répand lentement dans les tissus enflammés à 200 μm2/min, un rythme beaucoup plus lent que précédemment suggéré des molécules de petit candidat comme l’ATP ou H2O2 sont signalés à diffuse le26,27,28,29; ces molécules de petits « dommages » sont plutôt susceptibles d’agir en tant que signaux permissifs. En outre, en suivant le comportement à long terme des cellules immunitaires innées qu’ils règlent les éloigner une blessure initiale et sont exposés à une seconde (faite à différents intervalles après la première), nous avons découvert une période temporaire « désensibilisation » au cours de laquelle les cellules immunitaires sont aveugles aux blessures subséquentes23. En exploitant le potentiel d’imagerie à long terme du modèle pupal, ainsi que de la traçabilité génétique de la drosophile , on peut suivre le comportement des populations de cellules immunitaires spécifiques (par exemple uniquement les cellules immunitaires recrutés à la plaie) dans réponse aux insultes suivantes, en utilisant le de fluorophore et30 qui peut s’exprimer exclusivement dans la lignée de cellules immunitaires23.
Nous décrivons ici un protocole afin de visualiser la dynamique de la cicatrisation et la réponse inflammatoire associée à haute résolution spatio-temporelle à l’aide de vie pupes de drosophile . Nous proposons une méthodologie détaillée pour couvrir les étapes requises pour la préparation initiale de nymphes (dissection et montage) et le blessant subséquente induite par laser et l’imagerie Time-lapse. Nous décrivons également l’utilisation de fluorophores photo convertibles pour permettre l’étiquetage des sous-ensembles spécifiques de cellules immunitaires en vivo. Sur le long terme, nous prévoyons que ce nouveau modèle de pupes de Drosophila ouvrira des possibilités passionnantes pour disséquer la dynamique complexe de signalisation qui sous-tendent la réponse inflammatoire aux dommages de tissu. De procéder à des analyses statistiques plus sophistiqués on pourrait découvrir caractéristiques de la réponse qui autrement resteraient expérimentalement inaccessible, tandis que l’efficacité améliorée d’Arni pourrait se prêter à l’application du dépistage du génome au sein les cellules immunitaires en vivo pour identifier les nouveaux joueurs de réglementer le comportement des cellules immunitaires.
La réaction inflammatoire aiguë aux dommages de tissu est un processus complex et très dynamique qui est essentiel pour orchestrer la réparation des tissus lésés, y compris la compensation des débris nécrotiques et la lutte contre l’infection. Pour bien comprendre et démêler les aspects fondamentaux de cette réponse, il est crucial que des études sont effectuées in vivo sur des échantillons de vie 3-dimensionnelle afin que le comportement précis et les interactions des différentes cellules lignées concernées à suivre avec précision au fil du temps. Analyse en temps réel de la dynamique de ces cellules permet une caractérisation plus détaillée des phénotypes mutants que statiques unique-moments d’échantillons fixes en utilisant des techniques d’immunohistochimie classique. Traditionnellement, la plupart des études d’imagerie en direct en utilisant le modèle drosophile génétiquement tractable ont utilisé le stade embryonnaire du développement de la mouche grâce à sa translucidité optique et l’immobilité comparée aux stades ultérieurs4 , 5. Cependant, plus récemment notre groupe et autres ont mis au point la nymphe de la drosophile comme un modèle original pour effectuer à haute résolution et imagerie à long terme de cicatrisation et l’inflammation en même temps in vivo8,22 ,,23. Cette nouvelle approche offre un potentiel à long terme passionnant pour démêlé les aspects fondamentaux du comportement de cellules inflammatoires et peut être plus adaptée pour enquêter sur le comportement dynamique des autres lignages cellulaires (par exemple les adipocytes de la drosophile 38) après une lésion tissulaire.
Il y a un certain nombre de facteurs critiques lors de la préparation et l’imagerie des pupes de Drosophila blessés qui va déterminer la qualité des résultats d’imagerie décrit ci-dessus. Sans doute l’étape la plus difficile du protocole décrit est la dissection minutieuse et un positionnement précis de la pupe avant blessant et l’imagerie. Nymphes à ce stade de développement sont extrêmement fragiles et le moindre dommage accidentel à la chrysalide pendant les étapes de la préparation nuira considérablement l’expérience ; les nymphes qui ont subi des dommages involontaires doivent être éliminés de l’expérience puisque ce dommage pourrait activer sa propre réponse inflammatoire, ce qui pourrait conduire à des effets plus répandue (ou même systémiques) sur le comportement de cellules inflammatoires ailleurs dans la chrysalide. En raison de l’évolution de la pupe utilisées dans ces expériences (qui subissent des réarrangements des tissus importants pour préparer les tissus à l’âge adulte), parfois les nymphes seront déplacera au cours de l’imagerie. Pupes de roulement est, cependant, plus susceptibles de se produire si les nymphes n’ont pas été montés correctement avec la surface plate de l’aile (ou d’autres tissus à être photographiée) dans le contact direct avec la lamelle ; utilisation de la colle d’heptane pour stabiliser les pupes sur la lamelle couvre-objet doit minimiser ce mouvement indésirable. Pour cette raison, grand soin doit également être prise pour éviter délogeant les pupes postées soigneusement alignés lors du déplacement des échantillons entre les microscopes ; Idéalement, le blessant laser sera joint au microscope même à être utilisé pour l’imagerie de Time-lapse ultérieur et photo-conversion.
En plus de la compétence de la dissection pupe et les étapes de montage, le génotype exact de la pupe de Drosophila utilisée aura un effet significatif sur la qualité des données d’imagerie générées. Par exemple, le nombre de copies du pilote Gal4 et constructions de SAMU (p. ex. SAMU-GFP ou SAMU-Kaede) au sein d’un génotype pupal individuel déterminera le rapport signal sur bruit en imagerie ultérieur. En règle générale, les plus exemplaires de Gal4 ou SAMU construisent actuellement, le plus élevé le niveau total de la protéine fluorescente (p. ex. GFP ou Kaede) dans les tissus. Le niveau optimal de la protéine fluorescente sera, toutefois, un équilibre délicat entre les élévateurs fluorescence de tissu suffisamment pour permettre de haute qualité d’imagerie (permettant l’utilisation de puissances inférieures de laser, réduction photobleaching et imagerie au fil du temps étendu périodes) mais sans provoquer de toxicité cellulaire induite par le fluorophore ; le nombre optimal de constructions Gal4 et SAMU dans chaque expérience varieront selon les conducteurs particuliers et fluorophores utilisés. Il faut soulever la pupe à 25 ° C (ou plus haut, jusqu’à 29 ° C) car le système de Gal4-UAS est sensible à la température et sera inefficace à basse températures31. Afin d’atteindre des niveaux supplémentaires de contrôle sur le tissu ou temps-spécificité de Gal4-piloté par expression, le répresseur de système de Gal4-UAS Gal80 peut également être inclus dans le génotype pupal39. Gal80 peut soit servir à réprimer l’activité de Gal4 au sein d’un tissu particulier (à l’aide d’un Gal80 de tissu-spécifique) ou à un moment donné (à l’aide d’une température Gal80 sensibles). Le système de Gal4-UAS peut être combiné avec d’autres systèmes binaires indépendants (comme la LexA –lexAop et systèmes de QF –QUAS ) pour générer la drosophile qui a des constructions multiples (p. ex. des fluorophores, Arni lignes ou autres constructions génétiques) exprimé en même temps dans une gamme de différents tissus,39.
Utilisation de ce nouveau modèle de pupes de Drosophila offre un certain nombre d’avantages par rapport à l’approche plus traditionnelle de l’embryon. Par rapport à l’imagerie à court terme (jusqu’à 3 h) disponible dans les embryons au stade 15 (le stade auquel plus embryonnaires blessant des études sont effectuées), nymphes peuvent être photographiées sur une période beaucoup plus longue (en principe jusqu’à l’âge adulte après 96 h de développement pupal ). De plus, bien plus grand nombre d’hémocytes (cellules immunitaires innées dedrosophile ) est présentes au sein des tissus pupes (et disponible pour l’imagerie) par rapport au nombre plus limité dans l’embryon et cela nous a permis de recueillir beaucoup plus données d’imagerie sur le comportement de hémocytes utilisant le même nombre total de spécimens. Fondamentalement, ceci, à son tour, nous a permis d’appliquer les plus sophistiqués de modélisation mathématique pour analyser le comportement de hémocytes et extraire des caractéristiques nouvelles de la plaie attractifs et la réaction inflammatoire qui serait autrement restées expérimentalement inaccessible23. Un autre avantage du modèle nymphal est que cette précipitation RNAi-mediated gene est considérablement plus efficace qu’au plus tôt des stades embryonnaires, ce qui permet d’améliorer l’analyse de tissu ou de l’inactivation de gènes précis à l’aide de systèmes binaires tels que le système de Gal4-UAS 39. l’efficacité de l’ARNi à ce stade ouvre ainsi la possibilité d’effectuer à grande échelle (ou même non biaisée Génome-large) Arni écrans pour rechercher des nouveaux acteurs impliqués dans la réparation de plaie ou le comportement de cellules inflammatoires.
Cependant, Drosophila nymphes clairement ne peuvent servir à étudier les phénotypes résultant de mutations génétiques qui sont embryonnaires létale ; des études fonctionnelles et d’images en direct des gènes qui sont essentiels pour le développement embryonnaire doivent donc encore être effectuées chez les embryons, sauf se knockdown gène véhiculée par ARNi en une fois ou de manière spécifique aux tissus permet le développement de se produire à travers aux stades nymphales. L’embryon reste également le modèle de choix pour étudier et image en direct certaines caractéristiques du comportement de cellules immunitaires, dont la dispersion du développement des cellules immunitaires dans leur origine, contact-inhibition de la locomotion et de la phagocytose de corps apoptotiques généré au cours du développement tissulaire sculpture5,8 , qui n’ont pas encore été observés dans les modèles de nymphes. Bien que les études chez les larves de drosophile et les adultes ont fourni un aperçu important dans les mécanismes qui sous-tendent la plaie réparation et inflammation40,41,42,43, études d’imagerie live 44 à ces stades ont prouvé difficiles en raison de la nature intrinsèquement mobile des échantillons. Tandis que les larves peuvent être anesthésiés pour permettre à de brèves périodes de création d’images en direct, en raison du caractère temporaire de l’anesthésie, seulement quelques instantanés de la plaie direct réparera ou réaction inflammatoire peut être visualisée45. Une étude récente vient de développer un protocole amélioré qui permet l’imagerie à plus long terme des larves de cicatrisation46, bien que la préparation et imagerie encore demeurent considérablement plus difficile que dans des embryons ou des nymphes. Sur le long terme, nous envisageons qu’en utilisant le stade de développement plus approprié pour répondre à chaque question spécifique, études dans quatre de ces différentes étapes de la drosophile – d’embryons entre des périodes de larves et les nymphes à l’âge adulte (chacune avec leurs propres avantages uniques et limitations) – fournira des idées complémentaires dans les mécanismes moléculaires et cellulaires conduisant la cicatrisation et l’inflammation.
À l’avenir, ce protocole pour blessant et imagerie à long terme des pupes de drosophile peut être facilement adapté pour étudier une série de phénomènes liés à l’inflammation et a un potentiel de grande envergure pour découvrir de nouvelles caractéristiques de la réponse inflammatoire plaie. La combinaison de l’imagerie à long terme, ainsi que l’application des fluorophores et (par exemple, Kaede), sont d’une grande utilité pour comprendre la dynamique du comportement de cellules immunitaires innées et en particulier l’extrême comprend moins phase de résolution de la réponse inflammatoire de la plaie. Par marquage particulier soit particulier ou sous-populations de cellules immunitaires (par exemple ceux recrutés sur une blessure), il sera possible d’analyser comment l’exposition à un environnement cue (comme un cadavre ou blessures) affecte réponse subséquente de la cellule immunitaire à un plus tard CUE. Le comportement inflammatoire de Drosophila hemocytes peut être modifié par des expériences antérieures – par exemple, ils sont apprêtés pour répondre à des lésions tissulaires par phagocytose préalable de corps apoptotiques au cours du développement,12 , mais il reste à voir Si autres signaux environnementaux induire des événements similaires d’amorçage. Bien que les études des pupes plaies jusqu’à présent ont porté sur la réponse inflammatoire innée, le modèle de pupes aile aussi fournit une occasion idéale pour les deux image en direct et disséquer les mécanismes qui sous-tendent la cicatrisation épithéliale. En outre, cette méthode d’imagerie pupale pourrait également être adaptée pour étudier le comportement dynamique des autres lignages cellulaires en réponse aux tissus des dommages38, soit dans l’aile pupal lui-même ou d’autres tissus pupes facilement accessibles (par exemple, les yeux, les jambes ou thorax). Enfin, en combinant la traçabilité génétique de la drosophile , ainsi que la facilité de l’imagerie pupe à long terme, roman réparation épithéliale ou régulateurs inflammatoires pourraient être découverts grâce à l’application de précipitation impartiale pangénomique approches.
The authors have nothing to disclose.
Nous tenons à remercier les membres du Martin, Nobes, Richardson et laboratoires bois de discussion utile. Nous remercions également l’installation de bio-imagerie Wolfson (Université de Bristol, UK), Bloomington Stock Centre (Université de l’Indiana, USA) et Vienne Drosophila Resource Centre (pour les stocks de drosophile ) et Flybase (pour à jour Drosophila une annotation des gènes). Ce travail a été soutenu par une subvention de projet CRM à heures et W.W. (MR/J002577/1), un Wellcome Trust Senior Fellowship à W.W. et une bourse de chercheur Wellcome Trust à heures.
Drosophila stocks | |||
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;Ubi-p63E-shg.GFP; (chrII) |
Kyoto Stock Center, DGRC | #109007 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;;Ubi-p63E-shg.GFP (III) |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #58742 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged Moesin P{sGMCA}3.1 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #59023 | The ubiquitously expressed sqh promoter/enhancer drives expression of a fragment of Moesin (that includes the actin binding sequences) tagged with GFPS65T. |
hemocyte specific serpent-Gal4 driver ;srp-Gal4; |
Generated by Katja Bruckner | Generated by Katja Bruckner | Expression of ScerGAL4 fused to a polyA tail is under the control of 2 genomic sequences from upstream of Drosophila serpent. Ref: Brückner, K., Kockel, L., Duchek, P., Luque, C.M., Rørth, P., Perrimon, N. The PDGF/VEGF receptor controls blood cell survival in Drosophila. Dev Cell. 7 (1), 73–84, doi: 10.1016/j.devcel.2004.06.007 (2004). |
UAS-nuclearRFP w1118;;P{UAS-RedStinger}6 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #8545 or #8547 | UAS regulatory sequences drive expression of the DsRed.T4 form of RFP which is tagged at the C-terminal end with a nuclear localisation signal |
UAS-cytoplasmicGFP ;;P{UAS-GFP.S65T} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | Multiple stocks available (e.g. #1522) | Expression of the S65T version of GFP by UAS regulatory sequences; the S65T variant exhibits increased brightness. |
UAS-photoconvertibleKaede w1118;; P{UAS-Kaede.A}3 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #26161 | Kaede protein emits bright green fluorescence after synthesis, but changes efficiently to a bright stable red fluorescence on irradiation with UV. |
GFP-tagged spaghetti squash w1118;;P{sqh-GFP.RLC} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #57145 | The sqh coding region, which is tagged at the C-terminal end with a T:AvicGFPS65T tag, is expressed under the control of the natural sqh promoter. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Ingredients for fly food media | Fly food media is made according to standard procedures (see Greenspan, R. 1997. Fly Pushing: The Theory and Practice of Drosophila Genetics. Cold Spring Harbor Press. 1-191 pp.) | ||
maize | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
soya flour | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
malt extract | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
molasses | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
Difco agar | BD Biosciences, Fisher Scientific | DF0142-15-2 | For preparation of fly food |
Propionic acid | Sigma | 402907 | For preparation of fly food |
Nipagen | Sigma | 79721 | For preparation of fly food |
Dried baker's yeast | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | For preparation of fly food |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Sample preparation and mounting | |||
Parafilm | Sigma | P7793-1EA | For preparation of heptane glue |
Fine sable paintbrush | Daler-Rowney (or equivalent) | #0 or 1 | |
Forceps | Fisher Scientific (or Fine Science Tools) | NC9404145 | Dumont #5 |
Glass bottomed dishes for imaging | MatTek | P35G-0-10-C | We suggest using 35mm petri dishes, with at least a 10mm Microwell, 0.085-0.13mm cover glass, uncoated. Dishes with larger microwells will enable increasing numbers of pupae to be mounted and imaged in a single experiment. |
Heptane | Sigma | 51730-5ML | For preparation of heptane glue |
Double sided sticky tape (e.g. Scotch) | Agar Scientific | AGG263 | For preparation of heptane glue |
50ml tube (for heptane glue) | Falcon tubes from Fisher Scientific | 14-432-22 | For preparation of heptane glue |
Glass microscope slides | Agar Scientific | AGL4244 | For dissection of Drosophila pupae |
Dissecting stereo microscope with brightfield | Leica (or equivalent) | M50 | For dissection of Drosophila pupae |
Microscissors | John Weiss International | 103123 | Miniature Research Scissors (straight) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Laser ablation and imaging | |||
Nitogen ablation laser | Spectra-Physics (or Andor equivalent) | Model VSL-337ND-S | For wounding, this should be attached to a widefield imaging system |
Multilaser confocal laser-scanning microscope (CLSM) | Leica (or equivalent) | TCS AOBS SP8 or SP5-II attached to a Leica DMi8 inverted epifluorescence microscope (or equivalent) | Ideally including a motorised stage for multi-site and 'mosaic' scanning, plus ‘hybrid’ GaAsP detectors (that offer much greater sensitivity and boosting of low signal) |
Environmental chamber | Life Imaging Services (or equivalent) | "Microscope Temperature Control System" | Attached to Confocal microscope for temperature control during imaging |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Image Analysis Software | |||
FRAP software module | Leica (or equivalent) | CLSM FRAP software module | For performing photoconversion of photoconvertible fluorophores such as Kaede |
ImageJ (image analysis software) | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.nih.gov/ij/ | Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012. |
ImageJ plugin "Manual Tracking" | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.net/Manual_Tracking | |
ImageJ plugin "TrackMate" | ImageJ, NIH | https://imagej.net/TrackMate | Tinevez, JY.; Perry, N. & Schindelin, J. et al. (2016), "TrackMate: An open and extensible platform for single-particle tracking.", Methods 115: 80-90, PMID 27713081 |
Volocity (high performance 3D imaging software) | Perkin Elmer | Volocity 6.3 | For image analysis |
IMARIS (image analysis software) | Bitplane | IMARIS for Cell Biologists | For image analysis |