多重遺伝子型及び質量分析法と臨床コホート研究でテスト候補遺伝子

人間の複雑な疾患の遺伝的変異が疾患感受性に貢献、これらの亜種の定量化は理解病因、治療レスポンダーの高リスク患者のグループを識別するために有用かもしれない。確かに、精密医療の約束は患者サブグループ¹を識別するためにゲノム情報を利用したに依存しています。残念ながら、どこ疾患表現型の相当な遺伝的多様性、低浸透度と変数表現力によって支えられている、複雑な病気の生物学領域内コホート サイズ ゲノム全体小説的なアプローチのための要件候補者は、しばしば膨大²です。また、標的候補遺伝子アプローチから始まる疾患病因³に固有の遺伝子/経路について事前の仮説。経路解析ツールは、探検するために多数の候補経路を生成する標的遺伝子座の病態生理学を調査するため使用されます。ここで人間のコホート研究⁴に適した 1 つの試金と Snp の数百人に数十の調査を可能にする多重遺伝子型アプローチを紹介します。このアプローチは比較的高スループット、数百、数千の新規探索研究誘因する DNA サンプルや特定経路の調査を許可します。ここで説明する方法は、比較的迅速かつ安価な方法で識別リスク対立遺伝子および臨床特徴との関連付けに役立ちます。このプラットフォームは、微生物感染症⁷ひと乳頭腫ウイルス⁸スクリーニングおよび診断目的^5,6と最近では非常に有利にされています。

調査の結果、すなわち遺伝子のセットを選択から始まるこのプロトコル、文献検索、または病気プロセスに関与の先験的な仮説によって通常決定対象地域。または、おそらく選択した探索ゲノム広い連合 (GWA) 研究の主要な団体としてレプリケーション。遺伝子セットから研究者はタグ SNPs の洗練されたリストを選択します。つまり、連鎖不平衡 (LD)、または地域での亜種間で相関が高い LD、ハプロタイプと呼ばれる中の Snp のグループの代表的な ‘タグを SNP を識別するために使用されます。地域の高い LD 継承を意味します、SNPs がしばしば一緒に遺伝子型 1 つの SNP がハプロタイプですべての Snp で変化を表すために十分になるよう。また、フォロー アップ SNPs の決定的なリストから多くの地域、例えば場合。、GWA 研究のレプリケーションでは、このプロセス必要がありますされません。多重遺伝子型は増幅プライマー拡張プライマーの質量が異なるは、解釈を生成する製品の質量スペクトル、アッセイは、これらのターゲットの周り設計されなければなりません。これらのパラメーターは、多重遺伝子型分析設計ツールによって簡単に実装されます。このデザインから前方および逆のプライマーは、SNP を含むシーケンスを増幅して興味のマーカーをターゲットに使用されます。拡張プライマーを直接 SNPs に近位付 SNP に補足である単一、大量更新、’ターミネーター’ ベースが追加されます。ターミネーター ベース DNA の拡張をできなくなります。ベースの質量の変更により、質量分析による検出を 1 つのベースが異なるフラグメント。ジェノタイピング化学を含むプレート質量分析プラットフォームに測定用チップに適用されます。適切な品質管理をシステムによって検出された生ジェノタイピング呼び出しに適用すると、データをエクスポートし、疾患表現型との関連付けをテストするのには統計分析に使用できます。