Summary

Réactions de Cascade enzymatique pour la synthèse des aminoalcools chiraux de L-lysine

Published: February 16, 2018
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Summary

Aminoalcools chiraux sont des molécules polyvalents pour une utilisation comme échafaudages en synthèse organique. A partir de L-lysine, synthétiser des aminoalcools par une réaction enzymatique cascade combinant diastéréosélective Cabay oxydation catalysée par dioxygénase suivie d’un clivage de la portion d’acide carboxylique de l’acide aminé hydroxyle correspondant par un décarboxylase.

Abstract

Aminés alcools sont des composés polyvalents avec un large éventail d’applications. Par exemple, ils ont servi comme échafaudages chiraux en synthèse organique. Leur synthèse par classiques de chimie organique nécessite souvent des processus de synthèse à plusieurs étapes fastidieuses, avec contrôle difficile du résultat stéréochimique. Nous présentons un protocole enzymatiquement synthétiser des alcools aminés à partir de la L-lysine facilement disponible en 48 h. Ce protocole combine deux réactions chimiques qui sont très difficiles à mener en synthèse organique classique. Dans la première étape, la régio – et diastéréosélective l’oxydation d’une liaison C-H non activée de la lysine chaîne latérale est catalysée par une dioxygénase ; un deuxième régio – et diastéréosélective d’oxydation catalysée par une dioxygénase regiodivergent peut conduire à la formation des 1, 2-diols. Dans la dernière étape, le groupe carboxylique de l’acide aminé alpha est clivé par une décarboxylase de phosphate de pyridoxal (PLP) (DC). Cette étape décarboxylante affecte uniquement le carbone alpha de l’acide aminé, en conservant le centre stéréogène hydroxy substitué en position bêta/gamma. Les aminoalcools qui en résultent sont donc optiquement enrichis. Le protocole a été appliqué avec succès à la synthèse de quatre aminoalcools semipreparative-échelle. Surveillance des réactions a été réalisée par chromatographie liquide haute performance (HPLC) après dérivatisation par 1-fluoro-2, 4-dinitrobenzène. Simple purification par extraction en phase solide (SPE) accordée les aminoalcools avec d’excellents rendements (93 % de > 95 %).

Introduction

Malgré les avantages offerts par biocatalyse, l’intégration des étapes biocatalytiques de voies synthétiques ou itinéraires biocatalytiques totales reste essentiellement limitée aux résolutions cinétiques enzymatiques. Ces itinéraires ont été largement utilisés dans un premier temps en synthèse asymétrique de chimio-enzymatique, mais biocatalyse offre beaucoup plus de possibilités dans le groupe fonctionnel interconversions avec grande stéréosélectivité1,2,3 . En outre, comme réactions biocatalytiques sont déroulent dans des conditions similaires, il est donc possible d’effectuer des réactions de la cascade dans un seul récipient fashion4,5.

Aminoalcools chiraux sont des molécules polyvalents pour une utilisation comme auxiliaires ou des échafaudages en synthèse organique6. La portion d’alcool aminé est fréquemment trouvée dans les métabolites secondaires et dans les ingrédients pharmaceutiques actifs (API). Β-aminoalcools primaires sont facilement disponibles auprès des acides α-aminés correspondantes par synthèse chimique conventionnelle, mais l’accès à γ-aminoalcools chiraux ou aminoalcools secondaires nécessite souvent fastidieux parcours synthétiques ainsi que de sensibles contrôle de la stéréochimie7,8,9,10. En raison de sa grande stéréosélectivité, biocatalyse peut fournir une voie de synthèse supérieure à ces briques chiraux11,12,13,14.

Nous avons déjà indiqué la synthèse des mono – et di-hydroxy-L-lysines par diastéréosélective hydroxylation enzymatique catalysée par dioxygénases du fer (II) / dépendante de le α-cétoacide famille oxygénase (αKAO) (Figure 1)15. En particulier, à partir de L-lysine, le KDO1 dioxygénase catalyse la formation du (3S) – dérivé hydroxylé (1), tandis que les 4R– dérivé (2) est formé par la réaction avec KDO2 dioxygénase. Hydroxylations successives regiodivergent par KDO1 et KDO2 conduisent à la formation des (3R, 4R) – dihydroxy – L-lysine (3) sous forme optiquement pure. Cependant, la gamme limitée de substrat de ces enzymes empêche leur grande utilisation en synthèse chimique, en particulier dans l’hydroxylation des amines simples, une portion d’acide carboxylique en position α du groupe amino est essentielle pour l’activité16.

Figure 1
Figure 1 : conversions biocatalytiques de L-lysine. Conversion en (3S) – hydroxy – L-lysine (1) catalysée par la KDO1 dioxygénase ; (4R)– hydroxy – L-lysine (2) catalysée par KDO2 dioxygénase ; et 3R, 4R– dihydroxy – L-lysine (3) par réaction en cascade catalysée successivement par KDO1 et KDO2 dioxygénases. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.

Décarboxylation est une réaction commune au métabolisme17. En particulier, les acides aminés DCs (EC 4.1.1) sont exemptes de cofacteur (pyruvoyl-dépendante) ou enzymes PLP-dépendantes et catalyser la décarboxylation des acides aminés dans les polyamines correspondants chez les bactéries et supérieur organismes18,19 , 20 , 21 , 22. les mono – et dihydroxy composés (Figure 3) 47, 1011 correspondent aux hydroxylés cadavérine, la diamine obtenue par décarboxylation de la L-lysine. La cadavérine est une composante clée pour l’industrie chimique, plus précisément, c’est un composant de polymères polyamide et polyuréthane. Par conséquent, production bio de cette diamine provenant de ressources renouvelables a attiré l’attention comme une alternative à la route à base de pétrole, et divers micro-organismes ont été conçus à cet effet. Dans ces voies métaboliques, lysine DC (PMA) est l’enzyme clé. PMA est une enzyme dépendante du PLP, appartenant à la famille alanine racémase (AR) structurel23. Les contrôleurs de domaine de PLP-dépendantes (PLP-DCs) sont connus pour être fortement axée sur le substrat. Cependant, quelques enzymes possèdent la capacité de la promiscuité légère, étant actif vers acides aminés aussi bien L-lysine et L-ornithine, comme par exemple la PMD à partir de Selenomonas rumirantium (LDCSrum), qui a des constantes cinétiques similaires pour lysine et ornithine décarboxylation24,25. Ce substrat étendu spécificité fait cette enzyme un bon candidat pour la décarboxylation des mono – et di-hydroxy-L-lysine. En outre, pour trouver DCs active vers les dérivés hydroxyles de lysine, nous avons examiné le contexte génomique des gènes codant les enzymes αKAO. En effet, dans les génomes procaryotes les gènes codant les enzymes impliquées dans la biosynthèse des même sont généralement conjointement localisés dans des groupes de gènes. Le gène KDO2 (à partir de Chitinophaga pinensis) a été trouvé Co localisé avec un gène codant putatif PLP-DC (Figure 2). En revanche, aucun gène codant la DC n’a été trouvé en analysant le contexte génomique de la dioxygénase KDO1. La protéine PLP-DC de c. pinensis (DCCpin) fut donc choisie comme un candidat prometteur pour catalyser l’étape de la décarboxylation de la réaction en cascade.

Figure 2
Figure 2 : contexte génomique du gène KDO2 dans c. pinensis. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.

Par conséquent, nous avons conçu des réactions enzymatiques cascade dioxygénases et DCs pour réaliser la synthèse d’alcools aliphatiques chiraux β – et γ-amino acides aminés (Figure 3). Comme indiqué précédemment, l’oxydation de C-H, catalysée par la αKAO introduit le centre stéréogène substituant hydroxy avec diastéréosélectivité total ; la chiralité Cβ/γ est préservée dans l’étape décarboxylante, qui affecte uniquement le carbone Cα des acides aminés portion16.

Figure 3
Figure 3 : analyse rétrosynthétique. Retrosynthesis (A) de β – et γ-aminoalcools (R) – 1, 5 – diaminopentan-2-ol (4) (5R) – hydroxy – L-Lysine et le (S) – 1, 5 – diaminopentan-2-ol (5) et 1, 5-diaminopentan-3-ol (6) de L-lysine. (B) Retrosynthesis de β, γ et β, δ-amino diols (2S, 3S) – 1, 5 – diaminopentane-2, 3-diol (10) et (2R, 4S) – 1,5 – diaminopentane-2, 4-diol (11) à partir de (5R)- hydroxy-L-lysine et 2R, 3R– 1,5 – diaminopentane-2, 3-diol (7) à partir de L-lysine. S’il vous plaît cliquez ici pour visionner une version agrandie de cette figure.

À partir de L-lysine et ses 5R-dérivé hydroxylé, nous rapportons ici un deux/trois étape, un pot, procédure enzymatique combinant dioxygénases et PLP-DCs pour obtenir la cible aminoalcools. Avant la synthèse à l’échelle du laboratoire des molécules cibles, la méthode a été développée à l’échelle analytique pour ajuster les conditions de réaction, par exemple, les concentrations de l’enzyme, nécessaires pour permettre la conversion complète de produits de départ ; Nous présentons cette procédure aussi bien.

Protocol

1. préparation enzymatique Express et purifier les protéines comme décrit précédemment26.Remarque : Les protéines recombinantes ont été obtenus avec les concentrations finales suivantes : αKAO Catenulispora acidiphila, UniProtKB ID : C7QJ42 (KDO1), 1,35 mg/mL ; ΑKAO de c. pinensis, UniProtKB ID : C7PLM6 (KDO2), 2,29 mg/mL ; PLP-DCs de S. rumirantium, UniProtKB ID : O50657 (LDCSrum), cellule libre extrait avec de l’enzyme totale…

Representative Results

Nous avons déjà rapporté la synthèse des mono – et di-hydroxy-L-lysines par diastéréosélective hydroxylation enzymatique catalysée par dioxygénases du fer (II) / αKAO famille (Figure 1)16. Afin d’optimiser le protocole des cascades ensemble présenté ici, qui combinent une ou deux étapes d’hydroxylation catalysées par une αKAO suivie d’une étape de décarboxylation catalysée par un PLP-DC, les conditions de réact…

Discussion

Dérivés et des aminoalcools chiraux ont un large éventail d’applications, allant des auxiliaires chiraux pour la synthèse organique à la thérapie pharmaceutique. Synthèse en plusieurs étapes de fabrication d’aminoalcools par synthèse organique classique sont nombreux, mais peut ne pas être efficace à cause de mesures de protection/déprotection fastidieux ainsi qu’un contrôle sensible de la stéréochimie16. Une approche BIOCATALYTIQUE qui distribue avec les mesures de protection…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Les auteurs remercient Véronique de Berardinis pour discussion fructueuse et Alain Perret, Christine Pellé et Peggy Sirvain pour le support technique.

Materials

HEPES Sigma Aldrich H3375
L-lysine hydrochloride Sigma Aldrich L5626
(5S)-hydroxy-L-lysine Sigma Aldrich GPS NONH Out sourcing
α-ketoglutaric acid Sigma Aldrich 75892
Sodium ascorbate Sigma Aldrich A7631
Ammonium Iron(II) sulfate hexahydrate Acros 201370250
Pyridoxal phosphate (PLP) Sigma Aldrich 82870
3,4-dimercaptobutane-1,2-diol (DTT) Sigma Aldrich D0632
1-fluoro-2,4-dinitrobenzene (DNFB) Sigma Aldrich D1529
Ethanol VWR 20825.290
Sodium hydrogen carbonate Sigma Aldrich 71631
HCl 37% Sigma Aldrich 435570
HCl 0.1M Fluka 35335
Acetonitrile HiPerSolv CHROMANORM for LC-MS VWR 83640.320
2,2,2-trifluoroacetic acid VWR 153112E
Ammonia 28% VWR 21182.294
Methanol HiPerSolv CHROMANORM for LC-MS VWR 83638.32
Formic acid Acros 270480010
Phosphoric acid 85% Acros 201145000
Deuterium oxide Acros 320,710,075
NaOH Sigma Aldrich S5881
C18 HPLC column Phenomenex 00F-4601-Y0
Accela UHPLC System ThermoFisher Scientific
Accela PDA detector ThermoFisher Scientific
4mm syringe filters – 0,22µm – PVDF Merck SLGVR04NL
Single-use tuberculin syringe with ml graduation, Luer tip VWR HSWA5010.200V0
Cation exchange resin 100-200 mesh Sigma Aldrich 217506
Mixed mode cation-exchange solid-phase extraction cartridge 6 mL Waters 186000776
Extraction manifold Waters WAT200609
Rotary evaporator Büchi 531-0103
Lyophilizer alpha 1-2 LDplus Christ L083302
Micropipette 20 µL Eppendorf 3121000031
Micropipette 100 µL Eppendorf 3121000074
Micropipette 500 µL Eppendorf 3121000112
Micropipette 1000 µL Eppendorf 3121000120
300 MHz spectrometer Bruker
2 mL microtube CLEARLine CL20.002.0500
50 mL conical-bottom centrifuge tube Fischer Scientific 05-539-8
25 mL round-bottom flask 14/23 Fischer Scientific 10353331
100 mL round-bottom flask 29/32 Fischer Scientific 11786183
250 mL round-bottom flask 29/32 Fischer Scientific 11786183
250 mL erlenmeyer flask Fischerbrand 15496143

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Cite This Article
Fossey-Jouenne, A., Vergne-Vaxelaire, C., Zaparucha, A. Enzymatic Cascade Reactions for the Synthesis of Chiral Amino Alcohols from L-lysine. J. Vis. Exp. (132), e56926, doi:10.3791/56926 (2018).

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