İnsan kaynaklı pluripotent kök hücreler (hiPSC), ilaç ve kimyasal tarama için ve nörotoksisiteyi de içeren toksisite testi için yeni in vitro modellerin geliştirilmesi için güçlü bir araç olarak düşünülür. Burada, hiPSC'lerin nöronlara ve glia'ya diferansiyelleştirilmesi için ayrıntılı bir protokol anlatılmıştır.
İnsan pluripotent kök hücreleri, insan kaynaklı in vitro toksisite deneylerine uygulanabilen çeşitli hücre tiplerine ayrılabilir. En önemli avantajı, insan kaynaklı pluripotent kök hücreler (hiPSC) üretmek için somatik hücrelerin yeniden programlanmasının, insan embriyonik kök hücrelerinin (hESC'ler) kullanımıyla ilgili etik ve yasama konularından kaçınmasıdır. HiPSC'ler, toksisite testi için ve özellikle de nörotoksite dahil olan farklı yolların değerlendirilmesi için test sistemleri olarak işlev gören, nöronal ve glial hücrelere farklı tiplerde genişletilebilir ve etkili şekilde ayırt edilebilir. Bu çalışma hiPSC'lerin nöronal ve glial hücrelerin karışık kültürlerine ayrılması için bir protokolü açıklamaktadır. Nöronal farklılaştırma ile düzenlenen ve / veya aktive edilen sinyal yolları tanımlanmıştır. Bu bilgi, hücre modelinin yeni toksisite testi paradigmasına uygulanması için kritiktir; burada, kimyasalların,Rturb biyolojik yollar. Konseptin bir kanıtı olarak, mitokondriyal solunum kompleksi I'in bir inhibitörü olan rotenon, oksidatif strese karşı antioksidan-tepki-element- (ARE) tarafından tetiklenen hücresel savunma mekanizmasının anahtar regülatörü Nrf2 sinyal yolağının aktivasyonunu değerlendirmek için kullanılmıştır .
ABD Ulusal Araştırma Konseyi raporu 1, düzenleyici toksisite testinin, hayvanlarda görülen fenotipik değişikliklere dayalı bir yaklaşımdan , insan hücrelerini kullanarak mekanik in vitro deneylere odaklanan bir yaklaşıma kaydırılmasını öngören yeni bir toksisite testi paradigması öngördü. Elde edilen hücreler, insan dokularının fizyolojik koşullarına daha yakından benzeyebilir ve kimyasal kaynaklı olumsuz etkileri incelemek için daha alakalı araçlar sağlayabileceğinden, çok hücreli kök hücre (PSC) türevleri kanser hücresi modellerine alternatif olabilir. Toksisite testi için en umut vericidir PSC kültürlerinin iki ana türü, şu anda temel araştırma ve rejeneratif tıp alanlarında yaygın olarak kullanılan insan embriyonik kök hücrelerinden (hESC'ler) ve insan kaynaklı pluripotent kök hücrelerden (hiPSC'ler) oluşur 2 , 3 . Bu uzmanlık artık toksikoloğun yeni bir sınıfının geliştirilmesi için kullanılabilirIn vivo advers etkilerin gelişimi ile ilgili rahatsız edici fizyolojik yolları belirlemeyi amaçlayan in vitro deneyler. Bununla birlikte, hESC'lere dayanan düzenleyici güvenlik değerlendirmeleri için test yöntemleri, muhtemel etik kaygılardan ve embriyo kaynaklı hücrelerin kullanımını düzenleyen çeşitli ulusal yasama politikalarından dolayı tüm AB Üyesi Devletler tarafından ve dünya ülkelerince kabul edilmeyecektir.
HiPSCs, hESC 4 , 5'e benzer özellikleri paylaşır ve hem tedavi hedeflerini tanımlamak hem de güvenlik değerlendirmeleri için in vitro yöntemler için büyük potansiyel taşır. Buna ek olarak, hiPSC teknolojisi, sınırlı bir donör havuzun kısıtlamalarını ve embriyo kökenli hücrelerle bağlantılı etik kaygıları hafifletir. HiPSC'ler için büyük bir zorluk, bu hücrelerin, toksikolojik olarak ilgili hücre türevleri,Insan dokularına özgü karakteristikler ve tepkilerle. Seçilen belirteçlerin önceden tanımlanmış seviyeleri genellikle hücre popülasyonlarını farklılaşma sürecinden sonra karakterize etmek için ve farklılaşma sürecinin kararlılığı hakkında bilgi sağlamak için kullanılır.
Önceki çalışmalar, hiPSC'lerin nöronal ve glial hücrelerin karışık kültürlerini üretmeye uygunluğunu ve mitotondrial solunum kompleksi I inhibitörü olan rotenonun, antioksidan savunma mekanizmalarının anahtar bir düzenleyicisi olan Nrf2 yolağının aktivasyonu üzerindeki etkilerini değerlendirdi. Birçok hücre tipi 6 , 7 .
Bu çalışma, hiPSC'lerin karışık nöronal ve glial kültürlere ayrılması için kullanılan ve nöronal / glial diferansiyasyon üzerine aktive edilen sinyal yolları (gen ve protein seviyesi) hakkında ayrıntılar sağlayan bir protokolü açıklamaktadır. Buna ek olarak, çalışma, bunun nasılHiPSC türevi nöronal ve glial hücre modeli oksitlenme stres indüksiyonunun değerlendirilmesine izin veren, rotenon ile akut (24 saat) tedaviyle indüklenen Nrf2 sinyal aktivasyonunu değerlendirmek için kullanılabilir.
IMR90 fibroblastları, pMIG vektörleri 6 kullanılarak 2 transkripsiyon faktörünün (Oct4 ve Sox2) viral transdüksiyonuyla I-Stem'de (Fransa) hiPSC'lere yeniden programlandı. Benzer hiPSC modelleri de uygulanabilir. Aşağıda açıklanan protokoller, hiPSClerin sinir kök hücrelerine (NSC'ler) ve daha sonra mitotik sonrası nöronların ve glial hücrelerin karışık kültürlerine ayrılmasının tüm aşamalarını özetler (adım 1 ve 2, ayrıca ayrıntılı bir açıklama için EURL ECVAM DBALM web sitesine bakın) Protokol) 8 .
NSC'lerin karışık nöronlara ve glial hücrelere ayrılması, genişletilmesi, kriyoprezervasyonu ve daha ileri farklılaşması için ek bir protokol, 3. ve 4. adımlarda detaylandırılmıştır (aynı zamanda EURL ECVAM DBALM'eBu protokolün ayrıntılı bir açıklaması için bsite) 9 . Adım 5, taahhüt ve farklılaşma aşamalarında hücrelerin fenotipik kimliğini değerlendirmek için yapılabilecek analizleri açıklar.
Bu çalışma, IMR90-hiPSC'lerin post mitotik nöronlar ve glial hücrelere diferansiyelleştirilmesi için sağlam ve nispeten hızlı bir protokolü açıklamaktadır. HESC'lere ve hiPSC'lere dayalı daha önce yayınlanmış nöronal farklılaşma protokolleri genellikle yüksek yüzdeli nöral öncüllerin 25 , 26 ve anlamlı sayıda nöronal hedef hücreleri 27 , 28 , 29 , 30 , 31 , 32 , 33 getirir. Benzer şekilde, burada açıklanan farklılaşma protokolü, glia ve nestin + hücrelerinin ayrı bir oranı ile birlikte heterojen kültür GABAergic, glutamaterjik ve dopaminerjik nöronal hücreler üretmek için uygundur. Glutamaterjik (~% 35-42) ve GABAerjik (~% 15-20) sinir hücrelerinin varlığı,Bu kültür, ön beyin, kortikal benzeri özellikler taşır ve ayrı sayıda dopaminerjik nöronların varlığı (~% 13-20) orta beyin özgüllüğünü de gösterebilir. Buna ek olarak, nestin + hücrelerinin mütevazı bir oranının kalıcılığı, nörogenezin çalışılması ve öncelikle ön beyin 34'ün hipokampus ve subventriküler bölgesi (SVZ) ile sınırlı olan NSC'ler üzerindeki kimyasalların olası etkileri için uygun olduğunu ispatlayabilir. Daha ileri immünositokimyasal ve gen ekspresyon analizleri, farklılaşmış hücre türevlerinin bölgesel özgüllüğünü daha iyi tanımlamaya yardımcı olur.
Bu belgede tanımlanan farklılaştırma protokolündeki en kritik adımlar şunlardır: (i) hiPSC kolonilerinin homojen fragmanlara (homojen boyutlara sahip EB'lerin üretilmesi için kritik önemi olan) kesilmesi ve (ii) nöroektodermal yapıların kesilmesi (rozetler ), Önemli manuel beceri gerektiren NSC farklılaştırması içinVe farklılık üzerine elde edilen nöronların ve glial hücrelerin oranlarını azaltabilecek mesodermal ve endodermal hücrelerin toplanmasını önlemek için hassasiyet.
Genişleme sırasında (tanımlanmamış koloniler veya NSC'ler olarak) hücrelerin fenotiplerini karakterize etmek ve tüm farklılaşma adımları boyunca önemlidir. Özellikle, nöronal / glial hücre türevlerinin gen ve protein ekspresyon profilleri, nöronla ilgili sinyal yollarının upregülasyonunu ve aktivasyonunu göstermekle birlikte pluripotens belirteçlerinin ekspresyonu azaltılmalıdır.
EB'lerin ve nöroektodermal türevlerin (rozetlerin) üretimi elle zorluk çekebilir ve değişkenliğe eğilimli olabilir. Bu nedenle, rozet türevi NSC'lerin genleşmesi ve nöronal / glial hücrelere daha da farklılaşması için bir protokol geliştirdik.
Bu farklılaşma protokolünün olası sınırlamaları esas olarak (i) d'nin nispeten düşük yüzdesi(Ii) olgun nöronal ağ fonksiyonlarının olmaması (patlama olmaması ile gösterildiği gibi). Dahası, astrositlerin spesifik alt popülasyonları birincil öncü veya NSC olarak işlev görebilir 35 . Bu farklılaşmış hücre kültüründe nestin / GFAP çift pozitif hücreler gözlenmemiştir (veriler gösterilmemiştir), bu karışık kültürlerdeki GFAP + hücrelerinin astrositik progenitler ve astrositler olduğu varsayılmıştır. Farklılaşmanın zamanını uzatarak astrositlerin sayısı artabilir ve bunların morfolojisi daha önce Zhang'ın 36 , 37.'deki önceki çalışmalar tarafından da gösterildiği gibi daha olgunlaşabilir.
Yeni toksisite testi paradigmasında, kimyasal adversiteyi değerlendirirken biyolojik yolların kimyasal kaynaklı bozulmalara ilişkin bilgi çok önemlidir. Bu nedenle, in vitro test sistemleri,Olumsuz sonuç yolağı (AOP) kavramına göre, yan etkileri sinyal yollarının bozulmalarıyla ilişkilendirin. Bir kanıt ispatı olarak rotenon, oksidatif veya elektrofilik strese karşı hücresel savunmaya katılan Nrf2 yolağının aktivasyonunu değerlendirmek için kullanılabilir 38 ve oksidatif stres, çeşitli AOP'lerde önemli ve ortak bir anahtar olaydır. Gelişimsel ve erişkin nörotoksisite 39 .
Rotenon, Nrf2 protein nükleer translokasyonu ve NQO1 ve SRXN1 dahil olmak üzere Nrf2 hedef enzimlerin artmış ekspresyonu ile gösterilebilen Nrf2 yolağının aktivasyonunu sağlamalıdır. Rotenonun, astrosit aktivasyonunu gösteren 40 ila 41 arası doz bağımlı GFAP protein seviyeleri artışı indüklediği bulunmuştur. Rotenone ayrıca dopaminerjik (TH + ) hücrelerinin sayısını azaltmakta olup previ ile uyumludurBu tür nöronlar özellikle oksitlenme stresine duyarlı oldukları için, rotenona bağımlı dopaminerjik hücre ölümünü gösteren in vitro ve in vivo çalışmalar Bu , 21 , 22 , 23 .
Sonuç olarak, bu hiPSC kaynaklı nöronal ve glial hücre kültürü modeli, Nrf2 yolağının aktivasyonuyla sonuçlanan oksidatif stres yaratan kimyasalların nörotoksik etkilerini değerlendirmek için değerli bir araçtır. Bu farklılaşma protokolü, nöronal hücrelerin karışık kültürlerinin (GABAerjik, dopaminerjik ve glutamaterjik nöronlar) ve astrositlerin üretilmesine izin verdiğinden, nörodejeneratif hastalıklar gibi fizyolojik ve patolojik koşullarda nöronlar ve glia arasındaki karışma incelemesine uygun olabileceğini kanıtlayabilir Örneğin Parkinson hastalığı). Dahası, NSC'lerin önemli bir bölümünün varlığı, kimyasalların sinirsel progresyona olası etkilerini değerlendirmeye yardımcı olabilirKimyasal nedenli mutasyonların veya viral enfeksiyonların ana hedefi olarak bilinen enitorler 42 .
The authors have nothing to disclose.
Yazarlar IMR90-hiPSC'leri sağlamak için Dr. Marc Peschanski'ye (I-Stem, Évry, Fransa) teşekkür etmek istiyor; Giovanna Lazzari ve Dr. Silvia Colleoni (Avantea srl, Cremona, İtalya); Simone Haupt (Bonn Üniversitesi, Almanya); Tiziana Santini (İtalyan Teknoloji Enstitüsü, Roma), immünofloresan boyama değerlendirmesine ilişkin tavsiyelerde bulundu; Dr. Benedetta Accordi, Dr. Elena Rampazzo ve Dr. Luca Persano (Padua Üniversitesi, İtalya), RPPA analizine ve antikor doğrulamasına katkılarından ötürü. Finansman: Bu çalışma AB fonlu "SCR & Tox" projesi (Hibe Anlaşması N ° 266753) tarafından desteklendi.
Complete hiPSC medium: | |||
mTeSR1 Basal Medium | Stem Cell Technologies | 05851 | (Step 1.2.6). Complete mTeSR1 is stable when stored at 2 – 8°C for up to 2 weeks. 5X Supplements can be dispensed into working aliquots and stored at -20°C. Use frozen aliquots within 3 months. |
mTeSR1 5X Supplements | Stem Cell Technologies | 05852 | |
Matrigel hESC-qualified Matrix | Corning | 354277 | 1:100 (Step 1.1). Thaw Matrigel on ice, prepare 200 ul aliquots and store them in -80°C. For coating, dilute 200ul aliquot in 20 ml of DMEM/F12 medium. |
CryoStem Freezing Medium | Stemgent | 01-0013-50 | Freeze ~ 100 fragments/250 ul/vial (Step 1.2.1) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
hiPSC EB medium: | |||
Knockout DMEM | Thermo-Fisher | 10829-018 | (Step 2.1.7) |
Knockout Serum Replacement (KOSR) | Thermo-Fisher | 10828-028 | 20% final concentration (Step 2.1.7) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 2.1.7) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.1.7) |
L-Glutamine 200 mM Solution | Thermo-Fisher | 25030-081 | 2 mM final concentration (Step 2.1.7) |
β-Mercaptoethanol | Thermo-Fisher | 31350-010 | 50 µM final concentration (Step 2.1.7) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Complete neuroepithelial induction medium (NRI): | |||
DMEM/F12 | Thermo-Fisher | 3133-038 | (Step 2.3.1) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 2.3.1) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 2.3.1) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.3.1) |
Heparin Grade I-A, ≥180 USP units/mg | Sigma-Aldrich | H3149-100KU | 2 µg/ml final concentration (Step 2.3.1) |
bFGF | Thermo-Fisher | 13256-029 | 20 ng/ml final concentration added before use (Step 2.3.1) |
Matrigel Basement Membrane Matrix | Corning | 354234 | 1:100 (Step 2.2). Thaw Matrigel on ice, prepare 200 ul aliquots and store them in -80°C. For coating, dilute 200 ul aliquot in 20 ml of cold DMEM/F12 medium. |
Laminin | Sigma-Aldrich | L2020 | 1:100 (Step 2.2). Dilute in PBS 1X. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Complete Neuronal Differentiation medium (ND): | |||
Neurobasal Medium | Thermo-Fisher | 21103049 | (Step 2.4.11) |
B-27 Supplements (50x) | Thermo-Fisher | 17504044 | (Step 2.4.11) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 2.4.11) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.4.11) |
GDNF | Thermo-Fisher | PHC7045 | 1 ng/ml final concentration. Added before use. (Step 2.4.11) |
BDNF | Thermo-Fisher | PHC7074 | 2.5 ng/ml final concentration. Added before use. (Step 2.4.11) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Neural induction medium (NI): | |||
DMEM/F12 | Thermo-Fisher | 3133-038 | (Step 3.3) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 3.3) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 3.3) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 3.3) |
Heparin Grade I-A, ≥180 USP units/mg | Sigma-Aldrich | H3149-100KU | 2 µg/ml final concentration (Step 3.3) |
B-27 Supplement (50X), minus vitamin A | Thermo-Fisher | 12587010 | (Step 3.3) |
L-Glutamine 200 mM Solution | Thermo-Fisher | 25030-081 | 2 mM final concentration (Step 3.3) |
bFGF | Thermo-Fisher | 13256-029 | 10 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
EGF | Thermo-Fisher | PHG6045 | 10 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
BDNF | Thermo-Fisher | PHC7074 | 2.5 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
Defined Trypsin Inhibitor (DTI) | Thermo-Fisher | R007-100 | Pre-warm at 37°C. Add an equal amount of DTI to Trypsin-EDTA (Step 3.10) |
Trypsin-EDTA (0.5%), no phenol red | Thermo-Fisher | 15400054 | 1:10. Dilute Trypsin-EDTA in PBS 1x (without calcium and magnesium), pre-warm the solution at 37°C (Step 3.8) |
CryoStor cell cryopreservation medium | Sigma-Aldrich | C2874-100ML | (Step 4.2) |
Trypan Blue (0.4%) | Sigma-Aldrich | T8154-100ML | multiple manufacturers/suppliers |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
TaqMan Probesets and reagents for gene expression analysis: | |||
RNAqueous-Micro kit | Thermo-Fisher | AM1931 | (Step 5.1.6) |
High Capacity cDNA Reverse Transcription Kits | Thermo-Fisher | 4368814 | |
TaqMan Gene Expression Master Mix | Thermo-Fisher | 4369016 | |
GFAP | Thermo-Fisher | Hs00909233_m1 | |
MAP2 | Thermo-Fisher | Hs00258900_m1 | |
NQO1 | Thermo-Fisher | Hs02512143_s1 | |
SRXN1 | Thermo-Fisher | Hs00607800_m1 | |
HMOX1 | Thermo-Fisher | Hs01110250_m1 | |
GSR | Thermo-Fisher | Hs00167317_m1 | |
PAX6 | Thermo-Fisher | Hs01088112_m1 | |
NES | Thermo-Fisher | Hs00707120_s1 | |
GRIA1 | Thermo-Fisher | Hs00181348_m1 | |
GAP43 | Thermo-Fisher | Hs00967138_m1 | |
GABRA3 | Thermo-Fisher | Hs00968132_m1 | |
GABRA1 | Thermo-Fisher | Hs00168058_m1 | |
NR4A2 | Thermo-Fisher | Hs00428691_m1 | |
TH | Thermo-Fisher | Hs00165941_m1 | |
GAPDH | Thermo-Fisher | Hs02758991_g1 | |
ACTB | Thermo-Fisher | Hs99999903_m1 | |
MAPT | Thermo-Fisher | Hs00902194_m1 | |
SYP | Thermo-Fisher | Hs00300531_m1 | |
NANOG | Thermo-Fisher | Hs04260366_g1 | |
POU5F1 (OCT4) | Thermo-Fisher | Hs04195369_s1 | |
SOX1 | Thermo-Fisher | Hs01057642_s1 | |
AFP | Thermo-Fisher | Hs00173490_m1 | |
KRT18 | Thermo-Fisher | Hs01941416_g1 | |
NPPA | Thermo-Fisher | Hs00383230_g1 | |
T | Thermo-Fisher | Hs00610080_m1 | |
NCAM1 | Thermo-Fisher | Hs00941821_m1 | |
NR4A1 | Thermo-Fisher | Hs00374226_m1 | |
PHOX2A | Thermo-Fisher | Hs00605931_mH | |
PHOX2B | Thermo-Fisher | Hs00243679_m1 | |
NARG2 | Thermo-Fisher | Hs00973298_g1 | |
SLC18A3 | Thermo-Fisher | Hs00268179_s1 | |
SLC5A7 | Thermo-Fisher | Hs00222367_m1 | |
ISL1 | Thermo-Fisher | Hs00158126_m1 | |
LHX3 | Thermo-Fisher | Hs01033412_m1 | |
TaqMan Human Protein Kinase Array | Thermo-Fisher | 4418721 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies and reagents for immunostaining: | |||
B-III-tubulin (Tuj1) | Covance | MMS-435P | 1:500 (Step 5.2.5). Other antibodies may also be used. |
MAP2 | Sigma Aldrich | M4403 | 1:500 |
NF200 | Sigma Aldrich | N4142 | 1:1000 |
GFAP | Acris Antibodies GmbH | AP02002SU-N | 1:500 |
Nestin | Sigma-Aldrich | N5413 | 1:200 |
synaptophysin (SYN) | Abcam | AB14692 | 1:200 |
Tau | Thermo-Fisher | MA5-12808 | 1:100 |
Nrf2 | Abcam | AB62352 | 1:200 |
Keap1 | Abcam | AB66620 | 1:200 |
sulfiredoxin1 (SRXN1) | Abcam | AB92298 | 1:200 |
NAD(P)H quinone oxidoreductase 1 (NQO1) | Abcam | AB2346 | 1:200 |
OCT4 | Millipore | MAB4401 | 1:100 |
SSEA3 | Millipore | MAB4303 | 1:100 |
Tra1-60 | Millipore | MAB4360 | 1:250 |
Tyrosine hydroxylase (TH) | Millipore | AB152 | 1:200 |
Gamma-aminobutyric acid (GABA) | Sigma-Aldrich | A0310 | 1:100 |
Vesicular glutamate transporter 1 (VGlut1) | Abcam | AB72311 | 1:500 |
Paraformaldehyde | Sigma-Aldrich | P6148-500G | 4% (4% formaldehyde can also be used) |
DPBS, no calcium, no magnesium | Thermo-Fisher | 14190144 | |
Triton-X-100 Solution | Sigma-Aldrich | 93443-100ML | 0.1% |
BSA 35% | Sigma-Aldrich | A7979-50ML | 3.5% |
Donkey anti-Rabbit IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 594 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10040 | 1:500. (Step 5.2.7) Other fluorochrome-conjugated secondary antibodies may also be used. In this case, appropriate dilutions should be tested by the enduser. |
Donkey anti-Mouse IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 488 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10166 | 1:500 |
Donkey anti-Goat IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 488 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10086 | 1:500 |
DAPI Solution (1 mg/ml) | Thermo-Fisher | 62248 | 1:1000 (Step 5.2.7) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies for Reverse Phase Protein Array (RPPA): | |||
4E-BP1 (S65) | Abcam | AB81297 | 1:250 (Note after step 5.2.8) |
Akt (T308) | Cell Signaling | 9275 | 1:100 |
Akt (S473) | Cell Signaling | 9271 | 1:100 |
AMPKalpha (T172) | Cell Signaling | 2531 | 1:100 |
AMPKbeta1 (S108) | Cell Signaling | 4181 | 1:100 |
ATF-2 (T71) | Cell Signaling | 9221 | 1:100 |
c-Jun (S63) | Cell Signaling | 9261 | 1:200 |
c-Jun (S73) | Cell Signaling | 9164 | 1:200 |
c-Kit (Y719) | Cell Signaling | 3391 | 1:250 |
CREB (S133) | Cell Signaling | 9191 | 1:100 |
EGFR (Y1068) | Cell Signaling | 2234 | 1:50 |
ErbB2/HER2 (Y1248) | Cell Signaling | 2247 | 1:100 |
ERK 1/2, p44/42 (T202/Y204) | Cell Signaling | 9101 | 1:2000 |
GSK-3alpha (S21) | Cell Signaling | 9337 | 1:50 |
Jak1 (Y1022/1023) | Cell Signaling | 3331 | 1:100 |
Lck (Y505) | Cell Signaling | 2751 | 1:500 |
LKB1 (S428) | Cell Signaling | 3051 | 1:100 |
mTOR (S2448) | Cell Signaling | 5536 | 1:100 |
NFkB p65 (S536) | Cell Signaling | 3031 | 1:50 |
p70 S6 Kinase (T389) | Cell Signaling | 9205 | 1:200 |
PDK1 (S241) | Cell Signaling | 3061 | 1:100 |
PKA C (T197) | Cell Signaling | 4781 | 1:250 |
PRAS40 (T246) | BioSource | 44-1100 | 1:2000 |
PTEN (S380) | Cell Signaling | 9551 | 1:500 |
Smad1 (S463/465), Smad5 (S463/465), Smad8 (S426/428) | Cell Signaling | 9511 | 1:500 |
Src (Y527) | Cell Signaling | 2105 | 1:500 |
Src Family (Y416) | Cell Signaling | 2101 | 1:200 |
Stat1 (Y701) | Cell Signaling | 9171 | 1:200 |
Stat3 (S727) | Cell Signaling | 9134 | 1:200 |
Zap-70 (Y319) | Enogene | E011159 | 1:100 |
βCatenin (S33/37/T41) | Cell Signaling | 9561 | 1:250 |
CREB | Upstate Biotechnologies | 06-863 | 1:100 |
Fos B | Cell Signaling | 2251 | 1:200 |
GRB2 | Cell Signaling | 3972 | 1:2000 |
HSP70 | Stressgen | SPA-810 | 1:100 |
c-Jun | Cell Signaling | 9165 | 1:100 |
Kip1/p27 | BD | 610241 | 1:100 |
Lck | Cell Signaling | 2984 | 1:250 |
Mcl-1 | Cell Signaling | 4572 | 1:80 |
Musashi | Cell Signaling | 2154 | 1:100 |
NOTCH1 | Cell Signaling | 3439 | 1:100 |
PTEN | Cell Signaling | 9552 | 1:500 |
SGK1 | Abnova | PAB4590 | 1:250 |
Zap-70 | Cell Signaling | 2705 | 1:250 |
β-Catenin | Abcam | AB32572 | 1:1000 |
Dll4 | Abcam | AB7280 | 1:500 |
Shh | Abcam | AB53281 | 1:250 |
HIF-1α | BD | 610958 | 1:50 |
NUMB PAN-ISO | Upstate Biotechnologies | 07-207 | 1:400 |
NUMB-L | Chemicon | AB15145 | 1:750 |
Cyclin B | BD | 610220 | 1:75 |
c-Myc | Calbiochem | OP-10 | 1:100 |
BCIP/NBT Kit | Thermo-Fisher | 002209 | (Note after step 5.2.8). Kit used to measure alkaline phosphatase activity, similar kits can be used. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies for Flow Cytometry: | |||
SSEA1 Antibody, Pacific Blue conjugate | Thermo-Fisher | MHCD1528 | 1:100 (Note after step 5.2.8) |
SSEA4 Antibody (MC813-70), Alexa Fluor 647 | Thermo-Fisher | SSEA421 | 1:100 |
Name | Company | Catalog number | Comments |
Specific instruments, tools and softwares: | |||
Countess Automated Cell Counter | Thermo-Fisher | C10227 | Neubauer chamber or other suitable glass hemocytometer can be used. |
MEA1060-Inv-BC | Multichannel Systems | MEA1060-Inv-BC | (Step 5.3) |
MEA1060-BC control software | Multichannel Systems | MEA1060-BC | (Step 5.3) |
NeuroExplorer | Multichannel Systems | NeuroExplorer (NE) | (Step 5.3) For post-processing of MEA data |
Multielectrode arrays (MEA) | Multichannel Systems | 60MEA100/10iR-Ti-gr | (Step 5.3) Single-well MEA chip |
ArrayScan XTI High Content Platform | Thermo-Fisher | ASN00002P | (Step 5.2.8) Mean fluorescence can be quantified by using specific ArrayScan algorithms (e.g., Cytotoxicity V.4 and NucTrans V.4 bioapplications). It is recommended to take minimum 20 pictures/well, and have 7-8 internal replicates per condition |
7900HT Fast Real-Time PCR System | Thermo-Fisher | 4351405 | (Step 5.1.6) |
BD ULTRA-FINE Needle Insulin Syringe (with 30G needle) | BD | 328280 | (Steps 1.3.1, 2.1.2, and 2.4.1) |
StemPro EZPassage Disposable Stem Cell Passaging Tool | ThermoFisher | 23181010 | This colony cutting tool can be used as an alternative to the use of 30G needle 1 mL syringes (Step 1.3.1) |
Ultra-Low attachment Petri dish (60 mm) | Corning | 10010582 | (Step 2.1.8) Also other brands can be used. |
Mr. Frosty Freezing container | Sigma-Aldrich | C1562-1EA |