Связанные с человеком плюрипотентные стволовые клетки (hiPSC) считаются мощным инструментом для скрининга на наркотики и химические вещества и для разработки новых моделей in vitro для тестирования токсичности, включая нейротоксичность. Здесь описан подробный протокол для дифференциации hiPSCs в нейроны и глии.
Человеческие плюрипотентные стволовые клетки могут дифференцироваться в различные типы клеток, которые могут быть применены к анализу токсичности in vitro человека. Одним из основных преимуществ является то, что перепрограммирование соматических клеток для продуцирования индуцированных человеком стволовых клеток (hiPSC) позволяет избежать этических и законодательных вопросов, связанных с использованием эмбриональных стволовых клеток человека (hESC). HiPSC могут быть расширены и эффективно дифференцированы в различные типы нейронных и глиальных клеток, которые служат в качестве тестовых систем для тестирования токсичности и, в частности, для оценки различных путей, связанных с нейротоксичностью. В этой работе описывается протокол дифференциации hiPSCs в смешанные культуры нейронных и глиальных клеток. Определены сигнальные пути, которые регулируются и / или активируются дифференцированием нейронов. Эта информация имеет решающее значение для применения модели клетки к новой парадигме тестирования токсичности, в которой химические вещества оцениваются на основе их способности к peБиологические пути. В качестве доказательства концепции ротенон, ингибитор митохондриального дыхательного комплекса I, был использован для оценки активации сигнального пути Nrf2, ключевого регулятора антиокислительного реагирующего элемента (ARE) -дренажного клеточного защитного механизма против окислительного стресса ,
В докладе Национального исследовательского совета США 1 предусматривалась новая парадигма тестирования токсичности, в которой нормативное тестирование токсичности было бы смещено от подхода, основанного на фенотипических изменениях, наблюдаемых у животных, к подходу, ориентированному на механистические анализы in vitro с использованием человеческих клеток. Производные плурипотентных стволовых клеток (PSC) могут представлять собой альтернативы моделям раковых клеток, поскольку полученные клетки могут более близко напоминать физиологические условия тканей человека и предоставлять более подходящие инструменты для изучения химически индуцированных побочных эффектов. Двумя основными типами культур PSC, наиболее перспективными для тестирования на токсичность, являются эмбриональные стволовые клетки человека (hESC) и индуцированные человеком плюрипотентные стволовые клетки (hiPSC), которые в настоящее время широко используются в областях фундаментальных исследований и регенеративной медицины 2 , 3 . Теперь этот опыт может быть использован для разработки нового класса токсикологическихКоторые были направлены на выявление нарушенных физиологических путей, связанных с развитием неблагоприятных эффектов in vivo . Тем не менее, методы испытаний для оценки безопасности безопасности, основанные на hESC, вряд ли будут приняты всеми государствами-членами ЕС и странами мира из-за возможных этических проблем и разнообразной национальной законодательной политики, регулирующей использование клеток, полученных из эмбрионов.
HiPSCs разделяют характеристики, подобные hESCs 4 , 5, и обладают большим потенциалом для методов in vitro как для определения терапевтических целей, так и для оценки безопасности. Кроме того, технология hiPSC смягчает ограничения ограниченного пула доноров и этические проблемы, связанные с клетками, полученными из эмбрионов. Основной проблемой для hiPSC является демонстрация того, что эти клетки могут воспроизводимо генерировать значительный спектр токсикологически значимых клеточных производных,С характеристиками и ответами, характерными для тканей человека. Предопределенные уровни выбранных маркеров обычно используются для характеристики популяций клеток после процесса дифференциации и для обеспечения понимания стабильности процесса дифференциации.
Предыдущие работы оценивали пригодность hiPSC для создания смешанных культур нейронных и глиальных клеток и для оценки влияния ротенона, ингибитора митохондриального дыхательного комплекса I, на активацию пути Nrf2, ключевого регулятора антиоксидантных защитных механизмов в Многие типы клеток 6 , 7 .
В этой работе описывается протокол, используемый для дифференциации hiPSCs в смешанные нейронные и глиальные культуры, с подробной информацией о сигнальных путях (ген и уровень белка), которые активируются при дифференцировке нейронов / глиальных клеток. Кроме того, в работе показаны репрезентативные результаты, демонстрирующиеМодель нейронов и клеток глиальных клеток hiPSC может использоваться для оценки активации сигнализации Nrf2, вызванной острой (24-часовой) обработкой ротеноном, что позволяет оценить индукцию окислительного стресса.
Фибробласты IMR90 перепрограммировали в hiPSC в I-Stem (Франция) путем вирусной трансдукции 2 транскрипционных факторов (Oct4 и Sox2) с использованием векторов pMIG 6 . Аналогичные модели hiPSC также могут применяться. Описанные ниже протоколы суммируют все этапы дифференциации hiPSC в нервные стволовые клетки (NSC) и далее в смешанные культуры постмитотических нейронов и глиальных клеток (этапы 1 и 2 также см. На веб-сайте EURL ECVAM DBALM для подробного описания Протокол).
Дополнительный протокол для выделения, расширения, криоконсервации и дальнейшей дифференциации НСК в смешанные нейроны и глиальные клетки подробно описан в шагах 3 и 4 (также см. EURL ECVAM DBALM weBsite для подробного описания этого протокола). 9 . Шаг 5 описывает анализ, который можно сделать для оценки фенотипической идентичности клеток в течение нескольких этапов приверженности и дифференциации.
Эта работа описывает надежный и относительно быстрый протокол для дифференциации IMR90-hiPSC в постмитотические нейроны и глиальные клетки. Ранее опубликованные протоколы дифференцировки нейронов на основе hESC и hiPSC обычно дают высокие проценты нейронных предшественников 25 , 26 и значительное количество нейронных клеток-мишеней 27 , 28 , 29 , 30 , 31 , 32 , 33 . Аналогично описанный здесь протокол дифференцирования подходит для генерации гетерогенных культур ГАМКергических, глутаматергических и допаминергических нейронных клеток, а также глии и дискретной доли нестиновых + клеток. Наличие глутаматергических (~ 35-42%) и ГАМКергических (~ 15-20%) нейронных клеток предполагает, чтоЭта культура обладает передним мозгом, кортикальными особенностями, а наличие дискретного числа дофаминергических нейронов (~ 13-20%) также может указывать на специфичность среднего мозга. Кроме того, постоянство умеренной доли нестин + клеток может оказаться подходящим для изучения нейрогенеза и возможных эффектов химических веществ на НСК, которые в основном ограничены как гиппокампом, так и субвентрикулярной зоной (СВЗ) переднего мозга 34 . Дальнейшие анализы на иммуноцитохимические и генные экспрессии помогут лучше определить региональную специфичность дифференцированных клеточных производных.
Двумя наиболее важными шагами в протоколе дифференцирования, описанными в этом документе, являются: (i) разрезание колоний hiPSC на гомогенные фрагменты (что имеет решающее значение для генерации EB с однородными размерами) и (ii) резка нейроэктодермальных структур (розетки ) Для дифференциации НБК, что требует значительного ручного уменияИ точность, чтобы избежать сбора мезодермальных и эндодермальных клеток, которые могут уменьшить пропорции нейронов и глиальных клеток, полученных при дифференцировке.
Крайне важно охарактеризовать фенотипы клеток во время расширения (как недифференцированные колонии или НСК) и на всех этапах дифференциации. В частности, профили экспрессии гена и белка производных нейронов / глиальных клеток должны проявлять повышенную регуляцию и активацию нейронов, связанных с сигнальными путями, тогда как выражение плюрипотентных маркеров должно быть уменьшено.
Генерация EB и нейроэктодермальных производных (розеток) может быть рутинной и подверженной изменчивости. По этой причине мы разработали протокол для расширения NSC розеток и их дальнейшей дифференциации в нейронные / глиальные клетки.
Возможные ограничения этого протокола дифференциации заключаются в основном (i) относительно низкий процент dДифференцированные глиальные производные и (ii) отсутствие зрелых функций нейронной сети (как показывает отсутствие всплесков). Более того, специфические субпопуляции астроцитов могут функционировать в качестве первичных предшественников или НСК 35 . Хотя в этой дифференцированной клеточной культуре (данные не показаны) не наблюдались двухполюсные клетки нестина / GFAP, предполагается, что клетки GFAP + в этих смешанных культурах являются астроцитарными предшественниками и астроцитами. Правдоподобно, что, расширяя время дифференциации, число астроцитов может увеличиваться, и их морфология может стать более зрелой, как уже указывалось в предыдущих работах из группы 36 , 37 Чжан.
В новой парадигме тестирования токсичности знания об индуцированных химическими веществами возмущениях биологических путей имеют огромное значение при оценке химической невзгоды. Поэтому в тестовых системах in vitro должны бытьОтносятся к неблагоприятным последствиям для нарушений сигнальных путей в соответствии с концепцией неблагоприятного пути исхода (АОП). В качестве доказательства концепции ротенон можно использовать для оценки активации пути Nrf2, который участвует в клеточной защите от окислительного или электрофильного стресса 38 , а окислительный стресс является важным и общим ключевым событием в различных АОП, относящихся к Развивающая и нейротоксичность взрослых 39 .
Ротенон должен вызывать активацию пути Nrf2, что может быть продемонстрировано путем транслокации белка Nrf2 белка и повышенной экспрессии ферментов Nrf2-мишеней, включая NQO1 и SRXN1. Было обнаружено, что ротенон вызывает зависящее от дозы увеличение уровней белка GFAP, что указывает на активацию астроцитов 40 , 41 . Rotenone также уменьшает количество допаминергических (TH + ) клеток, что согласуется сИсследования in vitro и in vivo , показывающие гибель ротенон-зависимой гибели дофаминергических клеток, поскольку этот тип нейронов особенно чувствителен к окислительному стрессу 21 , 22 , 23 .
В заключение, эта модель культивирования нейронов и глиальных клеток hiPSC является ценным инструментом для оценки нейротоксических эффектов химических веществ, которые вызывают окислительный стресс, приводящий к активации пути Nrf2. Поскольку этот протокол дифференциации позволяет генерировать смешанные культуры нейронных клеток (ГАМКергические, дофаминергические и глутаматергические нейроны) и астроциты, он может оказаться подходящим для изучения перекрестных помех между нейронами и глиями в физиологических и патологических состояниях, таких как нейродегенеративные заболевания ( Например, болезнь Паркинсона). Более того, наличие значительной доли НСК может помочь оценить возможные последствия химических веществ для нейронных прогКоторые, как известно, являются основной мишенью химически индуцированных мутаций или вирусных инфекций 42 .
The authors have nothing to disclose.
Авторы хотели бы поблагодарить доктора Марка Пещански (I-Stem, Évry, Франция) за предоставление IMR90-hiPSC; Д-р Джованна Лаззари и д-р Сильвия Коллени (Avantea srl, Кремона, Италия); Д-р Симоне Хаупт (Университет Бонна, Германия); Д-р Tiziana Santini (Итальянский технологический институт, Рим) за предоставление рекомендаций по оценке окраски иммунофлюоресценцией; Д-р Бенедетта Аккорди, д-р Елена Рампаццо и д-р Лука Персано (Университет Падуи, Италия) за их вклад в анализ RPPA и проверку антител. Финансирование: эта работа была поддержана финансируемым ЕС проектом «SCR & Tox» (Соглашение о гранте № 266753).
Complete hiPSC medium: | |||
mTeSR1 Basal Medium | Stem Cell Technologies | 05851 | (Step 1.2.6). Complete mTeSR1 is stable when stored at 2 – 8°C for up to 2 weeks. 5X Supplements can be dispensed into working aliquots and stored at -20°C. Use frozen aliquots within 3 months. |
mTeSR1 5X Supplements | Stem Cell Technologies | 05852 | |
Matrigel hESC-qualified Matrix | Corning | 354277 | 1:100 (Step 1.1). Thaw Matrigel on ice, prepare 200 ul aliquots and store them in -80°C. For coating, dilute 200ul aliquot in 20 ml of DMEM/F12 medium. |
CryoStem Freezing Medium | Stemgent | 01-0013-50 | Freeze ~ 100 fragments/250 ul/vial (Step 1.2.1) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
hiPSC EB medium: | |||
Knockout DMEM | Thermo-Fisher | 10829-018 | (Step 2.1.7) |
Knockout Serum Replacement (KOSR) | Thermo-Fisher | 10828-028 | 20% final concentration (Step 2.1.7) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 2.1.7) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.1.7) |
L-Glutamine 200 mM Solution | Thermo-Fisher | 25030-081 | 2 mM final concentration (Step 2.1.7) |
β-Mercaptoethanol | Thermo-Fisher | 31350-010 | 50 µM final concentration (Step 2.1.7) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Complete neuroepithelial induction medium (NRI): | |||
DMEM/F12 | Thermo-Fisher | 3133-038 | (Step 2.3.1) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 2.3.1) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 2.3.1) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.3.1) |
Heparin Grade I-A, ≥180 USP units/mg | Sigma-Aldrich | H3149-100KU | 2 µg/ml final concentration (Step 2.3.1) |
bFGF | Thermo-Fisher | 13256-029 | 20 ng/ml final concentration added before use (Step 2.3.1) |
Matrigel Basement Membrane Matrix | Corning | 354234 | 1:100 (Step 2.2). Thaw Matrigel on ice, prepare 200 ul aliquots and store them in -80°C. For coating, dilute 200 ul aliquot in 20 ml of cold DMEM/F12 medium. |
Laminin | Sigma-Aldrich | L2020 | 1:100 (Step 2.2). Dilute in PBS 1X. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Complete Neuronal Differentiation medium (ND): | |||
Neurobasal Medium | Thermo-Fisher | 21103049 | (Step 2.4.11) |
B-27 Supplements (50x) | Thermo-Fisher | 17504044 | (Step 2.4.11) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 2.4.11) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.4.11) |
GDNF | Thermo-Fisher | PHC7045 | 1 ng/ml final concentration. Added before use. (Step 2.4.11) |
BDNF | Thermo-Fisher | PHC7074 | 2.5 ng/ml final concentration. Added before use. (Step 2.4.11) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Neural induction medium (NI): | |||
DMEM/F12 | Thermo-Fisher | 3133-038 | (Step 3.3) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 3.3) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 3.3) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 3.3) |
Heparin Grade I-A, ≥180 USP units/mg | Sigma-Aldrich | H3149-100KU | 2 µg/ml final concentration (Step 3.3) |
B-27 Supplement (50X), minus vitamin A | Thermo-Fisher | 12587010 | (Step 3.3) |
L-Glutamine 200 mM Solution | Thermo-Fisher | 25030-081 | 2 mM final concentration (Step 3.3) |
bFGF | Thermo-Fisher | 13256-029 | 10 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
EGF | Thermo-Fisher | PHG6045 | 10 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
BDNF | Thermo-Fisher | PHC7074 | 2.5 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
Defined Trypsin Inhibitor (DTI) | Thermo-Fisher | R007-100 | Pre-warm at 37°C. Add an equal amount of DTI to Trypsin-EDTA (Step 3.10) |
Trypsin-EDTA (0.5%), no phenol red | Thermo-Fisher | 15400054 | 1:10. Dilute Trypsin-EDTA in PBS 1x (without calcium and magnesium), pre-warm the solution at 37°C (Step 3.8) |
CryoStor cell cryopreservation medium | Sigma-Aldrich | C2874-100ML | (Step 4.2) |
Trypan Blue (0.4%) | Sigma-Aldrich | T8154-100ML | multiple manufacturers/suppliers |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
TaqMan Probesets and reagents for gene expression analysis: | |||
RNAqueous-Micro kit | Thermo-Fisher | AM1931 | (Step 5.1.6) |
High Capacity cDNA Reverse Transcription Kits | Thermo-Fisher | 4368814 | |
TaqMan Gene Expression Master Mix | Thermo-Fisher | 4369016 | |
GFAP | Thermo-Fisher | Hs00909233_m1 | |
MAP2 | Thermo-Fisher | Hs00258900_m1 | |
NQO1 | Thermo-Fisher | Hs02512143_s1 | |
SRXN1 | Thermo-Fisher | Hs00607800_m1 | |
HMOX1 | Thermo-Fisher | Hs01110250_m1 | |
GSR | Thermo-Fisher | Hs00167317_m1 | |
PAX6 | Thermo-Fisher | Hs01088112_m1 | |
NES | Thermo-Fisher | Hs00707120_s1 | |
GRIA1 | Thermo-Fisher | Hs00181348_m1 | |
GAP43 | Thermo-Fisher | Hs00967138_m1 | |
GABRA3 | Thermo-Fisher | Hs00968132_m1 | |
GABRA1 | Thermo-Fisher | Hs00168058_m1 | |
NR4A2 | Thermo-Fisher | Hs00428691_m1 | |
TH | Thermo-Fisher | Hs00165941_m1 | |
GAPDH | Thermo-Fisher | Hs02758991_g1 | |
ACTB | Thermo-Fisher | Hs99999903_m1 | |
MAPT | Thermo-Fisher | Hs00902194_m1 | |
SYP | Thermo-Fisher | Hs00300531_m1 | |
NANOG | Thermo-Fisher | Hs04260366_g1 | |
POU5F1 (OCT4) | Thermo-Fisher | Hs04195369_s1 | |
SOX1 | Thermo-Fisher | Hs01057642_s1 | |
AFP | Thermo-Fisher | Hs00173490_m1 | |
KRT18 | Thermo-Fisher | Hs01941416_g1 | |
NPPA | Thermo-Fisher | Hs00383230_g1 | |
T | Thermo-Fisher | Hs00610080_m1 | |
NCAM1 | Thermo-Fisher | Hs00941821_m1 | |
NR4A1 | Thermo-Fisher | Hs00374226_m1 | |
PHOX2A | Thermo-Fisher | Hs00605931_mH | |
PHOX2B | Thermo-Fisher | Hs00243679_m1 | |
NARG2 | Thermo-Fisher | Hs00973298_g1 | |
SLC18A3 | Thermo-Fisher | Hs00268179_s1 | |
SLC5A7 | Thermo-Fisher | Hs00222367_m1 | |
ISL1 | Thermo-Fisher | Hs00158126_m1 | |
LHX3 | Thermo-Fisher | Hs01033412_m1 | |
TaqMan Human Protein Kinase Array | Thermo-Fisher | 4418721 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies and reagents for immunostaining: | |||
B-III-tubulin (Tuj1) | Covance | MMS-435P | 1:500 (Step 5.2.5). Other antibodies may also be used. |
MAP2 | Sigma Aldrich | M4403 | 1:500 |
NF200 | Sigma Aldrich | N4142 | 1:1000 |
GFAP | Acris Antibodies GmbH | AP02002SU-N | 1:500 |
Nestin | Sigma-Aldrich | N5413 | 1:200 |
synaptophysin (SYN) | Abcam | AB14692 | 1:200 |
Tau | Thermo-Fisher | MA5-12808 | 1:100 |
Nrf2 | Abcam | AB62352 | 1:200 |
Keap1 | Abcam | AB66620 | 1:200 |
sulfiredoxin1 (SRXN1) | Abcam | AB92298 | 1:200 |
NAD(P)H quinone oxidoreductase 1 (NQO1) | Abcam | AB2346 | 1:200 |
OCT4 | Millipore | MAB4401 | 1:100 |
SSEA3 | Millipore | MAB4303 | 1:100 |
Tra1-60 | Millipore | MAB4360 | 1:250 |
Tyrosine hydroxylase (TH) | Millipore | AB152 | 1:200 |
Gamma-aminobutyric acid (GABA) | Sigma-Aldrich | A0310 | 1:100 |
Vesicular glutamate transporter 1 (VGlut1) | Abcam | AB72311 | 1:500 |
Paraformaldehyde | Sigma-Aldrich | P6148-500G | 4% (4% formaldehyde can also be used) |
DPBS, no calcium, no magnesium | Thermo-Fisher | 14190144 | |
Triton-X-100 Solution | Sigma-Aldrich | 93443-100ML | 0.1% |
BSA 35% | Sigma-Aldrich | A7979-50ML | 3.5% |
Donkey anti-Rabbit IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 594 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10040 | 1:500. (Step 5.2.7) Other fluorochrome-conjugated secondary antibodies may also be used. In this case, appropriate dilutions should be tested by the enduser. |
Donkey anti-Mouse IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 488 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10166 | 1:500 |
Donkey anti-Goat IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 488 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10086 | 1:500 |
DAPI Solution (1 mg/ml) | Thermo-Fisher | 62248 | 1:1000 (Step 5.2.7) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies for Reverse Phase Protein Array (RPPA): | |||
4E-BP1 (S65) | Abcam | AB81297 | 1:250 (Note after step 5.2.8) |
Akt (T308) | Cell Signaling | 9275 | 1:100 |
Akt (S473) | Cell Signaling | 9271 | 1:100 |
AMPKalpha (T172) | Cell Signaling | 2531 | 1:100 |
AMPKbeta1 (S108) | Cell Signaling | 4181 | 1:100 |
ATF-2 (T71) | Cell Signaling | 9221 | 1:100 |
c-Jun (S63) | Cell Signaling | 9261 | 1:200 |
c-Jun (S73) | Cell Signaling | 9164 | 1:200 |
c-Kit (Y719) | Cell Signaling | 3391 | 1:250 |
CREB (S133) | Cell Signaling | 9191 | 1:100 |
EGFR (Y1068) | Cell Signaling | 2234 | 1:50 |
ErbB2/HER2 (Y1248) | Cell Signaling | 2247 | 1:100 |
ERK 1/2, p44/42 (T202/Y204) | Cell Signaling | 9101 | 1:2000 |
GSK-3alpha (S21) | Cell Signaling | 9337 | 1:50 |
Jak1 (Y1022/1023) | Cell Signaling | 3331 | 1:100 |
Lck (Y505) | Cell Signaling | 2751 | 1:500 |
LKB1 (S428) | Cell Signaling | 3051 | 1:100 |
mTOR (S2448) | Cell Signaling | 5536 | 1:100 |
NFkB p65 (S536) | Cell Signaling | 3031 | 1:50 |
p70 S6 Kinase (T389) | Cell Signaling | 9205 | 1:200 |
PDK1 (S241) | Cell Signaling | 3061 | 1:100 |
PKA C (T197) | Cell Signaling | 4781 | 1:250 |
PRAS40 (T246) | BioSource | 44-1100 | 1:2000 |
PTEN (S380) | Cell Signaling | 9551 | 1:500 |
Smad1 (S463/465), Smad5 (S463/465), Smad8 (S426/428) | Cell Signaling | 9511 | 1:500 |
Src (Y527) | Cell Signaling | 2105 | 1:500 |
Src Family (Y416) | Cell Signaling | 2101 | 1:200 |
Stat1 (Y701) | Cell Signaling | 9171 | 1:200 |
Stat3 (S727) | Cell Signaling | 9134 | 1:200 |
Zap-70 (Y319) | Enogene | E011159 | 1:100 |
βCatenin (S33/37/T41) | Cell Signaling | 9561 | 1:250 |
CREB | Upstate Biotechnologies | 06-863 | 1:100 |
Fos B | Cell Signaling | 2251 | 1:200 |
GRB2 | Cell Signaling | 3972 | 1:2000 |
HSP70 | Stressgen | SPA-810 | 1:100 |
c-Jun | Cell Signaling | 9165 | 1:100 |
Kip1/p27 | BD | 610241 | 1:100 |
Lck | Cell Signaling | 2984 | 1:250 |
Mcl-1 | Cell Signaling | 4572 | 1:80 |
Musashi | Cell Signaling | 2154 | 1:100 |
NOTCH1 | Cell Signaling | 3439 | 1:100 |
PTEN | Cell Signaling | 9552 | 1:500 |
SGK1 | Abnova | PAB4590 | 1:250 |
Zap-70 | Cell Signaling | 2705 | 1:250 |
β-Catenin | Abcam | AB32572 | 1:1000 |
Dll4 | Abcam | AB7280 | 1:500 |
Shh | Abcam | AB53281 | 1:250 |
HIF-1α | BD | 610958 | 1:50 |
NUMB PAN-ISO | Upstate Biotechnologies | 07-207 | 1:400 |
NUMB-L | Chemicon | AB15145 | 1:750 |
Cyclin B | BD | 610220 | 1:75 |
c-Myc | Calbiochem | OP-10 | 1:100 |
BCIP/NBT Kit | Thermo-Fisher | 002209 | (Note after step 5.2.8). Kit used to measure alkaline phosphatase activity, similar kits can be used. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies for Flow Cytometry: | |||
SSEA1 Antibody, Pacific Blue conjugate | Thermo-Fisher | MHCD1528 | 1:100 (Note after step 5.2.8) |
SSEA4 Antibody (MC813-70), Alexa Fluor 647 | Thermo-Fisher | SSEA421 | 1:100 |
Name | Company | Catalog number | Comments |
Specific instruments, tools and softwares: | |||
Countess Automated Cell Counter | Thermo-Fisher | C10227 | Neubauer chamber or other suitable glass hemocytometer can be used. |
MEA1060-Inv-BC | Multichannel Systems | MEA1060-Inv-BC | (Step 5.3) |
MEA1060-BC control software | Multichannel Systems | MEA1060-BC | (Step 5.3) |
NeuroExplorer | Multichannel Systems | NeuroExplorer (NE) | (Step 5.3) For post-processing of MEA data |
Multielectrode arrays (MEA) | Multichannel Systems | 60MEA100/10iR-Ti-gr | (Step 5.3) Single-well MEA chip |
ArrayScan XTI High Content Platform | Thermo-Fisher | ASN00002P | (Step 5.2.8) Mean fluorescence can be quantified by using specific ArrayScan algorithms (e.g., Cytotoxicity V.4 and NucTrans V.4 bioapplications). It is recommended to take minimum 20 pictures/well, and have 7-8 internal replicates per condition |
7900HT Fast Real-Time PCR System | Thermo-Fisher | 4351405 | (Step 5.1.6) |
BD ULTRA-FINE Needle Insulin Syringe (with 30G needle) | BD | 328280 | (Steps 1.3.1, 2.1.2, and 2.4.1) |
StemPro EZPassage Disposable Stem Cell Passaging Tool | ThermoFisher | 23181010 | This colony cutting tool can be used as an alternative to the use of 30G needle 1 mL syringes (Step 1.3.1) |
Ultra-Low attachment Petri dish (60 mm) | Corning | 10010582 | (Step 2.1.8) Also other brands can be used. |
Mr. Frosty Freezing container | Sigma-Aldrich | C1562-1EA |