Summary

SLP1ポリマーと単層のAuのインタラクションから<em> Lysinibacillusスフェリカス</em> JG-B53 - 生体分子金属研究のためのツールと​​して、QCM-D、ICP-MSおよびAFM

Published: January 19, 2016
doi:

Summary

To obtain basic information on the sorption and recycling of gold from aqueous systems the interaction of Au(III) and Au(0) nanoparticles on S-layer proteins were investigated. The sorption of protein polymers was investigated by ICP-MS and that of proteinaceous monolayers by QCM-D. Subsequent AFM enables the imaging of the nanostructures.

Abstract

In this publication the gold sorption behavior of surface layer (S-layer) proteins (Slp1) of Lysinibacillus sphaericus JG-B53 is described. These biomolecules arrange in paracrystalline two-dimensional arrays on surfaces, bind metals, and are thus interesting for several biotechnical applications, such as biosorptive materials for the removal or recovery of different elements from the environment and industrial processes. The deposition of Au(0) nanoparticles on S-layers, either by S-layer directed synthesis 1 or adsorption of nanoparticles, opens new possibilities for diverse sensory applications. Although numerous studies have described the biosorptive properties of S-layers 2-5, a deeper understanding of protein-protein and protein-metal interaction still remains challenging. In the following study, inductively coupled mass spectrometry (ICP-MS) was used for the detection of metal sorption by suspended S-layers. This was correlated to measurements of quartz crystal microbalance with dissipation monitoring (QCM-D), which allows the online detection of proteinaceous monolayer formation and metal deposition, and thus, a more detailed understanding on metal binding.

The ICP-MS results indicated that the binding of Au(III) to the suspended S-layer polymers is pH dependent. The maximum binding of Au(III) was obtained at pH 4.0. The QCM-D investigations enabled the detection of Au(III) sorption as well as the deposition of Au(0)-NPs in real-time during the in situ experiments. Further, this method allowed studying the influence of metal binding on the protein lattice stability of Slp1. Structural properties and protein layer stability could be visualized directly after QCM-D experiment using atomic force microscopy (AFM). In conclusion, the combination of these different methods provides a deeper understanding of metal binding by bacterial S-layer proteins in suspension or as monolayers on either bacterial cells or recrystallized surfaces.

Introduction

原因エレクトロニクス、触媒、バイオセンサ、または医療機器のようないくつかのアプリケーションのための金の使用の増加に、この貴金属の需要はここ数年の時間6-9かけて成長してきました。重鎖または貴金属、最も環境汚染は継続的なプロセスであるが、金だけでなく、他の多くの貴重な重金属は、鉱業活動を通じて、希薄濃度の工業排水を経て環境中に放出され、廃棄物処理7,8,10されています主に技術的な活動によって引き起こされます。これは、自然の生態系の重要な干渉につながり、潜在的に人間の健康9を脅かします。これらの負の結果を知ることは、工業廃水からの金属のリサイクルに汚染された生態系や改善点から金属を除去するための新しい技術の探索を推進しています。沈殿又はイオン交換のような十分に確立された物理化学的方法には、特に高で、それほど効果的ではありませんLYは、溶液7,8,11に希釈しました。バイオソープションは、いずれかの生きているか死んバイオマスで、廃水処理10,12のための魅力的な代替です。そのような生物学的材料の使用は、毒性化学物質の消費量を低減することができます。多くの微生物は、蓄積又は金属を固定するために記載されています。例えば、Lysinibacillusのスフェリカスの細胞が(L.スファエリカス )JG-A12は、貴金属のための高い結合能力を示している、例えば、パラジウム(II)、白金(II)、金(III)、及びPbのような他の有毒金属(II)またはU(VI)4,13、クロム(VI)14のためのバチルス・メガテリウムの細胞、金のために白金(II)およびPd(II)15、及びクロレラ下品ためのサッカロマイセス・セレビシエの細胞(III)とU(VI)16 、17。金(III)、パラジウム(II)、およびPt(II)のような前の金属の結合はまた、 デスルホビブリオ18およびL.ためのdesulfuricansについて報告されていますスフェリカス JG-B53 19,20。それにもかかわらず、ではないアルリットルの微生物は、金属を大量に結合して、収着材料としての用途は限ら12,21です。また、容量の金属結合は、異なるパラメータ、 例えば、細胞組成物、使用されるバイオコンポーネント、または環境や実験条件(pH、イオン強度、温度など)に依存します。単離された細胞壁断片22,23の研究は、膜脂質、ペプチドグリカン、タンパク質、または他の構成要素と同様に、複雑な構築全細胞8,21のプロセスを結合金属を理解するのに役立ちます。

この研究に着目セル構成要素は、S層タンパク質です。 S層タンパク質は、多くの細菌及び古細菌の外側細胞エンベロープの一部であり、それらは、約15を構成する – これらの生物の全タンパク質質量の20%。環境への最初のインターフェイスとして、これらの細胞の化合物は、強く、細菌の吸着特性3に影響を与えます 。 40の範囲の分子量を有するS層タンパク質kDaでの数百の細胞内で生産され、それらは脂質膜または高分子の細胞壁成分に層を形成することができる場合に外部組み立てられます。一旦単離されると、ほぼ全てのS層タンパク質は自発的に界面で、または平面または管状の構造体3を形成する面に、懸濁液中で自己集合する固有の特性を有しています。タンパク質の単分子層の厚さは、細菌に依存し5の範囲内である- 25nmで24。一般に、形成されたS層タンパク質の構造は、35ナノメートル3,24に対して斜め(P1またはP2)、正方形(P4)、または六角形(P3またはP6)2.5の格子定数との対称性を有することができます。格子形成は、二価の陽イオンに依存して、主のCa 2+ 25,26、ラフ、Jらに多くのケースであるように思われます。 S層タンパク質ベースのエンジニアナノ構造における産業用アプリケーションに基づくナノコンポジット。 (編Tijana Z.グローブ&Aitziber L. Cortajarena)(スプリンガー、2016(提出))。それにもかかわらず、特に例えば、Ca 2+およびMg 2+などの二価カチオンのモノマーの折り畳み、モノマー-モノマー相互作用、格子を形成し、異なる金属の役割の完全な反応カスケードは、まだ完全には理解されていません。

グラム陽性菌株L. 27(新系統発生的分類した後、バチルス・スファエリカスから改称) スフェリカス JG-B53はウラン鉱山廃棄物の山「ハーバーランド」(Johanngeorgenstadt、ザクセン、ドイツ)4,28,29から単離しました。その機能S層タンパク質(SLP1)は正方格子、116 kDaで30の分子量、および細菌細胞31生きに ​​≈10nmの厚さを有しています。以前の研究では、約10nmの厚さで閉じ、安定したタンパク質層インビトロでの形成は10分未満19で達成されました。関連菌株L.スフェリカス JG-A12は、また「ハーバーランド "パイルからの分離株は、高い金属結合能力を有し、その単離されたS層タンパク質は、Auのような貴金属のための高い化学的および機械的安定性と優れた吸着率を示した(III)、白金(II)、およびPd(II)4,32,33。貴金属のこの結合は、いくつかの金属について多かれ少なかれ特異的であり、ポリマーの外側及び内側タンパク質表面上及び細孔内の官能基、イオン強度、およびpH値の利用可能性に依存します。 、OH – 、PO 4 – – 、SO 4 – 、およびSO-タンパク質による金属相互作用に関連する官能基は、COOH-、NH 2です。原理的には、金属結合能力は、アプリケーション、 ラフ、Jらの広いスペクトルを開きます。 S層タンパク質ベースのエンジニアナノ構造における産業用アプリケーションに基づくナノコンポジット。 (編Tijana Z.グローブ&Aitziber L. Cortajarena)(スプリンガー、2016年(提出))。 例えば、除去又は回復のためbiosorptiveコンポーネントとして溶解毒性または有価金属の、合成または触媒反応、およびバイオ感覚層3,5,18,33のような他の生体工学材料のため、定期的に構造化金属ナノ粒子(NPS)の定義された堆積のためのテンプレート。 Auのような規則的に配置されたNPアレイ(0)-NPsはCO酸化34-37ための分子エレクトロニクスやバイオセンサー、超高密度記憶装置、および触媒に至るまでの主要な用途のために使用することができます。このようなアプリケーションや、これらの材料のスマートなデザインの開発は、基礎となる金属結合メカニズムのより深い理解を必要とします。

このようなバイオベース材料の開発のための前提条件は、生体分子と技術面38,39との間の界面層の信頼できる実装です。例えば、高分子電解質は、S層タンパク質39の再結晶化のための界面層として使用されているレイヤー・バイ・レイヤー(のLbL)技術40,41に組み付け</SUP>。このようなインタフェースは、再現可能かつ定量的な方法でタンパク質コーティングを実行するための比較的簡単な方法を提供しています。接着剤プロモーターと変更することなく、種々の実験を行うことで、コーティング速度、層の安定性、および生体分子19,42、ラフ、J.らと金属との相互作用に関する記述することが可能です。 S層タンパク質ベースのエンジニアナノ構造における産業用アプリケーションに基づくナノコンポジット。 (編Tijana Z.グローブ&Aitziber L. Cortajarena)(スプリンガー、2016年(提出))。しかし、タンパク質吸着およびタンパク質 – 表面相互作用の複雑なメカニズムは完全に理解されていません。特に立体構造、パターンの向き、コーティング密度の情報がまだ不足しています。

消費モニタリング(QCM-D)技術で水晶マイクロバランスは、タンパク質吸着、コーティング速度を研究するためのツール、および対話プロとして近年注目を集めていますナノメートルスケール19,43-45上セス。この技術は、リアルタイムで大量の吸着の詳細な検出を可能にし、タンパク質格子19,20,42,46-48に機能性分子のタンパク質自己集合プロセスと結合するための指標として用いることができます。また、QCM-Dの測定は、天然の生物学的条件下でのタンパク質性の層と金属の相互作用の過程を研究する可能性を開きます。最近の研究において、Euのような選択された金属とS層タンパク質の相互作用(III)、金(III)、パラジウム(II)、およびPtは(II)QCM-D 19,20で検討されています。吸着したタンパク質層は、グラム陽性細菌の細胞壁の単純化モデルとしての役割を果たすことができます。この単一の成分の研究では、金属相互作用のより深い理解に寄与することができます。しかし、単にQCM-D実験は、タンパク質に金属の表面構造と影響に関する記述を許可していません。他の技術は、そのような情報を得るために必要です。 One POSイメージングバイオナノ構造のための任及び構造特性情報を取得するには、原子間力顕微鏡(AFM)です。

提示研究の目的は、特にL. SLP1に、S層タンパク質に金(Au(III)とAu(0)-NPs)の収着を調査することでしたスフェリカス JG-B53。 ICP-MSを使用して5.0とQCM-Dを使用して固定化されたS-層と – 実験は、2.0のpH範囲内のバッチスケールで懸濁タンパク質を用いて行きました。さらに、格子の安定性に対する金属塩溶液の影響は、その後のAFM研究で調査しました。これらの技術の組み合わせは、特定の金属親和性について細菌細胞全体のイベントを結合についての詳細を学ぶためのツールとして、in vitroでの金属相互作用プロセスのより良い理解に貢献しています。この知識だけでなく、環境保護のための金属の回収のために適用可能なフィルター材料の開発と再の保全のために重要です49だけでなく、様々な技術的なアプリケーションのための高度に秩序化された金属NPのアレイの開発のためのソース。

Protocol

1.微生物および栽培条件注:すべての実験は、無菌条件下で行われたL.。スフェリカス JG-B53は、凍結保存培地29,30から得られました。 300ミリリットルのクリーンベンチの下に転送凍結保存培養物(1.5ミリリットル)の滅菌栄養ブロス(NB)メディア(3グラム/ Lの肉エキス、5グラム/ Lペプトン、10グラム/ LのNaCl)。その後、培養のために前培養物を得…

Representative Results

微生物およびSLP1キャラの育成 細菌増殖の記録されたデータは、約5時間で指数増殖期の終わりを示します。以前の研究は、それにもかかわらず、定義されたメディアコンポーネントを使用して、培養の最適化またはfed-。最大収率19 4.36グラム/ L(SLP1は収穫のこの時点から単離することができることを?…

Discussion

この研究では、異なる分析方法の組み合わせを用いて調べたS層タンパク質の金の結合を研究しました。具体的には、金の結合は、例えば 、感覚面鉱業水またはプロセス溶液から金を回収するだけでなく、材料の建設のためだけでなく、非常に魅力的です。 Auの相互作用の研究のために金(Au(III)及びAu(0)-NPs)に懸濁し、SLP1の単層を再結晶化して、タンパク質が持っていたが単離?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

本研究の一部はBMWiとBMBFプロジェクト」Aptasens」(BMBF / DLR 01RB0805A)が資金を提供し、IGF-プロジェクト「S-ふるい」(490 ZBG / 1)によって資金を供給されました。英語のネイティブスピーカーとして原稿を読み取るためのAFM研究中およびエリックV.ジョンストンへの彼の貴重な助けのためのトビアス・J・ギュンターに感謝します。さらに、この論文の著者は、Manjaフォーゲル、ナンシーアンガー、カレンE. Viacavaとヘルムホルツ研究所のグループバイオテクノロジー(ICP-MS測定における支援のためのリソースエコロジー研究所から)アリーンリッターとサブリナGurlitに感謝したいと思います資源技術のためのフライベルク。

Materials

equiment and software
Bioreactor, Steam In Place 70L Pilot System Applikon Biotechnology, Netherlands Z6X Including dO2, pH sensors of Applikon Biotechnology and BioXpert software V2
Noninvasive Biomass Monitor BugEye 2100 BugLab, Concord (CA), USA Z9X
Spectrometer Ultrospec 1000 Amersham Pharmacia Biotech, Great Britain 80-2109-10 Company now GE Healthcare Life Sciences
MiniStar micro centrifuge VWR, Germany 521-2844 For centrifugation of cultivation samples
Research system microscope BX-61 Olympus Germany LLC, Germany 037006 Microscope in combination with imaging software
Cell^P (version 3.1) Olympus Soft Imaging Solutions LLC, Münster, Germany together with microscope
Powerfuge Pilot Separation System Serie 9010-S Carr Centritech, Florida, USA 9010PLT For biomasse harvesting
T18 basic Ultra Turrax IKA Labortechnik, Germany 431-2601 For flagella removal and sample homogenization
Sorvall Evolution RC Superspeed Centrifuge Thermo Fisher Scientific, USA 728411 Used within protein isolation
Mobile high shear fluid processor, M-110EH-30 Pilot Microfluidics, Massachusetts, USA M110EH30K Used for cell rupture
Alpha 1-4 LSC Freeze dryer Martin Christ Freeze dryers LLC, Osterode, Germany 102041
UV-VIS spectrophotometry (NanoDrop 2000c) Thermo Fisher Scientific, USA 91-ND-2000C-L For determination of protein concentration
Mini-PROTEAN vertical electrophoresis chamber Bio-Rad Laboratories GmbH, Munich, Germany 165-3322 For SDS-PAGE
VersaDoc Imaging System 3000 Bio-Rad Laboratories GmbH, Munich, Germany 1708030 Used for imaging of SDS-PAGE gels
ICP-MS Elan 9000 PerkinElmer, Waltham (MA), USA N8120536 For determination of metal concentration
Zetasizer Nano ZS Malvern Instruments, Worcestershire United Kingdom ZEN3600 For determination of nanoparticle size
Q-Sense E4 device  Q-Sense AB, Gothenburg, Sweden QS-E4 ordered via LOT quantum design (software included with E4 platform)
Q-Soft 401 (data recording) Q-Sense AB, Gothenburg, Sweden
Q-Tools 3 (data evaluation and modelling) Q-Sense AB, Gothenburg, Sweden
QCM-D flow modules QFM 401  Q-Sense AB, Gothenburg, Sweden QS-QFM401 ordered via LOT quantum design
QSX 303 SiO2 piezoelectric AT-cut quartz sensors Q-Sense AB, Gothenburg, Sweden QS-QSX303 ordered via LOT quantum design
Ozone cleaning chamber Bioforce Nanoscience, Ames (IA), USA QS-ESA006 ordered via LOT quantum design
Atomic Force Microscope MFP-3D Bio AFM Asylum Research, Santa Barbara (CA), USA MFP-3DBio AFM measurements and imaging software
Asylum Research AFM Software AR Version 120804+1223 Asylum Research, Santa Barbara (CA), USA imaging software included in Cat. No. MFP-3DBio
Igor Version Pro 6.3.2.3 Software WaveMetrics, Inc., USA imaging software included in Cat. No. MFP-3DBio
BioHeater Asylum Research, Santa Barbara (CA), USA Bioheater Sample heater for AFM measurements
Biolever mini cantilever,  BL-AC40TS-C2 Olympus Germany LLC, Germany  BL-AC40TS-C2 Prefered cantilever for AFM measurements
WSxM 5.0 Develop 6.5 (2013) Nanotec Electronica S.L. , Spain freeware Software for AFM analysis
Name Company Catalog Number Comments
Detergents and other equiment
Calcium chloride Dihydrate (CaCl2 ∙ 2H2O) Merck KGaA 1.02382
acidic acid, 100 %, p.A. CARL ROTH GmbH+CO.KG 3738.5 Danger, flammable and corrosive liquid and vapour. Causes severe skin burns and eye damage.
Antifoam 204 Sigma-Aldrich Co. LLC. A6426 For foam suppression
bromophenol blue, sodium salt Sigma-Aldrich Co. LLC. B5525
Coomassie Brilliant Blue R (C45H44N3NaO7S2) CARL ROTH GmbH+CO.KG 3862.1
Deoxyribonuclease II from porcine spleen Sigma-Aldrich Co. LLC. D4138 Typ IV , 2,000-6,000 Kunitz units/mg protein
Ethanol, 95% VWR, Germany 20827.467 Danger, flammable
glycerine, p.A. CARL ROTH GmbH+CO.KG 3783.1
Gold(III) chloride trihydrate (HAuCl4 ∙ 3H2O) Sigma-Aldrich Co. LLC. 520918 Danger
Guanidine hydrochloride (GuHCl) CARL ROTH GmbH+CO.KG 0037.1
Hellmanex III Hellma GmbH & Co. KG 9-307-011-4-507
Hydrochloric acid (HCl) (37%) CARL ROTH GmbH+CO.KG 4625.2 Danger; Corrosive, used for pH adjustment
Lysozyme from chicken egg white Sigma-Aldrich Co. LLC. L6876  Lyophilized powder, protein =90 %, =40,000 units/mg protein (Sigma) 
Magnesium chloride Hexahydrate (MgCl2 ∙ 6H2O) Merck KGaA 1.05833
Magnetic stirrer with heating,  MR 3000K Heidolph Instruments GmbH & Co.KG, Germany 504.10100.00 Standard stirrer within experiment
NB-Media DM180 Mast Diagnostica GmbH 121800
Nitric acid (HNO3) CARL ROTH GmbH+CO.KG HN50.1 Danger; Oxidizing, Corrosing
PageRuler Unstained Protein Ladder ThermoScientific-Pierce 26614
Poly(sodium 4-styrenesulfonat) (PSS) Sigma-Aldrich Co. LLC. 243051 Average Mw ~70,000
Polyethylenimine (PEI), branched Sigma-Aldrich Co. LLC. 408727 Warning; Harmful, Irritant, Dangerous for the environment; average Mw ~25,000
Potassium carbonate anhydrous (K2CO3) Sigma-Aldrich Co. LLC. 60108 Warning; Harmful
Ribonuclease A from bovine pancreas  Sigma-Aldrich Co. LLC. R5503 Type I-AS, 50-100 Kunitz units/mg protein 
Sodium azide (NaN3) Merck KGaA 106688 Danger; very toxic and Dangerous for the environment
Sodium chloride (NaCl) CARL ROTH GmbH+CO.KG 3957.2
Sodium dodecyl sulfate (SDS) Sigma-Aldrich Co. LLC. L-5750 Danger; toxic
Sodium hydroxide (NaOH) CARL ROTH GmbH+CO.KG 6771.1 Danger; Corrosive, used for pH regulation within cultivation and pH adjustment
Spectra/Por 6, Dialysis membrane, MWCO 50,000  CARL ROTH GmbH+CO.KG 1893.1
Sulfuric acid (H2SO4) CARL ROTH GmbH+CO.KG HN52.2 Danger; Corrosive, used for pH regulation within cultivation
Tannic acid (C76H52O46) Sigma-Aldrich Co. LLC. 16201
TRIS HCl (C4H11NO3HCl) CARL ROTH GmbH+CO.KG 9090.2
Tri-sodium citrate dihydrate (C6H5Na3O7 ∙ 2H2O) CARL ROTH GmbH+CO.KG 3580.2
Triton X-100 CARL ROTH GmbH+CO.KG 3051.3 Warning; Harmful, Dangerous for the environment
VIVASPIN 500, 50.000 MWCO Ultrafiltration tubes Sartorius AG VS0132
β-mercaptoethanol Sigma-Aldrich Co. LLC. M6250 Danger, toxic

References

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Suhr, M., Raff, J., Pollmann, K. Au-Interaction of Slp1 Polymers and Monolayer from Lysinibacillus sphaericus JG-B53 – QCM-D, ICP-MS and AFM as Tools for Biomolecule-metal Studies. J. Vis. Exp. (107), e53572, doi:10.3791/53572 (2016).

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