We describe the fabrication and characterization of nano-biological systems interfacing nanostructured substrates with immobilized proteins and aptamers. The relevant experimental steps involving lithographic fabrication of nanostructured substrates, bio-functionalization, and surface-enhanced Raman spectroscopy (SERS) characterization, are reported. SERS detection of surface-immobilized proteins, and probing of protein-ligand and aptamer-ligand binding is demonstrated.
制造和结合纳米生物系统接口的金属纳米结构在固体载体上固定化生物分子的表征报道。有关实验步骤的整个序列进行了说明,涉及使用电子束平版印刷,在基片上的生物分子的固定化的纳米结构基片的制造中,和它们的表征利用表面增强拉曼光谱(SERS)。三种不同的纳米生物系统的设计中采用,包括蛋白A,葡萄糖结合蛋白,和多巴胺结合的DNA适体。在后两种情况下,各自的配体,D-葡萄糖和多巴胺的结合,也包括在内。三种生物分子被固定在纳米结构化基底通过不同的方法,并且SERS成像的结果报告。 SERS的能力来检测振动模式从表面固定的蛋白,以及捕获的蛋白 – 配体的ð适体 – 配体结合的表现。结果还示出了纳米结构的表面几何形状,生物分子固定化的策略,该分子和存在的配位体上获取的SERS光谱结合的或不存在的拉曼活性的影响。
能力开发和表征缀合物的纳米生物系统接口固体纳米结构和生物聚合物成为在下一代生物传感和生物技术的致动1,2-进一步发展越来越重要。这涉及到多学科研究在多个研究领域,如相关的固态成分(微或纳米的电极,纳米工程涂料,纳米线,或纳米颗粒)2,3,4的制造;表面上的生物分子,以创建所需生物共轭物5,6,7的固定;和监控纳米生物接口1。在大多数情况下,最佳的制造,生物官能化,和表征方法的选择是强互相关连。显然,纳米制造技术的选择将通过该系统的固态成分的需求来驱动,是在很大程度上依赖于该检测方法,该方法在涂RN是由所涉及的生物聚合物的性质和监测接口的目的来确定。
出了各种各样的用于表征生物共轭系统1,3,表面增强拉曼光谱(SERS)技术已成为一个非常有前途的方法,化学和生物物种的表面上8,9,10,11-的检测。 SERS通过表面固定的生物分子( 图1),允许对应于分子振动的独特的签名捕获采用单色光的非弹性散射。这种能力在不同的分子中区分而不涉及标签,复杂的化学,或耗时的步骤,使SERS生物检测的一个潜在的非常有效的方法。 SERS的另一个重要优点是它的高灵敏度。本地化的表面等离子体光与贵金属纳米结构(SERS基质)的交互激发急剧增加的INT密度的拉曼散射由分析物,从而允许非常少量的分子的检测,从单层下至单分子限制8,9,10,11-。最后,大多数的生物分子所需要的水溶液是稳定的。因为水往往具有有限的拉曼活动,从水样的背景信号最小9。 SERS的应用已经显示出在过去十年10的指数增长。然而,SERS的许多讨论的挑战是,拉曼散射的电磁场增强关键取决于大小,形状,并且其中电浆波被诱导11,12,13间距的金属纳米结构。为了实现高效的和可再现的SERS测量,控制在衬底上的几何形状是需要在纳米级尺寸。
图1.钪血红素表面增强拉曼光谱的。
用来制造SERS衬底11,12,13的许多方法大致可以分为自下而上和自上而下的方法。第一种类型的方法使用自组装或定向化学合成,以产生纳米结构的各种处理。经常处理的例子包括单分散纳米粒子在固体支持11,12,13,热,溅射,或粗糙的金属片11,12的电化学沉积和各种化学合成方法13固定。虽然这样的技术往往是相对简单和便宜的,其中大部分是由缺乏控制以上所述结构的位置,和有限的样品到样品的再现性受到挑战。
相反,自上而下的光刻技术采用可操纵的仪器,如粒子束建立在表面所需的图案。其中最经常使用的纳米光刻法,电子束光刻(EBL),提供了极好的控制功能下降到低于10纳米,也有灵活性,以便在固体载体11,12不同的基板设计。在EBL,电子束聚焦下降到几纳米的直径扫描横跨电子敏感材料(抗蚀剂)使在曝光区域的化学变化的表面上的光点。对于正型抗蚀剂,如聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA),电子束曝光的结果构成抗蚀剂的聚合物链的断裂,从而导致增加的溶解度在合适的溶剂(显影剂)。电子束光刻的方法包括抗蚀剂在衬底上的均匀层的旋转涂布;曝光在真空室用电子束靶抗蚀材料;和样品的发展以除去可溶性的区域。
金属纳米结构的下面的介电载体,如熔凝硅石,有B示EEN在SERS强度来显著增加由于电浆波定位相对于其他材料,例如硅14,15。然而EBL图案形成在介电基片,尤其是在纳米级,涉及到由于电荷在曝光期间积累显著挑战。以前,我们已经表明16,17,这些困难可通过将导电聚合物层之上的抗蚀剂来克服。 图2示出了总体制造工艺的示意性使用EBL曝光和显影后的金属沉积和剥离,以产生对熔融金属纳米结构二氧化硅支持。 请点击此处查看该图的放大版本。
图E 2.计划lectron束光刻,金属沉积和剥离工艺用于制造在电介质基片16-19的金属纳米结构的步骤。在本文中,我们提出的,涉及的SERS衬底 制造由EBL,生物官能基片的处理步骤的全部序列,并收集的拉曼光谱的。三种设计中的最近的作品18,19探索被寻址(参见图3和4,和表1)。在设计1,重组蛋白A被固定在生物机能的Au纳米结构上的熔融二氧化硅(FS)的支撑件18,并且SERS检测的蛋白质被证实。在设计2,重组葡萄糖结合蛋白21,26,27具有和不具有配体(D-葡萄糖)是由组氨酸标记的手段在上镀镍的FS银纳米结构体之间的空间固定,和葡萄糖与蛋白的结合被检测。在设计3,巯基多巴胺结合DN一个适体19,23固定在金纳米结构的FS和多巴胺的固定化适配子的结合证明。包括从基板准备拉曼光谱采集,并代表不同的生物分子和固定化策略的所有相关实验步骤,这些例子都是各种各样的应用非常有用,从勘探研究询问纳米生物界面通过SERS到SERS的发展采用蛋白质或核酸适体-配体的识别方法结合的小分子生物传感器。 请点击此处查看该图的放大版本。
图三个具有代表性的设计方案3.使用不同的生物分子,immobiliza方法化,并且基板材料:(A)的蛋白质A固定在贵金属纳米点通过一个自组 装单层的11- mercaptodecanoic酸(SAM)(MUA)在DI水中官能; (B)的复合与D-葡萄糖固定贵金属纳米点之间的衬底表面上组氨酸标记的葡萄糖结合蛋白(GBP); (C)巯端完成与多巴胺(DBA)的多巴胺结合适体固定在贵金属纳米点。 见表1进一步的细节。在设计2面板(B)表示,如果没有相应的配体的样品也准备进行比较。 请点击此处查看该图的放大版本。
图4。生物分子在三种设计采用:(A)蛋白A; (B)中的葡萄糖结合蛋白和D-葡萄糖; (C)的多巴胺结合的DNA适体和多巴胺。该蛋白质的三级结构的(a)和(b)从蛋白质数据库,PDB ID 1BDD 20和2HPH 21,分别和绘制VMD为LINUXAMD64,版本1.9.1 22取。 (c)中的适体的二级结构是从序列23使用ValFold 24软件预测和绘制PseudoViewer 3.0 25。 G,A,T,和C对应鸟嘌呤,腺嘌呤,胸腺嘧啶和胞嘧啶碱基字母,分别请点击此处查看该图的放大版本。
设计1 </TD> | 设计2 | 设计3 | |
生物聚合物 | 蛋白A | 葡萄糖结合蛋白(GBP) | 多巴胺结合适体(DBA) |
粘结剂 | 11-巯基十一酸(MUA)的自组装单层(SAM) | 组氨酸标签 | 巯基交联剂 |
配体 | 无 | D-葡萄糖 | 多巴胺 |
解 | 去离子(DI)水 | 磷酸钾缓冲液 | 三(羟甲基)氨基甲烷(TRIS)和乙二胺四乙酸(EDTA)缓冲液;磷酸盐缓冲盐水(PBS) |
基板 | 金结构上的FS | 上镀镍的FS的Ag结构 | 金结构上的FS |
图案AREA | 4微米×10微米 | 4微米×8微米 | 4微米×10微米 |
模式 | 凹点,50纳米节距 | 银点,40纳米间距 | 凹六角形,200nm的间距 |
银六边形,200nm的间距 | 金非结构化垫 | ||
银非结构化垫 | |||
EBL照射剂量 | 点: | 点:105μC/厘米2 | 六边形:180μC/厘米2 |
阵列I 120μC/厘米2 | 六边形:170μC/厘米2 | ||
阵列II 96μC/厘米2 | |||
排列三72μC/厘米2 | |||
激光激发波长 | 532纳米 | 532纳米 | 780纳米 |
表1.三种设计纳米生物系统。
SERS是获得了认可,生物检测的一个非常强大的技术,提供了许多独特的优势。与分子振动之间的关系允许选择性地识别从SERS光谱的特定分析物的“指纹”,而非常高的灵敏度,能够检测非常少量的分析物9,10,11,35的。此外,SERS是一种非破坏性的方法,这也是相对不敏感的水,并由此其非常适合用于探测生物材料在其自然的含水环境9。呈现的结果强调这些优点以及进一步展示的SERS的强烈潜力作为生物检测的一个非常灵活的无标记技术。在三种设计采用不同的基片固定的生物分子的单分子膜,拉曼模式已经被检测到,可以自信地归因于特定分析物。这些生物分子检测Òř各自的配体,已经被证明采用石英作为SERS基质的支撑平面表面,使得当前的电子和微流体设置兼容的设计,看好与新兴的生物电子架构接口生物材料与电子表面关系众多的应用和电化学设备2,3。重要的是,在2 3的设计SERS检测已被证明为小分子,如葡萄糖和多巴胺,采用分别在表面固定化蛋白和适体,单层的特异性结合,作为识别元素。
但是,有几个方面的应以实现一种有效的表面增强拉曼光谱的生物检测中的“芯片上”设定的照顾。首先,公知的挑战即是常见的大多数生物分子是其倾向降低,特别是当暴露于非天然条件如干燥ENVI境或强烈的激光。在整个协议中,我们强调始终保持浸没在适当的解决方案的生物官能化的样品在整个实验过程中,从准备的样品,以采集拉曼光谱的重要性。对于后者,定制防水室已被设计( 图7),以避免在激光照射的液体的蒸发。曝光和激光强度的持续时间如在该协议的步骤5.3中描述,以避免样品的损害也应受到限制。
的SERS检测的结果发现,以所用的基板,以及金属纳米结构的特别的相互分离特征的几何结构敏感。当它从图8和9所示,设计1样品的SERS强度强烈地依赖于对熔融二氧化硅的Au纳米点之间的间隙的宽度。金纳米点出三个阵列测试我n这个设计( 图8),最高的拉曼强度与阵列I,其具有凹的特征间的最窄的间隙,因此,它提供了更有效的电磁场增强来实现的。作为图9示出,需要间特征的分离在10-20纳米或更低的电平控制。用人EBL用于制造SERS衬底,如这里显示出,提供了一种有效的分辨率专门用于控制间隙特征的宽度。具有正色调抗蚀EBL例如PMMA,在PMMA的掩模孔的尺寸可以通过简单地改变曝光剂量进行改变。后剥离这导致不同尺寸的装配式金属点,并且这些点之间的间隙的宽度可被调谐为所希望的,通过选择合适的EBL曝光剂量18。
另一个挑战是为特定的生物检测应用程序SERS基质的几何形状的优化。虽然增强效果我ncreases与减少间特征间隙,生物分子的相对大的尺寸规定了如何窄的间隙可以是限制。这是显而易见的,从该结果设计2,其中固定化的方法是这样的蛋白有效地结合到只贵金属点之间的表面上,而不是在点本身( 见图3B)。当它从图10所示,对于非结构化的Ag焊盘的SERS光谱没有显示来自分析物的任何条带。虽然垫具有非常薄的岛屿间的差距纳米晶体结构( 见图6F),这些差距过于狭窄,以适应蛋白质分子。然而复杂性的另一个方面是加入时蛋白 – 配体的结合有被检测到。在图10中,表面增强拉曼光谱CH频带中从配体结合英镑光谱比在无配体1,其可以通过在英镑构象的变化来解释假想更加明显在D-葡萄糖2 7,27结合,产生更刚性的结构具有增加的拉曼活性。如果比较两个纳米结构衬底,从配位体的无蛋白质的CH带与所述纳米点基底所得SERS光谱强,而蛋白和葡萄糖CH频带从配体结合的蛋白质两者都更加显着的纳米六边形基板。两个因素都预期会导致这些差异,银之间的空间的可用性提供其中GBP可以结合到Ni和配体结合的配位体和游离蛋白的易感性拉曼的电磁增强散射中的“热点”之间的这些特征。一方面,所述纳米点图案,提供相对较大的间特征区,其中的Ni涂层是可用于蛋白质结合,这可以解释观察到的对Ag纳米点基底葡萄糖 – 自由GBP更明显的CH频带。另一方面,由于它们的非均匀STRUCTURE( 见图6D),银纳米六边形可能倾向于表现出更强的电磁增强在导致从纳米六边形基片上的葡萄糖结合的GBP更强CH振动谱带纳米六角形内银岛之间狭窄的间隙。这种相互作用的一些细节需要进一步的验证,并且SERS基材为复杂的分析物涉及大型蛋白质如英镑的优化仍然在流水线。
显然,SERS检测配体结合采用固定化的生物分子作为识别元件的当只有配位体是拉曼活性在所选择的区域中,而其他成分不容易。这是设计3,得到适体结合的多巴胺显SERS频带,其中( 图11)的情况下。所述适体 – 多巴胺对表现出优异的特异性和SERS光谱包括显带而没有任何显著背景信号。
<p class="jove_content">标签费SERS技术未来的进步将涉及生物分子“SERS信号增强了广泛的不同的表面纳米结构设计,广泛的测试。直接写入电子束光刻的使用,以制造具有以上的大小,形状,及跨功能分离控制的一个极好的层次不同的纳米结构,并结合此处给出的样品制备的协议,将有利于比较的结果的和交叉验证获得的通过不同的研究小组。这将解决重复性的重大挑战时,SERS基质是捏造采用另一种“自下而上”的方法11,12,13,从而为更好地控制金属纳米结构的大小和位置对一个可靠的识别最优基板设计的各种各样的应用。这些技术的可扩展性可以随后通过EBL与互补的纳米光刻方法如纳米组合得到改善压印光刻19对未来大规模生产的纳米级设计而优化的采用可调EBL技术。The authors have nothing to disclose.
The authors would like to thank: David Wishart, Valentyna Semenchenko, Mark McDermott, Michael Woodside, and Albert Cao for their help in developing and preparing the protein conjugates as well as the DNA aptamer; T. M. Fahim Amin, Mosa Sharmin Aktar, and Trevor Olsen for their assistance in the sample preparation, Jonathan Mane for his assistance in generating images of the molecular structures; and the funding sources including the National Research Council of Canada – National Institute for Nanotechnology (NRC-NINT), Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (NSERC), and the University of Alberta for supporting the work.
11-Mercaptoundecanoic acid (MUA) | Sigma Aldrich (www.sigmaalrich.com) |
450561 ALDRICH | Used for surface functionalization in Design 1 |
Conductive polymer | Mitsubishi Rayon (www.mrc.co.jp) |
aquaSAVE-57xs | A 70 nm thick layer is used as anti-charging coating for EBL exposures |
D-glucose | Collaborator Lab. | Ligand in Design 2 | |
Dopamine | Collaborator Lab. | Ligand in Design 3 | |
Dopamine binding aptamer (DBA) | Integrated DNA Technologies Inc. (www.idtdna.com) |
5'- /Thiol Modifier C6 S-S/ AAAAAAAAAA GTCTCTGTGT GCGCCAGAGA ACACTGGGGC AGATATGGGC CAGCACAGAA TGAGGCCC-3' | Biopolymer in Design 3 |
Fused silica wafers | Mark Optics www.markoptics.com |
||
Glucose binding protein (GBP) | Collaborator Lab. (www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/gi|145579532) |
PDB ID 2HPH | Biopolymer in Design 2 |
High vacuum grease | Dow Corning (www.dowcorning.com) |
Used to seal water-proof chamber, step 5.1 | |
Hydrogen Peroxide 30%, H2O2 | J.T. Baker | Used for pirahna solution, step 1.2 | |
N-ethyl-N'-(3-(dimethylamino) propyl) carbodiimide (EDC) | Sigma Aldrich www.sigmaaldrich.com |
03450 FLUKA | Used for immobilization of biopolymer in Design 1 |
N-Hydroxysuccinimide (NHS) | Sigma Aldrich (www.sigmaaldrich.com) |
130672 ALDRICH | Used for immobilization of biopolymer in Design 1 |
Potassium phosphate buffer | Collaborator Lab. | Buffer used in Raman sampling | |
Phosphate buffered | Collaborator Lab. | Solvent in Design 3 | |
saline (PBS) | |||
Polymethylmethacrylate (PMMA) 950 A2 | MicroChem (www.microchem.com) |
A 90 nm thick layer is used as EBL positive tone resist | |
Recombinant protein A | Protein Mods Inc (www.proteinmods.com) |
PDB ID 1BDD (www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1bdd) |
Biopolymer in Design 1 |
Sulfuric acid 96%, H2SO4 | J.T. Baker | Used for pirahna solution, step 1.2 | |
Tris(hydroxymethyl)aminomethane (TRIS) and ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) buffer | Sigma Aldrich (www.sigmaaldrich.com) |
T9285 SIGMA | Buffer in Design 3 |
Dicing saw | Diamond Touch Technology Inc. | Used to cut FS wafer, step 1.1 | |
(17301 W Colfax Ave # 152, Golden, CO) | |||
Electron beam evaporator | Kurt J. Lesker (www.lesker.com) |
Used for Au and Ag evaporation | |
Electron beam evaporator | Johnsen Ultravac (JUV) (www.ultrahivac.com) |
JuV E-gun | Used for Ni evaporation |
Microscope cover slips (25 mm) | Fisher Scientific (www.fishersci.ca) |
12-545-102 | Used in water-proof chamber, step 5.1 |
Microscope slides (3×1 in.) | Fisher Scientific (www.fishersci.ca) |
Used in water-proof chamber, step 5.1 | |
Raith 150TWO EBL exposure system | Raith Inc. (www.raith.com) |
Raith 150TWO system | Used for EBL exposures, step 2.2 |
Raman microscope | Thermo Scientific (www.thermoscientific.com) |
Nicolet Almega XR | Used for Raman spectroscopy, step 5.3 |
Sonicator system | Branson (www.bransonic.com) |
Used for liftoff and solutions mixing | |
Spinner | Brewer Spinner and Hotplate (www.brewerscience.com) |
Cee 200X and Cee 1300X | Used to spin-coat PMMA and conductive polymer, step 2.1 |