神経形態では、神経細胞が機能すると^1-3通信方法を決定する上で重要な役割を果たしている。具体的には、他のセルからの入力を受け取るために神経細胞の能力に影響を与える²と^4,5活動電位の伝播に貢献しています。神経突起の形態はまた、情報が処理される方法に影響します。樹状突起形態の多様性は、ローカルおよび長距離のシグナル伝達を促進し、個々の神経細胞や神経細胞のグループが神経ネットワーク^6,7内の特殊な機能を遂行することができます。分岐パターンの樹状突起と変化の断片化を含む、樹状突起形態の変化は、アルツハイマー病^8、統合失調症^9,10、および精神遅滞^11を含む病気の状態、の数で観察されている。両方の樹状突起形態を形成する要因を理解し、樹状突起形態の変化を識別する機能は、神経系の機能と機能障害の理解に不可欠である。

神経突起の形態は、多くの場合、ショール分析および神経突起と枝の先端の数の数をカウントすることにより分析されます。この分析は、一般的に樹状突起に適用されますが、それは軸索にも適用することができます。手でこの分析を実行すると、両方の時間がかかり、必然的に実験者のバイアスと矛盾に起因する変動をもたらしている。かがり火のプログラムが利用できるオープンソースの形態素解析ツールに基づいて構築された樹状突起と軸索形態の分析に半自動化されたアプローチです。私たちのプログラムは、神経突起アーバーのサブ領域にショール分析を実行することによって動作を分岐樹状突起と軸索における局所的な変化の検出を行うことができます。例えば、ショールの分析は、全​​体としてのニューロンだけでなく、プロセスの各部分（プライマリ、セカンダリ、ターミナル、ルート、等）デンドライトと軸索のパターン形成が細胞内と細胞外の多くの要因によって影響されるの両方で実行されている多くの局所的に作用する。したがって、結果として得られるアーバーの形態は、これらのローカルバリエーション^12を観察するために小規模で形態素解析を行うため必要があること、特定の神経突起に作用する特定のプロセスの結果です。

かがり火のプログラムは2つのオープンソースの解析ツール、ImageJとNeuronStudioへNeuronJプラグインを使用する必要があります。ニューロンは、ImageJのでトレースされている、とNeuronStudioは神経突起の間の接続を定義するために使用されます。たき火はさらなる分析のために適切な形式にデータを変換するために使用されているMATLAB（MathWorks社）で記述されたカスタムスクリプトの数を含む、ユーザのエラーをチェック、そして最終的にショール分析を行います。最後に、データは統計分析のためにExcelにエクスポートされます。かがり火のプログラムのフローチャートを図1に示されています。